Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

[뉴스레터] QIAseq FastSelect로 SARS-CoV-2 메타전사체학의 민감도 향상 조회 2,312 2020. 09. 03 - RNA-seq 애플리케이션에서 효과적인 rRNA 제거를 통해 COVID-19 환자의 공동 감염률을보다 포괄적으로 평가할 수 있습니다. COVID-19 양성 환자의 바이러스 및 세균 동시 감염률을 결정하는 것은 다른 호흡기 병원체가 확인되면 SARS-CoV-2 검사가 연기될 수 있으므로 특히 검사 능력이 제한된 환경에서 중요한 의미를 갖습니다. Shah, SJ 등의 최근 연구(2020)에서 급성 호흡기 질환을 앓은 응급실 환자를 조사했습니다. 연구 참가자가 SARS-CoV-2에 감염되었는지, 또는 다른 호흡기 질환에 걸렸는지 확인하기 위해 팀은 메타 유전체학 및 메타전사체학을 활용하고 QIAseq FastSelect 기술을 적용하여 rRNA를 효과적으로 제거하고 RNA-seq 민감도를 개선했습니다. 치료와 결과의 차이를 고려한 후, 연구팀은 COVID-19를 가진 사람들이 병원에 입원할 가능성이 더 높고, 입원이 더 길어지고, 급성 호흡곤란증후군(ARDS)을 발병할 가능성이 더 높으며, 바이러스 감염이 공존할 것 같지 않다고 결론지었습니다. 이러한 발견은 다른 급성 호흡기 질환과 비교하여 COVID-19의 임상 특성에 대한 이해를 향상시키고 연구에 대한 방법론은 RNA-seq에서 효과적인 rRNA 제거의 중요성을 강조합니다. READ THE PUBLICATION(Ctrl을 누르고 클릭해주세요!) DISCOVER QIASEQ FASTSELECT AND REQUEST A TRIAL KIT(Ctrl을 누르고 클릭해주세요!)

[뉴스레터] 9월 QDI Newsletter 조회 2,161 2020. 09. 02 - 9월 QDI 뉴스레터 1. 시작 예정 온라인 컨퍼런스 Genome Informatics 2020 : 9월 14일부터 16일까지 오후 9시에 3일간의 온라인 서밋에 참석해보세요. 이곳에서 등록할 수 있습니다. QIAGEN IPA and OmicSoft User Group Meeting 2020 : 9월 23일부터 24일까지 오후 11시에 2일간의 온라인 서밋에 참석해보세요. 이곳에서 등록할 수 있습니다. 2.새로운 QDI Discovery 블로그 QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 분류학적 프로파일링을 위해 proGenomes2를 사용하는 방법을 알아봅니다. proGenomes2 프로젝트는 12,000 개 이상의 종으로부터 일관되게 주석이 달린 85,000개 이상의 박테리아 및 고세균 게놈 세트입니다. 불행히도 데이터베이스는 QIAGEN CLC Genomics Workbench 내에서 직접 사용할 수 있는 형식이 아니지만 scripting을 사용하면 proGenomes2 fasta 파일을 시작점으로 사용하여 QIAGEN CLC 내에서 유사한 데이터베이스를 생성할 수 있습니다. QIAGEN Discovery Bioinformatics Services로 생물정보학 역량을 확장하세요. '오믹스 데이터'의 힘을 활용하기 위해 생물정보학 및 큐레이션 전문 지식의 확장이 필요한가요? 이 블로그를 읽고 어떻게 활용할 수 있는지 알아보세요! 3. 예정된 웨비나 QIAGEN IPA 및 QIAGEN CLC 웨비나 : QIAGEN의 선임 수석 과학자인 Jean-Noel Billaud, Ph.D.와 외부 바이러스학 전문가가 "체외 플라비 바이러스 또는 코로나 바이러스에 감염된 세포주의 전사체 분석"을 진행합니다. 등록하고 참석하려면 여기를 클릭하십시오. 9월 2일 오후 6시에 진행합니다. 4. 지난 웨비나 코딩 언어를 배울 필요 없이 RNA-seq 및 DNA-seq 데이터 분석 5. 