CLC bio asia-pacific resellers meeting


CLC bio 에서는 매년 여름 아시아 지역의 distributor들이 모여 정보를 공유하고 협력 방안을 모색 할 수 있는 meeting을 주최해 왔습니다. 이번 Asia-pasific resellers meeting에는 한국과 대만, 일본, 중국, 말레이시아, 오스트레일리아의 distributor들과 덴마크의 CLC bio 본사의 책임자들이 함께하였습니다. 아시아 각국의 생물정보 시장을 선도하는 업체 담당자들과 만나 이야기를 나눠보니 모두 생물정보 분야의 발전에 일부분 기여하고 있다는 자부심을 공유할 수 있어서 유익한 시간이었습니다.


특히 이번 meeting에는 CLC bio 의 부사장과 개발 책임자가 참가했는데요, 저희 (주)인실리코젠은 한국의 CLC bio 유저들을 대신하여 고객들의 요구사항이나 고충을 대변하여 CLC bio의 담당자들을 거세게 몰아 붙이는 진풍경이 벌어지기도 했습니다. 그 결과 다양한 지원 정책과 유용한 분석 기능들의 추가 개발을 약속 받았습니다.



CLC bio는 Next-Generation Sequencing (NGS) 열풍으로 생물정보학 분야에 집중된 관심과 함께 나날이 성장해 나가며, Agriculture, Diagnosis, Medical research 분야의 집중된 분석 도구와 pipeline을 개발해 나갈 것이라고 밝혔습니다. 뿐만 아니라 이러한 분야에 적용할 수 있는 다양한 case study와 application note와 같은 자료를 제공하겠다는 계획도 밝혀 CLC bio의 solution들이 더 쉽게 널리 이용될 수 있도록 노력하는 의지를 볼 수 있었습니다.



3일 이라는 짧은 시간 동안의 만남이지만 모두 다 생물정보학 분야의 발전이라는 목표와, 'CLC man'이라는 동질감을 공유해서 일을 떠나 개인적으로 많이 친해진 모습들을 볼 수 있었습니다.

NGS analysis, anyone can do!


이 번 CLC bio Asia re-seller meeting 행사 내에는 "NGS analysis, anyone can do!" 라는 주제로 NGS 데이터의 de novo/reference assembly를 비롯하여 variation detection, RNA-seq, ChIP-seq 등의 분석을 누구나 쉽고 간편하게 수행할 수 있는 CLC Genomics Workbench의 5.5 버전 런칭 세미나도 개최되었습니다.

지 난 8월 23일, 이비스 앰베서더 수원 호텔에서 진행된 이 세미나는 최근 업그레이드로 다양한 분석 도구들이 추가된 CLC Genomics Workbench의 기능과 실 사례 데이터 분석 결과를 바탕으로 우리 회사의 VVIP 고객들을 초청하여 CLC Genomics Workbench 사용자들에게 유용한 시간이 되었습니다.



먼저 이번 세미나의 개요와 각 섹션에 대한 간단한 소개 후 본격적으로 세미나가 시작되었습니다. ‘NGS 기본 개념 및 응용분야’라는 주제로 진행된 첫 번째 섹션은 NGS를 이용한 다양한 application 및 분석 사례를 소개하는 시간이었고, 연이어 두 번째 섹션은 NGS 데이터를 활용할 수 있는 다양한 분석 툴을 탑재하고 있는 CLC Genomics Workbench의 기능들에 대하여 알 수 있는 시간이었습니다. 또한 이번 re-seller meeting 행사로 인하여 내한한 CLC bio사의 Henry Wang 컨설턴트가 가장 중요한 세 번째 섹션을 맡아 CLC Genomics Workbench 5.5 버전의 업그레이드된 기능에 대한 리뷰를 진행하였습니다.





잠깐의 휴식시간 후 바로 진행된 네 번째 섹션은 이러한 CLC Genomics Workbench를 이용하여 얻은 실사례 데이터로 case study를 보여주는 시간이었습니다. 최근 NGS 데이터로 가장 많이 수행하고 있는 variation 분석과 RNA-seq 분석에 대한 예제로 CLC Genomics Workbench에서 실제 분석되는 과정을 확인할 수 있었고, 업그레이드 된 기능들을 잘 활용하여 쉽고 간단한 워크플로우로 제작할 수 있음이 사용자들에게 가장 흥미있는 이슈였습니다.





