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[뉴스레터] QIAGEN, Best practices for RNA-seq analysis - Digital NGS with high accuracy 조회 1896 Latest News 높은 정확도를 가지는 Digital NGS Biomedical Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Server Solution에서 QIAseq Targeted DNA Panel 분석을 위한 플러그인이 출시되었습니다. 이 플러그인은 새로운 QIAseq Targeted DNA Panel 뿐 아니라 패널 맞춤 디자인 서비스를 통해 만들어진 맞춤형 DNA 패널에서의 분석과 시각화가 가능합니다. 새로운 플러그인을 사용하면 low frequency variants detection의 정확도를 더욱 높일 수 있습니다.>이 플러그인에 대해 자세히 알아보세요. 임상 유전체 시퀀싱임상 NGS 데이터 분석에서의 어려움이 무엇인가요? UCLA 분자 진단 실험실의 부소장인 Josh Deignan는 임상 유전체 시퀀싱에 관한 webinar를 발표했습니다. 그는 임상 유전체 분석이 어떻게 연구가 되어왔는지, 현재 분자 진단 분야가 어디에 있는지 그리고 앞으로 나아갈 방향은 어디인지에 대해 설명해줍니다.>Josh Deignan의 webinar를 시청하세요. 데이터 분석 경험 강화최근 IPA, IVA, QCI-I 및 workbench에 이르기까지 기존의 다양한 QIAGEN 제품 라인에 새로운 기능들이 추가되고 기능들이 개선되었습니다. 그 중 연구자분들을 위해 주요 뉴스를 정리하였으며 각 제품마다 최근 업데이트 소식을 살펴볼 수 있습니다.>이번 release의 주요 뉴스에 대해 좀 더 자세히 살펴보세요. RNA-seq 분석을 위한 가장 좋은 파이프라인 (Best practices) 그 동안 RNA-seq 도구는 빠르게 그리고 지속적으로 개선되어 왔습니다. 그리고 RNA-seq의 빠른 발전의 결과로 연구자들은 그들의 분석 파이프라인이 최신 기준에 맞는지 지속적으로 확인해야 합니다. 즉, 늘어나는 분석 솔루션들 중 가장 좋은 것들을 통합하고 테스트해야 합니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench 사용자들을 위해서 QIAGEN의 RNA-seq 솔루션의 최근 개선 사항이나 방법 등에 관련한 내용을 자세히 알려 드립니다.>새로운 기술에 대해 알아보세요. Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 문헌 속의 Ingenuity Variant AnalysisIngenuity Variant Analysis는 희귀 질병 돌연변이 발견부터 약리유전체학까지 연구의 다양한 부분에서 효율적으로 사용되고 있습니다. Ingenuity Variant Analysis가 어떻게 사용되었는지 가장 최근의 논문을 보며 확인할 수 있습니다.>최근 논문들을 살펴보세요. Webinars Formatting and uploading your RNA-seq data into IPA – 10월 12일Analysis of hereditary diseases in Biomedical Genomics Workbench... – 10월 17일Introduction to CLC Genomics Workbench – 10월 18일Interpreting the results of your Core Analysis in IPA – 10월 19일Use of QCI Interpret to elucidate precision in breast cancer targeted therapy – 10월 20일Analyze your RNA-seq data in Biomedical Genomics Workbench – 10월 26일Interpreting the results of your Comparison Analyses in IPA – 10월 26일Analysis and interpretation of cell free DNA – 10월 27일Integrate the analysis & interpretation of your RNA-seq data... – 11월 2일Fast and easy identification of disease causing variants... – 11월 2일Use of QIAGEN Clinical Insight Interpret to elucidate precision... – 11월 3일Analysis of cancer panel data in Biomedical Genomics Workbench... – 11월 7일Interpreting the biological meaning of your RNA-seq data in IPA – 11월 9일Advanced RNA-seq analysis in CLC Genomics Workbench – 11월 14일

[뉴스레터] NEBION, Genevestigator의 인기있는 3개 tool이 무료! 조회 1419 Free tools for October 2016 2016년 10월 31일까지, GENEVESTIGATOR Professional의 3가지 인기 tool을 무료로 이용할 수 있습니다! 이 3가지 tool을 이용하여 관심있는 유전자와 함께 조절되는 유전자들을 찾습니다.워크플로우는 아래와 같습니다. Perturbations tool 관심있는 유전자가 조절되는 특정 조건 검색 Co-Expression tool 특정 조건에서 유사한 발현 패턴을 갖는 유전자 탐색Hierarchical Clustering tool 조직, 세포타입에 따라 동시에 발현되는 유전자들 그룹핑새로운 비디오 튜토리얼을 보시면서 관심 유전자와 같은 "Perturbations"에 반응하는 유전자들, 또는 같은 조직에서 발현되는 유전자들을 찾아보세요. Video Tutorial 보러가기

