• [뉴스레터] QIAGEN,Check out the latest news and summer releases! 조회 2,327 2017. 08. 09 - 논란의 여지가 있는 생명의학 preprint를 캐내거나, 연구 소프트웨어에서 보다 견고해지는 방법을 모색하거나, 생물학과 의학에서 빅데이터 작업을 가능케 하려고 시도하는 PLoS Computational Biology의 간단한 규칙들을 살펴보십시오. Latest newsPLoS의 10가지 간단한 규칙 PLoS Computational Biology의 “10가지 간단한 규칙” 가이드는 한동안 사용되어 오면서 광범위한 생물정보학 주제에 훌륭한 리소스인 것을 알게 되었습니다. Preprint 서브미션에 대한 규칙, 책임감있는 빅데이터 연구를 위한 규칙 혹은 연구 소프트웨어를 더 강력하게 만드는 규칙 등 몇 가지 흥미로운 목록을 공유하고자 합니다.여기를 클릭하셔서 확인해보세요 >>앞서가는 QCI NGS는 변화하는 헬스케어의 정점에 있으며, 그 중 QIAGEN Clinical Insight™ (QCI)가 선도적인 역할을 하고 있습니다. 정밀의학의 다섯 가지 추세에 대해 알아보고 QCI가 각 도전과 기회를 다루는 방법에 대해 살펴보세요.여기를 클릭하셔서 더 알아보세요 >>InsightsHGMD and ANNOVAR summer releases HGMD Professional은 최근 4000개 이상 돌연변이가 추가되어 총 208,368개가 등록되어 있습니다. HGMD와 ANNOVAR에 대한 새로운 기능과 개선사항을 살펴보세요.여기를 클릭하셔서 더 알아보세요 >>Latest releasesBiomedical Genomics Workbench 4.1CLC Genomics Workbench 10.1 CLC Main Workbench 7.9 CLC Genomics Server 9.1 and CLC Command Line Tools 4.1 CLC Assembly Cell 5.0.4 HGMD® Professional 2017.2 ANNOVAR 2017.2  Genome Trax 2017.2
  • [릴리즈] QIAGEN, The latest releases from QIAGEN Bioinformatics 조회 2,587 2017. 07. 26 - The latest releases from QIAGEN BioinformaticsLatest releases : HGMD Professional, ANNOVAR and Genome TraxQIAGEN Bioinformatics의 최신 릴리즈를 확인해 주셔서 감사합니다. 여기에서 overview를 확인해보세요!HGMD ProfessionalHGMD Professional 여름 릴리즈에는 총 208,368 개의 돌연변이 항목이 포함됩니다. 이전 릴리즈에 비해서 4,483 개가 더 많습니다. 다른 돌연변이 데이터베이스와는 달리, HGMD 돌연변이는 모두 임상적 영향에 대해 증거가 있는 peer-reviewed 출판물에 등록된 것입니다.여기를 클릭하여 전체 HGMD 통계를 살펴보세요.ANNOVAR지난 마지막 릴리즈 발표 이후 ANNOVAR에서 다음과 같이 업데이트된 새로운 데이터베이스가 만들어져 제공됩니다.Table_annovar의 2017년 1월 버전에서는 유전자 기반 주석에 쉼표 대신 세미콜론이 사용되었습니다. 그러나 이것은 사용자 의견에 따라 변경이 다시 취소되었습니다.Gx 연산이 table_annovar에 추가되어 유전자에 대한 (ex : 유전자-질병 관계) 외부 참조 정보가 포함될 수 있습니다.완전한 아미노산 변화 정보 (ex: c.35delG:p.G12Vfs*2) 가 이제 table_annovar.pl과 coding_change.pl의 유전자 주석에 표시됩니다.Upstream 변이는 이제 UTR에서 전사 시작점 및 splice 변이까지의 거리를 보여주고 세부 정보를 표시합니다.복수의 주석 열이 있는 –xreffile이 구현되었습니다. 이 기능을 사용하시려면 코드를 다시 다운로드 하십시오.업데이트된 refGene, knownGene, ensGene 용어정의 및 hg18/hg19/hg38 coordinate의 FASTA 파일을 –webfrom annovar 인수와 함께 다운로드 할 수 있습니다. 이 때 사용자는 가장 최신버전만을 이용할 수 있습니다.COSMIC 81에서 noncoding 변이를 다루는 방법에 대한 지침이 업데이트 되었습니다.Genome Trax업데이트된 트랙은 HGMD와 관련되어 있어 동시에 릴리즈 되었습니다.업데이트된 추가 주요 트랙에는 TRANSFAC 2017.2, PROTEOME 2017.2가 포함됩니다.여기를 클릭하여 릴리즈 노트를 다운로드 받아보세요.
