« Previous : 1 : 2 : 3 : 4 : 5 : ... 30 : Next »

이번 人CoPLAY2019는 특별했지 ~

4월 25일부터 26일에 인실리코젠의 2019년 첫 행사인 人CoPLAY를 진행했습니다. 작년과 달리 이번에는 족구, 볼링 두 가지 스포츠를 즐길 수 있었습니다.

원래 하루 일정의 행사였지만, 우리의 마음도 몰라주는 봄비로 인해 이틀에 걸쳐 이루어졌습니다.


4월 25일 족구는 우리의 이웃 회사인 IM HEALTH CARE와 게임을 하였습니다.
참여한 모든 선수가 열심히 경기하여 관람하는 내내 재미있었습니다.

못 보신 분들을 위해 영상 공유 드립니다. 참고로 영상은 모두 인실리코젠이 이긴 게임만 첨부하였습니다.


영상에서 저희 개발자님의 헤딩 보셨나요? 그리고 저희 사장님의 발차기도 보셨나요?


인실리코젠 직원분들이 일만 잘하시는 줄 알았는데 운동도 잘하시는지 족구대회를 통해 알게 되었습니다. 건강을 중요시하는 회사인 만큼 틈틈이 운동하신 듯합니다.

4월 26일에는 단체 볼링 게임을 하였습니다. 볼링 게임을 하기 전 든든한 점심과 볼링게임의 승패를 가루는 ‘인플카드’ 및 상금을 받을 수 있는 보물찾기를 진행하였습니다.

숨긴 12개의 보물을 눈 깜짝할 사이에 다 찾으셨습니다. (숨긴 브랜드 위원회 멤버들이 뿌듯해 함.)




식사 후 모두 망포역 근처에 있는 볼링장으로 이동하였습니다. 예약 시간보다 일찍 도착한 직원분들이 다양한 모습으로 시간을 보내고 있었습니다. 장기를 두시는 분도 있었고 젠가를 하시는 분들도 계셨습니다. 전 개인적으로 젠가가 끌리네욥 ~







이제 본격적으로 볼링게임을 시작하였습니다. 게임 룰에 대해 간략하게 설명해 드리자면, 업그레이드된 토너먼트 형식이며 4명이 팀을 이뤄 게임을 하게 됩니다. 첫 번째 게임에서 우승한 팀과 진 팀으로 나눠 두 번째 게임을 진행하게 됩니다. 일반 토너먼트와 다르게 진 팀에서 우승자도 상금을 받을 수 있도록 기획하였습니다. 결과적으로 우승한 팀에서 이긴 3팀과 진 팀에서 이긴 3팀이 상금을 타가는 구조입니다. 











이게 다냐고요? 아까 보물찾기에서 인플카드 기억나시죠? 인플카드가 이번 볼링게임의 하이라이트입니다. 보물찾기에서 제공하는 인플카드 외에도 각 팀에 3장씩 제공하였습니다. 인플카드를 발동시키기 위해서는 게임을 잠시 멈추고 인플카드를 들어 올린 후 “인플카드 발동~!” 이라고 크게 외쳐주셔야 합니다. 참 쉽죵 ~!! 발동시킨 인플카드를 찍은 사진입니다. (짜잔~) 여러분의 사진은 人CoPLAY 역사 속에 간직될 것입니다.














이렇게 재미있게 볼링게임을 마친 후 Ashley에서 맛있는 저녁 식사를 하며 시상식을 하였습니다. 우선, 족구 응원상을 시작으로 볼링 우승팀, Best Player 그리고 Worst Player 순으로 시상하였습니다.

모두에게 기억에 남는 人CoPLAY가 되었길 바라며 마칩니다. 내년에도 더 재미있는 人CoPLAY 기대해 주세요 ~




작성 : 브랜드위원회 제5기 김지인















Posted by 人Co

2019/05/09 13:09 2019/05/09 13:09
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/311

지난 소프트웨어 사용자 5만명 달성 기념,
'555' 이벤트에 이어
NGS 데이터 분석을 위한 All-in-one Package
'555' 이벤트 Ⅱ 를 진행합니다!
 
따스한 봄날,
핫한 프로모션을 잡아보세요!
 
   

Posted by 人Co

2019/04/17 17:06 2019/04/17 17:06
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/310

미세먼지에 대한 小考


언제부터 미세먼지란 말이 대중화가 되었는지 모르겠지만, 이제는 대한민국 국민이라면 삼척동자도 알고 있을 정도로 모두에게 친숙한 존재가 되었습니다. 요즘 유튜브 검색을 하면 통계자료 기반의 신뢰성 정보들을 찾을 수 있는데, 불과 3~4년 전만 해도 미세먼지의 주범은 "고등어"라는 유언비어가 유행할 정도로 미세먼지에 대한 무지와 공포로 제대로 된 정보는 찾아보기 어려웠던 것 같습니다.

2016년에 미세먼지와 오존의 발생원인을 찾기 위한 NASA와 환경부 공동조사가 TV 다큐멘터리로 방영된 적이 있습니다. 그때까지만 해도 미세먼지의 원인은 무차별적인 산업화로 발생한 오염원으로 알려졌었기에 NASA와 체계적인 원인분석의 과정을 거쳐 결국 범인은 "중국"이란 결과를 예상했었습니다.

그러나 조사결과는 기대와 달리 미세먼지 발생원인은 무엇인지 모르고, 중국의 영향은 40%를 넘지 않는다는 놀라운 결과를 들을 수 있었습니다. 1) 지금이야 많은 조사 자료들이 발표되면서 이미 수십 년 전부터 대기질 조사와 미세먼지 연구가 진행되어왔었고, 시계열 조사에 의하면 20~30년 전이 지금보다 몇 배는 더 대기질이 심각했었다는 사실을 많은 사람이 알고 있을 겁니다.

최근 언론이나 유튜브를 보면 정도의 차이는 있지만, 대부분이 국내 미세먼지의 주요 원인이 중국의 영향이 크다는 결론이 많은 것 같은데, 2017년 한미 협력 국내 대기질 공동조사 결과도 국내 원인이 52%, 국외 원인이 48%로 나온 것으로 보아 중국이 문제는 맞긴 한 것 같습니다. 2) 최악의 미세먼지가 연일 계속되었던 지난달 언론에 나왔던 중국발 미세먼지 위성사진은 가히 대륙의 거대함과 함께 공포 조성에 효과적이었던 것 같습니다. 저 큰 땅덩어리의 반 이상이 미세먼지로 덮여있는 사진을 보면 대기오염으로 중국은 곧 망하지 않을까 싶을 정도로 위협적이었습니다. 그런데 이런 보도는 근거 없는 잘 못된 내용이라는 환경단체의 비난이 바로 나왔었고, 지금은 이와 유사한 자료가 사용되진 않는 것 같습니다. 참고되었던 위성사진 자료는 어스널스쿨이란 사이트의 그래픽 프로그램으로 인공위성의 실시간 상황을 보여주는 것은 아니고 전 세계 바람의 흐름을 보여주기 위해 만든 프로그램이라고 합니다. 3) 어스널스쿨 운영자도 사람들의 요구로 미세먼지 유사 데이터를 반영해 극적으로 표현한 것이지 미세먼지와 같은 환경연구 목적으로 만든 것은 아니라고 합니다. NASA와의 공동조사에서도 인공위성, 항공장비, 지상 관측장비를 이용해 종합적 분석을 했었고, 위성자료 만으론 지상의 미세먼지 추정이 아직까진 불가능하다고 합니다.


[그림 1] 어스널닷컴 미세먼지 적용 시뮬레이션 결과 (출처:https://earth.nullschool.net)

어스널스쿨에 들어가면 정말 잘 만든 프로그램이란 느낌이 들고, 전 세계 기상 데이터를 보유한 미국이란 나라의 어마어마함도 새삼 느낄 수 있었지만, 정확하지 않은 정보를 사용하는 것은 잘못된 국민 의식을 조장할 수 있으므로 더욱 주의해야 하고 덮어놓고 중국 탓으로 돌리기보다는, 미세먼지에 대한 국민인식의 변화를 위해 정확한 정보가 제공되어야 하고 상호 협력을 위한 외교적 노력이 필요하다는 말은 설득력 있어 보입니다.

