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Adapter list는 어떻게 가져오나요? 조회 1940 1. Trim adapter sequence는 sequencing 시 어떤 라이브러리를 이용했는지 아신 후 (모르시면 시퀀싱 업체에 물어보셔야 합니다), 카탈로그에서 확인하실 수 있습니다.2. sequence를 아셨다면, adapter list를 만듭니다.방법 1 (추천). BxWB에서 adapter list를 만들기. New > Trim Adapter List > Add Row > Name, Sequence 입력, 옵션 선택 후 Finish 클릭. (자세한 설명은 맨 아래에 설명)방법 2. Adapter list를 Excel이나 CSV 파일로 만드신 후, BxWB로 가져오기.Trim adapter list를 csv 파일로 만드실 때는, 반드시 아래 컬럼을 포함해야 하고, 콤마로 각 컬럼을 구분합니다.Name, Sequence, Reads, When an adapter is found, For reads without adapters, Alignment score(아래는 예시)BxWB 에서 Standard import 툴에서 파일 선택 후, 파일 유형을 Trim adapter list 선택하여 가져옵니다.3. Trimming 하기.Adapter list를 만드신 후, Toolbox > Tools> Preparing Raw Data > Trim Reads 의 Adapter trimming 단계에서 만드신 adapter list를 넣으면 됩니다.<참고> 만약, Adapter sequence를 모르시더라도 trimming 시 (Trim Reads 툴 실행, 아래 화면 참고) Automatic read-through adapter trimming을 통해 자동적으로 low quality sequence를 인식합니다.이 후, 결과 Trim reads report를 기반으로 adapter list를 만들고 재 trimming을 할 수 있습니다. (아래 방법 설명)1. Trim Reads 실행 후 결과 중 Trim report를 여시고, 5 Automatic adapter read-through trimming 챕터로 이동합니다. * Detected read-through sequence가 < 10bp인 경우, read-through adapter는 큰 문제가 아니며, "Automatic read-through adapter trimming" 을 이용하시면 됩니다. (Adapter list를 만들어서 trimming 을 다시 실행할 필요가 없습니다.) * Detected read-through sequence가 > 10bp인 경우, 이 sequence를 이용하여 adapter list를 만들고 다시 trimming 하는 것을 추천합니다. (Trim Reads tool을 다시 실행)2. Trim reads report 를 보고 adapter list를 만드는 방법 1. Detected reads-through sequence 를 복사합니다. 이 때, sequence가 너무 길면, 19-24 bp만 복사합니다. 2. New | Adapter Trim List 를 실행 합니다. 3. Add row 버튼을 누릅니다. 4. 첫번째 adapter 이름을 타이핑 합니다. (예시 : Read 1 read-through adapter) 5. 복사한 sequence를 붙여넣습니다. 6. Reads option을 First Read로 셋팅합니다. 7. Remove the adapter and the following sequence (3’ trim) 옵션을 선택합니다. 8. For reads without adapters는 Keep the Read를 선택합니다. 9. Set scoring 에서는 default로 셋팅하고 Finish를 합니다. 10. Read 2 에 대해서도 1-9를 반복합니다. 11. Trim adapter list 를 Save합니다.이제, Trim Reads tool을 다시 실행하여 "Automatic read-through adapter trimming" 옵션과 함께 adapter list를 이용하여 Trimming 하시면 됩니다.

다수의 Variant 분석 결과를 필터링 하고싶습니다. 조회 1557 같은 reference를 기준으로 해서 여러 샘플을 맵핑한 다음 특이적인 변이, 혹은 공통적인 변이를 찾기 위한 툴이 있습니다.바로 Filter Based on Overlap이라는 툴인데, Track Tools 하위에서 찾을 수 있습니다.먼저 track 포맷의 파일을 input으로 넣습니다. 공통적인 변이를 찾을 때는 input 순서는 상관이 없고, 특이 변이를 찾는 경우에는 보고싶은 변이의 track을 넣으시면 됩니다.그 뒤로 overlap 필터링에 사용될 트랙을 선택한 다음, overlap 된 부분을 남겨 놓을지 제거할지 선택해주면 됩니다.Keep annotation with overlap은 공통적인 variant만 보여주고,Keep annotation with do not overlap은 overlap track과 중복되는 부분은 제거한 뒤 보여줍니다.

Workflow에서 export excel 시, 원하는 컬럼만 export 하려면 어떻게 해야하나요? 조회 1736 1. Workflow에서 Export Excel 툴을 더블클릭 하여 workflow editor를 엽니다.2. "Export all columns" 버튼을 해제 후, "Columns to export" 칸에 콤마로 구분하여 컬럼 이름을 쓰시면 됩니다.아래에 예시를 보여드립니다.Chromosome,Region,Reference,Allele,Coding region change in longest transcript참고로, 옵션 설정 값을 고정시키거나 분석 시 옵션을 매번 변경할 수 있게 하려면, 자물쇠 버튼을 눌러 lock 또는 unlock하시면 됩니다.

IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 조회 3570 canonical pathway 바그래프에서 각각의 bar를 클릭해서 나오는 아래패널을 보겠습니다. Blue Bar (z-score = -1) : 위 그림의 아래쪽 테이블에서 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down - up 으로 일치하지 않는 genes이 다수 보입니다. 기존에 보고된 논문에서는 Up으로 예상이 되나 실제 데이터에서 반대경향을 보이므로 해당 패스웨이가 상대적으로 억제된 상태라고 판단을 합니다. Orange Bar (z-score = 1) : 위 그림에서 아래 테이블의 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down-down으로 다수 일치하는 것이 보입니다. 기존 논문들에서 각각의 gene들이 억제될 것이라는 보고가 있었고 그 사실과 일치하므로 해당 패스웨이는 활성화 되는 것으로 판단을 합니다. Gray Bar (z-score = NaN) : 아래 패널의 테이블에 보면 Expected 컬럼이 비어있는 것을 확인할 수 있습니다. 기존에 genes의 활성방향에 대해 밝혀진게 없기 때문에 계산 또는 예측이 불가합니다. White Bar (z-score = 0) : 위 그림의 아래 테이블에서 Expression Value와 Expected를 대조했을때 아래 계산 방법에 의해 각 유전자의 계산값의 합이 0이 되면 해당 패스웨이의 발현 활성의 변화가 없다고 예측됩니다. down-down -> +1up-up -> +1down-up -> -1up-down -> -1

License Assistant 버튼이 불활성화 되어 있어요. 어떻게 활성화 시키나요? 조회 1327 License Manager 또는 License Assistant 팝업창에서 하단에 있는 라이선스 관련 버튼들이 불활성화되어 있는 것을 간혹 볼 수 있습니다.이는 프로그램을 시작할 때, 바탕화면의 아이콘에서 마우스 우클릭을 통해 '관리자 권한으로 실행'을 선택하면 됩니다.

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