  • [뉴스레터] QIAGEN, The Go-To for NGS Data Annotation - CLC Microbial Genomics Module 2.0 조회 2,839 2017. 04. 11 - HGMD는 유전병을 일으키는 인간 유전자의 돌연변이 메커니즘에 대한 과학적 연구를 위해 1996년에 설립되어, 전세계의 연구자, 임상의, 진단 실험실 및 유전 상담가에게 필수 도구로 성장했습니다. HGMD가 얼마나 많이 성장해왔는지는 아래에 설명이 되어있습니다. 당신이 잘 알고 있듯이, 지금은 컨퍼런스 시즌입니다! 아래에 나열된 이벤트 중 어느 것이라도 참가하신다면 QIAGEN 부스나 테이블에 들려서 인사해주세요!Latest NewsNGS 데이터 주석에 필수HGMD의 20만 가지가 넘는 돌연변이 보고서와 pathogenicity 평가에 도움이 되는 개선 사항이, 카디프 대학교 (Cardiff University) 의대 의학유전학연구소의 연구팀에 의해 NGS 데이터 주석을 위한 도구로 확인 되었습니다. 또한 HGMD는 최근 “Human Gene Mutation Database : 의학연구, 유전 진단 및 차세대 시퀀싱 연구를 위한 유전변이 데이터의 포괄적인 보고를 향하여” 라는 제목의 인간 유전학 논문에서 다루어졌습니다.보고서를 확인해보세요>>보다 강력한 미생물 분석미생물 군집을 연구할 때 주요 질문 중 일부는 어떤 미생물이 존재하고 양이 얼마나 되는지 입니다. CLC Microbial Genomics Module 2.0을 사용하면 미생물 데이터에서 strain 레벨의 정확성을 갖고 미생물을 확인할 수 있습니다. 이 모듈은 Microbial Genomics Pro Suite의 일부로, whole genome 중심의 병원균 타이핑, 전염병 역학 분석 및 미생물 프로파일링에 필요한 모든 도구를 완벽하게 갖추고 있습니다.릴리즈 하이라이트를 확인해보세요>>InsightsIPA Spring Release의 새로운 기능은 무엇일까요?단백질 인산화 상태의 변화는 포유류 세포에서 중요한 조절 메커니즘을 제공합니다. 이제 새로운 인산화 코어 분석 (Phosphorylation Core Analysis)으로 IPA의 인산화 프로테오믹스 데이터 셋에서 upstream regulator와 causal network master regulator를 포함하여 더 많은 정보를 얻을 수 있습니다.주요 내용을 모두 읽어보세요 >> Webinars4월 12일 : Introduction to HGMD Professional 4월 17일 : Taxonomic Profiling using Shotgun Metagenomic Data4월 24일 : Understanding the Circulating Transcriptome with Advanced RNA-seq - Part 4강력한 지식 기반 IPA 소개 - 총 3 부의 웨비나 시리즈 5월 3일 : Introduction to IPA (Part 1)5월 10일 : Formatting and uploading your data into IPA (Part 2) 5월 17일 : Interpreting the results of your Phosphoproteomics Analysis in IPA (Part 3)QIAGEN TV 사이트에는 다양한 종류의 녹음된 웨비나와 튜토리얼이 있습니다. 클릭하여 살펴보세요.Events Molecular Diagnostics Europe Lisbon, Portugal - 4월 10-13일ECCMID 2017 Vienna, Austria - 4월 22-25일RNA-Seq 2017 San Fransisco, CA, U.S. - 4월 25-27일Immunology 2017 Washington D.C., U.S. - 5월 12-16일SFAF 2017 Santa Fe, U.S. - 5월 16-18일Bio-IT World 2017 Boston, U.S. - 5월 23-26일FEC 2017 Torshavn, Faroe Islands - 5월 24-26일ESHG 2017 Copenhagen, Denmark - 5월 27-30일Latest releasesIngenuity Pathway Analysis (IPA) - Spring 2017 ReleaseCLC Microbial Genomics Module 2.0
