• [뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 2월 뉴스레터 조회 1212 2016. 12. 29 -  Pathway Studio 의 2월 소식을 전해드립니다.  Webinar - Immunology & Cancer Research에 대한 Cell-Centered Database 웨비나Product news - 새로운 Pathway User Interface (UI)는 연구자들이 갖는 생물학적 질문의 답을 빨리 찾아 연구 진행을 도와줍니다. Use Case - 샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016에 대한 뉴스 > WebinarsImmunology와 Cancer Research에 대한 Cell-Centered Dabase 소개 Dr.Maria Skrob는 Immunology와 Cancer Research (CellEffect™)에 대한 Pathway Studio의 Cell-Centered Database를 공개했습니다. 질병에 의한 세포 메커니즘을 결정하는 것은 질병 원인과 진행, 결과를 예측, 새로운 치료법을 개발하고 이해하는데 매우 중요합니다. 2016년 2월26일, 금요일 12:00 AM - 1:00 AM (한국시간)>>> 등록 바로 가기   > Product News새로운 Pathway Studio 사용자 인터페이스(UI)는 생물학적 질문의 답을 빠르게 탐색할 수 있도록 도와줍니다. 업데이트된 사용자 인터페이스는 패스웨이를 그리는 워크플로우가 특히 간소화 됐습니다. 특이적이고 생물학적 의미를 띄는 결과를 더 빠르게 도출할 수 있습니다.사용자 테스트에 기반하여, 새로운 Patwhay Studio Web은 통상적인 분석이 30배 이상 빨라졌습니다. 새로운 Network Builder는 필터링 기능과 short cuts 기능을 매우 쉽게 이용할 수 있게 합니다.초보 사용자가 만족할 수 있을만큼 쉽게 디자인하였고, 파워 사용자들을 위해 고급 필터 옵셥을 제공합니다.게다가 쉽게 사용할 수 있는 Basic 기능과 고급 필터 옵션은 대용량 네트워크와 in-product pathway network building instructions로부터 더 상세한 결과를 빠르게 도출할 수 있게 되었습니다. 그리고 선택된 관심 연구분야에 대해 단계적으로 network building instructions을 제공합니다. 새롭게 추가된 기능 : 확장된 테이블을 선택적으로 내보내기개선된 레퍼런스는 summary와 ontology browser 등을 지원 더 자세히 알고 싶다면?>>> Presentation 바로 가기  > Events샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016 소개>>> 자세히 보기 
  • [뉴스레터] The Power of RNA-Seq and Sequencher 조회 1345 2016. 12. 29 -  Sequencher 5.4.1은 간편함과 함께 강력합니다.   RNA-Seq 기술의 발전은 더 디테일한 전사 발현 분석 결과를 생산할 수 있습니다. 작은 RNA도 유전자 발현과 조절에 큰 영향을 끼칠 수 있기 때문에 새로운 준비과정은 기존의 방법과 세포에서 총 RNA가 차지하고 있는 비율이 적도록 RNA에 Pol(A) tail이 있다면 고려하지 않습니다.전사체 데이터 양의 증가가 다량의 전사체들을 통계 분석을 통해 정확한 RNA-seq 분석을 제공할 수 있는 소프트웨어의 필요성을 증가시키고 있습니다.   Cufflink는 광범위하고 다양한 통계 및 분석방법을 가지고 있어 가장 명성있는 RNA-Seq분석 프로그램 중 하나입니다. Broad Institute에서는 Plasmodium falciparum 말라리아 기생충의 생활사에서 조절인자와 연결되는 몇몇의 긴 non-coding RNA를 확인하는데 Cufflinks를 사용하였습니다. 연구자들은 cufflinks의 옵션들을 활용하여 52시간 성장주기를 통해서 조절되는 인자의 흔적들을 찾아 분석할 수 있도록 하였습니다.   모든 강력한 기능들은 Cufflinks가 Gene Codes사의 Sequencher DNA 분석 소프트웨어에 통합되면서 만들어졌습니다. Sequencher의 가장 큰 강점으로 Command line의 툴들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있도록 GUI Interface를 제공하여 연구자들이 직접 몇번의 클릭만으로 좋은 퀄리티의 결과를 빠르게 얻을 수 있습니다.    적절한 예는 Cuffdiff 메뉴에 있는 ‘Conditions’와 ‘Replicates editor’입니다. 이 편집기는 Cufflinks workflow에 있어 하나의 가장 도전적인 점입니다. 이것은 쉽게 메뉴바를 하나의 단락의 명령어들 대신의 가치를 대신하여 사용할 수 있습니다. 사용자는 이러한 간단한 오류로 분석을 망치는 것에 대한 걱정을 하지 않고 replicates와 conditions을 조정할 수 있습니다.    Sequencher은 거기서 멈추지 않습니다. Workflow의 끝으로 데이터 테이블을 보여주고 사용자에게 분류 및 필터링 할수 있게 원하는 결과만 선택한 후 이들을 출판물로 사용할 수 있는 퀄리티의 그래픽을 몇분만에 제공합니다. 보통은 이러한 결과를 얻기 위해서는 R 프로그래밍언어에 대한 정확한 이해와 시간이 필요합니다. 그러나 Sequencher는 간단하게 고객의 요구에 맞춘 bar chart, Volcano plot, scatter plot들을 만들 수 있습니다. 이러한 시각적인 데이터는 관심있는 유전자에 대한 데이터의 표에 접근이 빨라지고 쉬워집니다. 
