• [뉴스레터] CLCbio, Analyze RNA-Seq data in CLC Cancer Research Workbench 조회 1578 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsCLC Cancer Research Workbench에서 RNA-Seq 데이터 분석하기최근 업데이트된 Cancer Research Workbench를 이용하여 DNA-Seq과 RNA-Seq 데이터를 분석 할 수 있습니다.새로운 기능과 개선된 기능을 사용하고 싶으신 분은 아래의 링크를 통해 다운로드 받으실 수 있습니다. › For more info and download New variant detection toolsGenomics Workbench와 Cancer Research Workbench에서 variant를 탐지하는 새로운 도구 Basic, Fixed Ploidy, Low Frequency Variant Detection을 추가하였습니다.Low Frequency Detection 도구는 암샘플 같은 여러 조직이 섞여있는 샘플의 분석에 적합합니다. > Read more about the three tools Making big data accessibleAyasdi와 함께 CLC bio사는 크고 복잡한 데이터를 간단하고 작은 데이터로 바꿀 때의 문제점을 풀기 위해 한걸음 나아갔습니다.CLC bio사는 지금 Ayadi Cure 응용프로그램과 생물정보학 솔루션의 완벽한 통합을 제공합니다. > More info and video  Science Rab25 Is a Tumor Suppressor Gene with Antiangiogenic and Anti-Invasive Activities in Esophageal Squamous Cell CarcinomaCancer Res November 15, 2012 72; 6024 doi: 10.1158/0008-5472.CAN-12-1269 Man Tong et al. 비암세포와 식도 편평세포 암(ESCC)의 임상샘플의 고처리용량(High-throughput) 전사체 시퀀스 프로파일링이 발현상 차이가 많이 나는 유전자들을 밝혔습니다. Sequencing reads은 CLC Genomics Workbench를 이용하여 human genome에 mapping 하였습니다. > Read the interesting paper  Tutorial Introduction to CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench 7.5 버전에 대한 소개자료입니다. > Watch the video
  • [뉴스레터] CLCbio, CLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta release 조회 1722 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsCLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta releaseCLC Drug Discovery Workbench는 Ligand Optimizer라는 새로운 기능이 추가되어 강력해졌습니다. 여러분이 리간드 그리고 결합부위에서 단백질타겟과 리간드의 상호작용에 대해 수정하고, 최적화시키고, 분석할 수 있습니다. > For more info and download CLC Cancer Research Workbench for tumor analysis8월 26일, 종양/정상 샘플에서 희귀한 subclonal 체세포 variant를 찾고 annotation하고, 순위를 매기기 위한 자동파이프라인에 대한 웹세미나가 개최됩니다.CLC Cancer Research Workbench를 이용하여 낮은 빈도의 체세포 variant를 어떻게 규명하는지 확인하시기 바랍니다. > More info and sign up GeneRead DNAseq Targeted Panels V2GeneRead DNAseq Targeted Panels V2는 최소 10ng의 DNA를 NGS에 앞서 유전자 셋에 더욱 집중할 수 있게 해줍니다. > Read more  Science Next-Generation Sequencing of RNA and DNA Isolated from Paired Fresh-Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Human Cancer and Normal TissuePLoS ONE 9(5): e98187. doi:10.1371/journal.pone.0098187 Hedegaard J.et al. 임상연구에 기초한 NGS에서 포르말린으로 고정시킨 파라핀 임베드 샘플의 사용 가능성을 확인해보고자 휴먼의 여섯 가지 조직의 시료를 가지고 냉동샘플과 포르말린 고정 파라핀 임베드 샘플과 혹은 둘다 이용하여 분석하였습니다. 이 분석은 CLC Assembly Cell과 Genomics Server, Command Line Tools 그리고 Genomics Workbench로 수행되었습니다. > Read the interesting paper  Tutorial New features in CLC Drug Discovery Workbench 1.5CLC Drug Discovery Workbench 1.5 베타버전의 새로운 기능과 개선된 기능에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video