  • [뉴스레터] HGMD, Genomics England가 선택한 QIAGEN의 유전병 및 희귀병 솔루션 조회 2,523 2017. 02. 14 - Bioinformatics content knowledgebase는 100,000 Genomes Project 에 대한 해석을 가능하게 합니다.Hilden, Germany, and London, United Kingdom, 2017년 1월 30일 - QIAGEN N.V. (NASDAQ : QGEN, Frankfurt Prime Standard : QIA)는 Genomics England가 100,000 Genomes Project를 위해 QIAGEN의 HGMD® Human Gene Mutation Database를 선정했다고 오늘 발표했습니다. HGMD는 유전 및 희귀 질병의 유전체 데이터 해석을 위한 최고의 컨텐츠 지식 기반으로 전세계 과학 및 임상 문헌으로부터 전문적으로 큐레이팅 된 데이터를 제공합니다.100,000 Genomes Project는 복잡한 게놈 데이터 해석을 위한 QIAGEN Clinical Insight (QCI) 포트폴리오의 일부인 QIAGEN의 HGMD Online Professional 솔루션을 사용하여, 임상 보고 및 해석을 위해 13개 NHS Genomic Medicine Center의 과학자, 임상의 및 연구원을 지원할 것입니다."희귀 유전병은 환자, 가족 및 의료 서비스 제공자를 길고 어려운 진단의 오딧세이로 가게 할 수 있으며 100,000 Genomes Project는 원인 및 향후 치료법을 모색하기 위해 대규모 집단의 전체 유전체를 수집하고 분석하기 위한 최첨단 NHS 프로그램입니다."라고 QIAGEN의 Bioinformatics Business Area 수석 부사장인 Laura Furmanski 박사는 말했습니다. "우리는 Genomics England와의 협력을 강화하게 되어 영광입니다. QIAGEN의 클라우드 기반 HGMD 컨텐츠를 포함한 업계 선두의 생물 정보학 솔루션은 100,000 개의 게놈이 차세대 시퀀싱 데이터의 거대한 풀에서 실행 가능한 통찰력을 도출하는 데 도움이 될 것입니다. 우리는 선정된 것을 기쁘게 생각합니다.""우리는 QIAGEN의 생물 정보학 솔루션을 수동적으로 큐레이트된 분석(manually-curated analysis) 및 해석 콘텐츠를 위한 포괄적인 자원으로 사용하게 된 것을 기쁘게 생각합니다. 100,000 Genomes Project의 게놈 데이터에 대한 고품질 해석은 희귀 유전 질환에 대한 더 깊은 통찰력을 제공하고 궁극적으로 환자를 위한 더 많은 진단 및 맞춤 치료로 이어질 것입니다"라고 Genomics England의 생물 정보학 이사 인 Dr. Augusto Rendon은 말했습니다.Genomics England는 희귀 유전 질환 및 일반 암으로 고통 받는 NHS 환자 및 가족의 전체 게놈 10만 개를 시퀀싱 하기 위해 2013년 영국 보건부에서 설립했습니다. 자세한 내용은 http://www.genomicsengland.co.uk/를 참조하십시오.QIAGEN Bioinformatics는 생물학적 데이터의 분석, 해석 및 보고를 위한 업계 최고의 솔루션 포트폴리오를 제공합니다. 제품에는 Ingenuity, CLC bio, OmicSoft 소프트웨어 및 데이터베이스가 포함됩니다. QIAGEN의 지식기반 자료의 일부인 HGMD는 peer-review를 거친 학술지에서 전문적으로 선별된 내용으로써 인간 유전 질병 돌연변이에 대한 탁월한 표준입니다. HGMD는 5,000개가 넘는 과학 학술지에 인용되었습니다. 자세한 내용은 http://www.qiagenbioinformatics.com을 참조하십시오.