아주대 예방의학과에 재직 중이며 환경운동연합 공동대표를 맡고 있는 장재연 교수는 정부의 미세먼지 대책에 대한 정책 방향을 지적하고, 잘 못 된 인식을 국민에게 심어주고 있다는 주장을 다양한 언론을 통해 말하고 있습니다. 그런 의견 중에 대표적인 것이 환경부에서 내놓은 미세먼지 국민행동요령 중 미세먼지가 심한 날 마스크를 착용하라는 부분에서 마스크가 미세먼지 흡입을 막는데 큰 효과가 없으며 노약자의 경우 되려 해로울 수 있다고 합니다. 마스크 사용을 반대하는 이유를 들어보면 정말 공감할 수밖에 없는데요! 미세먼지 발생원인이 화석연료 사용과 소각이 큰 부분을 차지하고 있는데 한 번 사용한 마스크는 재사용할 수 없어 소각장에서 소각되고, 소각된 마스크는 미세먼지가 다시 발생시키고, 이를 막기 위해 마스크를 다시 쓰는 악순환이 계속되기 때문에 잘못된 조치라고 말하고 있습니다. 4)


[그림 2] AQI 미세먼지 행동요령 (출처:https://www.airnow.gov/index.cfm?action=particle_health.index)

미국의 미세먼지 행동요령(AQI)을 보면 국내와 달리 마스크를 착용하라거나 공기청정기를 사용하라는 말은 없으며 활동을 줄이라는 내용만 있을 뿐이었습니다. 5) 미국은 대기질이 한국에 비해 좋으니까 그렇겠지라는 생각도 들지만 20년 전 국내 대기질이 더 좋지 않았음에도 지금보다 그때가 야외활동이 많았던 것을 보면 지금 우리의 반응이 너무 유난스러운 건 아닌가 싶기도 합니다. 장재연 교수는 마스크 지급이나 전기차 보조금을 늘리는 것보다 미세먼지 감축을 위한 예산을 산업체의 미세먼지 발생 단속과 감시를 위한 보조금 지원을 현실화하는 것이 미세먼지 저감에 더 효과적일 것이라고 합니다.

미세먼지가 심한 날 정부에서 발표하는 것을 들으면 중국과 북한발 미세먼지와 대기정체가 자주 등장하는 것 같습니다. 기상요인은 하늘의 뜻이니 정부로서도 뚜렷한 대책을 내기는 어려워 보입니다. 국외 요인은 중국이 원흉일 텐데 중국의 경우 2013년 이후 이전보다 30~40% 감축한 상태이고 앞으로도 더 드라마틱한 감축 성과를 내지 않을까 싶습니다. 게다가 올 11월 한.중.일 미세먼지 공동연구 결과가 발표될 예정이란 환경부의 반가운 소식을 들었는데, 아마도 연구결과를 기반으로 외교적 협력이 전격 진행될 것으로 기대되며 미세먼지의 국외 기여도는 상당 부분 감소 되지 않을까 싶습니다.

그렇다면 국내 미세먼지 감축은 국내 배출가스를 줄이기 위한 노력이 실질적인 문제 해결 방안이 아닐까 싶습니다. 늦은 감은 있지만 최근 정부와 많은 연구기관에서 미세먼지 원인 규명과 감축을 위한 연구와 정책들이 진행 중으로 알고 있습니다. 당장은 아니더라도 언젠가는 우리도 일본처럼 미세먼지 청정구역이 될 수 있을 것으로 믿어 의심치 않으며, 일본은 어떻게 해결했고 유지하고 있는지를 배운다면 그 시기도 앞당길 수 있으리라 봅니다.



[그림 3] OECD 주요국가 1인당 전력소비량 (출처: IEA, 「Key World Energy Statistics)  

대기질이 서울 못지않게 나빴던 도쿄의 경우 2003년 NO 디젤 정책을 시행하면서 단시간에 비교할 수 없을 정도의 미세먼지 감축 효과를 이루어 냈습니다. 정부와 지자체의 정책 수립과 엄중한 규제와 단속이 있었고, 정책에 발맞추어 경유차에 대한 수요를 줄이는 방향으로 자동차 산업구조도 변화하면서 극적인 효과를 이루었다고 평가받고 있습니다. 6) 게다가 후쿠시마 사태 이후 핵발전의 비율이 제로에 수렴하면서 화력 발전 비율이 80%까지 증가했음에도 화력/석탄 발전의 비율보다는 LNG와 재생에너지 비중을 높이면서 환경문제 해결을 위해 노력했다고 합니다. '아무리 미워도 역시 일본은 일본이구나' 라는 생각을 할 수밖에 없었고, 1인당 전력소비량을 보더라도 신기하게 일본이 한국보다 훨씬 적은 것을 보면 국민적 노력도 상당했을 것으로 보입니다.7) 물론 주거당 전력 소비량은 한국이 일본의 반밖에 되지 않는 걸 보면 국내 산업체 전력 소비 구조가 국내 전력 문제를 해결하기 위한 개혁 대상으로 보입니다.

미세먼지의 공포에서 벗어나기 위해선 정부 정책만으로 불가능하고 국민 전체의 의식변화와 노력이 동반되지 않으면 안 된다는 것은 다들 공감하고 있을 것입니다. 국민 비용 부담이나 기업과 경제 발전을 위해 정책 변화를 두려워하기엔 우리가 맞닥뜨린 환경문제는 무시할 수 없는 수준인 것 같습니다. 경제 이론을 보면 편익과 기회비용은 반비례한다고 합니다. 우리의 편익은 줄이지 않으면서 기회비용만 줄이고자 한다면 미세먼지 감축은 절대 성공할 수 없습니다. 바로 할 수 있는 일들은 바로 실행해야 할 때입니다. 전기 사용도 줄여야 하고 경유차 수요도 줄이기 위한 노력이 필요합니다. 전기의 경우 특히 아껴야 하는 주체는 기업이 되어야 하고, 국가 차원의 신재생 에너지 투자도 늘려야 하고, 신재생 에너지에 의한 전력공급 증가를 위한 국민 전체의 공감과 지지가 필요해 보입니다. 과학과 환경의 문제를 정쟁의 수단으로 이용하는 어리석은 행동도 이제 그만두고 현재를 직시했으면 합니다.

이상 미세먼지가 계속 기승을 부렸던 지난 몇 주를 되새기며 두서없이 짧은 소견을 적어보았습니다.

참고자료

1) 경항신문 보도자료 : http://news.khan.co.kr/kh_news/khan_art_view.html?art_id=201707191557011 
2) BBC 보도자료 : https://www.bbc.com/korean/news-43524873 
3) 어스널스쿨 : https://earth.nullschool.net/ 
4) 장재연의 미세먼지 이야기 : http://kfem.or.kr/?p=188412 
5) AQI 미세먼지 행동요령 : https://www.airnow.gov/index.cfm?action=particle_health.index 
6) 매일경제 보도자료 : https://www.mk.co.kr/news/world/view/2016/06/394323/ 
7) 국가별 1인당 전력 소비량 : http://www.index.go.kr/unify/idx-info.do?idxCd=4102&clasCd=7 

작성 : 대전지사 양성진 책임 개발자

Posted by 人Co

2019/04/11 09:15 2019/04/11 09:15
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/309

합성생물학 분야에서 컴퓨터 안에서 설계되어 작동하는 가상 세포(virtual cell)라는 개념이 있다. 단백질과 DNA, RNA 같은 분자물질 수준에서 생명현상을 연구하는 실험실 연구 방식과 달리, 세포의 대사 전반적인 과정을 컴퓨터로 구현해 생명 현상을 연구하고, 이를 미생물 공학에 응용하려는 방법이다. 이와 같이 세포는 사이버 공간에서 존재하므로, 소프트웨어는 세포의 대사 과정을 구현하는 중요한 연구 도구로써 사용되고 있다. 세포의 유전자 형질을 바꾸는 작업을 프로그래밍에 비유할 수 있는데, 즉 특정 대사 기능을 하는 DNA를 하나의 회로 설계로 간주하고, 이를 전자기기 논리회로 설계처럼 할 수 있는 합성생물학 프로그래밍 언어가 개발되었다.

