FAQ
게시판 리스트
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텍스트 포맷 혹은 csv 포맷으로 발현 데이터를 가지고 있는데, CLC Genomics Workbench에서 분석이 가능할까요? 조회 1209 Import를 클릭하신 후, Standard import를 선택합니다. 파일 유형에서 "Generic expression data table format"을 찾아 선택하신 후 파일을 선택하여 import를 이어서 진행해주세요. 텍스트 형태의 발현 파일로 CLC Workbench 내부에서 분석하실 수 있습니다.
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Gene list만 가지고 분석을 진행할 수 있나요? 조회 1284 유전자들로 IPA에 목록을 생성하고 분석을 진행할 수 있습니다. 외부에서 Identifier 목록을 업로드하여 사용할 수도 있습니다. IPA 내부에서는 다음 도구들에서 목록을 생성할 수 있습니다. - Search results - Network List - Network Explorer - Neighborhood Explorer - My Pathways - Canonical Pathways - Functional Analysis for a Dataset or for a Network/Pathway - Molecule View - Compare Tool 이 도구들을 이용하여 목록이 만들어지면 분자를 선택한 후, Add to List 버튼을 클릭하세요. 이렇게 생성된 목록에서 분석을 진행할 수 있습니다. Core Analysis를 하려면 다음과 같이 진행하세요. 1. 리스트를 연 다음 우측 상단의 재생 버튼(options icon)을 클릭합니다. 2. Run Core Analysis를 선택합니다. Core Analysis 생성 페이지가 나옵니다. 3. Run Analysis를 클릭합니다.
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제가 가지고 있는 유전자를 어떻게 추가할 수 있나요? 조회 1242 1. Build 버튼을 클릭하고, pull-down 메뉴에서 Add Molecules/Relationships을 선택하세요. 선택할 molecule type을 캔버스에서 클릭하세요. Molecule type을 모르면 Other를 선택하세요. 2. 분자를 정의하려면 해당 molecule을 우클릭해서 Edit node를 선택하세요. 3. Node의 이름을 입력하세요. 노드는 유전자 이외의 분자, 단백질 등을 입력할 수 있습니다. Search를 클릭하여 Ingenuity knowledge base에 검색을 하거나 우측에 정보를 입력할 수 있습니다.
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IPA에서 파일 업로드가 안됩니다. 조회 1093 1. 데이터가 포맷에 맞게 작성되었는지 확인하세요. - IPA 분석을 사용하려면 하나의 열은 Identifier가 들어가야 합니다. - Header는 1줄이여야 합니다. 2. replicate sample의 경우 IPA에 각 샘플 값을 업로드 하는 것이 아니라, 업로드 전에 평균값과 p-value값으로 대체하세요. 3. 데이터 업로드 전에 fold change나 ratio 값을 계산하세요. 4. 한 파일에는 최대 20개의 관측치(관측 조건당 최대 3개의 표현식 값 유형이 있는 실험 조건)를 기입할 수 있습니다. 5. 분석을 만들 때, 사용한 각 발현값에 cutoff 값을 설정하세요. 큰 dataset에는 p-value와 다른 발현값 타입을 모두 사용하기를 권장합니다. 6. Molecules Eligible for Network Generation 숫자를 체크하세요. 최상의 결과는 약 800개 미만입니다. 이것보다 많을 경우, cutoff 값을 조절하거나 다른 필터를 추가하세요. Recalculate 버튼을 통해서 화면을 새로고침 합니다.
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CLC Workbench의 라이선스 파일은 어디에 있나요? 조회 1315 각 운영체제마다 라이선스 파일의 기본 위치는 다음과 같습니다. Windows C:/Program Files/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Linux /opt/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Mac /Applications/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Network 라이선스는 CLC Network License Manager software를 설치한 위치에서 'licenses'라는 폴더를 찾으시면 됩니다.
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