FAQ
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[QCI Interpret] Hereditary 변이 분석 시 Genetic Analysis Filter는 어떻게 사용하나요? 조회 39 예를 들어 부모(parents)와 자식 데이터가 있고 자식(child)에게 관심 질환이 있는 경우 Select sample(s) 옵션에서 case로 sample child VCF를 control로 parent VCF 넣고 PED 파일을 첨부하면 Genetic analysis filter를 이용하실 수 있습니다. Genetic analysis filter는 변이의 transmitted/de novo/mendelian 종류를 구분하여 필터링(filtering)하는 것입니다. 주의하실 점은 PED file 작성 시 sample id column에 샘플 VCF 파일명과 같게 작성하셔야 맵핑(mapping)이 될 수 있습니다.
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[CLC Genomics Workbench] 외부에서 뽑은 DEG 파일을 workbench에 import하여 PCA나 Venn diagram을 그릴 수 있나요? 조회 35 불가능합니다. Workbench에서 PCA나 Venn diagram을 그리시길 원하신다면 sequencing raw data부터 workbench에서 다시 분석을 진행해주셔야 합니다.
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[CLC Genomics Workbench] 저희가 가지고 있는 WGS와 referece WGS를 이용하여 phylogenetic tree를 그릴 수 있나요? 조회 39 네 가능합니다. 1. "Whole Genome Alignment | Create Whole Genome Alignment" tool을 클릭 후, 보유하고 계신 WGS data와 reference WGS을 인풋으로 넣어서 진행 2. "Classical Sequence Analysis | Alignments and Trees | Maximum Likelihood Phylogeny" tool을 이용하여 alignment 파일을 인풋으로 넣어 tree 그리기
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PetaSuite에서 라이선스 차감 방식은 어떻게 되나요? 조회 40 압축된 양 만큼 라이선스가 차감됩니다. 예를 들어 100GB 짜리 bam파일을 30GB로 압축하였다면, 라이선스는 압축된 분량인 70GB가 차감됩니다.
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[CLC Genomics Workbench] DEG 분석 시 p-value와 FDR에서 0, 1, NaN 값의 정확한 의미가 무엇인가요? 조회 58 NaN 값은 모든 발현값이 0이거나, p-value와 FDR을 구하기 전에 filtering 되어 계산할 수 없을 때 나타납니다. 0의 경우 컴퓨터가 계산을 처리하기 어려울 정도로 작은 값일 때 0으로 대체하여 표기됩니다. 1.1102230246251565E-16보다 작을 때 0으로 표기된다고 하며, 각 케이스마다 다를 수 있습니다. (9.95E-320 ~ 1.00E-321 사이에서 치환되는 경우 존재) 1의 경우 소수점 3째 자리에서 반올림을 하기 때문에 일어나는 현상입니다. 0.995보다 클 때 1로 표기되며, 마우스를 해당 숫자 위에 올려놓으면 정확한 값이 뜨게 됩니다. 한번에 확인하시려면 마우스 우클릭 > File > Export Table을 누르시면 텍스트 파일 혹은 엑셀 파일로 저장하실 수 있습니다.
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