"Cello" 라는 프로그래밍 언어는 미국 MIT의 합성생물학자인 Christopher Voigt와 보스톤대학, 미국표준기술연구소(NIST) 등의 연구진에 의해 개발된 생명체 DNA 회로 설계를 자동화하는 프로그램이다. 전자회로 프로그래밍 언어인 'Verilog'를 응용하여 세포의 유전자 회로를 설계하고, 이를 세포 내에 구현해 그 기능을 볼 수 있게 한 것이다.

[그림 1] cello logo (출처:http://cellocad.org)

유전자 회로 구성의 기본 원리는 유전자 발현을 조절하는 인자와 그 발현의 산물을 또 다른 유전자 회로의 활성인자(activator)나 억제인자(repressor)로 사용하게 하는 것이다. 유전자 회로의 입력으로는 산소, 당, 빛, 온도, 산성 등과 같은 환경 조건과, 다른 환경 조건을 탐지하는 감지인자를 직접 설계하여 줄 수 있다. 이러한 과정으로 활성화 및 생물학 반응을 일으키는 활성인자를 조합함으로써, 특정 대사 기능 유전자 회로를 설계할 수 있다. 이런 입력과 산출 과정에서 마치 전자회로 게이트들의 스위치 온/오프(on/off)와 같이 여러 유전자의 활성을 일으키거나 억제를 하면서 특정 반응의 회로를 구성하게 된다.

예를 들어, 두 개의 신호가 들어와 두 종류의 단백질을 발현하게 하고 그 발현된 두 종류의 단백질 모두가 합쳐져서 어느 다른 유전자 발현을 활성화하면 'AND 게이트'가 되고 억제하면 'NAND 게이트'가 되고, 둘 중 하나의 단백질만 가지고도 ON을 시킬 수 있으면 'OR 게이트'가 되는 원리이다.

유전자 회로 프로그래밍 언어는, 일반적인 프로그래밍 언어가 0, 1의 기계어로 번역되는 것과 마찬가지로 DNA 염기서열로 번역되고, 유전자 회로의 염기서열을 실제의 미생물 세포에 삽입해 실제로 설계에서 의도한 형질이 발현되는지 확인하는 과정을 거친다.


[그림 2] cello 프로그래밍 과정 (출처:http://cellocad.org)

이번 연구성과는 전자기기 논리회로 설계 방식과 마찬가지로 유전자 논리회로를 간편하게 구성할 수 있음을 보였다. 이는 유전자 회로도 결국에 활성화(activation)와 억제(repression) 등의 간단한 이진법적 스위치로 조절할 수 있음을 보여준 것이다.

이를 이용하여, 자동차를 실제 제작하기에 앞서 컴퓨터 가상 공간에서 세부 내용을 설계해 성능을 미리 확인해보듯이, 세포 생명의 부품이 되는 유전자 회로들을 프로그래밍 언어로 설계해 논리적 연산의 작동을 확인해봄으로써 살아 움직이는 세포의 새로운 형질을 미리 확인할 수 있다.

유전자를 변형해 대사 과정을 바꿈으로써 유용한 약물이나 희귀물질, 에너지 연료를 생산하는 미생물을 개발하는 과정은 무수한 시행착오를 거치며 이뤄지게 마련인데, 특정 대사 기능의 유전자 회로를 미리 설계하고서 제대로 작동하는지 확인함으로써 실제 미생물 실험의 시간과 비용을 대폭 줄일 수 있다.

또한, 단순히 시간과 비용만 줄이는 것이 아니라 우리가 그냥 생물학적으로 생각만 해선 설계하기 어려운 복잡한 회로들도 만들어 여러 가지 테스트를 해볼 수 있고, 최종 후보들에 대해 실제 실험을 할 수도 있다.

이처럼 감지와 반응의 유전자 회로를 정밀하게 설계할 수 있다면, 종양을 감지하면 약물을 분비하는 장내 미생물이나, 부산물의 독성이 많아지면 발효 과정을 스스로 멈추는 이스트 세포들 같은 유용한 물질을 분비 및 생산하는 미생물 같은 것을 만들 수 있으므로, 생물공학 분야에서 상당한 쓰임새가 있을 것이다.

더 정교한 회로들이 만들어질 수 있는 토대가 마련됐다는 것에서, 유전자 회로 설계의 자동화 기법이 합성생물학 분야에서 대표적인 연구결과가 될 만하다고 평가받았다. 앞으로 더 많은 회로를 제작하고 그 많은 회로가 서로 연결되어 더욱 복잡한 조절/대사 회로(regulatory/metabolic circuit)를 만들어가는 방향으로 발전할 것이다.

과거 (주)인실리코젠에서도 합성생물학 유전자 회로 디자인 및 관리를 위헌 시스템을 구축한 적이 있다. 좀 더 자세히 말하면, 유전자(DNA) 단위로 모듈화 데이터베이스를 구축 후 회로도를 직접 디자인하는 시스템을 구축한 사례이다. 이는 유전자회로 구성 방법에 관해서 관심과 시행착오를 겪었던 소중한 경험이었다.

[그림 3] 인실리코젠에서 구축한 유전자 회로 디자인 및 관리 시스템 (PartBank) 화면, 2014

생물 프로그래밍 기법은 복잡한 생물학 전문지식을 갖추지 못한 비전문가도 프로그래밍 언어의 도움을 받아서 원하는 기능의 유전자 회로를 손쉽게 설계할 수 있는 시대가 올 것이다. 이는 유용한 물질을 생산하는 ’세포 공장’의 활용 영역이 더욱 넓어지리라는 기대와 함께 바이오 해저드와 같은 안전과 환경 문제에 대한 우려와 대책도 더욱 필요해짐을 보여주는 것이기도 하다. 따라서, cello가 제시한 아이디어와 시스템 구축 경험을 잘 조합한다면, 다른 관점에서 생물을 정보화하는 재미있는 무언가를 보여 줄 수 있을 것이다.

참고자료

http://cellocad.org 
http://scienceon.hani.co.kr/385489 
https://youtu.be/SLn_SkL7vkQ <참조 3. Cello 데모영상>

작성 : 대전지사 신동훈 개발자


Posted by 人Co

2019/03/28 09:47 2019/03/28 09:47
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/308



그동안 어려운 이야기만 했으니, 이번에는 조금 가벼운 이야기를 해볼까 합니다. 20대 중반 생물정보학을 해보겠다며 (주)인실리코젠에 입사한 지도 벌써 10년이 되었습니다. 한 조직에서 10년 동안 머물면서 불만이 없다면 거짓말일 것입니다. 하지만 그럼에도 불구하고 10년을 머물고 있다는 것은 제가 회사에 느낀 단점보다 장점이 더 크기 때문일 것입니다.

"최신 연구 트렌드와 급속히 발전해 나가는 생물정보 분야의 요구에 맞춰 끊임없이 발전하기 위한 몸부림으로 한 해 한 해 발전해 나갈 수 있었다" 와 같은 틀에 박힌 말은 한 줄이면 충분할 것 같습니다. 저는 (주)인실리코젠의 복지 제도 중 육아에 도움이 되었던 두 가지를 저의 이야기와 함께 이야기와 함께 소개해 보고자 합니다.

