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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 8월 뉴스레터 소식 조회 1421 2016. 12. 29 - Elsevier R&D Solutions2016년 8월 Pathway Studio 뉴스레터 소식- Thought Leader MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사가 Apoptosis Pathway Census를 발표합니다. - Hot Topic Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다. - The Hive Hive에 대해서 들어보신 적이 있으신가요? 저희의 공동 연구자를 소개합니다. Hot Topic 1Apoptosis Pathway Census : Autophagy Pathway 모델을 Apoptosis Pathway에 적용 올해 6월에 열린 NIH Bioinformatics Symposium에서 MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사는 Pathway Studio를 이용하여 거의 완벽한 카탈로그를 게재하는 방법에 대해 논의하였습니다. Phil Lorenzi 박사는 autophagy와 연관된 entities와 relationships을 완벽하게 목록화하였고, Autophagy pathway를 밝히기 위해 발전된 census 모델 방법론을 이용하면서 이 모델이 apoptosis pathway 를 설명하는데 얼마나 적절한지 설명했습니다. 그의 발견은 새로운 apoptosis 결과가 일반적인 결론들 즉, (1) siRNA screening은 매우 큰 false negative rate을 가지고 있음 (그만큼 진짜 ‘hits’을 못 찾는다는 것을 의미) (2) 가장 포괄적인 pathway 범주를 제공하는 Pathway Studio를 활용한 텍스트-마이닝 기반의 pathway 분석을 지지합니다. White paper를 다운로드 하셔서 더 많은 내용을 알아보세요 >> Withe paper 다운로드 Hot Topic 2Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다.Illumina Correlation Engine (CE) 플랫폼 사용자들은 연구 결과를 바로 Pathway Viewer나 Pathway Studio로 보내 해당 유전자에 대해 심도 있는 biological context를 얻을 수 있습니다. Pathway Viewer를 통해 사용자들이 찾은 유전자들이 생물학적으로 연결되어있는지 볼 수 있고, 유전자에서 가장 잘 알려진 5개의 pathway 역시 보실 수 있습니다. Pathway Studio 사용자는 이 탭을 클릭하면, application이 열릴 때 바로 gene list를 뽑을 수 있습니다. 연구자들은 Pathway Studio를 이용하여 full network building과 functional annotation 툴을 이용할 수 있으며, 관심 유전자에 대해 더 심도 있는 생물학적 정보를 얻을 수 있습니다.Pathway Studio free trial은 Pathway Viewer나 Pathway Studio 탭에서 신청하실 수 있습니다.여기를 클릭하셔서 Pathway Studio free trial을 신청해보세요! >> