FAQ
게시판 리스트
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Plugins Manager의 Download plugins 탭에 플러그인이 없는 이유는 무엇인가요? 조회 1406 Plugin Manager를 통한 다운로드는 인터넷 연결이 필수입니다. CLC Workbench가 외부 네트워크에 연결할 수 없거나, 이전에 모든 plugin을 다운로드 받았을 때의 증상입니다.CLC Workbench의 Plugin manager는 네트워크를 통해 서버에 연결하여 다운로드 및 설치가 가능한 플러그인 목록을 검색합니다. 따라서, CLC Workbench가 설치된 시스템에서 외부 네트워크에 연결할 수 없는 경우에는 다른 네트워크가 되는 컴퓨터를 사용하여 다음을 수행할 수 있습니다. 1. 외부 네트워크에 액세스 할 수 있는 컴퓨터를 사용하여 플러그인 다운로드 링크 에서 플러그인 파일을 저장합니다. 2. CLC Workbench를 사용하고 있는 컴퓨터에 해당 파일을 복사합니다. 3. CLC Workbench를 관리자 권한으로 실행한 후, 우측 상단의 toolbar에서 plugin 버튼을 클릭해 Plugin manager를 시작합니다. 4. Plugin manager에서 "Install from File" 버튼을 클릭하고 플러그인 파일이 있는 경로에서 .cpa 파일을 선택하고 설치를 진행합니다. 5. 다운로드가 완료되면 프로그램을 재시작해야 플러그인이 정상적으로 적용됩니다.
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CDS annotation시 HGVS에서 protein 부분이 비어서 나옵니다. 조회 1253 변이가 synonymous mutation일 때, codon change가 amino acid change를 만들지 않을 수 있습니다. 그렇기 때문에 amino acid change 컬럼이 빈 부분이 있을 수 있을 것입니다. [ SNP 타입 ] * Non coding region * Coding region : Synonymous : 같은 폴리펩타이드 시퀀스를 만드는 SNP Nonsynonymous : 다른 폴리펩타이드 시퀀스를 만드는 SNP : Missense : 다른 아미노산을 만듦 Nonsense : 스탑 코돈(premature stop codon)을 만듦 만약 synonymous variant를 제거하려면 Amino acid changes 단계에서 Filter away synonymous variants를 체크하시면 됩니다.
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Biomedical Genomics Analysis 플러그인을 이용한 publication 목록 조회 1662 현재 (구)Biomedical Genomics Workbench는 CLC Genomics Workbench의 플러그인으로 들어가게 되었습니다. CLC Genomics Workbench에서 Biomedical Genomics Analysis 라는 플러그인을 이용하여 분석하는 것이 (구)Biomedical Genomics Workbench와 동일 혹은 더 나은 기능을 가지고 있다고 보시면 됩니다. 이전에 (구)Biomedical Genomics Workbench로 publish 된 논문 목록은 아래와 같습니다. New gain-of-function mutation shows CACNA1D as recurrently mutated gene in autism spectrum disorders and epilepsy. Hum. Mol. Genet. 2017 Aug 01;26(15):2923-2932. PMID: 28472301. Pinggera A, Mackenroth L, Rump A, Schallner J, Beleggia F, Wollnik B, Striessnig J Isolated congenital hepatic fibrosis associated with TMEM67 mutations: report of a new genotype-phenotype relationship. Clin Case Rep 2017 Jul 01;5(7):1098-1102. PMID: 28680603. Vogel I, Ott P, Lildballe D, Hamilton-Dutoit S, Vilstrup H, Grønbæk H HOXA7, HOXA9, and HOXA10 are differentially expressed in clival and sacral chordomas. Sci Rep 2017 May 17;7(1):2032. PMID: 28515451. Jäger D, Barth TFE, Brüderlein S, Scheuerle A, Rinner B, von Witzleben A, Lechel A, Meyer P, Mayer-Steinacker R, Baer AV, Schultheiss M, Wirtz CR, Mölle… More Identification of potential immune targets in controlling Endometrioid Endometrial Carcinoma metastatic progression. The Journal of Immunology. _. Jean-Noel Billaud, Stuart Tugendreich and Debra Toburen. A SNP panel for identity and kinship testing using massive parallel sequencing. Int. J. Legal Med. 2016 Jul 01;130(4):905-14. PMID: 26932869. Grandell I, Samara R, Tillmar AO CLC Genomics Workbench를 이용하여 publish 된 논문은 수천편이 되고, 아래 링크를 통해 검색하시면 해당 논문들 목록을 확인하실 수 있습니다. >>>CLC Genomics Workbench publications
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CLC Genomics Server 의 tmp 폴더를 바꾸는 방법 조회 1442 리눅스 터미널을 열어 아래 명령어를 참고하여 진행해주시기 바랍니다. 이 때, CLC GWB에서 분석하는 job이 없는지 확인 후 진행합니다. # CLCGenomicsServer stop service CLCGenomicsServer stop # 여유공간 있는 쪽에 tmp 폴더를 만듭니다. mkdir tmp폴더path #예시 : mkdir /tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # CLCGenomicsServer폴더 있는 쪽에서 CLCGenomicsServer.vmoptions 파일을 찾고 열어봅니다. vi CLCGenomicsServer.vmoptions # path를 설정해줍니다. # -Xmx16384m # -XX:+UseCompressedOops 밑에 아래 추가 -Djava.io.tmpdir=tmp폴더path # 예시 : -Djava.io.tmpdir=/tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # 서버를 재시작합니다. service CLCGenomicsServer start
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CLC read mapper와 variant caller에 대한 white paper를 얻고싶습니다. 조회 1477 CLC 만의 mapper와 variant caller에 대해 분석 혹은 다른 툴과의 비교 자료가 담긴 white paper입니다. clc read mapper clc variant caller
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