유연 근무제

회사 업무에 바쁘게 사느라 주위 사람들과는 점점 거리가 멀어지고 이대로 홀로 30대를 넘어 40대, 50대를 돌파할 것만 같은 시절에 지금의 제 아내를 만나게 되었습니다. 제 아내는 80세 되시는 아버지를 홀로 모시는 늦둥이 외동딸이었습니다. 짧은 연애 기간에 결혼을 결심하고 신혼집을 알아보게 되었을 때, 저는 아내를 위해 장인어른을 모시고 살기로 했습니다. 하지만 저의 결정과는 다르게 지금 사시는 집에서 혼자 지내는 게 더 편하시다는 장인어른의 강력한 주장으로 결국 몇 블록 안 떨어진 곳에 신혼집을 마련하게 되었습니다. 저의 어머니를 위해 홀로 계신 외할머니를 모시고 사셨던 아버지의 모습을 보며 자란 저에게는 당연한 결정이었습니다. 그런데 장인어른의 집은 서울의 중심지, 서울역 부근이었습니다. 출퇴근을 위해서 명동과 용산을 경유하여 한강을 건너 경부고속도로를 타고 신갈까지 최소 1시간 30분에서 2시간까지 걸리는 구간을 이용해야 하는데, 아침잠이 많은 저에게 여간 부담되는 거리가 아닐 수 없었습니다.


[그림1] 평균 3시간이 걸리던 출퇴근 경로

어쨌든 힘든 환경이었지만 효도하는 길이라 생각하고 버텨나가던 중 허니문 베이비로 자라던 아이가 출생하게 되었습니다. 주변에 갓 태어난 아이의 육아와 집안일을 도와줄 수 있는 가족이 없었기 때문에 저의 어깨는 더욱 무거워졌습니다. 이맘때쯤 회사에서 새로 신설된 복지 제도가 바로 '유연근무제'였습니다. 때마침 비슷한 시기에 아이를 낳고 육아와 가사에 대한 고민이 저보다 더 깊던 워킹맘 직원들도 몇몇이 있었는데요, 안정적으로 아이와 집안일을 돌보고 일도 신경 써서 할 수 있도록 선택적으로 재택근무를 하거나 출퇴근 시간을 조정할 수 있는 제도입니다. 회사의 규모에 비해 시행이 쉽지 않은 제도라 몇 가지 제약 사항이 있었지만, 육아를 겸하는 직원들에게 안정감을 주고 회사로서도 직원들의 업무 참여를 지속시킬 수 있어 서로 윈윈하는 제도로 계속 유지되고 있는 제도입니다. 꼭 이런 이유라고 할 수는 없지만 우리 회사에는 2명 이상의 자녀를 갖는 직원들의 비율도 높은 것 같습니다.




[사진1] (좌)이랬던 꼬물이가 (우)장난꾸러기가 되었습니다.

충전휴가

앞서 언급한 것처럼 육아와 가사를 저희 부부가 감당해야 했습니다. 아이와 가족에 대한 사랑으로 서로 의지하고 잘 이겨냈었지만, 돌이 조금 지났을 무렵 번아웃 (burn out) 상태가 됐었습니다. 저도 좀 더 넓고 좋은 환경에서 가족들이 지낼 수 있게 하지 못한 점, 육아와 가사에 좀 더 참여할 수 없었던 점, 그리고 회사의 많은 업무로 인해 지쳐 많이 힘든 상황이 왔었습니다. 그래서 저는 5년 이상 근속자에게 주어지는 충전휴가를 사용하기로 하였습니다. 충전휴가 동안 한 주는 고향에서 가족들과 함께 보내고 한 주는 해외여행을 가서 재충전할 수 있는 시간을 보냈었습니다. 휴가 기간 동안 아이 엄마에게 잠시나마 육아의 짐을 덜어주고 저도 아이와 유대관계를 쌓을 수 있는 시간이었습니다.



[사진2] 충전휴가기간 중 가족여행



[사진3] 인생 스포츠를 즐긴 발리에서의 한 장면

회사 차원에서 이러한 복지 제도는 장기적인 이익을 위해서 도움이 되는 투자 활동이지만 '나 때는 그렇지 않았다.'라든지 '요즘 젊은 사람들은 너무 편한 직장만 찾는다.'라며 부정적으로 인식하는 기업들도 많습니다. 무엇보다도 내가 자리를 비우면 내가 해야 할 일을 대신 해줄 다른 직원이 필요한데, 동료들 사이에 신뢰와 배려가 없다면 이런 제도가 있더라도 눈치가 보여 사용하기 어려울 것입니다. 누군가 복지제도를 악용하거나, 복지제도 이용으로 나쁜 평가를 받는다면 그런 복지제도는 유지하기 어려울 것입니다. 그러나 다행히 저희 (주)인실리코젠과 동료들은 서로의 어려움을 공감하고 나누고 배려하며 서로를 신뢰하는 문화가 깔려 있어 이러한 복지제도를 유지할 수 있는 것 같습니다. 저도 그동안 받은 만큼 함께 일하는 동료들이 열정적으로 일하다 지칠 때 도움을 줄 수 있는 문화를 만드는 데 이바지하고자 합니다.


이외에도 인실리코젠에서는 쾌적한 환경에서 개개인의 역량을 발전시키며 모두의 꿈을 현실로 만들기 위해 다양한 복지제도를 운영하고 있습니다. 사람이 중심이 되고 사람을 중요하게 생각하는 기업 인실리코젠과 함께 일하고 싶은 분들이 더 많아지면 좋겠습니다.


작성 : BS실 심재영 선임

Posted by 人Co

2019/03/18 08:47 2019/03/18 08:47
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/307




언제부터인지 우리는 쌀쌀해진 기온이 코끝을 스치면 독감 예방주사를 맞고 겨울을 준비한다. 독감은 일반적인 감기와는 달리 전염성이 매우 크고 폐렴으로 이어지는 경우가 많아 일반인들에게도 다르게 인식되어 있다. 그도 그럴 것이 감기는 서로 다른 여러 종류의 바이러스들로 유발되지만, 독감은 '인플루엔자 바이러스'라는 명확한 질병체가 밝혀져 있고 그 치료제도 개발되어 있다. 그런데 왜 매번 다른 독감 예방접종을 하고, 증상이 조금씩 다를까? 그 이유는 매우 똑똑한 진화를 거듭하며 스스로 변화하고 있기 때문이다.


인플루엔자 바이러스 구조

[그림 1] 인플루엔자 바이러스의 구조
(출처 : 이일하 교수의 생물학 산책, 이일하)

독감 인플루엔자 바이러스는 nucleocapsid (NP)와 matrix (M) 단백질의 차이에 의해 크게 A, B 및 C형으로 구분된다. 이중 잦은 변이를 일으키며 사람에게 질병을 유발하는 것은 A형으로 바이러스 표면에 존재하는 헤마글루티닌(HA)과 뉴라미니데이즈 (NA)의 다양한 조합으로 그 형태를 변화시키고 있다. 현재 밝혀진 헤마글루티닌의 sub-type은 16개(H1~H16), 뉴라미니데이즈의 sub-type은 9개(N1~N9)로 대략적인 조합수를 생각해 봐도 144개의 다른 인플루엔자바이러스가 만들어질 수 있음을 알 수 있다. 그러나 더욱 문제가 되는 부분은 이러한 조합을 통한 변이 발생이 사람만을 숙주로 하는 것이 아니라 조류와 돼지에서도 발생이 되고, 서로 공유되어 더 다양한 변이가 발생할 수 있다는 것이다. 현재까지 보고에 의하면 사람에서는 주로 A/H3N2형, A/H1N1형 및 B형이 유행하고 있는데 변이를 통해 새로운 바이러스 주가 출현할 경우 유병률과 사망률이 많이 증가하는 것으로 보고되고 있다. 때문에, WHO를 중심으로 전 세계 인플루엔자 감시체계가 운영 중이며 그 유전자형을 밝혀 백신주와 처방제를 제시하는 등 유행에 대비하고 있다.


