FAQ
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CLC Genomics Workbench를 활용하여 다음과 같은 이미지처럼 유전체 데이터를 시각화 할 수 있나요? 조회 2,068 위와 같은 이미지는 CLC Genomics Workbench를 통해 얻기 힘듭니다. 주로 유전체 데이터의 시각화는 Circos라는 툴을 활용하여 그리게 되는데, Circos 툴의 활용법에 대해서는 아래 저희 회사 블로그 글을 참고해주십시오. https://insilicogen.com/blog/159
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CLC Genomics Workbench에서 Wiggle 포맷을 지원하나요? 조회 2,248 네 그렇습니다. 현재 CLC Genomics Workbench에서는 Wiggle 포맷 뿐만 아니라 다양한 포맷을 지원하고 있습니다 (import/export 모두 가능). Import 방법은 메뉴 상단바의 Import를 클릭하신 후, Tracks를 클릭하여 진행하시면 됩니다. 그 외 import/export 포맷 관련해서는 아래 매뉴얼 확인을 부탁드리며, 공식적으로 제공되지 않는 포맷에 대해서는 본사에서 직접 추가 개발을 진행해야 한다는 점 참고하여 주시면 감사하겠습니다. Formats for import and export
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Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요? 조회 2,416 Coverage column이 의미하는 것은 reference genome에 mapping된 read의 범위를 뜻합니다 (% 값 x). 계산식 : Number of reads * (Average length of read/Length of the genome) 계산식을 보면 reference genome 길이에 query 서열의 read 평균 길이를 나눈 값에 mapping된 read수를 곱하는 것을 알 수가 있습니다. 이는 reference genome에 얼만큼의 범위로 read가 mapping 되었는지를 대략적으로 알려주는 값입니다 (mapping reads 갯수가 아닌 mapping reads 범위로써의 접근). 그럼 Coverage % 값은 어디에 있는지 살펴보면, Taxonomic profiling abundance table 오른쪽 패널의 "Data" tab에서 raw 옵션을 relative로 전환시키면 얻을 수 있습니다. 계산식 : Number of reads / Reference database matches reads
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Sequencher network client 라이선스 적용시 'Status code 4'가 발생합니다. 어떻게 처리해야 할까요? 조회 2,330 'Status code 4'는 서버와 클라이언트 사이의 접속이 정상적으로 이루어지지 않을 때 발생합니다. 클라이언트 컴퓨터에서 아래의 링크를 통해 Sequencher KeyServer Client 파일을 다운로드합니다. >> Client 파일 다운로드 링크 Sequencher-KeyServer-Client 7.4\bin\Sassafras Installers\k2clientconfig.exe 다운로드 받은 파일의 압축을 풀고 위 경로에 있는 k2clientconfig.exe를 설치한 후, 서버의 IP 주소를 입력하여 설정을 마무리합니다. 재부팅을 진행하면 Sequencher가 정상 작동합니다.
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Path Designer로 작업된 pathway 결과로 추가 분석이 가능한가요? 조회 1,962 Path Designer로 작업된 pathway 결과만으로는 MAP 등 추가 분석이 어려울 것 같습니다. 필요하신 경우는 이미 그려진 pathway의 molecule을 다시 가져와서 connection 후에 재분석과 편집이 필요할 것 같습니다. 1) Path Designer 데이터에서 저장 아이콘 옆에 "My List" 아이콘을 클릭하여 "New My List"를 선택합니다. 2) Path Designer 내의 molecule들이 리스트업이 되고, 진행 버튼을 누르면 새로운 Pathway를 만들거나, 해당 리스트로 core analysis도 다시 진행할 수 있습니다. 3) New My Pathway를 선택하면 molecule들만 나열이 되고, "Build --> Connect" 기능을 이용하면, DB 정보 기반한 relation이 다시 연결이 됩니다. 4) 이후 필요하신대로 다시 재편집 및 Overlay 의 Analysis, Dataset & Lists, MAP 기능을 이용하실 수 있습니다.
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