News
Board list
-
[업그레이드] CLC Genomics Workbench 6.0 조회 1943 CLC bio사에서는 아래 솔루션들의 업그레이드를 발표하였습니다. • CLC Genomics Workbench 6.0 • CLC Genomics Server 5.0 • CLC Main Workbench 6.8주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Genomics Workbench 6.0 & CLC Genomics Server 5.0 • Workflow: there are several important new features for workflows · Parameter 설정 시 lock, unlock 할 수 있는 기능 · Workflow editor의 기능 개선 · Workflow로 이용 가능한 생물정보 분석 툴 추가 - De novo assembly - RNA-Seq - Find Open Reading Frames - Translate to Protein - Convert to RNA - Convert to DNA• Variant detection and resequencing · 하나의 allele당 하나의 entry와 함께 variants가 report - heterozygous variants는 reference allele에 대한 하나의 line이 추가되어 두 개의 line으로 나타남 · 새로운 data format으로 인한 Filter against Variant Database tool이 업데이트 되고 Filter against Known Variants로 이름 변경 · filtering에는 3개의 mode로 구성(더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요) • De novo assembly · 자동적으로 paired insert 사이즈를 측정하는 기능 포함 : Automatic paired distance estimation Guidance only option은 paired reads 뿐 아니라 single reads도 사용 가능 · Mapping을 기반으로 하여 contig sequences를 업데이트 할 때, scaffold annotation이 제거되는 문제점 개선 · Overlapping contigs에 대한 scaffolding accuracy가 향상 • Mapping reads to circular chromosomes is now fully supported · Sequence의 starting point를 가로질러 reads를 mapping하는 것에 대한 visualization이 다른 한쪽의 끝에서 alignment가 계속되는 것을 나타내는 표시(>>)와 함께 reference sequence의 처음과 끝에서 모두 보여줌 · 모든 알고리즘과 exporters는 circular mapping을 지원함 · Download Genome tool을 이용하여 genome 서열들을 다운 받을 때, circular chromosomes는 circular로 표시 • New tool for extracting consensus sequence from a read mapping or BLAST result · 서열에 자체적으로 N을 넣거나 consensus sequence를 나누는 것을 포함하여 low-coverage regions를 다루는 수많은 옵션들이 추가됨 · Conflicts를 다룰 때, ambiguity 여부를 결정하는 능력 또는 quality scores를 계산하는 스키마와 ambiguity option에 noise threshold를 추가 가능 · Consensus 서열에 중요한 정보를 annotation 가능 • Tracks · Scroll wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Alt버튼을 누르면 mapping tracks 안에서 scrolling이 가능 · Wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical zooming이 가능 · Pan tool을 사용할 때, graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical panning이 가능 · VCF export of variant tracks: Export를 하기 전에 variant track과 reference genome sequence track을 모두 선택 필요 • Trim · 멀티 코어를 가진 computer에서 trimming 분석 속도 향상 · Adapter trim을 위한 adapters의 definition이 preferences 에서 Navigation Area안으로 변경 • Target region statistics · 최소한의 coverage value는 low coverage thresholds를 결정하기 위하여 coverage report와 tracks을 통해 사용 가능 · Low coverage threshold 보다 높은 값을 가지는 region에서 얼마나 많은 target region이 특정 퍼센트를 지니고 있는지를 보여주는 additional table과 plot 제공 • Detailed mapping report includes more information · Read alignments에서 insertions과 deletions의 길이에 대한 plot을 확인 · Reads와 reference 사이에서 하나의 서열끼리 비교를 통하여 차이를 보여주는 plot 제공 · Match와 mismatch에 대한 quality score distribution에 대한 정보 · Read position에 대한 mismatches의 distribution • Small RNA annotation · miRBase의 데이터 파일 import 가능(이전에는 다운로드만 가능함) · Annotation summary report에서 ambiguities에 관한 통계를 보여줌 • RNA-Seq: · Fusion gene table 데이터는 gene combinations에서 list broken pairs로 변경 · 추가 분석을 하기 위하여 pairs를 sequence list로 분리 가능 • Plug-in releases: · Structural variation plug-in이 Unaligned ends 기반의 알고리즘으로 업데이트됨 (더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요) CLC Main Workbench 6.8 • Cloning editor 제한 변경 : 4,000,000 base에서 6,000,000 base로 증가 • Translation to Protein의 단축키 변경 : Ctrl + Shift + T에서 Ctrl + Shift + P 변경 • Gateway Cloning의 __EXPRESSION__ Clone(LR)을 통한 sequence생성 이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오. * CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기 * CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기 * CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기
-
[뉴스레터] JCVI extends CLC bio site license through 2017 조회 1985 CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 1월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. JCVI extends CLC bio site license through 2017J. Craig Venter Institute(JCVI)는 2009년 여름에 CLC bio사와 4년 동안 site license agreement를 맺어 CLC bio사의 enterprise platform을 사용해왔고, 현재에는 Human Microbiome Project(HMP)의 한 부분을 포함하여 30 research grants 이상에서 사용하고 있습니다. 그리고 2013년 1월 8일, JCVI가 CLC Main Workbench의 site license를 2017년까지 총 5년을 연장하였습니다. More about the extension in the official press releaseBeta release of Microbial Genome Finishing ModuleCLC bio사는 새로운 Finishing Module을 개발하였습니다. 이는 bacterial genomes, viral genome과 같이 작은 genomes을 완성시키는데 사용됩니다. 이 Module은 CLC Genomics Workbench에서 plug-in으로 이용 가능합니다. Read more and watch the video Science A physical, genetic and functional sequence assembly of the barely genome Nature (2012), doi:10.1038/nature11543 The International Barley Genome Sequencing Consortium. 보리(Barley, Hordeum vulgare L.)는 세상에서 가장 일찍 재배되었으며 가장 중요한 농작물입니다. 최근에 보리의 gene-space가 구조화된 whole-genome context에 기술되었습니다. 보리의 sequences는 CLC Assembly Cell을 사용하여 quality trimming과 de novo assembly를 진행하였습니다. Read the interesting paperMeet one of the authors, Dr. Steuernagel, at our workshop at PAG Tutorials and new features New beta release 이번 튜토리얼에서는 새로운 CLC Microbial Genome Finishing Module의 특징을 설명해줍니다. Explore the features
Showing 2 of total 217 records