Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

[뉴스레터] QIAGEN 9월의 웨비나 - in vitro flavivirus 또는 coronavirus에 감염된 세포주에 대한 전사학적 분석 조회 2,581 2020. 08. 31 - QIAGEN Digital Insights 솔루션을 이용한 바이러스 감염 세포주의 전사학적 분석 QIAGEN Digital Insights 생물정보학 도구가 바이러스 연구에 대한 더 깊은 인사이트를 얻는 데 도움이 되는 방법을 알아보세요. 전 세계적인 바이러스 감염의 출현은 병원균에 의해 야기된 중요한 공중 보건 문제를 상기시키고, 최근의 전 세계 COVID-19 대유행으로 예시되는 바와 같이 전 세계적으로 새로운 바이러스 위협이 계속 발생하고 있습니다. 이들 바이러스 제제 중에는 두 개의 flaviviruses인 웨스트나일 바이러스와 뎅기 바이러스, 그리고 인간 개체군에 광범위한 영향을 미친 두 개의 코로나바이러스인 SARS-COV-1과 SARS-CoV-2가 있으며, 심각한 증상과 사망을 일으킬 수 있습니다. 따라서, 이러한 바이러스에 대한 면역 반응을 이해하는 것은 매우 중요합니다. QIAGEN에서는 숙주 유전자 반응에 대한 단기적 영향의 차이를 강조하기 위해 이러한 바이러스에 감염된 세포주의 전사체를 분석했습니다. 이번 웨비나에서는 아래 주제들을 진행 할 예정입니다. QIAGEN CLC Genomics tools를 사용하여 차등 표현식 프로파일을 생성하기 위한 데이터 분석 바이러스 감염 데이터 세트에서 규제된 표준 경로 또는 기능 식별 감염에서 관찰된 표현 변화의 드라이버를 제안하는 새로운 규제 네트워크에 대한 가설의 생성 다른 맥락에서 관심 있는 유전자에 관한 가치있는 정보를 시각화(예: 질병 또는 표현) QIAGEN IPA의 바이러스 감염 데이터 세트를 65,000개 이상의 다른 공공 데이터 세트와 비교함으로써 single-cell biology에 대한 인사이트 획득. 지금 등록하세요! (Ctrl을 누른 상태로 클릭해주세요!) 행사 상세 날짜 : 2020. 09. 02(수) 장소 : 온라인 시간 : 동부표준시 오전 11시 ~ 12시 (한국 오후 6시 ~ 7시)

[릴리즈] What’s new in the QIAGEN IPA Spring 2020 Release 조회 1,820 2020. 04. 07 - 새로운 점 : Activity plot과 추가 사항 바이오 마커 발견, 약물 용도 변경, 생물학적 메커니즘 설명 등을 돕는 산점도(scatter plot)를 사용하여 IPA에서 OmicSoft 분석(> 60,000개)을 통해 특정 실체 (upstream regulator, canonical pathway 등)의 활동을 탐색하여 발견합니다. Analysis Match 라이선스가 필요합니다. Analysis Match 데이터베이스에 있는 6만 개 이상의 분석을 통한 상피간엽이행(EMT) 기능의 활성 예측 EMT는 3,500여개 이상의 분석 (각 분석은 plot의 점으로 표시되며, 제목에서 나타남)에서 특이적입니다. 이 부분집합에 대해 [SF-C1]을 선택하고 비교 유형인 "실험군 vs 대조군" 에 대해 추가적으로 필터링한 결과는 EMT에서 강한 억제(z-score < -2)를 나타냅니다. (이미지 상의 연두색 점) 융합 유전자를 네트워크나 경로 상에서 시각화하세요. 암 작동원리를 네트워크와 경로에서 융합 유전자의 시각화로 설명하세요. 