최신 연구에서 사용되는 QDI 제품을 보여주는 매력적인 LinkedIn 게시물 공유 QIAGEN Digital Insights의 코로나 바이러스 네트워크 탐색기 SARS-CoV-2 분석을 위한 QIAGEN Microbial Genomics Pro Suite 사용 사례 신약 발견에서 AI의 역할에 대한 QIAGEN IPA 및 OmicSoft 사용 사례 Clinical Insights QCI I One은 9월 15일부터 유럽에서 이용 가능합니다. QCI Interpret One은 QIAGEN Clinical Knowledge Base의 우수한 구조화된 콘텐츠에 의해 구동되는 유연하고 자동화 가능한 QCI 소프트웨어와 세계적인 체세포 변이 해석 제공자인 N-of-One의 신뢰할 수 있는 서비스를 결합합니다. QCI One 웨비나 : " NGS 데이터 해석의 과제 및 혈액 악성 종양에 대한 환자 치료에 미치는 영향 " Beate Litzenburger, PhD, Global Product Director of Oncology와 Sheryl Krevsky Elkin, PhD, Chief Scientific Officer at N-of-One, a QIAGEN company.의 외부 전문가와 함께 진행합니다. 등록하고 참석하려면 여기를 클릭하십시오. 9월 22일 11:00 PM EDT. 새로운 QCI 백서 : " QIAGEN Clinical Insights (QCI ®)의 보안, 규정 준수 및 데이터 개인 정보 보호 "를 읽어보십시오. QIAGEN Digital Insights 및 당사 고객의 기사 및 이야기 모음을 보려면 genomeweb의 " Advances in Clinic Genomics profiling "후원 채널을 확인하십시오. QIAGEN Digital Insights는 HGMD, ANNOVAR, Genome Trax 및 PGMD에 액세스할 수 있는 새로운 로그인 URL을 소개합니다. 이 새로운 로그인은 강화된 보안과 내장된 개인 정보 보호를 통해 더욱 강력해질 것입니다. 여기에서 자세히 알아보십시오. 혈액 악성 종양을 위한 강력하고 자동화, 간소화된 임상 NGS 워크 플로우 개발에 대한 새로운 QCI Application Note를 확인하려면 여기를 클릭하십시오.

[뉴스레터] QIAGEN 9월의 웨비나 - in vitro flavivirus 또는 coronavirus에 감염된 세포주에 대한 전사학적 분석 조회 2,433 2020. 08. 31 - QIAGEN Digital Insights 솔루션을 이용한 바이러스 감염 세포주의 전사학적 분석 QIAGEN Digital Insights 생물정보학 도구가 바이러스 연구에 대한 더 깊은 인사이트를 얻는 데 도움이 되는 방법을 알아보세요. 전 세계적인 바이러스 감염의 출현은 병원균에 의해 야기된 중요한 공중 보건 문제를 상기시키고, 최근의 전 세계 COVID-19 대유행으로 예시되는 바와 같이 전 세계적으로 새로운 바이러스 위협이 계속 발생하고 있습니다. 이들 바이러스 제제 중에는 두 개의 flaviviruses인 웨스트나일 바이러스와 뎅기 바이러스, 그리고 인간 개체군에 광범위한 영향을 미친 두 개의 코로나바이러스인 SARS-COV-1과 SARS-CoV-2가 있으며, 심각한 증상과 사망을 일으킬 수 있습니다. 따라서, 이러한 바이러스에 대한 면역 반응을 이해하는 것은 매우 중요합니다. QIAGEN에서는 숙주 유전자 반응에 대한 단기적 영향의 차이를 강조하기 위해 이러한 바이러스에 감염된 세포주의 전사체를 분석했습니다. 이번 웨비나에서는 아래 주제들을 진행 할 예정입니다. QIAGEN CLC Genomics tools를 사용하여 차등 표현식 프로파일을 생성하기 위한 데이터 분석 바이러스 감염 데이터 세트에서 규제된 표준 경로 또는 기능 식별 감염에서 관찰된 표현 변화의 드라이버를 제안하는 새로운 규제 네트워크에 대한 가설의 생성 다른 맥락에서 관심 있는 유전자에 관한 가치있는 정보를 시각화(예: 질병 또는 표현) QIAGEN IPA의 바이러스 감염 데이터 세트를 65,000개 이상의 다른 공공 데이터 세트와 비교함으로써 single-cell biology에 대한 인사이트 획득. 지금 등록하세요! (Ctrl을 누른 상태로 클릭해주세요!) 행사 상세 날짜 : 2020. 09. 02(수) 장소 : 온라인 시간 : 동부표준시 오전 11시 ~ 12시 (한국 오후 6시 ~ 7시)

