FAQ
게시판 리스트
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IPA에서 canonical pathways 이미지 export 방법 조회 1609 첫번째, 600dpi로 설정 두번째, image size의 units 대신 inches로 바꿈 세번째, width 와 Height를 높여줌 예) 10 / 1.49 (아래 그림 참조) 아래 예시는, width를 10으로 설정하였습니다. dpi 는 dots(pixels)/inch를 뜻하므로 속성이 96dpi일지라도 inch를 조절해줘야함.
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IPA에서 한 단백질에 대해서 DB 서치후 나오는 possible pathway 를 볼수 있는게 아니고 원래 raw 데이터 안의 protein 들 안에서의 단백체들을 기준으로 그들간의 pathway 상호작용을 볼수 있는건가요? 조회 1400 1개의 단백질에 대한 pathway는 그냥 1개의 단백질을 검색해서 관련된 pathway만 뽑아서 볼 수 있습니다. IPA가 유용한 이유는 단순한 작업이 아닌, 업로드 한 proteins 이 어떤 pathway에 많이 포함되어 있는지 보고, 해당 pathway에서 상호작용이 어떤지 볼 수 있기 때문입니다.
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IPA에서 protomics mass data 결과로 sequester score >20으로 cutoff를 주고 분석을 돌렸더니 정보가 많지 않습니다. 조회 1314 분석을 돌린 molecules 수가 몇개 없다면, 많은 정보를 얻을 수가 없습니다. 데이터셋을 다시 open해서 core 분석을 할 때, cutoff를 주지 말고 돌리는 것을 권장합니다.
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IPA에서 proteomics mass spectrum 데이터 결과로 cqst value를 갖고 있습니다. 어떻게 분석하면 좋을까요? 조회 1172 proteomics mass spectrum 데이터를 IPA로 분석하는 방법은 RNA 데이터 분석 방법과 유사합니다. RNA 등의 발현 데이터는 fold change를 구해서 IPA에 import하는데, cqst value 라는 값을 넣어야한다면 the other 로 value type을 잡아주시면 됩니다.
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특정한 구역에서만 variant를 분석하고 싶습니다. 조회 1410 Variant Detection 툴에서 General filters단계에 보면 아래와 같은 옵션칸이 있습니다.여기에 BED포맷으로 구역을 한정지어 주면 그 부분만 분석이 진행됩니다.BED 포맷에 대한 정보는 아래의 페이지에 자세히 설명되어 있습니다.http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1BED파일을 만든 뒤, standard import를 통하여 CLC Genomics Workbench로 가져 오시고 BED파일이 잘 생성이 됐다면 아이콘이 만들어지고, 포맷에 오류가 있다면 아이콘이 텍스트파일로 표시됩니다.정상적으로 생성된 BED파일이라면 위의 옵션에서 선택할 수 있으며, 이 파일을 통해 범위를 한정할 수 있습니다.
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