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[학술자료] CLC Genomics Workbench 활용 사례 조회 165 [학술자료] CLC Genomics Workbench 활용 사례 엽록체 유전체 분석을 통한 두 약용 식물의 식별 참고 논문 정보 제목: Development of a Chloroplast-based InDel Marker that Discriminates between Paeonia suffruticosa and P. lactiflora 저자: Mi Sun Lee, Yi Lee (교신 저자) 출판지, 연도: Korean Journal of Medicinal Crop Science, 2022 DOI: http://dx.doi.org/10.7783/KJMCS.2022.30.6.430 참고 논문 연구 개요 현대 생물학 연구에서 정확한 종 식별은 약용 식품의 품질 관리 및 보존에 필수적입니다. 충북대학교에서 진행된 연구에서 CLC Genomics Workbench를 활용하여 서로 매우 유사한 두 약용 식물, 모란과 작약을 구별할 수 있는 분자 마커를 개발하였습니다. 연구 방법 및 결과 연구팀은 CLC Genomics Workbench를 사용하여 두 식물의 엽록체 전장유전체를 비교 분석하였습니다. 이를 통해 in silico 상에서 P. suffruticosa와 P. lactiflora 사이의 여러 다형성 지역을 식별하고, 특히 InDel 마커인 PsPl-InDel-12를 개발하여 성공적으로 두 종을 구별할 수 있었습니다. 이 마커는 한국 전역에서 수집된 다양한 샘플에 적용되었으며, 각 종에서의 특이적 증폭 산물을 통해 정확한 종 구분이 가능하였습니다. [그림 1] InDel locus sequence of the PsPl-InDel-12. Comparison of the chloroplast genomic information of P. suffruticosa (MH793271) and P. lactiflora (MK860971) with CLC Genomics Workbench. 연구의 응용 이 연구 결과는 약용 식물의 정확한 식별 뿐만 아니라, 향후 유사한 형태의 식물을 구별하는 데 CLC Genomics Workbench가 얼마나 효과적인지를 보여주는 예입니다. 연구자들은 이 도구를 사용하여 생물 다양성 연구, 자원 관리, 그리고 약용 식물의 품질 보증에 필수적인 정확한 데이터를 확보할 수 있습니다.
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[릴리즈] OmicsBox의 Cloud Units 관련 변동사항 안내 조회 100 OmicsBox에서 사용할 수 있는 많은 툴들은 클라우드를 통해 실행되며, CPU, 데이터 저장, 전송과 같은 클라우드 리소스를 사용하면 일정한 비용이 발생합니다.이러한 비용은 Cloud unit으로 변환되어 구매 시 제공받은 Cloud unit에서 차감될 수 있습니다.최신 버전의 OmicsBox에서 클라우드 사용은 Alignment와 Assembly와 관련된 기능에 요금이 부과됩니다.아래 각 모듈에서의 기능을 참고해 주세요.Functional Annotation ModuleAlignments : Blast, Custom Database Blast(KEGG를 통해서도 사용됨), Diamond, InterProScanGenome Analysis ModuleAssembly : Abyss, Spades, FlyeAlignments : BWA, BowtieTranscriptomics ModuleAssembly : TrinityAlignments : Star, BWAMetagenomics ModuleAssembly : MegaHit, Meta-SpadesOmicsBox를 사용한 분석이 완료되었을 때, 모든 실행이 끝날 때마다 사용자의 클라우드 리소소와 해당 분석이 무료인지 유료인지를 알려주는 대화창이 나타나며, 해당 정보를 확인할 수 있습니다.
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[릴리즈] OmicsBox v3.2 새로운 업데이트 조회 195 OmicsBox 3.2 RELEASE OmicsBox 3.2의 새로운 기능 및 개선 사항 Single Cell Transcriptomics 새로운 기능 SingleR을 사용한 세포 유형 식별 Monocle3를 통한 Autocorrelation 분석 업데이트 Interactive Single-Cell Visualization 과 Annotation Tool Seurat v.5 Monocle을 통한 향상된 Trajectory 분석 Long Read Transcriptomics 새로운 기능 IsoQuant를 사용한 Isoform 정의 및 정량화 IsoN pipeline을 사용한 Reference-Free Long-Read 전사체 업데이트 정량화를 포함한 FLAIR v.2 SQANTI3 v.5를 사용한 Long-Read Transcriptomes Transcriptomics 업데이트 Busco DB 업데이트(EdgeR v.4) HTseq 카운트로 향상된 유전자 수준에서의 정량화(현재는 cloud 기반) Genetic Variation 새로운 기능 VCF 파일 합치기 및 추출 ADMIXTURE를 사용한 Population Structure 분석 Beagle을 사용한 Imputation과 Phasing dDocent pipeline을 통한 GBS data 필터링 Genome Analysis 업데이트 Augustus를 이용한 증거 기반 진핵생물 유전자 예측 Functional Analysis 새로운 기능 Annotation을 통해 Pathway 찾기 General 향상된 Trimmomatic Wizard(현재 클라우드 기반) 향상된 Application 메시지 이제 macOS ARM 아키텍처에서 OmicsBox를 사용할 수 있습니다.