[뉴스레터] QIAGEN, New tumor insights from past data - CLC Genomics Cloud Engine early access 조회 2,084 2017. 06. 22 - Latest News이전의 데이터에서 새로운 tumor분석Xiong H. et al. 논문으로 개제된 이전 데이터를 Biomedical Genomics Workbench와 Ingenuity Pathway Analysis 어플리케이션을 이용하여 재분석하여 암의 진행에 관련 있을 것으로 밝혀졌습니다.>포스터 보러가기OmicsSoft 사용자 그룹미팅OmicsSoft는 수많은 사용자들이 생물정보와 유전체 연구를 가속화하도록 도와주었습니다. 사용자 그룹 미팅에서 지식을 공유하고, 동료들과 네트워크를 형성하고, 제품 개발에 영향을 줄 수 있는 기회를 가질 수 있습니다.>지금 등록하기 빠른 접속을 위한 등록QIAGEN은 지난 달 Bio IT World에서 새롭게 추가된 생물 정보학 포트폴리오 (CLC Genomics Cloud Engine)를 공개했습니다. QIAGEN의 엔터프라이즈급 클라우드 솔루션은 호평을 받았으며 다음달중 자세한 정보를 공개할 예정입니다.>클라우드 컴퓨팅의 장점 확인 NGS 속도의 향상Copenhagen 대학의 Genomic Medicine 센터에서 Finn Nielsen 박사 팀은 강력한 정밀 의학 솔루션 인 QIAGEN Clinical Insight를 사용하여 복잡한 임상 데이터를 분석하고 새로운 의학적 통찰력을 밝힙니다.>전체내용 확인하기 Insight Insight 분석 보틀넥을 제거 CLC Genomics Workbench는 NGS 데이터를 쉽게 분석하고 시각화 할 수 있는 플랫폼을 연구자들에게 제공합니다. 이 분석 도구가 과학 지식의 발전에 기여하는 방법을 보여주기 위해 문헌에서 최근 몇 가지 예를 모았습니다.>최근 인용논문 확인하기WebinarJune 14: Discovering high confidence variants from NGS using CLC Genomics Workbench - Part 2June 21: Statistical analysis, visualization and functional enrichment of RNA-seq data in CLC Genomics Workbench - Part 3June 28: Introduction to the CLC Genomics Cloud Engine – Enterprise NGS Made Easy (Europe)June 28: Introduction to the CLC Genomics Cloud Engine – Enterprise NGS Made Easy (U.S.)July 6: Bioinformatics for non-bioinformaticians in cancer clinical research July13: NGS: Now integrated and connected with your lab operations

[뉴스레터] CLCbio, Review the latest improvements in CLC Genomics Workbench 10.0 조회 2,289 2017. 03. 09 - Release date: 2017-03-02 기준 QIAGEN사에서 Release한 CLC Genomics Workbench 10(Major Upgrade) 업데이트 사항입니다.New tools for RNA-Seq• Create Combined RNA-Seq Report - RNA-Seq 분석 결과 후 나온 리포트를 하나의 리포트로 합쳐서 한 번에 보기 쉽도록 만들어 줍니다.• PCA for RNA-Seq - 2D 혹은 3D로 샘플을 클러스터링 해주며, metadata를 오버레이시켜 그룹을 만들 수 있습니다.• Differential Expression for RNA-Seq - 음이항 GLM기반의 multi-factorial 통계법을 사용합니다.• Create Heat Map for RNA-Seq - 샘플과 항목을 동시에 클러스터링을 해주고 metadata를 오버레이시킬 수 있습니다.• Create Expression Browser - 발현값, 통계분석 결과, 유전자 annotation 등을 모두 함께 볼 수 있습니다.