OmicsBox 4.0 RELEASE
OmicsBox 4.0의 새로운 기능 및 개선 사항
신규 기능
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30개 이상의 데이터 집약적 도구를 OmicsBox와 독립적으로 클라우드에서 실행할 수 있는
새로운 Cloud Sync System 도입
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분석 파라미터, 입출력 데이터 크기 확인 및 Real-Time Log Streaming을 지원하는 Cloud Usage
Viewer 추가
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분석 수행 도구의 마지막 단계에서 분석 결과를 클라우드 저장, 로컬 다운로드, 또는 동시
저장 선택 가능한 Cloud File Handling 추가
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Enrichment 분석, Taxonomic Classifications, Sequence Annotations 결과에 대한 AI 기반
자동 요약(AI-Powered Analysis Summaries) 기능 추가
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Module Detection, Gene Network Chart, Module-Trait Correlation 등을 포함한 Gene
Co-expression Network Analysis기능 추가
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Interactive Volcano Plot을 포함한 DESeq2 기반 차등 발현 분석(Differential Expression
Analysis) 기능 추가
- FASTA 파일 분할 도구 추가
Transcriptomics
- Volcano Plot에서 발현 조절 유전자(Regulated Genes)에 대한 툴팁 추가
- Time Course Analysis에 FET Side-Panel Action 및 Expression Profile Tooltip 추가
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SingleR에서 by Group, Quantile, Aggregate Reference 파라미터를 이용한 annotation 기능
개선
Functional Analysis
- Pathway Search 기능 개선
- Functional Enrichment Plot에 GO Category 필터 추가
- GSEA Bubble Plot에 GO Category 선택 및 Top/Bottom 필터링 기능 추가
- FET Enriched GO Graph에서 상향/하향 조절(Over/Under Regulation) 선택 기능 추가
- Word Cloud에 Top/Bottom Tags 설정 Filter Wizard 추가
- InterProScan 기본 출력 형식을 GFF로 변경
- 차등 발현 결과에 대한 GSEA Downstream Analysis 옵션 추가
- Blast2GO 프로젝트 파일 합치기(Combine Blast2GO Project Files) 옵션 추가
General
- Report 스타일, 아이콘, Toolbar 등 인터페이스 개선
- 탭 이름 변경(Tab Renaming) 기능 추가
- Cloud Sync Jobs 완료 시 이메일 알림 기능 추가
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Cloud Files에 Drag-and-Drop, Copy/Paste, Last Modified 열, 진행 상황 표시가 포함된
Multi-Part Upload/Download 기능 추가
- .box 파일 합치기/병합(Combine/Merge) 도구를 General Tools 메뉴에 추가
- High DPI 화면에서 흐릿하게 보이던 문제를 유발하던 강제 Device Scale 설정 제거
- Chart의 노드(Node) 및 엣지(Edge)에 크기, 색상, 레이블(Label) 설정 옵션 추가
- 다수의 소규모 버그(Bug) 수정