FAQ
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Pairwise Differential Expression Analysis (Without Replicates)의 옵션 값 중 Probability는 무엇을 의미하나요? 조회 658 Probability는 확률을 의미하며, probability가 threshold를 초과하는 유전자는 차별적으로 발현된 것으로 간주됩니다. Probability를 낮출수록 DEG 수는 많아지게 되지만, p-value가 높을 수록 귀무가설을 기각하지 못하게 되는 것처럼 해당 DEG가 통계적으로 유의하지 않게 됩니다. 따라서 OmicsBox에서는 threshold default 값이 0.9로 설정되어 있습니다.
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KEGG pathway permission 인증 받는 방법 조회 760 OmicsBox 라이선스를 구매해서 사용 중이더라도 KEGG pathway permission에 대해서는 제공하는 양식을 제출해야 합니다.(www.kegg.jp/feedback/copyright.html)해당 양식을 제출하면 KEGG pathway에 대한 permission을 인증할 수 있습니다.진행하시면서 문의 사항이 생기시면 아래 이메일로 문의 부탁 드립니다.consulting@insilicogen.com
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Sequencher 프로그램 시작 시 '10050' 에러가 발생합니다. 조회 1020 Sequencher 시작 시 '10050' 에러로 인해 프로그램을 이용할 수 없다면 레지스트리 편집기에서 프로그램 관련하여 재설정을 진행해 주십시오.절차는 아래와 같습니다.1. Sequencher 프로그램을 닫습니다.2. 시작 버튼에서 'regedit'을 검색하여 레지스트리 편집기를 실행합니다.3. HKEY_CURRENT_USER > Software > Gene Codes > Sequencher 경로를 찾습니다.4. 기본값(Default)을 제외하고 모든 정보를 삭제합니다.5. 레지스트리 편집기를 닫습니다.6. 휴지통을 비우고 컴퓨터를 재시작합니다.7. 프로그램을 재실행합니다.
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Alignment 후 결과를 수치값으로 확인하는 방법 조회 1009 CLC Main Workbench 내에서는 alignment를 진행 후, conservation 그래프를 확인할 수 있습니다.해당하는 conservation 그래프 위에 마우스 커서를 올려놓으면 수치값을 퍼센티지로 확인할 수 있지만, 수치값으로 보는 것은 어렵습니다.Conservation 그래프에서 마우스 우클릭하여 'Export Graph to Comma-separated File'을 선택하면 별도의 csv 파일로 모든 포지션의 값을 추출할 수 있습니다.
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Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 조회 1898 Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.a pre-processing 단계a computational 단계a post-processing 단계The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다. Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/
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