그렇다면 어떻게 올해 유행할 백신주를 제시하는 걸까?

일반적으로 WHO는 매해 2월 해당연도에 유행할 백신주를 제시하고 있는데, 이는 지난해 남반구에서 가장 유행한 A형 바이러스 2종류와 B형 바이러스 1종을 선정하여 북반구 지역의 나라들에 제시한다. 이를 백신화 한 것이 3가 백신이고, 여기에 B형 1종을 추가한 것이 4가 백신이 된다. 참고로, B형은 2개의 sub-type이 존재하는데, 이 중 한 종류의 항체만 가져도 나머지 한 종에 대한 방어를 어느 정도 수행할 수 있으므로 3가 백신만으로도 충분할 수 있다. 또한, 예방 접종 후 항체 형성은 2주, 효과는 6개월 정도 지속된다고 한다.


바이러스의 유전자형은 어떻게 판별되는 것일까?



유행하는 바이러스의 유전자형은 qRT-PCR을 통해 빠르게 확인한다. 이때, NP, M 또는 HA 유전자를 증폭시켜 유전자 염기 서열을 비교 분석 하게 된다. 각 sub-type은 재조합 변이에 따라 서로 유사 정도가 다른데, 그림 2와 같이 크게 두 그룹으로 구분되어 진다. 이러한 유전자 변이 정도에 따르면 H1, H2, H5, H6의 경우 모두 H1에서 변형된 형태로 볼 수 있다. 이러한 정보는 이후 임상학적 표현형이나, 숙주(사람, 조류, 돼지 등)의 기원을 예측할 수 있고, 나아가 예방, 예찰의 자료로 활용된다.


독감 즉 신종플루 치료제 타미플루의 기작은 어떻게 될까?

인플루엔자 바이러스는 숙주세포의 표면에 sialic acid를 포함한 receptor에 부착한 후 8개의 segments로 구성된 바이러스 유전체를 숙주세포의 세포질로 밀어 넣는다. 이때, 세포막 일부가 유입된 유전체 서열의 막을 형성하는 엔도좀을 형성하게 된다. 형성된 엔도좀 내부는 낮은 pH를 유지하게 되는데, 이로 인해 바이러스의 lipid layer, 즉, 껍질이 분해되고 바이러스 핵산이 세포질에 노출되게 된다. 노출된 핵산중 heterotrimeric influenza polymerase (FluPol)를 코딩하는 유전체만이 숙주세포의 핵 안으로 이동하게 된다. 이후 숙주세포의 polymerase CTD (c-terminal domain)를 인지하여 바이러스의 유전자를 역전사시키고 복제시킨다. 절대적으로 숙주 세포의 시스템을 활용하여 바이러스 유전자를 대량 복제시키는 시스템으로 이를 cap-snatching 이라 하며, 이로 인해 숙주 세포의 유전자가 발현되지 않는 것을 host shut-off라 한다.



숙주세포의 시스템을 이용해 다량 생산한 바이러스 단백질들은 다른 세포로의 이동을 위해 virus particle을 형성하고 숙주세포로 부터 떨어져 나와 다른 세포로 확산된다. 이때, 바이러스는 HA와 NA를 표면에 이미 배치하고, 숙주 세포의 표면에 존재하는 sialic acid와 HA가 최종 결합되는 구조를 형성한다. 이후 NA(neuraminidase)는 근처의 HA와 sialic acid 결합을 끊어 세포로부터 분리 되게 한다. 타미플루는 이러한 바이러스 생활사 중 NA의 활성을 억제하여 다른 세포로의 확산을 방지하는 방법으로 바이러스에 대응하고 있어야 한다. 바이러스의 증식은 일반적으로 감염 후 48시간 이내에 모두 이뤄진다. 따라서 타미플루의 복용은 감염 후 48시간 이내에 이뤄져야 NA 활성을 낮춰 세포 내 확산을 막을 수 있다.

작성 : RDC 신윤희 센터장

Posted by 人Co

2019/03/02 22:44 2019/03/02 22:44
, ,
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/306




사용자 삽입 이미지
인실리코젠은 생물정보 전문기업으로 빅데이터 시대를 선도해 나가고 있습니다. 이 때문에 현장실습 기간 동안 생물 분야 현장의 사회생활을 직접 경험해 보고 Bioinformatics의 기초를 쌓으며 직무 능력을 키워나갈 수 있는 최고의 회사라 단언할 수 있습니다.


회사의 별칭인 人Co는 사람을 중심(Core)으로 배려(Consideration)와 소통(Communication)을 통한 새로운 문화를 창조하려는 브랜드 가치를 가지고 있습니다. 이러한 신념 아래 모두 함께 미래를 향해 나아가기 위한 배움을 멈추지 않고 지속적인 회의와 세미나를 통한 정보 전달과 공유, 선 후배 간의 존중과 배려가 당연시되는 사내 문화를 보며 이런 회사에서는 한평생 몸 바쳐 일할 수 있겠다는 생각이 들었습니다. 8주라는 시간이 지식을 습득하기에는 짧은 시간이지만 사람을 대하는 마음과 배움에 대한 열정만은 인실리코젠에서 제대로 배워간다고 자부할 수 있습니다.


사용자 삽입 이미지
약 8주간의 人Co INTERNSHIP 2019 현장실습을 지원했을 때 자소서를 내고 난 후에도 제 머릿속엔 망설임이 남아있었습니다. 그러나 인실리코젠에서 실습을 마친 후, 누군가 저에게 현장실습을 하고 나서 무엇을 배웠느냐고 묻는다면 ‘관심 있는 분야 내의 다양한 선배님을 만나고, 사회생활을 접해봄으로써 학교 내에서 배울 수 없는 많은 것들을 배웠다.’라고 말할 수 있으며 처음의 의구심은 어느덧 확신으로 변화했습니다. 특히 인상적이었던 것은 人CoSeminar였으며 실제로 데이터 분석 때 사용하는 프로그램을 다루어 볼 수 있었습니다. 이를 통하여 인실리코젠은 현장업무에서 그치는 것이 아닌, 끊임없는 배움과 나아가 인재양성에 힘씀으로써 미래를 위하여 투자하는 선두기업이라 느꼈습니다.
‘한 사람의 꿈은 꿈이지만, 만인의 꿈은 현실이 된다.’ 회사의 필독도서 중 하나인 칭기즈칸에 나온 구절이자, 인실리코젠의 이념이기도 합니다. 꿈을 가지고 들어온 이 회사에서 한 경험 덕에 꿈을 향한 이정표 세울 수 있게 되었습니다. 인실리코젠에서의 값진 시간을 바탕으로 앞으로 저 자신을 갈고닦아 저도 같은 곳을 바라보고 달려갈 수 있도록 하겠습니다.


사용자 삽입 이미지
인실리코젠에서 인턴십을 수료했다면 꼭 알아야만 하는 두 가지가 있습니다. 하나는 생물정보에 대한 개념이고 다른 한 가지는 database에 관한 개념입니다. 저는 이 부분을 인실리코젠에서 한층 성장했다고 생각합니다. 수업시간에 어렵고 이해할 수 없었던 생물정보에 대해서 이곳 인실리코젠에서 자연스럽게 개념과 정보들을 파악할 수 있었습니다.
인실리코젠은 친절하신 분들이 많은 회사인 것 같습니다. 사람을 중심으로 한다는 회사 이름처럼 실제로 사람을 중요하게 생각하고 있음을 느낄 수 있었습니다. 또한, 열정적으로 미팅하는 모습을 보면서, 저 역시도 청춘의 열정만 넘치는 것이 아니라 계속하여 배움을 멈추지 않는 열정을 가져야겠다는 생각을 했습니다. 아직은 인실리코젠에 대해 모르는 것이 많지만 한 가지 말할 수 있는 것은, 인실리코젠은 4차산업을 선도해 나갈 미래 지향적인 일들을 해내고 있고 앞으로도 계속해나갈 것 같습니다.