비어있는 경로에서 BCR-ABL1 융합 유전자를 추가하여 생성된 작은 네트워크 다른 분자, 경로 및 질병들의 부분집합들은 융합 유전자의 상위 및 하위의 네트워크에 확장되어 추가되고, Molecule Activity Predictor tool을 사용하여 imatinib 약물을 시스템에 첨가하는 것을 시뮬레이션 하였습니다. "표준" 유전자에 사용 된 것과 동일한 유형의 관계가 융합 유전자에 사용됩니다. QIAGEN Land Explorer의 통합으로 방대한 오믹스 데이터를 탐색하세요 IPA에서 Land Explorer 전체로의 링크를 통해 생물학적 맥락에 대한 오믹스 데이터의 거대한 데이터베이스를 살펴보세요. Land Explorer 라이센스가 필요하지만, 2020 년 3월 29일부터 30일 동안 무료로 제공되는 Land Explorer trial에 자동 등록됩니다. QIAGEN Land Explorer가 QIAGEN IPA에 통합됩니다. 이러한 확장은 전반적인 오믹스 데이터에 대한 개별 유전자의 심층적인 탐구, 유전자 간 발현 상관관계, Analysis Match 데이터셋의 expression details 시각화를 가능하게 합니다. 컨텐츠 향상과 업데이트 6만 개 이상의 Analysis Match 데이터셋 약 139,000개의 새로운 발견, 총합 >7백만 개 이상 확장된 Canonical Pathways 5개의 새로운 경로 10개의 기존 경로가 이제 활성화 패턴을 가짐

[릴리즈] What’s new in the IPA Summer Release 조회 2,319 2019. 07. 03 - 새로운 오버레이 기능, 추가 필터 및 두 개의 새로운 canonical pathways 두 가지 중요한 연구 주제와 관련된 새로운 canonical pathway 찾기 새로운 경로 지도를 사용하여 루푸스와 면역항암제의 개발을 촉진하는 메커니즘에 대한 연구와 발견을 향상시키세요. T 세포 신호전달 경로 내의 전신 홍반성 루푸스 Pd-1, Pd-L1 면역항암제 경로 검색 및 중첩을 통해 모든 네트워크 또는 경로에 contextual data를 신속하게 추가 이제 Overlay tool에서 Project Manager tree를 수동으로 탐색하지 않고 네트워크 및 경로에 중첩할 분석 및 데이터 집합을 검색할 수 있습니다. 또한 OmicSoft의 Analysis Match 분석 dataset은 IPA analysis Match 라이선스 가 있는 사용자의 검색 결과에 포함됩니다. 이 워크플로우는 경로 또는 흥미있는 네트워크 상의 모든 분석 또는 dataset을 신속한 시각적 평가가 가능하게 합니다. 아래 그림은 인플루엔자 A 바이러스에 감염된 mouse의 폐와 감염되지 않은 폐의 발현 데이터가 Interferon Signaling Pathway 경로 위에 중첩되어 있음을 보여줍니다(GEO dataset GSE36328을 OmicSoft Analysis Match로 가공). 추가적인 필터를 사용하여 Core Analysis에서 중요한 요소에 초점을 맞추세요. 이번 릴리즈에서는 Core Analysis의 탭이 더 많은 열을 필터링 할 수 있으므로, 결과 범위를 좁혀 연구를 집중할 수 있습니다. 또한 결과를 맞추기 위해 보다 작음 (<) 또는 보다 큼 (>) 기호를 사용할 수 있습니다. 새로운 필터는 Upstream Analysis, Diseases & Functions, Regulator Effects, Networks and Molecules에서 찾을 수 있습니다. 일부 필터는 Comparison Analyses에서도 나타납니다. Analysis Match dataset과 분석에 대한 더 명확한 설명 Case와 control 간의 다른 메타데이터 값이 이제 Project Search 결과의 Metadata Panel 상단의 표에 표시됩니다. 예시는 아래 그림에서 확인할 수 있습니다. 또한 dataset (유기체, 조직 및 플랫폼 등)을 이해하는 데 중요한 특정 field가 case/control 표 다음에 나오는 "Comparison Context"라는 작은 섹션으로 나오게 되었습니다. 만약 표준 IPA case/control 메타데이터 keys를 사용하도록 데이터셋을 선택한 경우, 표에 자동적으로 표시되고 Comparison Context 영역에 배치됩니다.

