[릴리즈] QIAGEN CLC Genomics Workbench v.26 새로운 업데이트
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2025. 12. 29 -
CLC Genomics Workbench Latest release note
2025.12.01.부터 v26.0.1 적용 가능
New features and improvements
New Tools
‘Detect Fusion Genes from DNA’는 DNA reads track 으로부터 fusion을 식별합니다.
‘Update Sequence Attributes’는 개별 elements, sequence 목록, 정렬 및 Tree의 sequences 속성을 업데이트 합니다.
위 기능은 Table view 하단에 위치한 ‘Add Attributes’ 버튼을 통해서도 사용할 수 있습니다.
‘Download Taxonomy’는 NCBI Taxonomy Database의 7단계 분류를 서열의 Taxonomy 속성 값으로 추가합니다.
‘Filter Based on Name’은 원하는 이름을 가진 항목만 포함하도록 필터링 할 수 있습니다.
‘Create Motif List from Sequences’은 Input한 Sequence 또는 그 Annotation에서 파생된 simple motifs를 포함하는 motif 목록을 생성합니다.
‘Create Sequence Constructs’은 구성 요소를 결합하여 모든 sequence 조합을 생성하여 DNA 또는 단백질 구성체를 생성합니다.
‘Fusion plots graphics exporter’는 Fusion 유전자 track의 모든 fusion plot을 그래픽 파일로 내보냅니다.
Workflow related
Workflow authoring functionality
Workflow 요소들을 해당하는 Group에 배치하여 확장 또는 축소된 형태로 표시합니다.
Workflow의 많이 거치는 경로는 시작 시에 ‘Fork’ 요소를 배치하여 단일 선택으로 지정할 수 있습니다.
새로운 Workflow 요소인 ‘Branch on Item Count’는 특정 항목을 기준으로 흐름을 제어합니다.
Workflow에서 특정 도구의 downstream 또는 upstream의 경로를 강조표시할 수 있습니다.
Other workflow editor improvements
Workflow 편집기를 재구성하여 관련 기능에 빠르게 접근할 수 있도록 개선되었습니다.
Workflow 편집기 side panel을 재구성하고 label을 업데이트하였습니다.
Validation 메시지를 더 쉽게 확인할 수 있습니다.
Workflow의 구성 요소를 추가하는 기능이 개선되었습니다:
Workflow의 여러 연결을 단일 작업으로 이동할 수 있습니다.
2개 이상의 데이터 세트를 input으로 필요로 하는 도구가 포함된 workflow는 기본적으로 하나 또는 여러 개의 input을 연결할 수 있습니다. 이전에는 원하는 수의 데이터 세트를 input으로 수행하려면 하나의 input을 연결해야 했습니다.
Workflow 편집기에서 기존 workflow의 전체 또는 일부를 복사/붙여넣기를 수행할 때는 기존의 workflow의 순서는 유지됩니다.
Workflow에는 도구가 있지만 CLC에는 없는 경우(ex. 현재 설치되지 않은 plugin에서 제공된 도구인 경우) 해당 도구의 정보가 제공됩니다.
Existing tools workflow-enabled
Workflow에서 활성화된 도구들
Annotate with GFF/GTF/GVF files
Extract Sequences
Restriction Site Analysis
Other workflow related improvements
CLC 소프트웨어에서 사용할 수 없는 도구가 포함된 workflow도 설치할 수 있습니다. 이를 통해 필요한 plugin을 나중에 설치할 수 있습니다.
설치된 workflow에 대한 설명은 해당 workflow의 복사본에 포함됩니다.
Filtering
Filtering
‘Advanced table filtering’과 ‘Filter on Custom Criteria’의 필터링 기능이 대폭 개선되었으며, Filter criteria 정의가 표준화되었습니다.
복잡한 필터링 전략도 한 번에 정의할 수 있으며, 기준을 그룹화하고 각 그룹에 대해 모두 일치 또는 일부 일치로 일치를 개별적으로 정의할 수 있습니다.
모든 기준과 일치하는 항목을 유지하거나 제거하거나, 모든 항목에 일치 상태 정보를 annotation에 추가할 수 있습니다.
Filter criteria 정의는 복사/붙여넣기 및 필터 세트를 통해 재사용할 수 있습니다.
Simple and advanced table filters에서 사용 가능한 작업이 개선되었습니다.
‘Select Matches’ 작업을 통해 다른 행을 숨기지 않고 기준과 일치하는 행만을 선택할 수 있습니다.