이렇게 이번 세미나를 통하여 CLC Genomics Workbench의 한층 업그레이드된 강력해진 분석 기능들을 파악할 수 있는 시간이었고, 짧은 시간에 많은 정보를 보여주려고 하다보니 그 동안 고민이었던 NGS 데이터의 분석 관련 질의/응답 및 컨설팅의 시간이 부족했던 점이 가장 아쉬웠습니다. 하지만 충분히 CLC Genomics Workbench의 매력을 직접 느낄 수 있었던 시간이었을 것이라 생각되고, 우리 고객분들이 조금 더 CLC Genomics Workbench를 활용하는 능력을 키울 수 있는 좋은 기회가 되었을 것입니다. "NGS analysis, anyone can do!"라는 이번 세미나의 주제처럼, 저희 (주)인실리코젠은 NGS 데이터 분석에 어려움을 느끼시는 연구자 분들께 NGS를 조금 더 쉽고 편리하게 분석할 수 있는 방법을 알릴 수 있도록 노력하겠습니다.

Tour

8월 22일 수요일

8월 22일 오전 distributor Meeting이 끝난 후 이비스 호텔에서 점심식사를 하였습니다. 모두들 맛있는 식사를 한 후에 든든한 마음으로, 한편으론 비가 올까 걱정스러운 마음을 가지고 경복궁을 향해 출발했습니다.

경복궁 입구에서 가이드를 만나기로 약속을 한 후, 버스를 타고 달리고 달려 드디어 경복궁 앞에 도착. 보라색 모자를 쓴, 오늘 하루 우리에게 친절하고 재미있게 설명을 해주실 가이드를 만났습니다. 하늘은 곧 비가 쏟아져 내릴 것처럼 흐렸지만 다행히도 비는 내리지 않았습니다. 경복궁에 들어가기 전 가이드의 설명이 시작되고, 저와 Henry는 입장권을 끊으러 갔습니다. 경복궁에 처음 온다는 저의 말에 Henry는 굉장히 놀란 눈치였습니다. Henry는 경복궁이 두 번째 방문이라고 합니다. 그렇게 먼 거리도 아닌데 왜 여지껏 한 번도 가보지 않았는지.. 너무 역사에 무관심했다는 생각이 드는 순간이었습니다.

경복궁에 들어서서 단체 사진을 한컷! 찍고 가이드의 설명을 들으며 이곳 저곳 둘러보기 시작했습니다. 모두들 호기심 가득한 눈빛으로 경복궁을 둘러보고 매우 아름답다는 탄성이 나오기도 하고 가이드의 재미난 설명 덕에 다들 신나보였습니다. 그리고 많은 분들이 사진을 찍느라 분주한 모습이었습니다.






많다면 많고 적다면 적은 인원을 박 부장님과 제가 어떻게 인솔을 해야 할지 걱정이 앞서기도 했지만 Henry의 도움 덕분에 한결 편하게 경복궁 관광을 할 수 있었습니다. 경 복궁 투어가 끝난 후 우리는 바로 인사동으로 향했습니다. 인사동에서는 각자 쇼핑타임을 가졌고, 인사동의 한정식 집에서 저녁 식사를 하였습니다. 좌식이라 외국인들에게는 다소 불편하여 미안한 마음이었지만 다들 내색하지 않고, 음식을 맛있게 먹어주었습니다.

빡빡했던 일정을 마무리하고 우리는 내일 또 다른 투어를 위해 호텔로 아쉬운 발걸음을 옮겼습니다.