  • [뉴스레터] BIOBASE 2016.2 Release Newsletter 조회 2,002 2016. 12. 29 -  BIOBASE의 2016년 두 번째 업데이트 내용입니다.  HGMD®최신버전에서 4,400개의 새로운 mutation 정보가 업데이트 되었습니다.  HGMD statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요.  Genome Trax™몇 가지 주요 트랙들의 컨텐츠에 대한 업데이트가 있습니다. 업데이트 된 파일들은 7월 5일, 화요일부터 다운로드 받으실 수 있습니다. Genome Trax statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요.  ANNOVARANNOVAR의 가장 최신 버젼은 2월에 출시가 되었습니다. 아직 업데이트 설치를 하지 않으셨다면 지금 최신버전을 다운로드 해주십시오.아래는 데이터베이스 업데이트 내역입니다.   * 2016년 3월 30일Coding, noncoding variants의 functional genomic annotations를 통합시키는 분광접근법을 이용하는 Whole-genome Eigen score값 이용가능 합니다. 자세한 설명은 여기를 클릭하여 보실 수 있습니다. 또한, 인도인들의 SNP 데이터베이스도 여기를 클릭하시면 이용 가능합니다.  * 2016년 4월 23일ExAC03 non-TCGA 그리고 non-psych 데이터셋이 업데이트 됐고, 수정된 헤더로 이용 가능합니다.  * 2016년 6월 6일Left-normalization 그리고 allelic splitting으로 dbSNP의 수정된 버젼인 avsnp147이 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. hg19와 hg38도 지원됩니다. * 2016년 6월 22일icgc21 (International Cancer Genome Consortium version 21), cadd13, cadd13gt10, 그리고 cadd13gt20 (CADD 버젼 1.3)는 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. POSSUMweb데이터 업데이트OSSUMweb은 다양한 기형, 염색체이상, 골격 이형성증 및 대사질환을 포함한 다양한 증후군에 관련된 기형학 데이터베이스이며 새로운 케이스가 보고될 경우 지속적으로 업데이트되고 있습니다. POSSUMweb에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요.  PROTEOME™+ TRANSFAC®PROTEOME과 TRANSFAC 데이터는 분기마다 진행되는 정기 업그레이드 시기에 업데이트와 데이터 추가가 이루어 집니다.특별히 알아야 할 것 중 하나로 새로운 모델들은, 유전자에 붙어 함께 발현을 조절하는 한 쌍의transcription factor를 찾기 위한 composite model 검색 알고리즘에서 새로운 모델이 추가되었습니다. 한번도 composite model을 사용해본 적이 없으시다면 동영상 튜토리얼을 시청해보세요.TRANSFAC 다운로드를 위한 새로운 커맨드라인 알고리즘BIOBASE는 TRANSFAC의 온라인 인터페이스에서 제공되는 composite model 검색의 기본이 되는커맨드 라인 알고리즘을 소개합니다.이 새로운 JAVA application은 transcription factor쌍들이 준비되어 있으며 이 한 쌍의transcription factor 위치해 있는 binding site의 시퀀스 검색을 가능하게 합니다. 이 모델들은 쌍으로 특정 유전자 근처의 DNA시퀀스에 붙어 상호조절을 한다는 것이 실험적으로 증명된 transcription factor를 나타냅니다. TFP_2016.2_data.tar.gz archive의 Match 디렉토리에서 새로운 알고리즘을 보십시오.Match 알고리즘은 이제 Java application으로 제공됩니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench에서 TRANSFAC plugin을 사용하는데 있어 이 바이너리가 필요하므로 기존존의 C++ 바이너리로 접근은 가능합니다. TRANSFAC statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요.PROTEOME statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요.  BRENDA새로운 BRENDA files를 다운로드 할 수 있습니다.
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