FAQ
게시판 리스트
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PetaSuite에서 압축 결과물로 입력 파일을 하나로 병합할 수 있나요? 조회 2,064 PetaSuite를 이용하여 압축 결과를 하나의 파일로 병합할 경우, fastq.gz 파일을 하나로 붙인 것과 동일한 결과를 가집니다.
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PetaSuite는 원본 FASTQ/BAM 파일과 비교하여 압축 파일의 유효성을 검사하나요? 조회 2,161 처음 백만 개 read에 대한 빠른 유효성 검사가 기본적으로 활성화되어 있습니다. 해당 옵션을 변경하여 전체 read에 대한 유효성 검사를 진행할 수도 있습니다. 또한 MD5 checksum을 직접 확인하도록 선택할 수도 있습니다. 기본의 파일들에 대한 MD5 checksum을 확인하신 후, 압축 시 도출되는 값과 비교하실 수 있습니다.
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PetaSuite는 종과 관계없이 압축되나요? 조회 2,115 PetaSuite는 자체 DB인 Corpus가 없는 경우에도 지원하는 데이터에 대해 모든 종을 압축할 수 있습니다. 이는 de novo align된 데이터도 포함되며, 압축 최적화를 위해 corpus 중 가장 근접하게 일치하는 것을 자동 감지할 수도 있습니다.
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박테리아 de novo WGS 데이터를 이용해서 gene prediction을 하고 싶습니다. CLC Genomics Workbench에서 가능한가요? 조회 2,267 CLC Genomics Workbench Premium에서 이용 가능하며, CLC Microbial Genomics Module | Functional Analysis | Find Prokaryotic Genes tool을 이용하여 gene prediction 진행해주시면 됩니다.
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BLAST at NCBI tool을 이용해서 BLAST 하는데, 100%라고는 뜨는데 결과가 안나옵니다. 조회 2,218 CLC Genomics Workbench에서 1,000,000bp 보다 sequence가 길면 BLAST at NCBI tool을 이용하실 수 없습니다.
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