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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio 조회 1287 Elsevier사에서는 아래와 같은 내용으로 2월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. Product NewsNew cancer immunology database금년 말부터 새로운 암 면역 관련 데이터베이스가 기존 버전에 추가될 것이며, 이 데이터베이스에는 다양한 암에 관련된 면역 프로세스, 패스웨이, 상호작용에 관한 정보가 포함되어 있습니다.또한 새로운 카테고리를 포함하는데, 질병에서 세포, 세포-표면 발현, 세포 개입에 관한 쿼리도 추가될 것입니다. Video Dr. Danail Bonchev on Parkinson's disease1월15일에 Danail Bonchev 박사는 Virginia Commonwealth 대학교의 Center for the Study of Biological Complexity에서 웨비나를 진행했습니다.웨비나는 파킨슨병에 관한 그의 연구에 대한 내용이었습니다 > Watch it now Webinars 3월 31일 : Mining full text for molecular targetsElsevier의 George Jiang 박사는 새로운 텍스트 마이닝 솔루션에 대한 웨비나를 진행할 예정입니다.연구자들이 유전자와 상호관계에 대해 더 많은 정보를 찾을 수 있도록 도와줄 것이며, 높은 품질과 전체 텍스트 내용을 이용한 장점에 포커스를 맞출 것이고, 가능한 풍부한 결과를 얻을 수 있도록 도울 것입니다. > Register now
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[릴리즈] GeneCodes, Sequencher 5.3 버전 출시 조회 1454 GeneCodes사에서는 아래와 같은 내용으로 Sequencher 5.3 버전을 출시하였습니다. Sequencher 5.3은 RNA-seq을 포함한 Sanger 데이터나 NGS 데이터의 DNA 분석을 위한 다양한 기능을 가지고 있습니다. Cufflinks의 차등발현 파이프라인을 Sequencher의 GUI 방식과 통합했습니다.표와 그래픽으로 연결된 중요한 발현 변이를 빠르게 찾기 위하여 Cufflinks와 Cuffmerge 그리고 Cuffdiff를 사용합니다. > Sequencher의 RNA-Seq 도구에 대해서 자세히 보기 Cufflinks뿐 아니라 Sequencher에서 많은 NGS 도구들은 커맨드라인 없이 사용할 수 있습니다. BWA-MEM 혹은 GSNAP의 raw NGS데이터의 reference alignment를 수행합니다.Velvet 알고리즘을 사용하여 De novo 어셈블리도 가능합니다.Alignment결과를 시각화하여 SNP나 돌연변이를 찾을 수 있습니다. Sequencher 5.3은 Sanger 데이터로 임상품질결과를 위한 SNP나 돌연변이를 확인하기 위한 trace chromatogram 데이터를 쉽게 볼 수 있습니다.Fragment나 contig의 그룹을 reference 시퀀스와 비교하기 위해서 Variation Reports를 생성합니다.클릭만으로 heterozygote를 불러올 수 있는 등 다양한 일을 할 수 있습니다. 다음 단계의 분석을 위해서는 Sequencher connection 을 사용합니다.공용서버에서 네트워크 부하량 제한에 관대한 다중의 BLAST나 Primer Blast 검색을 예약할 수 있으며, MUSCLE 의 다중 시퀀스 alignment로부터 Phylogenetic tree를 보여줄 수도 있습니다.
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[릴리즈] BIOBASE, 2014.4 Product Release! 조회 1365 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 릴리즈를 하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD ProfessionalHGMD Professional 2014.4 출시가 되면서 3,500건 이상의 새로운 돌연변이 데이터가 추가되었을 뿐 아니라 기존의 빨간색이었던 DM variant 돌연변이 색표시를 노란색으로 변경하였습니다. > View the complete HGMD® statistics PGMD분기마다 정기적으로 하는 업데이트와 hg19 genomic coordinate에서 hg38 genomic coordinate로의 변환 뿐 아니라 FDA 약물 레이블에서 큐레이션된 연구를 도입했습니다. > View the complete PGMD™ statistics Genome Trax중요한 몇 가지 트랙들을 업데이트했고 hg38 coordinate를 도입했습니다.12월 말까지는 가능할 수 있도록 진행중 입니다. > View the complete Genome Trax statistics ANNOVARANNOVAR의 새로운 버전은 11월에 발표했습니다. 이번 업데이트에서는 annotation 필터링에 사용하는 메모리를 상당히 감소시켰고, 토마토 같은 다른 방식의 크로모좀 이름의 호환성을 개선했고, reverse strand에서의 splice variant의 엑손 넘버링에 대한 문제를 해결했습니다. 다음과 같이 몇 개의 데이터베이스가 업데이트되었습니다. -2014년 11월 5일hg18/hg19의 refGene, knownGene과 ensGene파일이 다운로드 가능합니다. -2014년 11월 1일AFR, AMR, EAS, EUR, SAS를 포함한 인종들의 ChrX, chrY 마커가 포함되어 있는 1000 Genomes Project 2014Oct 버전 다운로드 가능합니다. 또한 AFR, AMR, EAS, FIN, NFE, OTH, SAS를 포함한 인종들의 ExAC65000 exomes allele frequency 데이터도 다운로드 가능합니다. -2014년 10월 2일ClinVar 20140929(hg19) 다운로드 가능합니다. TRANSFAC/PROTEOME정기적인 분기별 업데이트 외에도 TRANSFAC® 프로모터에서 hg19 genomic coordinate에서 hg38 coordinate로의 전환과 binding site를 포함한 특징들을 추가했습니다. > View the complete PROTEOME™ statistics > View the complete TRANSFAC® statistics BRENDABREANDA의 최신 버전은 1월에 사용 가능합니다.
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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio 조회 1258 Elsevier사에서는 아래와 같은 내용으로 12월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. Product NewsMajor update release in December!기존의 자료에서 40% 업데이트되었습니다.기존에 보유한 논문들과 생물학 저널인 Elsevier와 다른 출판사들에 새로 발표된 77개의 full-text 논문을 추렸습니다. Webinars Get a network view of Parkinson’s disease1월 15일 Virginia Commonwealth 대학교에서 ‘Study of Biological Complexity’라는 주제로 Danail Bonchev 박사가 강연을 합니다.이 웹 세미나에서 잠정적으로 파킨슨 병을 일으키는 17개의 새로운 유전자를 규명하는 방법에 대해 보여줄 것입니다. > Register Now Customer Story Finding candidate targets for cancer therapyMD Anderson Cancer Center에서 Phillip Lorenzi박사의 웹 세미나를 들을 수 있는 것은 행운입니다.Cancer autophagy pathway를 이용하여 암 치료제 타겟 후보 유전자를 찾은 성과에 대해 말할 것입니다. > View the recording> See the slide deck> Read the full interview
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[뉴스레터] QIAGEN, Researchers Save Time with Ingenuity Variant Analysis 조회 1513 Rapidly identify and prioritize variants Preview Variant Analysis Now 지루한 문헌을 검색하며 후보 변이들의 우선순위를 지정하려고 할 때마다 시간을 절약할 수 있는 방법이 있지 않을까 하고 생각해 보셨을 것입니다.Variant Analysis를 사용하시면 연구자분들은 상당한 시간을 줄이실 수 있습니다. > Learn more about what customers think of Variant Analysis
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