FAQ
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SIFT 무엇인가요? 조회 2,172 SIFT (Sorting Intolerant From Tolerant)는 아미노산 변이 (AAS: amino acid substitution)가 단백질 기능에 영향을 줄 지 예측하는 알고리즘입니다. HGMD에서 disease-causing missense (DM)는 대략 80% 이며 SIFT에서 'deleterious' 로 구분됩니다. References Ng PC, Henikoff S. (2001) Predicting deleterious amino acid substitutions. Genome Res 11:863-874. Mort M, Evani US, Krishnan VG, Kamati KK, Baenziger PH, Bagchi A, Peters BJ, Sathyesh R, Li B, Sun Y, Xue B, Shah NH, Kann MG, Cooper DN, Radivojac P, Mooney SD. (2010) In silico functional profiling of human disease-associated and polymorphic amino acid substitutions. Hum Mutat 31:335-346.
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Trim 과정에서 reverse reads trim이 되질 않습니다. 조회 1,929 Trim list를 만드실 때, forward, reverse 각각 1개씩 따로 만들어야 합니다. 여기서 주의할 점은 workbench는 forward, reverse 서열 모두 5` -> 3` 방향으로 로드가 되기 때문에 trim list를 만드실 때 forward, reverse 둘 다 앞쪽에서 잘라주는 방식으로 만들어야 합니다. 이렇게 각각 1개씩 trim list를 만드셨다면, 두 list를 하나의 파일로 저장해서 사용하시면 됩니다.
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Transcriptome - Create Count Table 분석 시, gene id와 trnascript id가 일치하지 않는다는 에러가 뜹니다. 조회 1,982 Create Count Table (Transcript-level Quantification) 분석 경우, sequencing raw data와 reference (fasta) 파일이 input으로 들어가게 됩니다. De novo 경우 앞 단에서 De novo 분석을 진행하게 되면 텍스트 파일이 하나 생성되는데, 그 파일을 같이 넣어주면 되고, reference 경우 NCBI나 앙상블에서 GFF 파일을 받아 수정해서 넣어주면 됩니다. name과 id가 통일 되었는지 한번 더 확인한 뒤, 진행 하시는 걸 추천 드립니다.
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PetaSuite는 어떤 운영체제를 지원하나요? 조회 1,946 PetaSuite는 리눅스를 지원합니다. PetaSuite 수행 후 압축 결과물은 IGV를 통해 Windows와 Mac에서도 확인하실 수 있습니다.
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Microbial Genomics Module tool에서 Beta diversity 분석 종류가 여러개 있던데, 각각 어떤건지 알려주세요. 조회 2,204 Jaccard : 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative) Bray-Curtis : 공유하는 taxa 유무 (Qualitative)와 풍부도 (Quantitative)까지 고려 UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative & Phylogenetic) Weighted UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무 (Qualitative & Phylogenetic)와 풍부도 (Quantitative & Phylogenetic)까지 고려
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