FAQ
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Side panel 에서 선택한 컬럼 리스트를 저장해서 추후 분석시 계속 해당 리스트만 보고 싶습니다. 조회 1773 1. Variant 결과를 table 뷰로 볼 때, 오른쪽의 Side panel에서 보고싶은 컬럼만 선택을 합니다. 2. 우측 하단에 Save View ... 를 클릭 합니다. 3. 컬럼 리스트에 대한 이름을 적고, Save for all table views 클릭 > Save를 눌러 리스트를 저장합니다. 4. Apply saved table view settings 에서 방금 저장한 리스트를 선택 > Use as standard view settings for table view 를 선택 > Apply를 클릭 > 앞으로 분석 결과에서 해당 컬럼 리스트만 볼 수 있습니다. <<< 참고 >>> (앞 단계의 연속으로 파일을 계속 연 상태) 방금 저장한 컬럼만 excel로 export 하실 때 : Export > Excel > Select Input Elements 에서 샘플 선택 > Specify export parameters 에서 Export all columns 를 체크 해제 > Next > Active Editor 클릭 > Next > 저장 위치 선택 후 Finish 하시면 됩니다.
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BED 파일은 어떻게 만드나요? 조회 7973 BED 는 유전체 상에서 특정 target region에 대한 위치정보를 나타낸 파일입니다.BEDTools, SAMTools, BEDOPS 등의 도구를 이용하여 BAM, VCF 파일에서 BED 파일을 만드는 방법도 있지만, raw data가 나오기 전 시퀀싱을 할 때 사용하는 BED 파일을 시퀀싱 업체에서 받아 분석에 적용할 수 있습니다.만약 BED 포맷을 직접 만드실 때는 아래 필수 컬럼을 확인하시어 만드시면 됩니다.chrom - The name of the chromosome (e.g. chr3, chrY, chr2_random) or scaffold (e.g. scaffold10671).chromStart - The starting position of the feature in the chromosome or scaffold. The first base in a chromosome is numbered 0.chromEnd - The ending position of the feature in the chromosome or scaffold. The chromEnd base is not included in the display of the feature. For example, the first 100 bases of a chromosome are defined as chromStart=0, chromEnd=100, and span the bases numbered 0-99.아래는 선택 컬럼입니다.name - Defines the name of the BED line. This label is displayed to the left of the BED line in the Genome Browser window when the track is open to full display mode or directly to the left of the item in pack mode.score - A score between 0 and 1000. If the track line useScore attribute is set to 1 for this annotation data set, the score value will determine the level of gray in which this feature is displayed (higher numbers = darker gray). This table shows the Genome Browser's translation of BED score values into shades of gray:shade score in range ≤ 166167-277278-388389-499500-611612-722723-833834-944≥ 945strand - Defines the strand. Either "." (=no strand) or "+" or "-".thickStart - The starting position at which the feature is drawn thickly (for example, the start codon in gene displays). When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.thickEnd - The ending position at which the feature is drawn thickly (for example the stop codon in gene displays).itemRgb - An RGB value of the form R,G,B (e.g. 255,0,0). If the track line itemRgb attribute is set to "On", this RBG value will determine the display color of the data contained in this BED line. NOTE: It is recommended that a simple color scheme (eight colors or less) be used with this attribute to avoid overwhelming the color resources of the Genome Browser and your Internet browser.blockCount - The number of blocks (exons) in the BED line.blockSizes - A comma-separated list of the block sizes. The number of items in this list should correspond to blockCount.blockStarts - A comma-separated list of block starts. All of the blockStart positions should be calculated relative to chromStart. The number of items in this list should correspond to blockCount.In BED files with block definitions, the first blockStart value must be 0, so that the first block begins at chromStart. Similarly, the final blockStart position plus the final blockSize value must equal chromEnd. Blocks may not overlap.아래는 excel에서 만든 예시입니다.예시1) 예시2)예시를 참고하여 작성, 저장 후 뒤의 확장자를 BED로 바꿔주시면 됩니다.추가적으로, BED 포맷에 대한 자세한 설명은 아래를 참고해주십시오.http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