[뉴스레터] What's new in the IPA Spring Release 조회 2,327 2019. 04. 10 - What's new in the IPA Spring Release QIAGEN은 아래와 같이 IPA의 새로운 기능을 릴리즈하였습니다. 데이터 업로드시 더 완성된 매핑을 얻으세요 IPA는 이제 하나 이상의 gene 또는 chemical ID 열을 평가하여 데이터셋의 identifier mapping 성공을 향상시킬 수 있습니다. 최대 5 개의 ID 열을 지정하면 IPA는 ID 열을 왼쪽에서 오른쪽으로 스캔하고, 해당 열의 ID를 성공적으로 매핑하면 멈추게 됩니다. 여러 ID 열에 매핑하는 것은 metabolite (chemical) ID의 경우 특히 유용합니다. Figure 1은 업로드 프로세스 중 4 개 컬럼의 metabolite ID를 가진 데이터셋을 보여주고, 하나의 identifier 열만 사용하는 경우보다 많은 행이 매핑됩니다. Figure 1. 업로드하는 동안 ID의 여러 열을 지정하여 매핑 적용 범위를 늘립니다. 이 데이터셋에는 매핑에 할당된 4개의 ID 열이 있습니다. Dataset Summary 탭은 새 ID 열이 지정되고 소스가 선택될 때마다 자동으로 업데이트됩니다. 예시에서는 344개의 chemical (행)이 하나의 열(HMDB)을 사용하여 매핑되었지만, 모든 ID 열(HMDB, PubChem, CAS와 KEGG)을 함께 사용해서 IPA가 왼쪽에서 오른쪽으로 스캔하여 379개의 행에 매핑되었습니다. Benjamini-Hochberg 통계로 통계적 엄격성이 증가합니다 IPA는 이제 Upstream Regulators 및 Causal Networks에 대한 Benjamini-Hochberg (B-H) 로 보정된 p-value를 계산하여 Core Analyses에서 결과의 통계적 엄격성을 높입니다. B-H p-value는 다중 검사를 보정합니다 -- 더 많은 통계 검사를 실시할수록 false positive 결과를 볼 가능성이 커집니다. Figure 2는 새로운 B-H 열이 있는 Core Analysis의 Upstream Regulator 탭을 보여줍니다. 새로운 p-value는 이 release 이전에 실행 한 분석에는 표시되지 않습니다. 이전 분석을 다시 실행하여 값을 계산하십시오. Figure 2. Upstream Regulator 탭에는 이제 "B-H correct p-value column" 옵션이 있습니다. 열은 default에서 표시되지 않으며, Customize Table 버튼을 클릭하여 B-H corrected p-value 체크박스를 선택하여 열을 표시해야 합니다. 예시에서 Upstream regulator에 대한 B-H p-value는 통계적 유의성이 ~0.01이지만, standard p-value는 약 소수점 3자리 정도 더 유의성을 가집니다. B-H p-value는 수년 동안 IPA의 Canonical Pathways와 Diseases and Functions에서 이용 가능했지만, 그 값에 대해서는 쉽게 접근할 수 없었습니다. 이제 B-H 열은 아래와 같이 Diseases & Functions 탭에서 선택적으로 이용할 수 있습니다. Figure 3. 이제 Diseases & Functions 탭에는 table의 선택 사항으로 "B-H correct p-value column" 이 있습니다. Default일 때는 이 열이 표시되지 않으므로 Customize Table 버튼을 클릭하고 B-H p-value 체크박스를 선택하여 열을 표시해야 합니다. Diseases & Functions TreeMap은 B-H 로 보정된 P-value를 사용하여 시각화 할 수 있습니다. 사각형은 Figure 4와 같이 B-H p-value의 -log 값을 통해 Colored by, Size by를 조정할 수 있습니다. Figure 4. Diseases & Functions TreeMap은 B-H로 보정된 P-value를 사용하여 시각화 할 수 있습니다. Heatmap을 B-H p-value의 -log값으로 Color by/Size by를 조정하려면 (위에서 강조 표시된) 메뉴를 사용하십시오. B-H 통계는 이 release 이후에 실행(또는 재실행)되는 분석에 대한 비교 분석에서도 사용할 수 있으며 모든 Analysis Match 분석에도 대해 계산됩니다. 비디오 튜토리얼에 쉽게 접근하세요 이제 IPA의 Help 메뉴에서 어떻게 IPA 사용을 시작하는지를 도와주는 일련의 Video Tutorials에 대한 빠른 링크를 제공합니다. 주제는 데이터 포맷을 어떻게 맞추고 업로드하는지, 분석을 어떻게 하는지, 그리고 어떻게 IPA에서 p-value가 계산되는지까지 다양합니다. Figure 5. IPA의 Help 메뉴에 있는 새로운 Video Tutorial 링크. 이 링크는 IPA 사용에 도움이 되는 일련의 비디오가 있는 새로운 Help Portal 페이지로 연결됩니다.