• Create Venn Diagram for RNA-Seq - 발현변화를 확인한 그룹간의 차등발현유전자를 벤다이어그램으로 볼 수 있습니다.• 'Gene Set Test | Hypergeometric test'를 사용하여 Differential Expression for RNA-Seq 분석 결과를 검정합니다.• 'Import | RNA Spike-ins' - RNA spike-in 시퀀스를 import할 수 있습니다.이전 버전에서 Advanced RNA-Seq이라는 플러그인으로 제공되었던 기능이 기본 RNA-Seq 도구로 들어가며 몇 가지의 기능들이 추가되었습니다. 이 도구들은 자동적으로 시퀀싱의 depth에 대한 차이를 계산하여 별도의 정규화가 필요 없습니다. RNA-Seq Analysis• 품질관리를 위해 RNA-Seq Analysis 도구에서 ERCC나 SIRV같은 RNA spike-ins를 지원하게 되었습니다. spike-in 농도가 알려져 있는 샘플의 transcript의 농도와 비교하여 측정합니다. • RNA-Seq Analysis report 수정과 업데이트 : 리드가 맵핑된 바이오타입의 분포 가시화Transcript의 커버리지 플랏은 5'과 3'커버리지 bias를 감지하고 시각화paired-end read에서 어댑터 리드를 분석• RNA-Seq Analysis의 맵핑 도구의 옵션이었던 "Map to gene regions only" 과 "Also map to inter-genic regions"가 사라졌습니다. 이제 모든 분석은 "Also map to inter-genic regions"옵션이 적용되어 맵핑됩니다.• RNA-Seq Analysis 도구에서 "Expression level"옵션에서 "Use EM estimation (recommended)"으로 발현을 정량화 할 수 있습니다. 이전의 디폴트 옵션보다 더 정확한 결과를 보여줍니다.• EM estimation을 이용하여 RNA-Seq결과를 낸다면 더 빠른 속도로 분석이 가능합니다.• RNA-Seq 분석에서 레퍼런스에 대해서 특이하게 붙은 리드들은 항상 ‘unique’라고 표시됩니다. 이전에는 여러 유전자가 오버랩되는 경우에는 ‘ambiguous’라고 표기 되었지만 이제 모두 ‘unique’로 통일됩니다.• RNA-Seq 분석 결과인 transcript expression (TE)결과에서 더 이상 Exon ID에 ENSEMBL 컬럼이 포함되지 않습니다. Import/Export• 'Import | PacBio'에서 PacBio 데이터 import 가능합니다.• 이제는 'Import | Tracks' 도구의 임폴트 포맷이 FASTA 포맷으로 변경되었습니다.• GFF2/GTF/GVF tracks importer는 GFF3를 지원하지 않으며 GFF3는 새로운GFF3 tracks importer 을 사용해야 합니다.• 'Import | Tracks' 도구에서 .fna 파일도 불러올 수 있습니다.• 크로모좀이 많이 포함된 데이터 트랙을 import할 때 속도가 개선되었습니다.• GFF3포맷으로부터 import한 RNA 트랙파일이 biotype에 따라 색으로 표시됩니다.• 서열이 트랙의 annotation을 GFF3 포맷으로 export가능합니다.• BAM 포맷으로 export할 때 인덱스 파일을 생성하는 옵션이 추가되었습니다.BLASTBLAST at NCBI 툴에서 사용하던 BLAST 데이터베이스 리스트가 업데이트 되었습니다.- “RefSeq representative genomes” 데이터베이스 추가- NCBI에서 더 이상 제공하지 않으므로 “New or revised GenBank sequences (month)” 서비스 종료- “References mRNA sequences”를 “References RNA sequences”로 변경. - “16S ribosomal RNA sequences” 데이터베이스를 “rRNA_typestrains/ prokaryotic_16S_ribosomal_RNA” 데이터베이스로 변경. New features and improvements• 발현분석 도구를 두 가지 폴더로 나누어 재정렬 : "RNA-Seq Analysis" 과 "Microarray and Small RNA Analysis"• Map Reads to References, Map Reads to Contigs 와 RNA-Seq Analysis같은 맵핑하는 도구들의 퀄리티나 속도가 업데이트되었습니다.