8주간을 돌아보며





  • 형기은 주임님께 논문 작성 요령에 대해 배우고 학회 등 관련 기관에서 발표하거나 기재를 할 때 포스터 형식으로 간략하게 작성하여 나타내기도 한다는 사실을 알게 되었습니다.



  • 회사에서 주최하는 많은 세미나를 통하여 생물정보학이 실제 실무에서 어떻게 쓰이는지 간접적으로 볼 수 있었습니다. 또한, 이를 통해 통계학, 생물학, 육종학 등 다양한 학문의 필요성을 느끼고 앞으로 학문의 성취 방향을 잡을 수 있는 시간이기도 했습니다.



  • 세미나를 마치고 많은 분 앞에서 수료식을 하면서 많은 분이 관심 가져주셔서 너무 감사하다는 생각이 들었습니다. 수료식을 마치고 나니 비로소 8주간의 인턴십이 끝났음을 실감했던 것 같습니다.

8주란 시간 동안 짧지만 많은 걸 느낄 수 있었는데요, 저희에게 애정을 담아주신 선배님들을 위해 8기 3명의 마음을 모아 5행시 준비해 보았습니다.

인 : 인코인턴십을 하면서
실 : 실수도 종종 있었지만
리 : 리드해주신 선배님들 덕분에
코 : 코끝까지 시린 겨울을
젠 : (전)부 알차게 보내고 갑니다!


작성 : 人CoINTERNSHIP 제8기 수료생 유희상, 박은진, 김재희


Posted by 人Co

2019/02/25 11:41 2019/02/25 11:41
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/305

MS office, 한컴 등 컴퓨터 상에서 각종 문서 및 data를 저장하고 가공하는 솔루션들은 익히 알고 계실 겁니다.
Office 솔루션의 특징은 진입장벽이 낮고 문서 및 data를 구성원 간에 공유하고 자유롭게 수정할 수 있으며, 해당 기능으로 인해 업무 효율성에 시너지를 생성시킵니다.
그러나 안타깝게도 생물학 연구실에서 생성되는 일부 data들은 office 솔루션으로 저장하고 가공하기에는 어려운 것들이 있습니다.
예를 들어 염기서열에 경우 기본적으로 A, T, G, C로 구성되어 있어 문서파일로 저장할 수는 있지만 유의미한 정보를 알아보기 어려우며 가공하기 또한 어려운 것이 현실입니다.
이는 생물정보 data 전용 솔루션이 있으면 쉽게 해결할 수 있습니다. CLC Main Workbench는 Bioinformatics 분야에서 염기서열 분석을 위한 가장 기본적인 소프트웨어로 DNA, RNA, Protein, Digital Gene Expression 등의 분자생물학 데이터를 통합 분석 할 수 있습니다.
이를 통해서 연구실 단위에서 생물정보 분석 및 공유를 원활하게 진행할 수 있는데요, 실제 연구실에서 개인 PC 단위로 설치하여 활용하고 있는 사례를 소개해 드릴까 합니다.



충북대학교 특용식물학과 생명공학 연구실 (이 이 교수님)



이이 교수님의 지도하에 인삼, 당귀, 더덕, 도라지, 잔대, 대추나무, 소나무, 은행나무 등 다양한 약용식물 및 특용식물의 유전정보를 바탕으로 우수품종 육성 및 식물의 종 판별, 유전 다양성 분석 등을 위한 분자표지 개발 및 약용식물에서 주요 약리성분 중 하나인 사포닌의 생합성에 관련하는 유전자 탐색 및 역할 구명 연구를 수행하며 다양한 작물에 대해 RNAi를 이용한 형질전환 식물 개발연구 등을 수행하는 연구실입니다.
저희 실험실에서는 오래전부터 CLC Genomics Workbench와 CLC Main Workbench를 사용해오고 있습니다. CLC Main Workbench는 바이오인포메틱스 전문가가 없는 일반 연구실에서 쉽게 DNA 염기서열과 아미노산 서열 등을 이용하여 클로닝, PCR, 계통분석 등을 할 수 있고, CLC Genomics Workbench의 경우 다양한 플랫폼으로 생산된 NGS 데이터를 활용하여 trim, assembly, Blast 등을 수행할 수 있었습니다.

이 프로그램의 가장 큰 특징은 Windows 환경에서 'GUI를 통해서 구동되므로 다양한 명령어를 숙지하고 있을 필요가 없어서 누구나 쉽게 배울 수가 있고, 속도가 매우 빠르고 적은 양의 메모리를 사용하여 그다지 용량이 크지 않은 메모리를 가지고 있거나 그리 빠르지 않은 CPU를 가지고 있는 PC에서도 구동이 가능하다는 점'입니다. 특히 우리 연구실처럼 '여러 개의 개체로부터 NGS데이터를 얻어서 비교분석을 하는 경우에 개개의 분석을 매번 하지 않고 batch mode를 사용하여 여러 개의 데이터를 순차적으로 분석하여 연구자의 시간과 노력을 아낄 수 있게 해주는 편리한 프로그램이었습니다.

따라서 이 프로그램을 활용한다면 포스트게놈 시대에 다양한 형태의 게놈 데이터를 이용할 수 있어서 연구실의 연구 능력을 한층 업그레이드시킬 수 있다고 생각됩니다.

건국대학교 의생명공학과 미생물대사공학 연구실 (강학수 교수님)



지노믹스 방법을 이용하여 미생물로부터 신규화합물을 찾아내고 이를 의약품으로 응용하는 연구 및 임상에서 쓰이고 있는 값비싼 단백질기반 의약품을 미생물에서 대량으로 생산할 수 있는 플랫폼을 개발하는 연구실입니다.


DNA 염기서열 기술이 발달하면서, 증가하는 생물정보의 데이터를 효율적으로 분석 및 관리하는 시스템의 필요하였습니다. 특히, 연구를 진행함에 있어 방대한 데이터베이스 내에서의 자료수집은 연구 결과와 연결되는 중요한 부분이라고 할 수 있습니다. CLC bio사에서 제공하는 CLC Main Workbench의 경우, 웹 기반 데이터베이스 내 검색, DNA 염기서열 분석 그리고 분자생물학 클로닝(cloning) 등의 다양한 분석 기능을 제공하고 있습니다. 그뿐만 아니라, '염기서열을 비교 분석한 결과를 이미지화하여 데이터 저장이 가능해 다른 연구자들과 정보를 공유할 수 있어 데이터를 손쉽게 다룰 수 있다는 점이 강점'이라고 생각합니다.

분자생물학을 기반으로 실험을 수행하는 연구실에 있어 'DNA 염기서열의 유전자 정보를 annotation 하는 것은 정말 중요한 일이라고 할 수 있습니다. 특히 염기서열 정보를 빠르게 수정 가능하며, Primer design과 molecular cloning tool은 실험을 디자인하는 데 있어 많은 도움이 되었습니다. 또, BLAST와의 연동 및 Sequence Alignment ' 를 활용한 계통수 분석의 사용은 실험 결과를 효율적으로 분석하는데 용이하였습니다. 앞으로도 CLC Main Workbench의 사용은 DNA 염기서열을 분석하고 이해하는 데 사용할 예정입니다.


이번 CLC Main Workbench의 사용은 생물정보 처리 시스템이 굉장히 중요하다는 생각이 들었으며, 효율적인 소프트웨어의 필요성을 느끼게 되었습니다. 생물학을 연구하는 과학자분들에게 CLC Main Workbench의 사용을 추천하려 합니다.

마치며

위의 두 연구실 모두 CLC Main Workbench를 통하여 연구실 내 생물정보 data 처리를 쉽게 저장하고 가공하여 연구를 원활하게 진행 중입니다.
생물정보 data 처리에 어려움을 느끼시거나 연구실 내에 data 포맷을 통일하고 싶으시다면 생물정보 전용 솔루션인 CLC Main Workbench를 한번 사용해 보시는 걸 추천해 드립니다.
마지막으로 사용 후기를 작성하여 주신 충북대학교 이이 교수님, 건국대학교 강학수 교수님께 감사의 말씀을 전합니다.