[뉴스레터] QIAGEN, The Go-To for NGS Data Annotation - CLC Microbial Genomics Module 2.0 조회 2,839 2017. 04. 11 - HGMD는 유전병을 일으키는 인간 유전자의 돌연변이 메커니즘에 대한 과학적 연구를 위해 1996년에 설립되어, 전세계의 연구자, 임상의, 진단 실험실 및 유전 상담가에게 필수 도구로 성장했습니다. HGMD가 얼마나 많이 성장해왔는지는 아래에 설명이 되어있습니다. 당신이 잘 알고 있듯이, 지금은 컨퍼런스 시즌입니다! 아래에 나열된 이벤트 중 어느 것이라도 참가하신다면 QIAGEN 부스나 테이블에 들려서 인사해주세요!Latest NewsNGS 데이터 주석에 필수HGMD의 20만 가지가 넘는 돌연변이 보고서와 pathogenicity 평가에 도움이 되는 개선 사항이, 카디프 대학교 (Cardiff University) 의대 의학유전학연구소의 연구팀에 의해 NGS 데이터 주석을 위한 도구로 확인 되었습니다. 또한 HGMD는 최근 “Human Gene Mutation Database : 의학연구, 유전 진단 및 차세대 시퀀싱 연구를 위한 유전변이 데이터의 포괄적인 보고를 향하여” 라는 제목의 인간 유전학 논문에서 다루어졌습니다.보고서를 확인해보세요>>보다 강력한 미생물 분석미생물 군집을 연구할 때 주요 질문 중 일부는 어떤 미생물이 존재하고 양이 얼마나 되는지 입니다. CLC Microbial Genomics Module 2.0을 사용하면 미생물 데이터에서 strain 레벨의 정확성을 갖고 미생물을 확인할 수 있습니다. 이 모듈은 Microbial Genomics Pro Suite의 일부로, whole genome 중심의 병원균 타이핑, 전염병 역학 분석 및 미생물 프로파일링에 필요한 모든 도구를 완벽하게 갖추고 있습니다.릴리즈 하이라이트를 확인해보세요>>InsightsIPA Spring Release의 새로운 기능은 무엇일까요?단백질 인산화 상태의 변화는 포유류 세포에서 중요한 조절 메커니즘을 제공합니다. 이제 새로운 인산화 코어 분석 (Phosphorylation Core Analysis)으로 IPA의 인산화 프로테오믹스 데이터 셋에서 upstream regulator와 causal network master regulator를 포함하여 더 많은 정보를 얻을 수 있습니다.주요 내용을 모두 읽어보세요 >> Webinars4월 12일 : Introduction to HGMD Professional 4월 17일 : Taxonomic Profiling using Shotgun Metagenomic Data4월 24일 : Understanding the Circulating Transcriptome with Advanced RNA-seq - Part 4강력한 지식 기반 IPA 소개 - 총 3 부의 웨비나 시리즈 5월 3일 : Introduction to IPA (Part 1)5월 10일 : Formatting and uploading your data into IPA (Part 2) 5월 17일 : Interpreting the results of your Phosphoproteomics Analysis in IPA (Part 3)QIAGEN TV 사이트에는 다양한 종류의 녹음된 웨비나와 튜토리얼이 있습니다. 클릭하여 살펴보세요.Events Molecular Diagnostics Europe Lisbon, Portugal - 4월 10-13일ECCMID 2017 Vienna, Austria - 4월 22-25일RNA-Seq 2017 San Fransisco, CA, U.S. - 4월 25-27일Immunology 2017 Washington D.C., U.S. - 5월 12-16일SFAF 2017 Santa Fe, U.S. - 5월 16-18일Bio-IT World 2017 Boston, U.S. - 5월 23-26일FEC 2017 Torshavn, Faroe Islands - 5월 24-26일ESHG 2017 Copenhagen, Denmark - 5월 27-30일Latest releasesIngenuity Pathway Analysis (IPA) - Spring 2017 ReleaseCLC Microbial Genomics Module 2.0