‘Invert Selection’을 통해 선택한 행의 선택을 해제하고 이전에 선택하지 않은 행을 선택할 수 있습니다.
‘Show All’을 사용하면 필터링이 적용된 후 모든 행이 표시됩니다.
‘Clear’을 사용하면 필터링에서 정의된 모든 기준을 제거할 수 있습니다.
기존 작업의 labeling 지정 기능이 개선되었습니다.
‘-’ 또는 ‘:’를 포함한 용어를 따옴표로 묶은 경우, 이제 간단한 표 필터링에서 해당 용어를 사용할 때 따옴표가 적용됩니다. 이전에는 따옴표로 묶인 경우에도 특수 문자로 해석되었습니다.
Filter on Custom Criteria:
보고서를 생성할 수 있습니다. 이 보고서는 샘플 보고서 또는 통합 보고서에 추가할 수 있으며, 기준과 일치하거나 일치하지 않는 총 항목 수를 샘플 보고서의 QC 요약 항목으로 사용할 수 있습니다.
Motif 목록, stand-alone mapping 및 generic table들은 이제 input 형식으로 지원됩니다.
Tables
Tables
테이블 하단에 있는 Create New Table 버튼을 사용하면, 기존 Table에서 선택된 행만을 포함하는 새 테이블을 생성할 수 있습니다.
현재 View에 표시된 테이블 내용을 내보내는 메뉴 옵션의 이름이 Export Displayed Table로 변경되었습니다.
대용량 테이블에 대한 정렬 속도가 개선되었습니다.
테이블에서 행이 선택된 상태인 경우, 열 기준 정렬을 수행한 이후에도 해당 선택 상태가 유지됩니다.
Motifs
Viewing and defining motifs
Motif List 테이블 View는 여러 행 선택을 지원하며, 마우스 오른쪽 클릭 메뉴에 표준 테이블 옵션이 포함되어 있고, sequence로부터 Motif를 추가할 수 있는 Add Motifs from Sequences 옵션을 제공합니다.
Motif는 Annotation 타입을 가지며, 추가적인 annotation 메모를 포함할 수 있습니다. 이러한 기능은 sequence 간에 간단한 annotation 정보를 전달하는 데 사용할 수 있습니다.
Searching for motifs
Motif Search는 개선된 실행 화면을 제공하며, 정확도 값을 0에서 100 사이의 임의의 값으로 지정할 수 있습니다. 또한, circular sequence의 motif도 지원됩니다.
Side panel의 Motifs와 관련된 새로운 기능은 다음과 같습니다.
단순 motif 매칭을 위한 최소 정확도를 설정할 수 있습니다.
Motif를 직접 입력할 수 있는 빠른 검색 필드가 추가되었습니다.
Side panel에서 motif를 직접 편집할 수 있습니다.
다음 매칭 위치로 바로 이동할 수 있습니다.
하이라이트 된 motif 위에 마우스 커서를 올리면 표시되는 정보에는 매칭 상세 정보가 포함되며, 일치하지 않는 residue는 소문자로 표시되고 매칭 정확도도 함께 표시됩니다.
Side panel에서 실행되는 Manage Motifs 대화상자에는 추가적인 공통 Motif들이 포함되어 있으며, Motif list에 저장할 수 있는 옵션도 제공합니다.
BLAST and BLAST at NCBI
BLAST and BLAST at NCBI
Megablast 최적화 기능은 nucleotide 쿼리 서열로 nucleotide 데이터베이스를 검색할 때 사용할 수 있습니다.
검색에 대한 기본 설정값이 업데이트되었습니다. 특히 중요한 부분은, 모든 검색 유형에서 기본 E-value가 이제 0.5로 설정되었습니다.
실행 화면에서 옵션 표시 방식이 전반적으로 개선되었습니다.
히트가 발견되지 않은 경우에도 BLAST 결과가 생성됩니다. 이전에는 히트가 없다는 정보가 로그에만 기록되고, BLAST 결과는 생성되지 않았었습니다.
Sequence 리스트 내의 서열에서 선택한 영역을 기준으로 BLAST 및 BLAST at NCBI를 바로 실행할 수 있습니다. 이전에는 서열을 개별 View로 열었을 때만 이 기능이 가능했습니다.
펩타이드 데이터베이스 검색을 위해 BLAST at NCBI를 실행할 때, 기본 선택 데이터베이스가 nr 데이터베이스에서 ClusteredNR로 변경되었습니다.
