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IPA를 구동하기 위한 컴퓨터 사양은? 조회 1496 System RequirementsWindows Operating Systems:Windows 10Windows 8Windows 7Windows XP SP2 or later*Windows Internet Browsers:Internet Explorer 6 or laterFirefox 5 or laterChrome 10 or laterSafari 5.05 or laterMac Operating Systems:MacOS SierraOS 10.11 El CapitanOS 10.10 YosemiteOS 10.9 MavericksMac Internet Browsers:Firefox 5 or laterSafari 5.0.5 or laterChrome 10 or laterJava Runtime Enviroment (JRE). Not needed if using the installed version of the IPA client **:JRE 1.7.0_xxJRE 1.8.0_xxMinimum Hardware Requirements:PC – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***PC – 2GHz, 4GB RAM (Recommended)Mac – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***Mac – 2GHz, 4 GB RAM (Recommended)Minimum Screen Resolution of 1024×768Requirements for Advanced Analytics (Causal Network Analysis and BioProfiler):CoreTM i5 processor or equivalent running at 2 GHz or higher with 64 bit OS and JavaMinimum least 3 GB RAM free for JavaMinimum Screen resolution of 1280×800We recommend that you install the IPA client using the installer located here: https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/selectWith the installer, you no longer need to install Java separately or login to IPA with a web browser. There is no offline mode for IPA, you need an internet connection to use it.* Note: Due to Microsoft discontinuing support for the Windows XP operating system in April of 2014, the Ingenuity Apps Team at QIAGEN transitioned to legacy support for Ingenuity Pathway Analysis (IPA) on XP starting with the Spring release in March 2014. IPA will continue to function on the XP operating system and we anticipate no issues. However, we recommend that you upgrade to a newer operating system as soon as possible. With this reduced support for XP the IPA team will continue to investigate any reported defects and attempt to offer work-arounds for any identified issues if they arise due to XP.**JRE is the acronym for the Java Runtime Environment and is the program required to run Java applications and applets on your computer. Java is not needed if using the installed version of the IPA client.*** Lightweight usage of IPA includes search, build/overlay operations and small dataset upload and analysis creation. For larger analyses and comparison analyses, IPA requires more memory (RAM).

IPA 설치 및 실행 방법은? 조회 1398 아래 링크를 통해 컴퓨터 사양에 맞게 실행파일을 다운로드 받습니다. https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select IPA 설치를 끝낸 후에는 바탕화면에 IPA 아이콘이 생성됩니다. 등록된 이메일계정과 비밀번호를 이용하여 로그인할 수 있습니다.

Input 데이터 개수에 따라 OTU report 결과가 다릅니다. 조회 1444 Input 파일을 하나만 넣었을 때와 여러 개를 넣었을 때 OTU report에 나오는 read 개수나 OTU개수가 다를 수 있습니다. OTU clustering workflow에 포함된 Fixed length trimming 기능 때문인데, input 데이터에 따라 자동으로 설정해주는 length가 다르기 때문입니다. 만약 몇 개의 샘플을 가지고 분석하던 상관없이 동일한 결과를 원하신다면 workflow를 실행 하실 때 Fixed length trimming 과정에서 옵션값을 auto로 지정하지 마시고 매뉴얼로 숫자를 입력해주시면 한 샘플을 넣어도 여러 샘플을 넣어도 같은 결과를 얻게 될 것입니다.

원하는 reference genome 데이터가 없습니다. 조회 1753 1. 먼저 NCBI로 접속하셔서 Genome을 선택하신 다음 reference 서열을 원하는 종을 검색하여 주십시오.상단의 박스에 Download sequence에서 genome을 download genome annotation 에서는 GFF를 선택하여 다운로드 해주시기 바랍니다.2. 둘 다 압축을 풀지 않은 상태에서(압축을 풀어도 무관) Import아이콘을 클릭하여 Standard import 혹은 Fasta Read Files...를 선택하여 서열데이터를 import해줍니다. 경고메시지가 나온다면 No를 눌러주세요.3. Annotate with GFF file 툴을 이용하여 import한 서열데이터를 넣고 gff파일을 선택하여(압축여부 무관) 기존의 서열이 annotation을 입혀줍니다.3-1. Annotation with GFF file이 없다면 플러그인을 설치해야 합니다. OS가 윈도우라면 프로그램을 종료하고 CLC Genomics Workbench 아이콘을 선택한 다음 우클릭 하여 '관리자 권한으로 실행'으로 실행시켜 주시기 바랍니다.3-2. 우측 상단의 plugins 아이콘을 선택하여 뜨는 창에서 Download plugins를 눌러주세요.3-3 Annotate with GFF file이라는 플러그인을 찾아 'Download and Install' 버튼을 이용하여 설치해주시고 프로그램을 재실행해주시면 됩니다.

C드라이브 용량 부족으로 다른 드라이브에 저장하고 싶습니다. 조회 1297 CLC Workbench는 기본적으로 C:\의 CLC_Data라는 폴더가 분석 결과파일을 저장하는 폴더의 default값으로 지정되어 있습니다.이를 변경하기 위해서는 먼저 Navigation Area의 두번째 아이콘인 'Add file location'기능을 이용하여 저장하고자 하는 폴더를 추가합니다. 이 때 추가하는 폴더는 다른 드라이브에 생성되어 있는 폴더여야만 다른 드라이브로 저장을 할 수 있습니다.그 다음 메뉴바의 Edit-Preferences로 들어가서 수정을 하시면 됩니다.Preference에 들어가시면 창이 뜨고, 왼쪽 탭에서 Advanced를 선택해주시면 아래와 같은 화면을 보실 수 있습니다.여기서 Default Data Location이라고 되어 있는 부분에 'Add file location'기능을 이용하여 추가하였던 폴더를 선택하시고 OK버튼을 눌러주시면 저장하는 default 폴더가 변경이 될 것입니다.

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