What small molecules are known to regulate my pathway?


PTPRC(CD45)는 세포의 활성화 신호를 억제 조절할 수 있는 역할을 하는 단백질 중 하나이다. PTPRC(CD45)는 세포막에 위치한 protein tyrosine phosphatase의 일종으로 T세포 또는 B세포의 신호전달에 관여한다. PTPRC(CD45) 단백질을 제거한 실험에서 JAK와 신호 전달체 및 전사 활성인자 (STAT)가 활성화된다고 알려져 있다. 이러한 PTPRC(CD45) -> STAT6 signaling pathway를 조절하는 small molecule들은 무엇이 있는지 확인해보고자 한다.

Step to follow


Step 1. PTPRC -> STAT6 signaling pathway 검색

Information pane에서 PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 검색한다. 검색된 Pathway를 더블클릭하면 새 Pathway 문서에서 확인 할 수 있다.
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Step 2. Pathway 옵션 설정

PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 제어하는 small molecule에는 무엇이 있는지 알아보기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard에서 Add Neighbors > Directionality: "Upstream" > Entity type : "Small molecule"를 순서대로 선택하고 Relation type은 창 하단의 Cheak All을 클릭하여 모든 Relation을 한 번에 선택해 준다.
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Step 3. Pathway 확인


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Tip. 복잡한 Pathway를 간략하게 정리하고 싶다면?


Tip 1. View > Relation Table View 기능 사용

Reference가 적은 relation들을 확인하고 삭제하는 manual 방법

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Tip 2. Common Regulators 알고리즘 활용

Advanced Build Wizard 에서 Algorithm Type : “Add Common Regulators" > Algorithm Type : “Add Common Regulators” > Entity Type : “Small Molecule” > Relation Type : “All Regulation Type” 순으로 선택한다.

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아래 동영상보기를 하시면 3개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.




Posted by 人Co

2010/12/20 08:38 2010/12/20 08:38
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