FAQ
게시판 리스트
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Microbial Reference 데이터베이스는 어떻게 다운로드 받나요? 조회 1786 1. Microbial Genomics Module - Databasese - Taxonomic Analysis 로 들어가시거나 2. 컨트롤 쉬프트 티 를 동시에 누르시고 나오는 quick launch에서 Create Microbial Reference Database 툴을 선택하여 다운로드 받으시면 됩니다.
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IPA 데이터 쉐어(share)방법을 알려주세요. 조회 1330 IPA 사용자끼리는 데이터를 공유할 수 있습니다. 상당 메뉴의 File을 선택하신 다음 Share- Share Manager를 선택합니다. 좌측 ADD버튼을 눌러 share하고자 하는 파일을 선택하고 우측 ADD버튼을 눌러 공유하고자 하는 사용자의 이메일주소를 입력해주면 됩니다.
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무한대값은 어떻게 표시하나요? 조회 1600 Fold change를 나타내다보면 무한대값을 표시해야 할 경우가 있습니다. 이 경우에 +∞, -∞ 는 +INF와 -INF로 표기해 주시면 됩니다.
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Variant track과 annotation을 함께 export하고 싶어요. 조회 1260 Variant 와 annotation을 함께 보고싶으실 때에는 레퍼런스 서열에 맞는 annotation 서열을 가지고 있어야 합니다. Referene를 CLC Genomics Workbench로 가지고 올때는 두 가지의 경우가 있습니다. 대표적인 model organism은 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 있고, 이때 서열과 annotation은 각각의 track형태로 다운로드가 된 경우, 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 없는 경우, 인터넷에서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받아 프로그램에 import하여 레퍼런스 파일 내에 annotaiton파일이 포함되어 있는 경우 첫번째의 경우에는 annotation track이 준비되어 있기 때문에 아래 2번부터 시작하시고, 두번째의 경우에는 1번부터 시작하시면 됩니다. Reference에서 annotation 파일 track을 추출해야 합니다. Track Tools | Convert to Track 을 이용하여 파일을 넣으시고 필요한 annotation파일을 선택하여 annotation track파일을 생성합니다. 그렇다면 아래와 같은 노란색 화살표에 파란색 바차트 모양의 아이콘이 표시된 파일이 생성됩니다. Variant track과 annotation 사이에 공통 annotation을 variant track에 추가합니다. Track Tools | Annotate and filter 에서 variant track을 선택하도 Next를 눌러 보고자 하는 정보가 담긴 annotation track을 추가하여 저장합니다. Variant track파일을 열어 두번째 아이콘을 클릭하시면, annotation 파일에 있던 정보가 담긴 컬럼이 추가되고 이 파일을 export 하시면 됩니다.
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Annotation 후 필요한 컬럼만 결과테이블에서 보고 싶습니다. 조회 1954 DB를 Variant list에 Annotation 후 원하는 column 만 보고 싶으실 때 방법은 2가지가 있습니다. Annotation된 variant list를 열어서 column을 제거하는 것과 Workflow 분석 도중 제거하는 것입니다. 1. Annotation된 variant list를 열어서 column을 제거하는 방법 : https://insilicogen.com/board/faq/412/ 2. Workflow 분석 도중 column을 제거하는 방법 : Workflow에서 annotation 마지막 단계에 "Remove information from variants" 툴을 추가하여 선택 컬럼만 출력하게 하거나 (keep only selected annotations), 선택 컬럼을 제거합니다 (remove selected annotations). 이 때 모든 컬럼 이름을 직접 타이핑하기 어려우실 때는 아래 방법을 이용하면 됩니다. Toolbox | Identify Candidate Variants () | Remove information from variants () 툴을 실행하여 이미 Annotation된 variant track를 열고 Load Annotations 를 클릭한 뒤, 유지하거나 제거할 column을 선택 후 (Ctrl+선택), 복사하여 (Ctrl + C), workflow의 "Remove information from variants" 툴(위의 화면 중 Annotations칸)에 붙여넣기 (Ctrl + V) 합니다. 위와 같이 설정 후 workflow 분석을 해보면, 선택 컬럼만 유지되거나 제거된 annotated variant track을 확인할 수 있습니다.
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