[릴리즈] BIOBAM, Blast2GO: Major Release Version 4.0 조회 1474 Blast2GO가 4.0버전으로 업그레이드 되면서 유용한 몇 가지의 기능들이 추가되어 여러분께 소개해드리고자 합니다. Blast2GO 4.0Pairwise와 시간대별로 차등발현분석이 가능Eukaryote와 prokaryote에서 gene prediction이 가능(Glimmer와 Augustus 알고리즘 이용)Gene Set Enrichment Analysis 분석 기능 추가Blast와 Blast을 통해 시퀀스와 ID를 서로 변환해주는 기능Blast2GO의 새로운 앱이 App Manager에 추가 (COG.EggNOG)Load/Export 기능 추가 : GFF2, ID-Value List, Generic Table새로운 그래프 레이아웃 추가메뉴바 하단의 메인 아이콘추가 QBlast와 local blast 기능 개선ORF prediction 결과 이용한 InterProScan 사용에 관련된 버그 수정눈 여겨 보아야 할 추가기능은 차등발현분석, GSEA분석, gene prediction 기능이 추가되었다는 점 입니다. - 차등발현분석차등발현 분석은 두 가지의 옵션이 제공됩니다. Pairwise comparison은 EdgeR이라는 bioconductor를 기반으로 하여 만들어진 통계분석기능이며 그룹간의 시간대별 발현 분석을 하는 time course analysis는 maSigPro라는 bioconductor를 이용한 분석 방법입니다. Pairwise comparison은 그룹간의 비교하여 upregulation/downregulation이 된 유전자가 몇 개인지 time coursed analysis는 발현 정도를 보고 서열끼리 클러스터링을 해줍니다.- Enrichment AnalysisGO functional annotation을 가지고 Gene Set Enrichment Analysis를 해주는 기능이 추가되었습니다. 이 분석툴은 유전자와 통계 값이 있는 데이터로 진행되며, MIT/Broad Institute에서 개발한 툴입니다. - Gene Prediction박테리아, 고세균, 바이러스는 Glimmer를 통해 진핵생물들은 Augustus를 통해 유전자 부위를 예측해줍니다. RNA-seq 맵핑이 완료된 bam파일도 지원하며, prediction 후에는 GFF파일이 생성되어 다른 분석을 하실 때 annotation으로 활용할 수 있습니다.- 그 외 추가기능 · App 추가App manager의 app이 하나 추가되었습니다. Orthology group을 찾아주는 app인데 EggNOG 데이터베이스를 이용하여 orthologous group annotation을 수행합니다. · RfamRNA family 데이터베이스인 Rfam을 이용하여 non-coding RNA gene, cis-regulatory elements, self-splicing RNA를 확인할 수 있습니다.

[뉴스레터] QIAGEN, Highlighted RNA-seq advances - Get into the details of IPA 조회 1811 Latest NewsRNA-seq의 눈부신 발전 QIAGEN의 RNA-seq 솔루션은 상당히 발전하고 있습니다. 최근 GEN news 에 게재된 특집 기사 “If ‘Overall’ Underwhelms, Try RNA-Seq” 에서는 이 솔루션을 사용할 수 밖에 없는 몇 가지 케이스들과 각 과학분야의 선구자들의 의견을 다루고 있습니다. 연구자들이 oncology와 embryo development 부터 co-expression과 microbiome까지 연구하기 위하여 어떻게 RNA-seq을 이용하는지 자세히 설명하고 있습니다. > 연구자들이 어떻게 RNA-seq을 이용하는지 알아보세요 IPA 자세히 알아보기 어떻게 데이터 포맷을 만들고 IPA에 업로드 하는지, 코어분석 결과를 어떻게 해석하는지 또는 IsoProfiler로 주요 isoforms를 어떻게 밝히는지에 대해 배워보세요. QIAGEN은 매달 IPA webinar를 지원하며 각각 다른 주제를 다룹니다. 매달 첫번째 webinar는 IPA 소개에 대한 것이며, 곧 다가오는 세션은 데이터를 업로드하고 결과를 해석하는데 포커스 되어있습니다. > Webinar를 들어보세요 InsightsQIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면..유방암 데이터 RNA-seq 분석 RNA-seq 데이터를 Biomedical Genomics Workbench와 IPA plugin을 이용해서 어떻게 분석하는지 배워보세요. 이 튜토리얼에서는 17개 유선종양 샘플의 mRNA profiles이 담긴 human RNA-seq 데이터 샘플을 이용하였습니다.