PDB 데이터베이스에 대한 BLAST 히트 결과의 서열은 다운로드하여 열거나 저장할 수 있으며, 또는 NCBI 웹사이트에서 바로 열어 확인할 수도 있습니다.
Variant detection
Variant detection
성능 개선 사항
Basic Variant Detection, Low Frequency Variant Detection, and Fixed Ploidy Variant Detection는 특히 전장 유전체 데이터처럼 많은 변이를 호출할 때 메모리 사용량이 감소되었습니다.
Low Frequency Variant Detection 속도가 개선되었습니다.
Copy Number Variant Detection (Targeted)는 이제 타겟 영역을 초과하는 범위를 포함하는 control coverage table도 사용할 수 있습니다. 이전에는 control coverage table의 영역이 타겟 영역과 정확히 일치해야 했습니다.
Filter Homozygous Reference Variants는 homozygous reference variant를 결과에서 제거하는 대신 annotation으로 표시할 수 있습니다.
Amino Acid Changes는 HGVS 표준을 준수하는 annotation을 추가합니다:
Deletion과 Duplication은 단순한 표기법을 사용합니다. 예를 들어, c.274delT와 c.123_124dupGA는 각각 c.274del과 c.123_124dup으로 표기합니다.
반복 서열은 long format을 사용합니다. 예를 들어, c.58_59insTTT는 c.58_58insT[3]으로 표기됩니다.
Theoretical 변이는 괄호로 표기됩니다. 예를 들어, p.Glu169Asp는 p.(Glu169Asp)로 표기됩니다.
Low Frequency Variant Detection 과 Fixed Ploidy Variant Detection은 PacBio 및 Oxford Nanopore reads를 사용할 때 homopolymer indel에 의한 거짓 양성 발생이 감소되었습니다.
Reports
Reports
Create Report from Table은 생성되는 리포트에 대해 추가적인 사용자 지정 기능을 지원합니다:
Numerical column은 퍼센트 형식으로 표시할 수 있습니다.
Filter on Custom Criteria에 의해 ‘일치하지 않음‘으로 annotation 처리된 행은 리포트에서 제외할 수 있습니다.
요약 행을 추가할 수 있으며, 이는 Create Sample Report에서 QC 요약 항목으로 사용될 수 있고, combined report 에도 포함될 수 있습니다.
RNA-seq Analysis에서 생성된 리포트에는 paired reads의 총 매핑 수가 포함되며, 이 값 또한 Create Sample Report에서 QC 요약 항목으로 사용할 수 있습니다.
Create Sample Report와 Combine Reports는 RNA-seq Analysis for Long Reads의 리포트를 입력으로 사용할 경우, 더 이상 reads에 대한 read count를 출력하지 않습니다.
Create Variant Track Statistics Report는 입력 데이터가 비어 있을 경우, 기존의 No data available 대신 0으로 출력됩니다.
Create Variant Track Statistics Report에서 보고되는 총 변이 수는 Create Sample Report에서 QC 요약 항목으로 사용할 수 있습니다.
Tracks
Tracks
Merge Annotation Tracks:
중복 annotation을 처리하기 위한 옵션이 포함되었습니다.
중복된 annotation이 하나로 병합되었는지 여부를 나타내는 Collapsed 속성이 결과물에 추가되었습니다.
병합된 annotation 이름 뒤에 (merged)를 더 이상 자동으로 추가하지 않습니다.
Annotate with Overlap Information에는 겹치는 항목의 속성을 복사할지 여부를 제어하는 옵션이 추가되었습니다. 속성이 복사되는 경우, 겹치는 트랙의 이름이 Overlap tracks 속성에 추가됩니다. 이전에는 속성이 항상 복사되었으며, 겹치는 트랙의 이름이 복사된 속성 이름 뒤에 그대로 추가되었습니다.
Filter Based on Overlap과 Filter on Custom Criteria는 fusion track을 필터링할 때, 동일한 융합을 설명하는 두 개의 breakpoint가 함께 유지되거나 함께 제거되도록 동작합니다. 이전에는 각 breakpoint가 독립적으로 필터링 되었습니다.
Detect and Refine Fusion Gene에서 출력되는 fusion track은 다음 정보를 포함합니다:
fusion frequency와 5’ 및 3‘ frequency를 포함합니다.
IPA gene view를 사용할 수 있는 더 많은 fusion이 포함된 최신 목록이 적용되었습니다.
Chromosome Table view는 이제 모든 트랙 타입에서 사용할 수 있습니다.