작성 : 김 성 민 주임 컨설턴트


Posted by 人Co

2019/02/15 14:21 2019/02/15 14:21
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/304



CLC Main Workbench는 Bioinformatics 분야에서 염기서열 분석을 위한 가장 기본적인 소프트웨어로 DNA, RNA, Protein, Digital Gene Expression 등의 분자생물학 데이터를 통합 분석 할 수 있습니다. 이러한 생물정보 기초 소프트웨어를 이용하여 대학 강의에 유용하게 활용한 사례를 세종대학교 신학동 교수님께서 공유해 주셔서 소개합니다.

교과 개요
  • 교과명 : 식품분자생물학 및 실험

  • 교수명 : 신학동 교수님

  • 수업 및 실습 장소 : 세종대학교 율곡관 101호 전산 실습실

  • 수업 기간 및 시간 : 2018년도 2학기 월, 수 13:30 ~15:00


교과 목표

이 교과는 식품분자생물학과 관련된 실험적인 방법 및 생물정보학 기술을 학습 및 응용하여 미생물의 생리학, 생화학, 유전체학에 대한 이해를 높이는 것을 목표로 하며 '식품 미생물학 및 실험' 교과를 선수강한 학생들을 대상으로 하는 심화 과정의 교과임.

주차 별 학습

[표 1] 주차 별 학습


교과 진행 방법

사용자 삽입 이미지
CLC Main Workbench의 설치 및 사전준비
대학 전산운영과와 협의를 통해 세종대학교 율곡관 1층에 있는 전산 실습실 사용을 승인받아 학과 차원에서 구매한 라이선스 21대(교수용 1대, 학생실습용 20대)를 사용하여 CLC Main Workbench에 대한 설치를 진행하였으며 학생들의 자리를 사전에 지정하여 프로그램을 운영, 관리하도록 하였음.
 
교과 진행 방식


[사진 1] 수업 진행 모습

실습에 앞서 해당 주차 생물정보학 분석에 사용되는 개념 및 분석이 가지는 의의에 대한 이론 수업을 통해 학생들에게 ‘무엇에 대한 분석이며 왜 필요한가’에 대한 이해도를 높였음. 이후 분석 실습에서는 강의실 앞에 설치된 대형 스크린을 활용하여 분석이 진행되는 과정을 보여줌과 동시에 학생들이 따라 진행할 수 있도록 지도하였으며 조교 2명이 수업에 보조로 참여하여 분석의 흐름을 놓치거나 문제가 발생한 학생들에 대해 안내해주며 모든 학생이 원활히 분석을 수행할 수 있도록 진행하였음.

학생들의 이해를 높이기 위해 수업 이후 수업 내용을 기반으로 한 과제를 통해 학생들의 이해도를 지속해서 확인했으며 질의·응답 시간을 통해 수업에서 다루지 못한 CLC Main Workbench의 기능과 응용 방법에 대해 추가로 안내하였음.




[사진 2] 학생 수행 과제물 (실험 노트)
 
교과 내용
[그림 1] 식품분자생물학 및 실험 수업에서 진행된 분석 모식도

학생에게 미지의 bacteria를 제공하고 최종적으로 주어진 bacteria의 학명과 기능을 예측하며 sequence data를 기반으로 target gene을 설정하여 primer를 설계하고 PCR에 성공하는 것을 목표로 함. 이를 위하여 학기 초반 실험을 통하여 미지의 bacteria로부터 genome을 추출하였으며 draft genome sequencing을 진행하였음. sequence file을 assembly 시켜 얻은 ‘.fasta’ 형식의 파일을 사용하여 CLC Main Workbench를 통해 생물통계학 분석을 진행함.

‘Nucleotide analysis’의 하위 기능을 활용하여 ORF(Open Reading Frame)를 예측하고 이 영역을 protein sequence로 변환하여 BLAST를 진행하였음. 이를 통해 CDS(Coding Sequence)의 기능을 예측해낼 수 있었고 총 50개 이상의 CDS를 찾고 기능을 정리하는 과제를 수행하였음. 정리된 CDS 정보를 통해 비슷한 기능을 수행하는 유전자가 모여있는 operon이 존재하는지 예측하는 과정을 거쳤음.

‘Design primers’ 기능을 활용하여 관심 있는 CDS 부분을 증폭시킬 수 있는 primer를 제작하고 최종적으로 학생들이 직접 설계한 primer를 주문 제작하여 PCR(Polymerase chain reaction) 과정을 수행하고 gel electrophoresis를 통해 primer가 적절하게 설계되었는지 확인해보는 과정을 거쳤음.


학생 만족도

전반적인 학생 만족도

학과 특성상, 컴퓨터를 통한 분석의 기회가 많지 않다는 점에서 수업의 내용이 신선하다는 평가가 많았으며 프로그램을 운용하는 데에 어려움을 토로하며 정형화된 학습 교안의 필요성을 언급한 학생도 있었음. 다루고 있는 내용에 비하여 프로그램의 구성 및 조작이 단순하여 분석이 용이했음을 다수가 언급했으며 많은 기능이 한 프로그램 안에 포함되어 있어 편리한 점을 이 프로그램의 가장 큰 장점으로 평가했음.

학생 평가 일부 소개

사용자 삽입 이미지

정○ (바이오융합공학과, 3학년)
수업을 통해서 염기서열분석 프로그램을 처음 사용해 봤는데, 생각보다 사용자가 쉽게 사용할 수 있도록 설계되어 있어서 수업을 듣고 금방 따라 할 수 있었다.


사용자 삽입 이미지
이○ (바이오융합공학과, 4학년)
이번 수업을 통해 처음으로 CLC Main Workbench를 사용할 수 있었는데, 물론 프로그램을 다루는 것이 생소하고 어려운 부분이 많았지만 다른 프로그램에 비해 사용 방법이 비교적 간단하고 직관적이어서 사용이 용이했다.

사용자 삽입 이미지
박지○ (바이오융합공학과, 4학년)
CLC Main Workbench에 대한 강의를 듣고 직접 진행해 보며 이전에는 이론으로만 접해보았던 부분을 실습해볼 수 있어서 유익했다. 특히 CLC program을 통해서 Primer region을 설정하고 직접 디자인하는 과정이 매우 유용해 기억에 남는다.

사용자 삽입 이미지
고든○ (식품생명공학과, 4학년)
CLC Main Workbench 이용함으로써 분석하고자 하는 유전정보를 거의 백지상태에서 여러 tool을 활용해 직접 정보를 기록하며 체계적이고 한눈에 보일 수 있도록 정리할 수 있어 매우 유용했다.


사용자 삽입 이미지
이상○ (식품생명공학과, 4학년)
CLC Main Workbench를 처음 사용해봐서 설명을 놓치면 따라가기 힘든 점이 있었으나 프로그램에 tool이 다양해서 이것저것 시도할 수 있던 점이 좋았다. 다양한 분석이 가능해서 여러 가지를 응용해 적용해 볼 수 있었던 것 같아 흥미로웠다.

CLC Main Workbench를 활용한 강의 내용을 좋은 글로 작성해 주시고, 공유해 주신 세종대학교 신학동 교수님께 진심으로 감사드립니다.


작성 : 용승천 주임 컨설턴트





Posted by 人Co

2019/02/08 14:58 2019/02/08 14:58
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/303

우리의 깨진 유리창은 무엇인가?