> 튜토리얼 보기 Webinars Introduction to IPA – 9월 7일Introduction to CLC Genomics Workbench – 9월 12일 Formatting and uploading your RNA-seq data into IPA – 9월 14일Introduction to HGMD – 9월 19일 Interpreting the results of your Core Analysis in IPA – 9월 21일 Clinical genomic sequencing – 9월 22일 Getting started with Biomedical Genomics Workbench – 9월 26일Solving hereditary disease trios – 9월 27일 Identify key isoforms in your RNA-seq dataset with IsoProfiler – 9월 28일 Analysis and interpretation of cell free DNA – 9월 29일 Events AGBT Precision Health Scottsdale, AZ, USA – 9월 22-24일 European Society of Pathology Cologne, Germany – 9월 25-29일 e:Med Kiel, Germany – 10월 4-6일 Mayo Individualized Medicine Rochester, MN, USA – 10월 5-6일 ESMO Copenhagen, Denmark – 10월 7-11일 ASHG Vancouver, Canada – 10월 18-22일 TranSMART San Diego, CA, USA – 10월 25-27일

[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 8월 뉴스레터 소식 조회 1407 Elsevier R&D Solutions2016년 8월 Pathway Studio 뉴스레터 소식- Thought Leader MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사가 Apoptosis Pathway Census를 발표합니다. - Hot Topic Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다. - The Hive Hive에 대해서 들어보신 적이 있으신가요? 저희의 공동 연구자를 소개합니다. Hot Topic 1Apoptosis Pathway Census : Autophagy Pathway 모델을 Apoptosis Pathway에 적용 올해 6월에 열린 NIH Bioinformatics Symposium에서 MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사는 Pathway Studio를 이용하여 거의 완벽한 카탈로그를 게재하는 방법에 대해 논의하였습니다. Phil Lorenzi 박사는 autophagy와 연관된 entities와 relationships을 완벽하게 목록화하였고, Autophagy pathway를 밝히기 위해 발전된 census 모델 방법론을 이용하면서 이 모델이 apoptosis pathway 를 설명하는데 얼마나 적절한지 설명했습니다. 그의 발견은 새로운 apoptosis 결과가 일반적인 결론들 즉, (1) siRNA screening은 매우 큰 false negative rate을 가지고 있음 (그만큼 진짜 ‘hits’을 못 찾는다는 것을 의미) (2) 가장 포괄적인 pathway 범주를 제공하는 Pathway Studio를 활용한 텍스트-마이닝 기반의 pathway 분석을 지지합니다. White paper를 다운로드 하셔서 더 많은 내용을 알아보세요 >> Withe paper 다운로드 Hot Topic 2Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다.Illumina Correlation Engine (CE) 플랫폼 사용자들은 연구 결과를 바로 Pathway Viewer나 Pathway Studio로 보내 해당 유전자에 대해 심도 있는 biological context를 얻을 수 있습니다. Pathway Viewer를 통해 사용자들이 찾은 유전자들이 생물학적으로 연결되어있는지 볼 수 있고, 유전자에서 가장 잘 알려진 5개의 pathway 역시 보실 수 있습니다. Pathway Studio 사용자는 이 탭을 클릭하면, application이 열릴 때 바로 gene list를 뽑을 수 있습니다. 연구자들은 Pathway Studio를 이용하여 full network building과 functional annotation 툴을 이용할 수 있으며, 관심 유전자에 대해 더 심도 있는 생물학적 정보를 얻을 수 있습니다.Pathway Studio free trial은 Pathway Viewer나 Pathway Studio 탭에서 신청하실 수 있습니다.여기를 클릭하셔서 Pathway Studio free trial을 신청해보세요! >> Trial 신청 파트너 페이지를 방문하셔서 더 많은 정보를 알아보세요 >> 파트너 페이지 Hot Topic 3Hive에 대해서 들어보셨나요?Hive는 초기단계의 약물을 개발하는 엄선된 생물공학 그룹과 약학 기업들과의 Elsevier R&D Solutions의 Collaboration입니다.Elsevier는 1년 동안 Pathway Studio를 포함한 R&D Solutions을 사용하는 Hive 참여자들을 관찰할 것 입니다. Hive는 주목받는 혁신 사업을 돕고 그들의 혁신을 촉진하기 위해 플랫폼을 제공하는 것 뿐만 아니라, 다른 것으로부터 더 배우고 산업에서 협동 관계의 파워를 보여주기 위해 넓은 커뮤니티를 위한 촉매제 역할을 할 것 입니다. Elsevier는 이런 일을 함으로써 그들의 스토리를 만들고 알릴 것입니다, 참여 회사에 대해 잘 나와있는 사이트를 통해 Elsevier R&D Solutions로써의 역할을 할 것입니다. 아래 링크를 클릭하셔서 Hive 스토리를 들어보세요. >> 스토리 보기