FAQ
게시판 리스트
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HGMD Advanced search의 quick search 부분에서, ranking score는 무엇에 관련되어 있나요? 조회 1526 Quick Search의 ranking score는 gene symbol, disease term, mutation report의 제목, mutation report와 dbSNP의 식별자 영역에서 검색어와 일치하는 항목의 수와 관련이 있습니다. 점수가 높을수록 query keyword에 대한 변이가 더 적절합니다.
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IPA Causal network 분석 중 메모리 에러가 납니다. 조회 1385 4G RAM 노트북에서 이용 중일 경우, causal network 분석을 위해서는 최소 허용되는 메모리가 1000~1200MB는 되어야 합니다. 메모리 세팅 방법은 아래와 같습니다. 1. File >> Preferences >> Application Preferences 선택 2. Application 탭 중간에 "System memory allocated to IPA" 에서 1200mb 선택 후 저장 IPA에 할당된 시스템 메모리에 대한 세부 정보 상단의 방법을 이용하여 IPA에 할당된 시스템 메모리(RAM)의 양을 설정할 수 있습니다. IPA는 최소 750MB의 시스템 메모리가 필요합니다. 컴퓨터에 설치된 RAM이 4GB 이상인 경우, 최소 1000MB ~ 1200MB로 설정하는 것이 이상적입니다. 6GB RAM 이상의 컴퓨터를 사용하는 경우 IPA를 2000MB 이상으로 설정하세요. 큰 비교분석을 작성하는 경우 또는 컴퓨터에 RAM이 충분히 설치되어있는 경우 4000MB 이상으로 설정해주세요. 시스템 메모리의 양보다 더 많은 메모리를 할당하면 IPA가 실행되지 않습니다. 이 경우 하단의 URL에서 IPA를 시작하세요. 이는 IPA 기존에 컴퓨터에서 작동했던 메모리 설정으로 되돌릴 수 있는 환경 설정을 열 수 있게 합니다. https://analysis.ingenuity.com/pa/launch.jsp?maxMemory=750
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HGMD에서 batch 검색을 어떻게 하나요? 조회 1136 HGMD 온라인은 2가지 옵션으로 batch 검색을 지원합니다. 첫 번째 옵션은 기본 검색 "Batch"로 최대 500개의 변이나 유전자 식별자를 허용하도록 설계되어 있습니다. Batch 검색에서 허용된 식별자는 변이에서는 dbSNP, 염색체 좌표, 그리고 HGMD accession 이며 유전자와 Variant Call Format (VCF)에서는 HUGO Nomenclature Committee gene symbols와 ID, Entrez Gene ID, 그리고 OMIM ID입니다. "Advance" 검색에서는 batch 검색을 텍스트 파일로 저장할 수 있는 옵션이 있는 "MART" 도구를 제공합니다. 최대 50개의 dbSNP, PubMed ID, Entrez Gene 식별자를 담고 검색할 수 있습니다.
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HGMD 에서 2개 이상이 연관된 돌연변이의 표현형을 찾을 수 있나요? 조회 1159 네, 만약 한 논문이 정말로 다른 두개의 표현형(매우 드문 경우)에 의해 발생하는 변이를 보고하는 경우, 이는 질병 분야에 반영되어야 합니다(예 : CM013504 Stargardt disease and macular degeneration). 두 가지 경우(또는 그 이상)의 논문이 동일한 병변을 다른 표현형으로 설명하는 경우, 가장 초기의 보고를 "일차적인" 돌연변이 reference로 기록하고 후속 보고를 "추가 표현형" 이차적인 reference로 추가합니다. 각각의 경우 표현형은 기술되어 있는 reference와 연관이 있습니다. 추가적인 표현형(이차적인 reference로부터의 다른 정보)에 대한 세부사항은 확장된 돌연변이 기록(accession number 버튼을 클릭하여 접근할 수 있음)에서 제공됩니다.
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다른 종의 codon table 정보는 어떻게 추가 하나요? 조회 1249 CLC Main Workbench에서 코돈테이블 정보는 아래 경로에서 확인해볼 수 있습니다. C:\Program Files\CLC Main Workbench 8\res\codonfreq 위의 폴더에서 파일을 열어보시면 아래와 같은 형식으로 구성이 되어 있습니다. 새로운 종의 코돈 테이블 정보를 위와 같이 만들어 준 후, 해당 폴더로 저장을 하시면 됩니다.
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