2019년 기해년은 ㈜인실리코젠으로부터 탄생하여 데이터 식품 선도기업으로 발돋움을 위한 ㈜디이프의 첫돌이 되는 해입니다. 새해를 시작하는 우리 안에 그리고, 시작의 날갯짓을 꿈꾸는 데이터 식품 기업 ㈜디이프의 새로운 시작을 기대합니다. 새해가 된 지 벌써 한 달이 지나갑니다. 더 늦기 전에 새해가 되면 떠올리는 처음, 시작이라는 단어를 ‘깨진 유리창 이론(Fixing Broken Windows Theory)’이라는 법칙으로 해석해 보고자 합니다.

깨진 유리창 이론이란?

깨진 유리창 이론(Fixing Broken Windows Theory)은 미국의 범죄학자 제임스 Q. 윌슨과 조지 L. 켈링이 1982년 공동 발표한 글에 처음 소개된 사회 무질서에 관한 이론입니다. 즉, 깨진 유리창 하나를 방치해 두면, 그 지점을 중심으로 범죄가 확산하기 시작한다는 이론으로 사소한 무질서를 방치하게 되면 나중엔 지역 전체로 확산될 가능성이 크다는 의미를 담고 있습니다. 1969년 스탠퍼드 대학 심리학자인 필립 짐바르도 교수는 현장 실험을 통해 사회의 무질서는 아주 작은 차이를 통해 확산될 수 있음을 언급하고 있습니다. 필립 잠바르도 교수는 두 대의 중고 자동차를 구매하여 한 대는 뉴욕의 구석진 골목에, 다른 한 대는 스탠포드 대학 인근 현장 연구에서 다음과 같은 실험을 시작했습니다. 구석진 골목에 두 대의 차량 모두 본넷을 열어 둔 채 주차 시켜 두고, 차량 한 대에만 앞 유리창이 깨져 있도록 차이를 두고 일주일을 관찰한 결과, 본넷 만 열어 둔 멀쩡한 차량은 일주일 전과 동일한 모습이었지만, 앞 유리창이 깨져 있던 차량은 거의 폐차 직전으로 심하게 파손되고 훼손된 결과를 보여주었습니다. 이처럼 같은 환경, 같은 상태에서 단지 유리창만 깨져 있었을 뿐인데 사람들의 생각에는 극명한 차이가 난다는 것을 알 수 있습니다. 이처럼 깨진 유리창을 고치느냐 방치하느냐와 같이 소홀하기 쉬운 사소한 차이가 큰 변화를 야기한다는 것이 바로 깨진 유리창 법칙이라고 할 수 있습니다. 깨진 유리창 법칙은 여러 분야에서 적용될 수 있어 다음과 같은 사례를 소개하고자 합니다.

사례1. 범죄예방

깨진 유리창 법칙은 범죄학 이론에 정면으로 도전하는 독창적인 개념으로 평가되고 있으며, 깨진 유리창 법칙에 의하면, 지역 사회 내 쓰레기 투여, 노상 방뇨 등 기초 질서 위반 행위가 계속 방치되어 진다면, 지역 사회를 통제하는 비공식적 통제능력이 약화되고 자신이 위험하다고 생각되는 특정지역에 전혀 접근하지 않는 등 이러한 생활 변화들로 인해 자신이 거주하는 지역사회에 무관심을 증가시키게 됩니다. 결국, 지역사회로의 기능을 상실하게 되어 그 지역에 잠재적 범죄자들은 더 많아지거나, 외부로부터 유입될 수 있는 상황이 됩니다. 이러한 이론의 실증 사례로 뉴욕시는 1994년 범죄와 무질서를 이슈화하여 8가지 범죄 통제전략을 추진하여 공공장소에서의 무질서와 무례한 행동, 경미한 범죄 행위의 단속까지 강화하였습니다. 이러한 범죄율 감소 프로그램을 통해 뉴욕시의 살인율은 40% 이상, 강도율 30% 이상, 그리고 침입 절도 25% 이상이 감소되었다는 연구결과가 있습니다. 범죄예방을 위한 사소한 물리적 환경의 강화가 범죄 예방의 중요한 수단이 되며, 깨진 유리창 이론의 기본적 주장이 실증적으로 입증된 사례입니다.



사례2. 비즈니스

깨진 유리창 이론은 범죄뿐만 아니라 기업 경영에도 적용됩니다. 한 고객의 조그마한 불평은 인터넷과 SNS를 통해 전달되고 확산하여 결국 해당 기업은 큰 경제적 타격을 받게 됩니다. 서비스, 품질 하나하나에 세심히 신경 쓰고 관리한다면 사람들의 입소문을 타고 퍼져 그 기업 제품에 대한 더욱 열정적인 후원자가 됩니다. 기업경영 이론에서 깨진 유리창 법칙을 적용한 마이클 레빈 교수는 바로 눈에 보이지 않는 사소한 허점이 바로 비즈니스의 무덤이 될 수 있다고 강조하고 있으며, 기업 경영에서 중요한 것은 단 한 번의 사소함이 기업을 쓰러뜨릴 수 있으므로 ‘100-1= 99’가 아니라 ‘100-1=0’이라는 것을 의미한다고 말하고 있습니다. 맥도날드는 햄버거 외 장난감도 하나씩 주는 어린이 세트 상품을 판매하면서 장난감의 재고 부족으로 세트 상품을 정상적으로 공급하지 못해 생겨난 고객 불만과 이러한 민원처리로 인한 지연된 서비스로 급격한 매출 하락을 가져오게 되었습니다. 즉, 사소한 위기를 관리하지 않으면 총체적 위기가 올 수 있다는 것을 의미합니다.



사례3. 관계

깨진 유리창의 대상이 사물이 아니라 사람이라면 어떤 일이 일어날 수 있을까요? 직장 생활을 하다 보면 상대적으로 업무집중도가 낮고, 팀워크에 적극적이지 않으며 같은 실수를 되풀이하여 팀원 및 조직 전체에 영향을 미치는 직원이 생기기도 합니다. 이처럼 맡은 업무를 책임감 있게 수행하지 못하고 업무 역량이 개선될 의지가 없어 보이는 직원의 행동이 깨진 유리창으로 정의될 수 있다면 고칠 필요가 있다고 말할 수 있습니다. 비단, 직장 생활뿐만 아니라 가족 관계, 친구 관계, 우리가 속해 있는 많은 커뮤니티 관계 속에 깨진 유리창과 같은 사소한 행동과 마음이 있다면, 결국 무너지는 관계를 형성할 수 밖에 없을 것입니다. 이처럼 모든 분야에서는 깨진 유리창이 있을 수 있습니다.

에필로그

생물정보 전문기업으로 기반을 쌓은 ㈜인실리코젠은 유전체 분석 외 데이터 식품이라는 화두를 갖고 2018년 자회사 ㈜디이프를 새롭게 탄생시켰습니다. 데이터 식품 비즈니스의 첫 출발인 ㈜디이프의 -1이 무엇인지, 내 안에 존재하는 깨진 유리창이 무엇인지 생각하게 되었습니다. 데이터 식품 비전 앞에 놓인 다양한 과제, 비즈니스 전략, 정책과 기획을 세우고, 실천적인 방안을 구상하여야 할 것입니다. 작은 것을 세심히 살펴서 작은 실천을 일으켜 큰 성과를 가져오게 하고, 역으로 큰 실패가 될 수 있는 작은 구멍을 살펴서 선제로 위기관리를 하여 우리가 준비한 ㈜디이프의 성공을 기대해 봅니다. 기본에 충실하고, 초심의 모양(Form)이 흐트러지지 않는다면, 내 안의 깨진 유리창을 더 빠르게 발견할 수 있을 것입니다. 2019년 기해년의 시작점에서 올 한해를 지낼 우리의 일상생활, 관계, 자신의 삶에 존재하는 깨진 유리창은 무엇이 있는지 점검해 보고, 생각해 볼 일인 것 같습니다.

참고문헌


작성 : 신가희 책임

Posted by 人Co

2019/01/20 21:48 2019/01/20 21:48
Response
No Trackback , No Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/302



« Previous : 1 : 2 : 3 : 4 : 5 : ... 30 : Next »