Sequences
Sequences
복사된 sequence는 기존 sequence에 붙여넣을 수 있습니다. Annotation이 있는 sequence 영역을 복사하면, annotation도 새 위치에 복사됩니다.
개별 sequence는 attribute를 관리할 수 있는 table view가 있습니다.
선택한 영역 내 residue에 대한 빈도 정보는 side panel에 Positional stats에서 확인할 수 있습니다.
Sequence lists
Graphical view improvements
Graphical view에서 sequence 이름을 클릭하면 전체 sequence가 선택됩니다.
Graphical view에서 여러 sequence를 선택하는 것이 더 간편해집니다.
Graphical view에서 sequence 레이블에 숫자를 포함할 수 있습니다.
Side panel의 “Lock numbers” 옵션을 통해 각 sequence별이 아닌, 최상단에 sequence position 숫자를 표시할 수 있습니다.
선택한 영역 내 residue 빈도에 대한 정보 및 선택한 영역을 포함하는 sequence의 개수가 side panel의 “Position stats”에 표시됩니다.
Table view improvements
Table view에서 행을 선택 후 드래그하여 원하는 순서로 재배치할 수 있습니다.
Table view에서 선택한 행을 다른 리스트의 Table view로 드래그하여 sequence를 복사할 수 있습니다.
Alignments
Graphical view improvements
Graphical view에서 sequence 이름을 클릭하면 전체 sequence가 선택됩니다.
Graphical view에서 여러 sequence를 선택하는 것이 더 간편해집니다.
Graphical view에서 sequence 레이블에 숫자를 포함할 수 있습니다.
선택한 영역 내 residue 빈도에 대한 정보 및 선택한 영역을 포함하는 sequence의 개수가 side panel의 “Position stats”에 표시됩니다.
Table view improvements
Table view에서 행을 선택 후 드래그하여 원하는 순서로 재배치할 수 있습니다.
Sequence 속성(attribute)을 추가, 수정 및 삭제할 수 있습니다.
Trees
Trees
Alignment 기반으로 생성된 tree의 경우, tree와 해당 alignment를 연결하여 함께 볼 수 있는 alignment view를 제공합니다.
기존 “metadata”로 표시 및 우클릭 메뉴 항목이 “attributes”용어로 변경됩니다.예: “Assign Metadata” → “Add Attributes”, “Delete Metadata ” → “Delete Attribute ”, “Import Metadata” → “Add Attributes”
Tree 옵션에 Description, Accession, Latin Name, Taxonomy, Common Name 등 표준 sequence 속성을 선택할 수 있습니다.
Template workflow updates
Template workflow updates
QIAseq Panel Analysis Assistant가 QIAseq 커스텀 패널용 분석을 설정할 수 있도록 지원합니다.
Identify DNA Germline Variants workflow에서 변이를 필터링 하는 대신 annotation을 추가하도록 변경됩니다.
RNA-Seq and Differential Gene Expression Analysis workflow에 “Create Sample Level Heat Map”이 추가됩니다. 이전에는 feature level heat map만 생성되었습니다.
Import and upload
Import and upload
FASTA 파일로부터 시퀀스를 가져오는 속도가 대폭 향상됩니다:
Standard Import of FASTA (.fa/.fsa/.fasta), Nucleotide FASTA, and Protein FASTA
Biomedical Genomics Analysis plugin 및 CLC Single Cell Analysis Module에서 제공하는 Import Immune Reference Segments
CLC Microbial Genomics Module에서 제공하는 Import MLST Scheme
Standard Import 사용 시 GenBank/EMBL feature table의 source 섹션에 포함된 taxon reference가 “TaxID” 속성값으로 자동으로 할당됩니다.
CLC Server Import/export 디렉토리 및 AWS S3 bucket에 있는 파일을 metadata로 import 시킬 수 있습니다.
Remote Files tab의 “Upload to This Folder” 우클릭 옵션을 통해 AWS S3 bucket에 업로드할 데이터를 다른 AWS S3 bucket에서 선택할 수 있습니다.
Remote Files tab 상단에 검색창이 추가됩니다. 파일/폴더 이름 또는 S3 URL로 검색할 수 있습니다.
Import 창에서 CLC Server Import/Export 디렉토리의 파일 선택 시 검색창이 추가됩니다. CLC URL, 경로 및 파일명으로 검색할 수 있습니다.
