FAQ
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윈도우에서 HGMD Download 파일을 CLC Workbench로 import하여 분석에 이용하는 방법 조회 1730 1. HGMD 홈페이지에서 로그인 후 파일 다운로드 (파일명.tar.gz 형식) 및 압축풀기 이 파일 형식은 리눅스 계열의 압축 파일로, 리눅스에서 압축을 풀거나, 윈도우에서 압축을 풀 때는 전용 프로그램을 사용하여야 하는데 일반적으로 반디집을 이용하시는 것이 가장 편리할 것입니다. 2. CLC Genomics Workbench 열어서 Import 왼쪽 상단 Import > Tracks > - 2.1. Type of files to import : VCF 또는 GFF3 선택 - 2.2. Import 할 파일 선택 - 2.3. Reference track : hg19 또는 hg38 sequence 선택 (CLC_References > homo_sapiens > sequence > hg19 또는 hg38 > Homo_sapiens_sequence_hg19 또는 Homo_sapiens_sequence_hg38 ) - 2.4. 파일 저장 위치 선택 > Finish * 이 때, 파일 저장위치는 CLC_References 폴더를 제외한 폴더(Ex: External_DB)에 저장하시면 됩니다. (CLC_References 폴더는 Read only) 3. Annotation - VCF 파일로 annotation : Toolbox | Resequencing Analysis | Variant Annotation | Annotate from Known Variants 툴을 이용 - GFF3 파일로 annotation : Toolbox | Track Tools | Annotate and Filter | Annotate with Overlap Information 툴을 이용해주세요.
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IPA에서 FoldChange와 RPKM을 동시에 업로드 후 각각 분석이 가능한가요? 조회 1491 Q : IPA에 업로드하는 data set에 fold change뿐만 아니라 RPKM 값도 올릴 수 있는 걸로 알고 있는데, 그러면 처음 업로드하는 file에 fold change와 RPKM을 모두 올린 후 각각을 나눠서 분석이 가능한지 문의드립니다. A : 업로드 데이터 셋에서 fold change 뿐만아니라 RPKM 값도 함께 올리실 수 있습니다. 엑셀파일을 올려주신 후 첨부해주신 컬럼에서 무슨 데이터인지를 선택할 때, Observation 1 -> Fold change | Expression intensity/RPKM으로 각각 선택해주시면 됩니다(샘플별로). 하지만 core analysis 분석을 할 때는 두 가지 값 중에 어떤 데이터로 기준을 할지에 대해 선택하게 되어서 두 가지 값을 모두 고려하지는 않습니다. 즉 필요하신 경우 input 데이터에는 2가지 값을 모두 넣어서 업로드하시고, core analysis 돌리실 때 기준을 선택하여 각각 돌려보실 수 있습니다.
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RNA데이터 분석 시 fold change 값은 크지만 raw data 값이 낮을 때 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요? 조회 3219 Q : Seq data 를 분석할 때 fold change 는 크지만 raw data 값이 너무 낮은 유전자들은 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요? A : DEG 분석 시 raw expression data에서 기본적으로 low expression value cut-off를 정해서 필터링한 후 분석을 진행합니다 (분석마다 다르지만). 보통은 read count >= 5 이상이며 그룹 내에서 일정 샘플 수 이상에서 발현되는 (샘플 수에 따라 다름) 유전자를 분석합니다. 이렇게 분석하면 fold change가 크지만 raw data에서 read count나 expression value가 낮은 유전자는 많이 줄어듭니다. 앞에 내용과 별개로 문의하신 내용에서는 p-value 또는 FDR 값을 좀 더 strict 하게 주시면 (0.05 -> 0.01 식으로) 분석이 가능할 것 같습니다.
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Workbench에서 recycle bin (휴지통)을 비우는 방법은 무엇인가요? 조회 1316 휴지통을 비우도록 선택하면 휴지통의 모든 내용을 제거 할 수 있습니다. 아래와 같이 하면 데이터가 삭제되고 디스크 공간이 비워집니다. 1. CLC Workbench 를 열어주세요. 2. 왼쪽 상단 Navigation Area | 폴더 아래 Recycle bin 우클릭 | Empty 를 클릭 해 주세요. 주의! 휴지통을 비워서 데이터를 제거한 후에는 복구 할 수 없습니다.
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IPA에서 리스트를 만들어서 분석하는 방법을 알려주세요. 조회 1826 리스트와 값을 업로드 해서 분석하는 방법 외에 IPA 내에서 list를 만들어서 그 list로 분석하는 방법도 있습니다. 이때 사용하는 list는 상단의 검색창을 이용해서 molecule을 저장하여 사용하는 방법입니다. 예를들어 pathway 검색창에 'Apoptosis signaling'을 검색해서 뜬 pathway를 오픈합니다. 다음은 Pathway에 보여지는 모든 molecule을 선택한 뒤, 위쪽 상단에 두번째 아이콘인 'Add molecules to My List'라는 버튼을 클릭하여 list로 저장합니다. 다음 함께 보고싶은 gene이나 chemical을 검색하여 network창을 엽니다. 같은 방법으로 리스트를 저장해줍니다. 동일한 파일을 선택하면 오버랩 되는 molecule을 제외하고 새로운 molecule들이 추가됩니다. 이렇게 추가 한 리스트는 선택한 폴더의 아래쪽 'My Lists'폴더 아래에 저장됩니다. 그럼 저장된 molecule list를 열고 오른쪽 위의 삼각형 버튼을 누르면 해당 list를 이용하여 분석할 수 있는 리스트가 뜹니다. Core analysis를 진행하면, 보고자하는 canonical pathway를 구성하는 molecule과 관심있는 유전자 혹은 chemical을 모두 포함하여 새로운 network 혹은 up/downstream regulator 분석을 하실 수 있습니다.
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