• [뉴스레터] GeneCodes, Sequencher 5.4.1 업데이트 소식 조회 1427 2016. 12. 29 -  GeneCodes사에서는 아래와 같은 내용으로 Sequencher 5.4.1버전을 출시하였습니다. 2015년에 구매하신 분들은 Sequencher 5.4.1로 업그레이드가 가능합니다. 초기엔 Sequencher은 Sanger Sequence 분석을 진행하는데 아주 강력한 툴로 알려져있었습니다.그리고 나서 NGS와 RNA-Seq command-line tool을 쉽게 이용할 수 있도록 직관적인 interface를 제공하였습니다.  Sequencher 5.4.1로는 Fasta 시퀀스 파일에서 영구적인 reference database와 인덱스를 생성할 수 있습니다. 이것은 reference sequence(최대 BWA-MEM은 10gb까지, GSNAP은 232bp까지) whole genome을 align이 가능하다는 것입니다. 한번 indexing 또는 database를 만들어놓으면 align을 여러 번 할수 있다는 장점에서 많은 시간을 단축시킬 수 있습니다.  Sequencher Connections는 2개이상의 분석들을 쉽게 동시에 진행 할 수 있습니다. Sequencher Connection의 가장 인기있는 기능은 multiple BLAST search을 수행할 수 있다는 점입니다. 그리고 NCBI BLAST나 Local BLAST 뿐 아니라 본인의 sequence로 Primer-BLAST도 search가 가능합니다. 새로운 Primer Picker tab은 Sequencher Connection에서 Primer-BLAST를 이용할 때 primer을선택하게 해줍니다. 그리고 본인의 Sequencher project에서 선택된 primer로 primer-BLAST prediction을 해줍니다. selected primer sequence는 자동적으로 Primer 특징 key로 표시가 됩니다.  > Sanger 와 NGS DNA sequence 분석해주는 소프트웨어, Sequencher 5.4.1 Trial 및 다운로드 >Sequencher version 5.4.1 관련 업데이트 더보기
  • [뉴스레터] NEBION, GENEVESTIGATOR, 3월 업데이트 소식 조회 1247 2016. 12. 29 -  Analysis across multiple platforms made easier ​업데이트 소식 안내지난 10년간 수천개의 전사체 연구들이 다양한 기술의 플랫폼에 의해 실현되고 있습니다. 가장 대표적으로 Affymetirx, Illumina 또는 Agilent expression array와 RNA-Seq 플랫폼이 있습니다. GENEVESTIGATOR는 다양한 플랫폼으로부터 Public & Private expression 데이터를 직접 큐레이션하여 발현데이터들을 통합하였습니다. Cross-Platform 검색과 분석 능력을 갖춘 새로운 버전이 출시되었음을 알려드리게 되어 매우 기쁩니다.   개선된 Cross-Platform 워크플로우다른 플랫폼의 발현 데이터들을 동시에 비교, 분석하여 시각화시킬 수 있습니다. 이는 데이터의 의미를 쉽고 명확하게 보여줍니다. GENEVESTIGATOR는 현재 관심있는 타겟 유전자에 맞는 가장 특이적인 probe를 자동으로 선택해줍니다. 게다가 각각의 Probe들은 주어진 종에서 모든 플랫폼에 대해 자동으로 교차분석이 가능합니다. Probe들을 직접 선택하여 분석하길 원하는 연구자분들은 수동 선택 모드를 이용할 수 있습니다.   새롭게 출시된 CONTENTSArabidopsis, 13개의 새로운 RNA-Seq 실험이 다음 분야에서 업데이트 되었습니다. 조직 타입생물학적 스트레스 (Botrytis cinerea)비생물학적 스트레스 (cold, treatments with various chemicals)식물 호르몬 (ABA, brassinolide)유전자형 비교 계속적으로 툴 기능을 개선하고 있으며 데이터를 큐레이션하여 업로드하는데 많은 노력을 기울이고 있습니다.   새롭게 업데이트된 Introduction Video Tutorial 를 확인해보세요. 
  • [뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 3월 Webinar 소식 조회 1143 2016. 12. 29 -  Biomarkers, Brain Regions, & Data Reproducibility웹세미나 일정안내본 강의는 Chris Cheadle 박사가 Pathway Studio를 이용하여 바이오마커 & 브레인 영역을 탐색하는 방법에 대해 설명합니다. 정교한 가시화툴을 이용하여 질병을 일으킬 수 있는 factors와 광범위하게 연결시켜 줍니다. 또한 뇌영역 식별에 근거한 혁신적인 새로운 분류법에 대해 발표합니다. 이런 혁신은 보고된 근거논문을 기반으로 질병 지식을 빠르게 습득하게 만들 것입니다.  주제_ Biomarkers, Brain Regions, & Data Reproducibility 일시_ 2016.03.24 (목) PM 11:00 (1시간 동안 진행)         등록방법_ 하단 등록하기 버튼 클릭 시 등록페이지로 이동​다른 웨비나 시청
  • [뉴스레터] QIAGEN, Bioinformatics and disease - Microbial inhabitants of New York City 조회 1584 2016. 12. 29 - Latest News Metagenomes, leukemia & NASA twins AGBT의 워크샵에서 Chrison Mason가 metagenome과 우주비행사들의 유전체와 질병 그리고 QIAGEN의 솔루션에 대한 경험을 공유하는 세미나를 발표했습니다. 그는 CLC Genomics Workbench를 이용하여 환자에게서 얻은 난배양성 미생물들의 군집을 분석하는데 성공했습니다. >Read about the interesting research  Bioinformatics and diseaseNGS는 의학분야와 고성능의 해석과 분석의 조합등에 대한 접근을 크게 바꾸었습니다. 그리고 이제 진단과 치료분야에서도 발전할 것입니다.   >Accelerate your insights with QCI  How secure is your bioinformatics data?genomic data가 증가되고 해석 정보들이 계속적으로 생성되면서 이러한 데이터의 저장, 보호및 관리에 대한 문제점이 생겼습니다. 큰 데이터에는 보안에 대한 큰 걱정도 함께 따라오는데 우리의 소중한 데이터를 지키는 방법은 어떤 것이 있을까요?>How do we secure your data? Unique solution for RNA sequencing혁신적인기술과 세계적인 RNA 분리와 library 만드는 기술과 IPA 소프트웨어를 통해 RNA시퀀싱의 특별한 솔루션을 제공합니다. >Read about QIAseq Targeted RNA Panels    Insight Comparative analysis of grapebine microbiomes Microbiome 분석에서 16S rRNA를 사용해서 CLC Microbial Genomics Module의 워크플로우를 사용하여 분석한 결과를 확인 할 수 있습니다.   >Find the application note here
  • [뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 3월 Webinar Series 소식 조회 1314 2016. 12. 29 -  Register for our Upcoming IPA Webinar Series Starting Early March!웹세미나 일정안내안녕하세요. 생물정보 컨설팅 전문기업 ㈜인실리코젠입니다.Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 이용고객 여러분께 IPA webinar 일정 안내 드립니다.3월 한달동안 QIAGEN 전문가인 Dr. Lynne Mullen 과 Dr. Jasmin Droege가 IPA (Ingenuity Pathway Analysis)를 소개하는 웨비나 시리즈를 미국과 유럽에서 진행합니다. 이 웨비나는 실험데이터를 업로드하고 결과를 해석하고 RNA-Seq 분석을 할때 유용한 팁과 방법들을 소개합니다. 
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