Export
Export
Report를 PDF 형태로 내보낼 시, 표지 또는 목차를 제외하고 내보내는 옵션이 제공됩니다. 이전에는 둘 다 포함되었습니다.
VCF Export
Biomedical Genomics Analysis 플러그인의 Detect Regional Ploidy로부터 생성된 영역수준(regional-level)의 ploidy track을 지원합니다. 배수성(ploidy) 영역은 CN 값을 갖는 CNV로 내보내어집니다.
“Filter” 열이 존재할 경우, 값과 관계없이 모든 항목이 내보내어지며, 해당 열은 VCF에 포함됩니다.
BAM Export는 긴 contig를 포함한 read mapping에 대한 인덱스를 생성할 때 .bai 포맷의 인덱싱 포지션 제한(229)에 관련하여 더 명확한 오류 메시지를 제공합니다.
Other improvements
Other improvements
De Novo Assemble Long Reads에서 ONT 또는 PacBio CLR reads 사용 시 “Trim windows” 및 “Minimum coverage” 설정을 추가하여 낮은 커버리지를 갖는 샘플 assembly에 유용한 선택지를 제공합니다.
Create Pairwise Comparison으로부터 생성된 pairwise comparison 테이블에서 sequence 레이블이 기본적으로 상단 및 좌측에 표시되며, 레이블 내용을 여러 정보를 사용해 custom 하거나 숨김 처리할 수 있습니다.
Workflow의 Create Sample Report에서 QC summary 항목 구성이 간소화됩니다.
Primer design을 위한 Calculation parameters 대화창에 Reset 버튼이 추가됩니다.
Extract Consensus Sequence가 Alignment를 입력으로 받을 수 있습니다.
Annotate with GFF/GTF/GVF files 기능에서 여러 외부 파일을 동시에 사용하여 annotation을 추가할 수 있습니다.
Reference Data Manager의 전반적인 개선 사항으로 다운로드 상태에 대한 더 명확한 정보 표시, 검색 기능 개선 등이 포함됩니다.
데이터 요소가 연결된 CLC Metadata Table을 찾는 기능이 지원됩니다. 해당 요소의 Element Info view에 있는 Metadata 섹션의 “Find” 링크를 통해 가능합니다.
기존에는 AWS Connections 대화상자에서 Public S3 bucket 접근을 설정하였으나, 이제는 Connections | Public S3 Buckets에서 설정합니다.
기존에는 별도의 vdb-config를 통해 프록시를 따로 설정하지 않으면 SRA 다운로드가 실패하였으나, 이제는 Workbench의 Preference에서 지정한 프록시 설정이 SRA 다운로드에도 적용됩니다.
Toolbox의 Tools 또는 Workflows 탭에서 항목을 선택 후 Ctrl+C 입력 시 항목의 이름이 클립보드로 복사됩니다.
기타 다양한 소규모 개선
Bug fixes
Analysis
Trim Reads에서 reads trimming을 수행하면, trimming에 사용된 CPU 코어 수에 따라 약간 다른 결과가 나타나는 문제가 해결되었습니다.
Basic Variant Detection, Low Frequency Variant Detection and Fixed Ploidy Variant Detection:
Reference variants에 대해 일부 Count 값이 Coverage 값보다 커지는 오류가 수정되었습니다.
드물지만 여러 위치를 포함하는 변이에서 보고되는 다양한 품질지표 값이 잘못 계산되던 오류가 해결되었습니다.
RNA-seq 데이터에서 서로 겹치는 paired spliced reads가 있고, insertion 내부에 read segment가 완전 포함되는 상황에서 QC가 실패하던 문제가 해결되었습니다.
Assembly를 찾지 못한 경우, 결과 자체를 제공하지 않았는데, 이제는 빈 결과라도 출력되도록 개선되었습니다.
Display
Side Panel에서 consensus sequence의 ambiguous positions에 대한 기호 변경이 적용되지 않던 문제가 해결되었습니다.
서로 겹치는 RNA reads에서 서로 다른 염기가 있을 때, 두 기호가 중복으로 표시되는 문제가 있었는데 이제는 올바르게 IUPAC 코드로 표시됩니다.
Compactness가 Packed로 설정된 stand-alone read mappings에서, insertion 직후 reference와 불일치하는 염기 위치가 지정된 mismatch 색상으로 표시되지 않던 문제가 수정되었습니다.
Circular reference mapping 시, junction 구간에 걸친 insertion이 표시되지 않는 문제가 해결되었습니다.