  • [릴리즈] BIOBASE, the Summer 2014.2 Product Release! 조회 1364 2016. 12. 28 - BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 릴리즈를 하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  HGMD 2014.2에서 4500개 이상의 새로운 mutation을 제공합니다.그 외에 추가기능들은 아래와 같습니다. - 파일업로드를 통한 batch search 가능. Batch 검색은 현재 한 줄에 하나의 term이나 identifier를 검색하던 기존의 방법과 함께 파일을 업로드 할 수 있는 기능이 추가되었고, 탭으로 구분된 파일은 VCF 포맷으로 사용하여야 합니다. > View the complete HGMD® statistics  Genome Trax몇 개의 주요한 트랙들을 업데이트 하고, 분석결과 알람을 이메일로 알려주는 기능이 추가될 예정입니다.브라우저에 자동적으로 분석결과가 나올 때 까지 기다리지 않고, 이메일로 알람을 받고 분석결과가 준비되었을 때, Genome Trax로 들어가 확인하실 수 있으며, 결과는 일시적으로 5일 동안 저장됩니다. > View the complete Genome Trax statistics  PGMD추가적인 pharmacogenomic variant가 포함되었습니다. > View the complete PGMD™ statistics  ANNOVAR다운로드용으로 CLINVAR DB의 수정판이 만들어졌습니다.수정내용은 아래와 같습니다.2014/04/30CLINVAR DB(clinvar_20140303 / clinvar_20140211 / clinvar_20131105)는 하나의 mutation이 여러 번 중요하게 annotation될 때 한 번만 표시되는 버그를 해결했습니다.따라서 DB를 재 다운로드 받으시길 바랍니다.  TRANSFAC/PROTEOME데이터가 업데이트 되었습니다. > View the complete PROTEOME™ statistics> View the complete TRANSFAC® statistics  BRENDA데이터가 업데이트 되었습니다.
  • [릴리즈] LabCollector New addon WORKFLOW Manager 조회 1168 2016. 12. 28 - AgileBio사에서는 아래와 같은 내용으로 LabCollector의 새로운 Addon 기능을 릴리즈 하였습니다.  New addon of LabCollector  · Workflow 그래픽 디자이너와 Workflow templates 작업의 다양한 형태로 생성· Workflow template logic 에 기반한 작업 시작· 사용자들에게 단계 할당· 사용자에 의해 Filter 가능· 유효성 검사를 적용 가능· gantt view를 통해서 작업일정 관리· 단계별로 데이터를 저장하기 위해 모든 단계는 프로젝트 작업 관리 시스템 모듈에 연결· 복합적인 branche가 가능 > LabCollector 홈페이지로 이동
  • [뉴스레터] BIOBASE, Access HGMD® Data via Ingenuity® Variant Analysis™ 조회 1328 2016. 12. 28 - BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  HGMD® is now integrated into QIAGEN's Ingenuity® Variant Analysis™Ingenuity의 Variant Analysis 어플리케이션이 BIOBASE사의 콘텐츠로 통합되었습니다. 이는 임상연구자들에게 유전자 variant와 질병의 표현형에 관련하여 매우 포괄적이고 고품질, 최신식 기술을 제공할 것입니다.  HGMD users, welcome to Variant Analysis!Ingenuity Variant Analysis는 sequencing data에 대한 이해를 가능하게 해줄 종합적인 소스를 제공합니다.HGMD 사용자는 무료 Trio activation code를 등록할 수 있습니다. > Register for your free Trio activation code  For Variant Analysis usersHGMD 사용자는 다음 주 일주일 동안 Variant Analysis를 사용해 볼 수 있습니다.이는 sequencing data를 이해하기 위한 통합적인 리소스를 제공합니다. > Preview Variant Analysis with HGMDHGMD users, welcome to Variant Analysis!
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