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Large indel은 어떻게 찾나요? 조회 1555 Large indel은 Toolbox의 "InDels and Structural Variants" 툴을 이용하시면 됩니다.1. Mapping된 track 파일을 넣습니다.2. 파라미터를 설정합니다.Mapping 결과에서 정렬되지 않은 read의 끝부분 (soft clings)의 정보를 토대로 indel과 structural variant를 detection합니다.P-Value threshold : Unaligned end breakpoint 찾을 때의 cut off 설정으로, 높은 값을 설정할수록 더 많은 unalinged breakpoint가 발견될 것이고, 너무 낮은 값을 설정할수록 변이에 인접한 breakpoint가 손실될 수 있음.Maximum number of mismatches : Unaligned end 끝 부분의 mismatches를 얼만큼 허용할 것인지에 대한 cut off임.Minimum quality score : quality score 최소값 설정.Minimum relative consensus coverage : consensus coverage 최소값으로, 현 position의 coverage / 최대 coverage 값으로 계산함.Filter variants : Variant calling할 최소 read값 설정.Ignore broken pairs : broken pair를 무시하고 분석할지 설정.Restrict calling to target regions : Target region에서만 Indel, Structural variant 찾도록 설정. 전체 reference를 detection할 때보다 분석 시간이 감소됨.3. Output을 설정합니다.Create report : breakpoint 와 variant에 대한 보고서가 만들어짐.Create break points : breakpoint에 대한 결과 생성.Create InDel variants : variant에서 InDel로 인정되는 것이 track으로 만들어짐.Create structural variations : structural variant에 대한 결과 생성.만약 workflow에서 결과를 빼고 싶으시다면 InDels and Structural Variants 네모 툴 하단 output에서 우클릭하시고, Use as Workflow Output 을 클릭하시면 됩니다.
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IPA reset을 하려면 어떻게 해야 하나요? 조회 1882 (2019.12 기준) QIAGEN 사의 IPA NUL (Named User License) 라이선스 정책은 1개의 계정 당 최대 3대의 컴퓨터까지 설치할 수 있습니다. IPA 정책 상, 신규 계정은 1년 동안 리셋 지원이 불가능합니다. IPA 사용 1년 이후부터 리셋 지원이 가능하며, 1년에 1번만 지원됩니다. 또한 Renewal 기간과 별개로 리셋 기간이 운영됩니다. (예, 2019년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2020년 1월 1일까지 사용 / 2020년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2021년 1월 1일까지 사용 / 2019년 6월 1일 RESET 신청 -> 2020년 5월 31일까지 RESET 불가능) 처음에는 1~2대의 컴퓨터에서만 적용해서 사용하시고, 나머지는 컴퓨터 문제가 발생(운영체제 재설치 및 포맷 등)하였을 때, 활용하시길 추천드립니다. 그럼에도 불구하고 3대의 컴퓨터에 모두 사용 중이라면, 추가로 적용을 할 수가 없어 RESET 요청을 하게 됩니다. 현재는 USER가 직접 본사에 요청을 해야 RESET 진행이 됩니다. 아래 메일과 같이 작성하여 보내주시면 됩니다. 그리고 받는 메일(CC)은 아래의 계정을 모두 입력하여 주세요. ============================================================================ - 받는 메일 : ts-bioinformatics@qiagen.com, consulting@insilicogen.com - 메일 제목 : Request to Reset Registered Computers on IPA - 메일 내용 : Dear Licensing team. I'd like to reset registered computers. My IPA account is "User account" (eg., jhans@insilicogen.com) I fully understand the security policy and reviewing and accepting policy change. Best Regards, ============================================================ 위 메일 내용에 대한 답변이 오면, 아래 링크로 들어가셔서 암호를 재설정해주셔야 합니다. https://apps.ingenuity.com/isa/account/forgotpassword 그리고 암호 재설정이 진행되고 나면, 바뀐 암호로 적용하는 PC부터 차례로 카운팅이 됩니다. 더 자세한 정보를 보시려면 Registering of 3 computers for IPA for Customers 를 참조하세요.
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CLC Workbench에서 각 분석 tool 버젼은 어떻게 체크하나요? 조회 1469 Toolbox의 built-in tool이나 Plugin tool의 버젼은 tool이나 workflow를 실행하신 후 결과파일을 열어 "History"에서 체크하실 수 있습니다. 아래 스크린 샷을 참고해 주십시오.
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