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[릴리즈] CLC LightSpeed Module v.24 새로운 업데이트 조회 500 CLC LightSpeed Module 24.0 CLC LightSpeed Module 24.0 Improvements “QIAseq template workflow“는 ”QIAseq Panel Analysis Assistant”에서 사용할 수 있습니다. QIAseq Pro template workflow는 기본적으로 GenomeReferenceConsortium_masking_hg38_no_alt_analysis_set masking track을 사용합니다. 다양한 template workflow 안에서 output name과 output folder 구조가 정렬되었습니다. 800bp보다 긴 reads를 input으로 사용할 때, LightSpeed Fastq Germline Variants, LightSpeed Fastq Somatic Variants 그리고 LightSpeed Fastq Somatic Variant Tumor Normal에서 분석하지 못합니다. Bug fixes LightSpeed Fastq to Somatic Variants 및 LightSpeed Fastq to Somatic Variants Tumor Normal에서 매우 드물게 발생할 수 있는 많은 overlapping 된 변이가 있는 영역에서 변이가 잘 보고되지 않는 문제를 해결하였습니다. LightSpeed Fastq Germline Variants, LightSpeed Fastq Somatic Variants 및 LightSpeed Fastq to Somatic Variants Tumor Normal에서 야기되는 broken pair에 각각의 reads 들이 최상의 alignment score를 얻지 못하는 포지션에 align되는 현상을 수정하였습니다.
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[릴리즈] CLC Single Cell Analysis Module v.24 새로운 업데이트 조회 463 CLC Single Cell Analysis Module 24.0 CLC Single Cell Analysis Module 24.0 New features and improvements Spatial transcriptomics Spatial Transcriptomics data를 시각화하고 Spatial Transcriptomics Plots를 생성할 수 있습니다. Import Space Ranger는 Spatial Transcriptomics Plots을 생성합니다. 10x Visium Spatial Gene Expression으로 생성되고 Space Ranger를 사용하여 Spatial transcriptomics 데이터를 지원됩니다. Importer ‘Import Expression Matrix in Parse Bio MTX format’은 MTX 및 Parse Biosciences에서 생성된 관련 파일을 가져옵니다. Single cell data importers는 import | Single Cell Data 하위에서 사용할 수 있습니다. Velocity Velocity Analysis가 선택적으로 수행될 수 있도록 새로운 branching element "Enable Velocity Analysis"가 도입되었습니다. Template Workflows들에서 Velocity Analysis를 선택적으로 수행할 수 있으며, 기본적으로는 수행되지 않습니다. Velocity와 관련된 결과는 Velocity 폴더에 저장됩니다. 영향을 받는 Template Workflows들은 아래와 같습니다. : "Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)", "Expression Analysis from Matrix", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Clonotypes and Matrix" "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Matrix" Template Workflows 에서는 Velocity Analysis를 수행할 수 있습니다. "Single Cell Velocity Analysis"는 spliced와 unspliced counts를 포함하지 않는 expression matrix를 사용할 때는 분석이 수행되지 않습니다. Template Workflows Ensembl v106 genes와 mRNA Reference 데이터를 사용하도록 Template Workflows들이 업데이트되었으며, "Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)"에 적용 됩니다. RNA reads가 150bp로 trimming 되지 않습니다. 대부분의 RNA reads가 이보다 짧기 때문에 결과에 영향을 미치지 않을 것으로 예상되며 "Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)" Template Workflows에 적용 됩니다. 최소 peak count를 사용하여 barcodes 필터링 옵션을 구성할 수 있도록 "Chromatin Accessibility Analysis from Reads" , "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads" Template Workflows를 실행할 때 설정할 수 있습니다. "Chromatin Accessibility Analysis from Reads"Template Workflows에서 "Automatically select number of dimensions" 옵션이 “false”로 설정되었습니다. Other improvements Single Cell QC는 Input행렬에 여러 샘플이 포함되어있을 때 각각의 보고서를 출력합니다. 이전에는 각 샘플에 대해 한 보고서를 생성했습니다. Single cell QC에서 생성된 보고서의 Summary Table 캡션이 업데이트되었습니다. Single Cell QC의 "Mitochondria filter"는 이제 "Features indicative of low quality filter"로 일반화되었으며, "Mitochondria name"은 "Chromosomes"로 대체되었습니다. Dimensionality Reduction Plots 및 Phase Portrait Plots의 Tooltip은 Side Panel에서 비활성화할 수 있습니다. 이외 여러 가지 개선 사항이 있습니다.
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