FAQ
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OmicsBox 가입 및 활성화 방법 조회 38 OmicsBox 계정을 만드는 간단하고 빠른 방법을 알려드립니다.1. OmicsBox를 시작하고, 이메일을 통해 제공받은 subscription key 를 입력합니다.2. OmicsBox를 활성화하고, 프로그램을 재시작합니다.3. OmicsBox가 재시작되고, 로그인 브라우저가 나타날 때까지 기다립니다.4. 로그인 창이 나타나면 로그인 합니다.Biobam 계정이 없으신 경우, Sign up을 클릭하여 가입합니다.성함, 이메일 주소, 비밀번호를 기입하고 가입을 완료합니다.5. 입력하신 이메일을 통해 전송된 인증 코드를 브라우저에 입력하고, "Confirm account" 를 클릭합니다.6. 계정이 성공적으로 인증되셨다면 OmicsBox를 시작할 수 있습니다.또한, OmicsBox 의 라이선스는 Biobam 계정과 연결되며, 관리하실 수 있습니다.OmicsBox 를 통한 가치 있는 연구를 응원합니다.
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Mapping File에서 특정 위치의 Coverage는 어떻게 확인할 수 있나요? 조회 33 특정 위치의 Coverage를 확인하는 방법은 다음과 같습니다.1. 빨간 박스의 Location 부분에 원하는 위치를 입력합니다. (예: 123,987)입력하시면 해당 위치로 Mapping 데이터가 이동합니다.2. 해당 위치에 마우스 커서를 가져다 놓게 되면 아래와 같이 해당 부위의 Coverage를 확인하실 수 있습니다. (아래 위치의 Coverage는 736 입니다.)
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우리가 원하는 Pathway나 Network에서 우리 dataset 유전자에서 변하는 유전자를 targeting 할 수 있는 Activator를 보여줄 수 있나요? 조회 217 다음과 같이 설명 드릴 수 있을 것 같습니다.Q-1: Pathway나 Network에서 우리 dataset 유전자만 targeting 할 수 있는 upstream regulator만 뽑을 수 있는지?A-1: 특정 경우에만 가능합니다. Pathway나 Network의 molecules 전체가 (예측된 molecules가 없는) 내 dataset 유전자일 경우에만 Grow > Upstream Expression Regulators 기능으로 한 번에 추가가 가능합니다.Q-2: 그러면 우리 dataset 유전자만 targeting 하는 것은 어떻게 하는가?A-2: 다음과 같은 과정으로 수행하실 수 있습니다.1) Pathway 또는 Network에서 expression 값이 있는 molecule(= dataset 유전자)만 선택하여서 Add To My Pathway > New My Pathway 로 옮깁니다.2) molecule nodes에 우리 dataset의 발현값을 얹어주기 위해서 Overlay > Analyses, Datasets & Lists > Add more.. 에서 우리 dataset을 선택합니다.3) 여기서 우리 dataset 유전자만 targeting할 수 있는 upstream regulator를 찾기 위해서는 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용해서 z-score가 +인 것을 후보군으로 선택합니다. (IPA 기준:≥ 2)4) Pathway(or Network)로 돌아가서 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용한 뒤, 해당 리스트에서 후보군으로 선정한 Activator(Regulator)를 찾아서 선택하고 Apply 합니다.5) 연결이 되었으면 Activator에 연결된 주황색, 파란색, 흰색, 회색 molecules(dataset 내 발현값이 없는 molecules)의 선을 모두 제거합니다.6) Pathway(or Network)에서 우리 dataset 유전자만 targeting된 Activator를 보여줄 수 있게 됩니다.
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Core analysis 전 dataset setting에서 Subcellular location(membrane, nuclear 등)을 필터링하여 분석할 수 있나요? 조회 117 Core analysis 이전 단계에서 데이터를 필터링하여 분석을 진행하는 것은 어렵지만, 다음과 같은 대안 방법을 안내해 드릴 수 있습니다.1) 먼저, 분석하고자 하는 데이터세트의 컷오프 세팅 및 필터링을 하지 않고, Core analysis를 running 합니다.2) Molecules tab에서 Symbol을 All pages로 변경합니다.3) 관심 있는 Subcellular location을 필터링합니다. (예: Plasma Membrane)4) Molecules를 전체 선택(Ctrl + A)하고, Create Dataset을 클릭합니다.5) Dataset Upload 창이 나타나고, 새로운 데이터세트로 저장할 수 있습니다.이후 필터링된 Subcellular location molecules에 한해서 Core analysis를 running 할 수 있습니다.
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IPA의 Network에서 우리의 실험값 수치를 추가할 수 있나요? 조회 129 Network에 매칭되는 측정값이 존재하는 경우, 측정값(Log Ratio, p-value)을 추가할 수 있습니다.1) Network tab에서 관심 있는 Network을 선택한 후, View Networks를 합니다.2) Overlay > Analyses, Datasets & Lists를 클릭해 주세요.3) 아래와 같이 화면이 나타나고, 아래로 스크롤을 내리면 Graph overlay options에서 Show value 체크박스를 선택해 원하시는 측정값을 Network 상에 추가할 수 있습니다.
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