8월 23일 목요일


23일 목요일에는 용인에 위치한 한국민속촌을 투어하기로 했습니다. 투 어를 시작하기 전 우리는 수원에서 맛있기로 소문난 ‘ㄱ’ 한정식 집으로 향했습니다. Vegetarian을 위해 식당에서 별도로 샐러드도 준비해주었습니다. 보기 좋은 음식(떡)이 먹기도 좋다는 말이 있듯이 음식들이 모두 굉장히 예쁘고 먹음직스럽게 한 접시 한 접시 담겨져 나왔습니다. 작품을 카메라에 담듯이 다들 배고픔도 잊은 채 음식을 카메라에 담기 바빴습니다. 역시나 맛도 굉장히 좋았습니다. 처음 보는 음식들도 신기해하며 모두들 맛있게 먹었습니다. 맛있는 점심 식사를 마친 후 우리는 본격적인 한국민속촌 투어를 시작하기 위해 식당을 나섰습니다. 한국민속촌은 우리 조상의 슬기와 지혜가 스며있는 전통생활 모습을 재현, 전시한 야외민속박물관으로 만들어진 곳입니다. 민속촌에서는 나이가 지긋하고 인상이 좋아 보이는 어르신이 가이드를 해주셨습니다. 교장선생님으로 계셨다가 퇴직 후에 봉사활동으로 가이드를 하고 계시다고 합니다. 전통생활 모습을 젊은 세대의 가이드가 아닌 나이 지긋한 어르신이 직접 해주니 우리나라 전통생활 모습이 더 잘 묘사되고 전달되지 않았나 싶었습니다.



가이드 선생님의 디테일한 설명과 함께 민속촌을 둘러본 후 각자 지인들에게 선물할 기념품도 구매를 하였습니다.

호텔로 돌아가는 차안에서 노을이 빨갛게 지는 모습을 보니 제가 타국에서 관광을 하고 있는 것만 같았습니다. 그만큼 노을이 너무 아름다웠습니다.

이틀동안 걸어서 투어를 하느라 저도 외국인 분들도 힘들었지만 그만큼 서로에게 좋은 추억이 됐을 거라 생각합니다. 대한민국이라는 나라에서 (주)인실리코젠과 함께 관광했던 모든 모습들이 외국인 분(친구)들에게 좋은 기억만 심어줬으면 좋겠다라는 생각을 하며, 저는 지금도 그 때의 모습을 다시 추억해 보고 있습니다.

(상기 사진중 초상권에 대한 우려가 있으신 분은 당사로 연락주시면, 즉시 조치를 취하겠습니다.)

Codes사업부 김경윤, 심재영, 송하나

Posted by 人Co

2012/09/28 14:16 2012/09/28 14:16
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연재 순서

   1. Assembly
   2. Variation study
   3. Expression study
   4. Epigenomics
  5. Genome Annotation
   6. Next Generation Bioinformatics
   7. Data Management for web 2.0 Era
   8. Semantic Network for Integrated Biology Data
   9. Gene Network Discovery by Text-mining
  10. Centralization for High-throughput Data Analysis



이번 연재에서는 NGS Edition의 마지막 연재로 대용량의 데이터를 다루기 위한 Centralization for High-throughput Data Analysis에 대해 알아보도록 하겠습니다.

3-5. Centralization for High-throughput Data Analysis


 최근 들어 분석하고자 하는 데이터의 용량이 기하급수적으로 늘어남에 따라 데스크탑 컴퓨터 사양으로 분석하기가 어려워지고 있다. 따라서 생물정보 전문가들의 도움이 많이 요구되지만, 한 두 명의 생물정보 전문가들이 처리하기에는 분석하고자 하는 데이터가 급격하게 증가되고 이를 활용한 연구 분야가 다양하여 대규모의 생물정보 전문가를 가용하고 있는 센터가 아닌 곳에서 모든 분석을 지원하는 것은 쉽지가 않다. 또한 유전체 분석과 같은 대규모 프로젝트가 컨소시엄 형식으로 수행되고 있는 상황에서는 다른 연구팀과의 상호 협조를 통한 공동 연구가 중요하며, 이를 위한 데이터의 공유와 관리도 중요시되고 있다. 따라서 연구자들이 공동으로 데이터를 업데이트하거나 다운로드할 수 있는 데이터베이스와 대규모의 용량을 분석할 수 있는 서버, 그리고 서버에서 분석한 결과를 개별 컴퓨터에서 확인할 수 있는 시스템의 유기적인 관계가 요구된다. 하지만 생물데이터의 형식과 이를 분석하는 프로그램의 종류가 다양하므로 데이터의 공유와 관리, 그리고 분석 프로그램의 연계가 상당히 복잡하다.

 대다수의 생물학자들이 윈도우 운영체제의 컴퓨터를 사용하고 있으며 Vector NTI, DNA Star와 같은 생물데이터를 분석하는 상용화 프로그램을 많이 이용하고 있다. 하지만 이런 상용화 소프트웨어는 윈도우에서만 사용가능하며, 분석하는 데이터의 용량 및 길이에 제한을 두고있으므로, 대규모의 데이터를 분석하는 것은 적절하지 않다.

