FAQ
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[Sequencher] Sequencher 프로그램 시작 시 '10050' 에러가 발생합니다. 조회 409 Sequencher 시작 시 '10050' 에러로 인해 프로그램을 이용할 수 없다면 레지스트리 편집기에서 프로그램 관련하여 재설정을 진행해 주십시오.절차는 아래와 같습니다.1. Sequencher 프로그램을 닫습니다.2. 시작 버튼에서 'regedit'을 검색하여 레지스트리 편집기를 실행합니다.3. HKEY_CURRENT_USER > Software > Gene Codes > Sequencher 경로를 찾습니다.4. 기본값(Default)을 제외하고 모든 정보를 삭제합니다.5. 레지스트리 편집기를 닫습니다.6. 휴지통을 비우고 컴퓨터를 재시작합니다.7. 프로그램을 재실행합니다.
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[CLC Main Workbench] Alignment 후 결과를 수치값으로 확인하는 방법 조회 393 CLC Main Workbench 내에서는 alignment를 진행 후, conservation 그래프를 확인할 수 있습니다.해당하는 conservation 그래프 위에 마우스 커서를 올려놓으면 수치값을 퍼센티지로 확인할 수 있지만, 수치값으로 보는 것은 어렵습니다.Conservation 그래프에서 마우스 우클릭하여 'Export Graph to Comma-separated File'을 선택하면 별도의 csv 파일로 모든 포지션의 값을 추출할 수 있습니다.
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[CLC Genomics Workbench] Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 조회 1372 Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.a pre-processing 단계a computational 단계a post-processing 단계The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다. Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/
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[CLC Genomics Workbench] CLC Workbench의 메모리 제한을 어떻게 변경합니까? 조회 1374 기본 메모리 설정 및 변경 방법CLC Workbench 에서 사용할 수 있는 메모리 양은 소프트웨어 설치 중에 처음에 설정됩니다. Workbench의 경우 권장되는 기본 메모리 양은 사용 가능한 물리적 메모리의 50% 또는 50GB 중 작은 값입니다. 설정을 기본 수준으로 두는 것이 좋습니다.Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영 체제에 따른 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.https://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html 왜 50%만?Workbench Java 프로세스가 사용해야 하는 최대 메모리 양을 지정하는 기본 설정은 공간이 다른 시스템 작업에 사용 가능해야 하고 특정 Workbench 도구에는 Binary 단계(즉, 일부로 실행되지 않는 단계)가 있다는 사실을 반영합니다. 이러한 도구의 이진 단계는Workbench 프로세스 자체에서 사용하는 것 이외의 메모리를 사용하므로 vmoptions 파일의 메모리 설정에 영향을 받지 않습니다. 이 프로필을 사용하는 도구에는 읽기 매핑 단계(예: Read mapping, RNA seq 분석, small RNA 분석 등) 및 로컬 BLAST 검색이 포함된 새로운 어셈블리 및 분석이 포함됩니다.왜 50GB만?50GB 제한은 Garbage Collecter(GC)로 인한 일시 중지를 방지하기 위한 것입니다. 위에서 언급한 것처럼 외부 Binary를 위한 여유 메모리를 보장하는 것 외에도 JVM이 Garbage Collecter(GC) 프로세스를 실행하는 데 너무 많은 시간을 소비하지 않도록 최대 Heap 공간에 대한 권장 제한이 있습니다. GC는 현재 사용 중인 Heap을 스캔하고 더 이상 사용하지 않는 콘텐츠를 제거하여 메모리를 확보하는 JVM의 메모리 처리 하위 시스템입니다. 최대 Heap이 클수록 Heap을 통한 각 검사가 더 오래 걸립니다. JVM은 GC를 실행하는 동안 다른 모든 활동을 일시 중단해야 합니다. 이러한 일시 중단은 밀리초 에서 몇 초 사이이며 일반적으로 눈에 띄지 않습니다.JVM의 GC 하위 시스템과 함께 CLC Workbench는 정교한 Caching 시스템을 활용하여 불필요한 데이터를 메모리에서 임시 Disk storage로 이동합니다. 이 Caching 시스템의 결과는 50GB보다 큰 Java Heap 공간에서는 눈에 띄는 성능 향상이 없지만 GC 일시 중지가 더 눈에 띄게 될 수 있음을 의미합니다.
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[CLC Genomics Workbench] CLC Genomics Workbench 에서 자신만의 workflow는 어떻게 만드나요? 조회 1036 1. Workflows – New Work flow 에 접속합니다. 2. Add Elemonets Tool을 선택하여 CLC genomic workbench의 Tool들을 선별합니다. Ctrl 키를 눌러 두 개 이상의 Tool을 모두 선택할 수 있습니다. 3. 추가한 후에는 마우스로 요소를 드래그 하여 요소를 이동하고 재정렬 할 수 있습니다. 4. 출력과 입력의 결합은 입력 유형 일치를 기반으로 합니다. 예를 들어 Map Reads to Refrence는 Reads Track과 Report를 생성합니다. Variant Dectection은 Reads Track 을 연결 할 수 있지만 Report는 연결할 수 없습니다. 5. 원하는 데이터의 Report를 보고싶다면 use as work output을 클릭하면 자동으로 원하는 데이터들이 출력됩니다. 6.연구자가 원하는 Work flow가 완성 되었다면 Run버튼을 누르면 사용된 Tool들이 순서대로 정렬되어 parameter를 설정하게 되고, Workflow가 실행되며 자동으로 데이터가 생성됩니다.
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