• [뉴스레터] QIAGEN, Bioinformatics and disease - Microbial inhabitants of New York City 조회 1668 2016. 12. 29 - Latest News Metagenomes, leukemia & NASA twins AGBT의 워크샵에서 Chrison Mason가 metagenome과 우주비행사들의 유전체와 질병 그리고 QIAGEN의 솔루션에 대한 경험을 공유하는 세미나를 발표했습니다. 그는 CLC Genomics Workbench를 이용하여 환자에게서 얻은 난배양성 미생물들의 군집을 분석하는데 성공했습니다. >Read about the interesting research  Bioinformatics and diseaseNGS는 의학분야와 고성능의 해석과 분석의 조합등에 대한 접근을 크게 바꾸었습니다. 그리고 이제 진단과 치료분야에서도 발전할 것입니다.   >Accelerate your insights with QCI  How secure is your bioinformatics data?genomic data가 증가되고 해석 정보들이 계속적으로 생성되면서 이러한 데이터의 저장, 보호및 관리에 대한 문제점이 생겼습니다. 큰 데이터에는 보안에 대한 큰 걱정도 함께 따라오는데 우리의 소중한 데이터를 지키는 방법은 어떤 것이 있을까요?>How do we secure your data? Unique solution for RNA sequencing혁신적인기술과 세계적인 RNA 분리와 library 만드는 기술과 IPA 소프트웨어를 통해 RNA시퀀싱의 특별한 솔루션을 제공합니다. >Read about QIAseq Targeted RNA Panels    Insight Comparative analysis of grapebine microbiomes Microbiome 분석에서 16S rRNA를 사용해서 CLC Microbial Genomics Module의 워크플로우를 사용하여 분석한 결과를 확인 할 수 있습니다.   >Find the application note here
  • [뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 3월 Webinar Series 소식 조회 1386 2016. 12. 29 -  Register for our Upcoming IPA Webinar Series Starting Early March!웹세미나 일정안내안녕하세요. 생물정보 컨설팅 전문기업 ㈜인실리코젠입니다.Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 이용고객 여러분께 IPA webinar 일정 안내 드립니다.3월 한달동안 QIAGEN 전문가인 Dr. Lynne Mullen 과 Dr. Jasmin Droege가 IPA (Ingenuity Pathway Analysis)를 소개하는 웨비나 시리즈를 미국과 유럽에서 진행합니다. 이 웨비나는 실험데이터를 업로드하고 결과를 해석하고 RNA-Seq 분석을 할때 유용한 팁과 방법들을 소개합니다. 
  • [뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 2월 뉴스레터 조회 1274 2016. 12. 29 -  Pathway Studio 의 2월 소식을 전해드립니다.  Webinar - Immunology & Cancer Research에 대한 Cell-Centered Database 웨비나Product news - 새로운 Pathway User Interface (UI)는 연구자들이 갖는 생물학적 질문의 답을 빨리 찾아 연구 진행을 도와줍니다. Use Case - 샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016에 대한 뉴스 > WebinarsImmunology와 Cancer Research에 대한 Cell-Centered Dabase 소개 Dr.Maria Skrob는 Immunology와 Cancer Research (CellEffect™)에 대한 Pathway Studio의 Cell-Centered Database를 공개했습니다. 질병에 의한 세포 메커니즘을 결정하는 것은 질병 원인과 진행, 결과를 예측, 새로운 치료법을 개발하고 이해하는데 매우 중요합니다. 2016년 2월26일, 금요일 12:00 AM - 1:00 AM (한국시간)>>> 등록 바로 가기   > Product News새로운 Pathway Studio 사용자 인터페이스(UI)는 생물학적 질문의 답을 빠르게 탐색할 수 있도록 도와줍니다. 업데이트된 사용자 인터페이스는 패스웨이를 그리는 워크플로우가 특히 간소화 됐습니다. 특이적이고 생물학적 의미를 띄는 결과를 더 빠르게 도출할 수 있습니다.사용자 테스트에 기반하여, 새로운 Patwhay Studio Web은 통상적인 분석이 30배 이상 빨라졌습니다. 새로운 Network Builder는 필터링 기능과 short cuts 기능을 매우 쉽게 이용할 수 있게 합니다.초보 사용자가 만족할 수 있을만큼 쉽게 디자인하였고, 파워 사용자들을 위해 고급 필터 옵셥을 제공합니다.게다가 쉽게 사용할 수 있는 Basic 기능과 고급 필터 옵션은 대용량 네트워크와 in-product pathway network building instructions로부터 더 상세한 결과를 빠르게 도출할 수 있게 되었습니다. 그리고 선택된 관심 연구분야에 대해 단계적으로 network building instructions을 제공합니다. 새롭게 추가된 기능 : 확장된 테이블을 선택적으로 내보내기개선된 레퍼런스는 summary와 ontology browser 등을 지원 더 자세히 알고 싶다면?>>> Presentation 바로 가기  > Events샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016 소개>>> 자세히 보기 