  • [뉴스레터] Qiagen, Whole-genome sequencing of pathogens - Trends and highlights of 2015 조회 1330 2016. 12. 29 -  Latest news  Whole-genome pathogen sequencing  병원체(pathogen)의 whole-genome sequencing을 임상샘플에서 새로운 방법으로 빠르게 고품질의 결과를 낼 수 있습니다.  > 새로운 발견에 대해서 더 알아보기   Looking back at 2015 and ahead to 2016 2015년의 동향과 중요한 사건들에 대해서 뒤돌아보고, 2016에 어떤 일들이 있을지 미리 살짝 들여다보는 시간을 갖습니다.  > Qiagen의 뒤를 돌아보고, 앞을 내다보려면  InsightSolution에 대해 알아보기. 비교 promoter 분석을 진행하는데 TRANSFAC이 효력을 발휘할 것입니다. 이는 유전자발현 패턴을 실험적으로 유도하여 가장 적절하고 적합한 전사인자들을 찾아내는데 도움을 줍니다.    Webinars1월에 있는 IPA webinar: Discover IPA - January 14, 2016 Uploading data in IPA - January 21, 2016 Interpreting the results of your Core Analysis in IPA - January 28, 2016  최근 IPA Release – IPA 2015 Winter Release
  • [뉴스레터] BIOBASE 2015.4th Release Newsletter 조회 1191 2016. 12. 29 - BIOBASE의 새로 업데이트 된 릴리즈 내용입니다.  HGMD® 최신버전에서 4,200개의 새로운 mutation 이 추가되었습니다. 새로 도입된 Phenotype검색에서 Human Phenotype Ontology(HPO)들도 추가되었습니다. HGMD statistics를 보시려면 여기를 클릭해 주세요.  Genome Trax™ 몇 가지 주요 트랙들의 컨텐츠에 대한 업데이트가 있습니다. Genome Trax statistics를 보시려면 여기를 클릭해 주세요.  ANNOVAR ANNOVAR 새로운 버전은 6월 중순에 릴리즈됩니다. 이번 분기에서 새로운 업데이트는 없습니다.  POSSUMwebPOSSUMweb은 다양한 기형, 염색체이상, 골격 이형성증 및 대사질환을 포함한 다양한 증후군에 관련된 기형학 데이터베이스이며 새로운 케이스가 보고될 경우 지속적으로 업데이트되고 있습니다. POSSUMweb에 대해서 더 자세히 알고 싶으시면 여기를 클릭해 주세요.  PROTEOME™+ TRANSFAC® 데이터 업데이트 13개의 새로운 마우스 TFBS 실험에 185,000 이상의 fragment가 추가되었습니다. 이 데이터는 Standford의 Michael Snyder랩의 ENCODE 데이터입니다. 마우스의 factor에 따른 cell line은 다음과 같습니다. CHD2(E14), ELF-1(CH12.LX, MEL), HTF4(CH12.LX, MEL), IRF-4(CH12.LX), MAFK(E14), MEF02A(CH12.LX, MEL), NRF-1(CH12.LX, MEL), USF1(CH12.LX, MEL) TRANSFAC statistics를 보시려면 여기를 클릭해 주세요.PROTEOME statistics를 보시려면 여기를 클릭해 주세요.  BRENDA BREANDA의 최신버전은 1월부터 이용 가능합니다.
  • [뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 2015년 Winter Release 소식 조회 1203 2016. 12. 29 -  2015년 겨울, IPA의 새로운 릴리즈 소식을 전해드립니다. 맞춤 패스웨이와 네트워크 오버레이기능에 의해 넓은 시야를 얻을 수 있습니다. variant 의 gain/loss values와 발현데이터를 네트워크와 패스웨이에 시각화를 시킬 수 있는 기능이 추가되었습니다.    Cuffdiff 데이터 파일을 업로드할 수 있는 RNA-Seq 워크플로우가 개선되었습니다.  "diff" 포맷의 데이터를 업로드했을 때, IPA는 다른 observation들의 각각의 모든 컬럼들을 인식할 수 있게 개선되었습니다.  
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