[릴리즈] BIOBAM, Blast2GO: Major Release Version 4.0
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2016. 12. 29 - Blast2GO가 4.0버전으로 업그레이드 되면서 유용한 몇 가지의 기능들이 추가되어 여러분께 소개해드리고자 합니다. Blast2GO 4.0Pairwise와 시간대별로 차등발현분석이 가능Eukaryote와 prokaryote에서 gene prediction이 가능(Glimmer와 Augustus 알고리즘 이용)Gene Set Enrichment Analysis 분석 기능 추가Blast와 Blast을 통해 시퀀스와 ID를 서로 변환해주는 기능Blast2GO의 새로운 앱이 App Manager에 추가 (COG.EggNOG)Load/Export 기능 추가 : GFF2, ID-Value List, Generic Table새로운 그래프 레이아웃 추가메뉴바 하단의 메인 아이콘추가 QBlast와 local blast 기능 개선ORF prediction 결과 이용한 InterProScan 사용에 관련된 버그 수정눈 여겨 보아야 할 추가기능은 차등발현분석, GSEA분석, gene prediction 기능이 추가되었다는 점 입니다. - 차등발현분석차등발현 분석은 두 가지의 옵션이 제공됩니다. Pairwise comparison은 EdgeR이라는 bioconductor를 기반으로 하여 만들어진 통계분석기능이며 그룹간의 시간대별 발현 분석을 하는 time course analysis는 maSigPro라는 bioconductor를 이용한 분석 방법입니다. Pairwise comparison은 그룹간의 비교하여 upregulation/downregulation이 된 유전자가 몇 개인지 time coursed analysis는 발현 정도를 보고 서열끼리 클러스터링을 해줍니다.- Enrichment AnalysisGO functional annotation을 가지고 Gene Set Enrichment Analysis를 해주는 기능이 추가되었습니다. 이 분석툴은 유전자와 통계 값이 있는 데이터로 진행되며, MIT/Broad Institute에서 개발한 툴입니다. - Gene Prediction박테리아, 고세균, 바이러스는 Glimmer를 통해 진핵생물들은 Augustus를 통해 유전자 부위를 예측해줍니다. RNA-seq 맵핑이 완료된 bam파일도 지원하며, prediction 후에는 GFF파일이 생성되어 다른 분석을 하실 때 annotation으로 활용할 수 있습니다.- 그 외 추가기능 · App 추가App manager의 app이 하나 추가되었습니다. Orthology group을 찾아주는 app인데 EggNOG 데이터베이스를 이용하여 orthologous group annotation을 수행합니다. · RfamRNA family 데이터베이스인 Rfam을 이용하여 non-coding RNA gene, cis-regulatory elements, self-splicing RNA를 확인할 수 있습니다.