FAQ
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Path Designer로 작업된 pathway 결과로 추가 분석이 가능한가요? 조회 1079 Path Designer로 작업된 pathway 결과만으로는 MAP 등 추가 분석이 어려울 것 같습니다. 필요하신 경우는 이미 그려진 pathway의 molecule을 다시 가져와서 connection 후에 재분석과 편집이 필요할 것 같습니다. 1) Path Designer 데이터에서 저장 아이콘 옆에 "My List" 아이콘을 클릭하여 "New My List"를 선택합니다. 2) Path Designer 내의 molecule들이 리스트업이 되고, 진행 버튼을 누르면 새로운 Pathway를 만들거나, 해당 리스트로 core analysis도 다시 진행할 수 있습니다. 3) New My Pathway를 선택하면 molecule들만 나열이 되고, "Build --> Connect" 기능을 이용하면, DB 정보 기반한 relation이 다시 연결이 됩니다. 4) 이후 필요하신대로 다시 재편집 및 Overlay 의 Analysis, Dataset & Lists, MAP 기능을 이용하실 수 있습니다.
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CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data)를 분석할 수 있습니까? 조회 1839 네 그렇습니다. 이번에 새로 출시 된 "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin을 이용하여 CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data) 및 PacBio sequencing data를 분석할 수 있습니다. "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 GUI를 통해 제공되며, read mapping, read error correction, de novo assembly 및 contig polishing을 위해 기존의 최신 파이프라인 (minimap2, miniasm, racon)을 기반으로 합니다. > Benefits of the Long Read Support 20.0 (Beta) plugin Long read의 assembly 및 polishing을 위한 best practices의 조합 비전문가를 위한 사용자 친화적인 GUI 제공 Laptop에서 실행할 수 있는 환경 100% cloud 지원 미리 구축되었거나 또는 사용자가 설계한 customizng workflows 내장 데이터 보안 및 데이터 압축 기능 제공 "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 QIAGEN CLC Genomics Workbench 20.x 및 QIAGEN CLC Genomics Server 20.x 에서 Workbench Plugin Manager를 통해 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 다음 웹 페이지를 참고하시길 바랍니다. "Long Read Support 20.0 (Beta) 1" "Long Read Support 20.0 (Beta) 2"
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CLC Genomics Workbench에서 table을 다운 받는 방법이 있을지요? 조회 1663 1. 왼쪽 상단에 Export 버튼을 누르시고, 내보내기할 때 원하시는 파일 포맷을 입력하여 선택합니다. (ex: Excel 2010) 2. 내보내기 할 파일을 선택 후, Next를 클릭합니다. 3-1. 모든 컬럼을 내보내기 하실 때는 Export all columns를 클릭합니다. 3-2. 선택 컬럼만 내보내기 하실 때는 Export all columns를 체크 해제하고 Next를 클릭합니다. Table에서 선택하신 column들만 체크가 되있을 것입니다. (혹은 이 창에서 원하는 column을 선택하셔도 됩니다) 4. 저장 위치를 선택하고 Finish를 클릭합니다.
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HGMD의 유전자 항목에 연결할 참조 cDNA를 어떻게 결정하나요? 조회 1557 일반적으로 해당 유전자에 대한 Refseq ID가 두 개 이상인 경우, HGMD 큐레이션 팀은 논문에 사용된 알맞는 데이터와 일치시키도록 시도하거나, 가장 긴 transcript 또는 가장 흔한 mRNA isoform을 사용합니다.
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Trim adapter list 만드는 방법을 알려주세요. 조회 1323 1. 상단 메뉴바에서 New -> Trim Adapter List를 클릭 2. 하단의 Add Row 버튼 클릭 3. forward, reverse 각각 1개씩 따로 만들어줘야됩니다. primer, adapter 서열을 Sequence 부분에 넣어준 후, 아래 그림과 같이 세팅해주세요. (workbench는 f / r 서열 모두 5` - 3` 방향으로 로드되나, 혹시 모르니 본인의 데이터를 검토한 후, 자르는 방향은 정해주시면 됩니다.) (예를 들어, single-end 데이터는 간혹 5`쪽에 f 프라이머, 3`쪽에 r 프라이머가 존재하는 경우가 있으니, 데이터를 잘 검토해주세요.) 4., 이렇게 f / r trimming 리스트를 다 만드신 다음, 아래 이미와 같이 모두 선택한다음 파일 저장해주시면 됩니다.
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