 CLC bio사에서는 대규모의 NGS 데이터 및 대규모의 데이터를 서버에서 분석할 수 있는 CLC Genomics Server(그림 11)와 데스크탑 컴퓨터에서 결과를 확인하고 Vector NTI, DNA Star와 같은 다양한 분석 프로그램에서 나온 결과 데이터를 사용할 수 있는 CLC Genomics Workbench를 개발하였다.

사용자 삽입 이미지
그림 11. Genomics Server 시스템 아키텍처

 CLC Genomics Workbench에서 CLC Genomics Server에 NGS 데이터 및 대규모 분석 데이터를 업데이트하고 분석을 수행한 뒤 CLC Genomic Server에서 분석되어진 결과를 CLC Genomics Workbench에서 확인할 수 있는 플러그인이 있다. 이를 활용하면 대규모 리소스를 필요로 하는 데이터의 분석과 데스크탑 컴퓨터에서 가능한 데이터 분석을 구분하여 연구 업무의 효율성을 증대시킬 수 있다. 또한 윈도우, 리눅스, 매킨토시 등 운영체제에 관계없이 설치가 가능하기 때문에 다양한 운영체제에서 데이터를 분석하는 연구자들이 분석결과를 공유할 수 있다. 대부분의 상용화 프로그램은 연구자들이 원하는 분석 알고리즘이 없을 경우 이후 버전의 업그레이드 내용을 기다리거나, 다른 프로그램을 이용하여 분석할 수밖에 없으므로 분석의 일관성을 유지하기 어렵고, 번거로움이 가증되었다.

 하지만, CLC Genomics Server에서는 External Application 플러그인을 적용하여 CLC Genomics Workbench에 설치되어 있지 않는 알고리즘 및 분석법을 커맨드라인 방식으로 설치한 후 간단한 설정을 통해 별도의 인터페이스를 만들지 않더라도 CLC Genomics Workbench에서 데이터의 입력과 출력을 수행할 수 있으며, 분석 결과를 다른 분석에 응용할 수 있다.

 그림 12는 CLC Genomics Server에서 external application 모듈을 설정하는 것을 보이고 있으며, 그림 13은 external application을 통해서 구축한 새로운 모듈을 이용하여 분석하는 화면을 보이고 있다. 이와 같이 서버급에서 분석할 수 있는 시스템과 데스크탑 컴퓨터에서 분석할 수 있는 프로그램의 연계를 통해서 생물학자들이 복잡하고 다양한 데이터를 분석하는데 많은 도움을 줄 수 있을 것이다.

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그림 12. External Application of CLC Genomics Server. 자주 사용되는 커맨드라인 방식의 프로그램은 CLC Genomics Server의 External Application 설정을 통해 별도의 인터페이스를 만들지 않고 CLC Genomics Workbench에서 수행할 수 있다. 이를 이용하여 사용자에 맞춰진 workbench로 재구성할 수 있다.

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그림 13. CLC Genomics Workbench 플러그인 적용. External application 플러그인으로 구축된 새로운 모듈은 CLC Genomics Workbench에서 분석이 가능하다.






저희 (주)인실리코젠 Codes팀은 최신 생물정보학관련 연구 동향에 대한 기술 소식지(Quipu Issue Paper)를 발간하고 이 소식지를 통하여 빠르게 발전하는 NGS 시대에 다양한 변화를 습득하고 하시는 연구에 조금이나마 도움이 되길 바라면서 지난 2월부터 약 2개월에 걸쳐 저희 회사 블로그 Quipu(http://www.insilicogen.com/blog/)를 통해 연재를 진행하였습니다. 지난 2개월 동안 최신 생물정보학관련 연구 동향에 대한 기술 소식지 블로그 연재에 많은 관심 가져주셔서 진심으로 감사드리며 저희 (주)인실리코젠은 앞으로도 생물정보 분야에서 끊임없이 노력하는 기업이 되겠습니다.


(주)인실리코젠 Codes팀 배상
Tel: 031-278-0061 / E-mail: codes@insilicogen.com



Posted by 人Co

2010/04/09 09:42 2010/04/09 09:42