  • [뉴스레터] The Power of RNA-Seq and Sequencher 조회 1408 2016. 12. 29 -  Sequencher 5.4.1은 간편함과 함께 강력합니다.   RNA-Seq 기술의 발전은 더 디테일한 전사 발현 분석 결과를 생산할 수 있습니다. 작은 RNA도 유전자 발현과 조절에 큰 영향을 끼칠 수 있기 때문에 새로운 준비과정은 기존의 방법과 세포에서 총 RNA가 차지하고 있는 비율이 적도록 RNA에 Pol(A) tail이 있다면 고려하지 않습니다.전사체 데이터 양의 증가가 다량의 전사체들을 통계 분석을 통해 정확한 RNA-seq 분석을 제공할 수 있는 소프트웨어의 필요성을 증가시키고 있습니다.   Cufflink는 광범위하고 다양한 통계 및 분석방법을 가지고 있어 가장 명성있는 RNA-Seq분석 프로그램 중 하나입니다. Broad Institute에서는 Plasmodium falciparum 말라리아 기생충의 생활사에서 조절인자와 연결되는 몇몇의 긴 non-coding RNA를 확인하는데 Cufflinks를 사용하였습니다. 연구자들은 cufflinks의 옵션들을 활용하여 52시간 성장주기를 통해서 조절되는 인자의 흔적들을 찾아 분석할 수 있도록 하였습니다.   모든 강력한 기능들은 Cufflinks가 Gene Codes사의 Sequencher DNA 분석 소프트웨어에 통합되면서 만들어졌습니다. Sequencher의 가장 큰 강점으로 Command line의 툴들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있도록 GUI Interface를 제공하여 연구자들이 직접 몇번의 클릭만으로 좋은 퀄리티의 결과를 빠르게 얻을 수 있습니다.    적절한 예는 Cuffdiff 메뉴에 있는 ‘Conditions’와 ‘Replicates editor’입니다. 이 편집기는 Cufflinks workflow에 있어 하나의 가장 도전적인 점입니다. 이것은 쉽게 메뉴바를 하나의 단락의 명령어들 대신의 가치를 대신하여 사용할 수 있습니다. 사용자는 이러한 간단한 오류로 분석을 망치는 것에 대한 걱정을 하지 않고 replicates와 conditions을 조정할 수 있습니다.    Sequencher은 거기서 멈추지 않습니다. Workflow의 끝으로 데이터 테이블을 보여주고 사용자에게 분류 및 필터링 할수 있게 원하는 결과만 선택한 후 이들을 출판물로 사용할 수 있는 퀄리티의 그래픽을 몇분만에 제공합니다. 보통은 이러한 결과를 얻기 위해서는 R 프로그래밍언어에 대한 정확한 이해와 시간이 필요합니다. 그러나 Sequencher는 간단하게 고객의 요구에 맞춘 bar chart, Volcano plot, scatter plot들을 만들 수 있습니다. 이러한 시각적인 데이터는 관심있는 유전자에 대한 데이터의 표에 접근이 빨라지고 쉬워집니다. 
  • [뉴스레터] Qiagen, Whole-genome sequencing of pathogens - Trends and highlights of 2015 조회 1385 2016. 12. 29 -  Latest news  Whole-genome pathogen sequencing  병원체(pathogen)의 whole-genome sequencing을 임상샘플에서 새로운 방법으로 빠르게 고품질의 결과를 낼 수 있습니다.  > 새로운 발견에 대해서 더 알아보기   Looking back at 2015 and ahead to 2016 2015년의 동향과 중요한 사건들에 대해서 뒤돌아보고, 2016에 어떤 일들이 있을지 미리 살짝 들여다보는 시간을 갖습니다.  > Qiagen의 뒤를 돌아보고, 앞을 내다보려면  InsightSolution에 대해 알아보기. 비교 promoter 분석을 진행하는데 TRANSFAC이 효력을 발휘할 것입니다. 이는 유전자발현 패턴을 실험적으로 유도하여 가장 적절하고 적합한 전사인자들을 찾아내는데 도움을 줍니다.    Webinars1월에 있는 IPA webinar: Discover IPA - January 14, 2016 Uploading data in IPA - January 21, 2016 Interpreting the results of your Core Analysis in IPA - January 28, 2016  최근 IPA Release – IPA 2015 Winter Release
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