• Local Realignment 도구의Maximum guidance-variant length" 파라미터의 기본 값이 기존 100에서 200으로 변경되었습니다.• Basic Variant Detection 도구에서 variant의 위치에 모호한 alternative allele을 N으로 보여주는 기능이 제공되지 않습니다.• Create Statistics for Target Regions 도구를 이용해 생성된 리포트의 ">" 표시가 "≥" 로 바뀌었습니다.• Create Sequencing QC Report 도구에서 "Additional Reporting", "Quality analysis" 와 "Over-representation analysis" 옵션이 제거되었고 기본적으로 생성되게 변경되었습니다.• Search for Reads in SRA 도구에 PubMed 검색옵션이 추가되었습니다.• 신규 혹은 기존의 시퀀스리스트가 어떤 플랫폼에서 생성됐는지 Element Info view의 Read Group 항목에서 확인할 수 있습니다.• 테이블 형태의 결과화면에서 셀에서 우클릭을 하면 해당셀을 쿼리로 하여 필터링할 수 있는 "Table filters"를 선택할 수 있습니다. • Find Broken Pair Mates 툴에 의해서 생성된 테이블에서 위치정보가 있는 컬럼을 알파벳순서보다 숫자를 우선시하여 정렬합니다.• Wizard와 튜토리얼창을 동시에 열어 볼 수 있습니다.• 그 외에 다양한 개선사항이 있었습니다.Bug fixes and changes• Circular sequence에서 Create Detailed Mapping Report 의 결과 중 read수가 잘못 나오던 버그가 수정되었습니다.• Basic Variant Detection, Low Frequency Variant Detection 와 Fixed Ploidy Variant Detection 결과에서 필터링을 진행하면 heterozygous variant는 인식되지만 insertion variant는 인식되지 않는 부분이 homozygous reference insertion이 보고되는 것이 수정되었습니다.• Identify Known Mutations from Sample Mappings 도구기 워크플로우의 일부로 구성되어 있을 때 input으로 여러개의 mapping 샘플을 넣어주면 분석이 실패되던 버그가 수정되었습니다.• 프라이머 테이블에서 "Save Primer(s) Fwd, Rev" 이나 "Save Fragment" 옵션을 선택한 후 Cancel 버튼을 클릭해서 작동을 멈추었을 경우 생기던 버그가 수정되었습니다.• 테이블에 빈 값이 있을 경우 필터링이 되지 않는 버그가 수정되었습니다.• Advanced filtering 기능을 이용하여 셀에 여러 가지 값이 있을 때 "=" 표시로 필터링을 사용하였을 경우 생기는 버그가 수정되었습니다.• Export가 포함되어 있는 워크플로우에서 export가 실패했을 경우 아무 메시지도 뜨지 않았던 부분을 문제가 발생한 것을 알려줄 수 있도록 수정되었습니다.• CLC MLST 혹은 CLC Microbial Genomics Module을 설치하였을 때 나타나는 MLST scheme에서 공란이 포함되어 있을 경우 시퀀스를 정확히 인식하지 못하던 문제가 해결되었습니다. • 그 외 다양한 버그가 수정되었습니다.Retirement• GFF exporter 도구가 영구히 삭제되었습니다. 새로운 GFF3 exporter로 대체되었습니다.• The Probabilistic Variant Detection (legacy) 와 Quality-based Variant Detection (legacy) 도구가 영구 삭제되었습니다.• Expression Profiling by Tags 폴더내에 있던 Extract and Count Tags, Create Virtual Tag List 와 Annotate Tag Experiment 도구가 영구 삭제되었습니다.