FAQ
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PetaSuite는 원본 FASTQ/BAM 파일과 비교하여 압축 파일의 유효성을 검사하나요? 조회 9 처음 백만 개 read에 대한 빠른 유효성 검사가 기본적으로 활성화되어 있습니다. 해당 옵션을 변경하여 전체 read에 대한 유효성 검사를 진행할 수도 있습니다. 또한 MD5 checksum을 직접 확인하도록 선택할 수도 있습니다. 기본의 파일들에 대한 MD5 checksum을 확인하신 후, 압축 시 도출되는 값과 비교하실 수 있습니다.
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PetaSuite는 종과 관계없이 압축되나요? 조회 38 PetaSuite는 자체 DB인 Corpus가 없는 경우에도 지원하는 데이터에 대해 모든 종을 압축할 수 있습니다. 이는 de novo align된 데이터도 포함되며, 압축 최적화를 위해 corpus 중 가장 근접하게 일치하는 것을 자동 감지할 수도 있습니다.
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[CLC Genomics Workbench] 박테리아 de novo WGS 데이터를 이용해서 gene prediction을 하고 싶습니다. CLC Genomics Workbench에서 가능한가요? 조회 42 CLC Microbial Genomics Module이라는 플러그인을 구매하시면 이용 가능하시고, 구매를 하셨다면, Microbial Genomics Module | Functional Analysis | Find Prokaryotic Genes tool을 이용하여 gene prediction 진행해주시면 됩니다.
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[CLC Genomics Workbench] BLAST at NCBI tool을 이용해서 BLAST 하는데, 100%라고는 뜨는데 결과가 안나옵니다. 조회 35 혹시 input sequence의 bp수가 어떻게 되시는지 체크 부탁합니다. CLC Genomics Workbench에서 1000000bp 보다 sequence가 길면 BLAST at NCBI tool을 이용하실 수 없습니다.
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PetaSuite에서 지원하는 corpus의 개수는 총 몇 개인가요? 조회 49 PetaSuite에서 최적화된 압축을 위해 지원하는 총 corpus(종) 수는 71개입니다. 하지만 corpus가 없더라도 압축을 진행하실 수 있습니다.
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