Import and export
Sanger Import 시 reads 이름을 삭제하지 않은 상태로 paired reads를 importing할 때, 실패하던 문제가 수정되었습니다.
Fusion 트랙을 VCF로 내보낼 때 read count에 “Fusion spanning reads”가 포함되지 않던 문제가 수정되었습니다. 이제 “Fusion crossing reads”와 “Fusion spanning reads”의 합계를 총 read count로 사용합니다.
CNV track을 VCF로 export할 때, CNV 위치가 1bp씩 어긋나는 오류가 수정되었습니다.
특정 파라미터 값이 페이지를 넘어가는 경우, 발생하는 오류가 수정되었습니다.
많은 Input elements로부터 생성된 히스토리 정보를 export할 때 발생하던 문제가 수정되었습니다. Export file “Originates from” 섹션이 1페이지를 채우면, 이후 내용이 잘리던 문제가 있었습니다.
Other
다양한 사소한 버그 수정
이번 릴리즈에서 수정된 CVE는 다음과 같습니다.
CVE-2025-55163
CVE-2025-58057
CVE-2025-58056
CVE-2025-11226
Reference data
Reference data
Reference Data Manager의 QIAGEN Sets 탭에서 다음 Reference Data Elements가 추가되었으며, 관련 데이터들이 해당 버전을 표기하도록 업데이트되었습니다.
Version 20250915_hg38_no_alt_analysis_set and 20250915_hg19 for Clinvar.
Versions ensembl_mane_v1.4_hg38_no_alt_analysis_set and refseq_mane_v1.4_hg38_no_alt_analysis_set for MANE genes, CDS and mRNA.
Version ensembl_v115_hg38_no_alt_analysis_set for Ensembl genes, CDS and mRNA.
2025년 11월 3일자로 Download 3D Protein Structure Database 가 14 version으로 업데이트되었으며, 이전 버전의 CLC Genomics Workbench에서도 같은 데이터가 다운로드 됩니다.
2025년 12월 1일부터 Pfam 38.0을 다운로드합니다. 이전 버전의 CLC Genomics Workbench에서도 같은 데이터가 다운로드 됩니다.
Plugin notes
Plugin notes
MAFFT가 이제 추가 alignment plugin에서 사용 가능합니다.
Changes
Tools and settings
Predict Splice Site Effect에 의해 추가된 annotation 이름이 Splice effect에서 Possible splice effect로 변경되었습니다. Possible splice site disruption 값은 Yes로 간소화되었으며, Splice site에 대한 영향이 예측되지 않는 변형에는 No로 표시됩니다.
Annotate with Overlap Information으로 추가된 annotation 이름이 기존 overlapping track에서 Overlap으로 변경되었습니다.
Annotate from Known Variants으로 추가된 annotation 이름이 Overlap에서 Overlap tracks으로 변경되었습니다.
Annotate with GFF/GTF/GVF file의 이름이 Annotate with GFF/GTF/GVF files로 변경되었습니다.
Remove Homozygous Reference Variants 이름이 Filter Homozygous Reference Variants로 변경되었습니다.
다음 도구들은 update 된 실행 창들을 보여줍니다.
Annotate with GFF/GTF/GVF files
Assemble Sequences
Extract Sequences
Merge Variants Tracks
Restriction Site Analysis
De Novo Assemble Long Reads and Polish with Short Reads, Identify DNA Germline Variants, Prepare Raw Data and RNA-seq and Differential Gene Expression Analysis workflow:
옵션이 업데이트 되었으며 생성되는 결과 이름이 변경되었습니다.
Third party version updates
SRA toolkit 버전이 3.1.1로 업데이트되었습니다.
Functionality retirement
다음 도구는 더 이상 사용할 수 없습니다.
Filter Annotations on Name -> Filter Based on Name
Marginal Variants -> Filter on Custom Criteria & Filter Homozygous Reference Variants
Update Sequence Attributes -> Update Sequence Attributes
Correct Long Reads (legacy)
Branch on Sequence Count -> Bran on Item Count
Discard variants without effect on splice site 옵션이 Predict Splice Site Effect에서 제거되었습니다. 대신 Filter on Custom Criteria을 사용하여 Predict Splice Site Effect에 annotation이 달린 변형을 필터링하는 것을 권장합니다.
path.properties 파일의 설정을 사용하여 임시 파일의 기본 위치가 아닌 위치를 지정하는 것은 더 이상 지원하지 않습니다. 대신, workbench의 vmoptions 파일에 해당 위치를 지정해야 합니다.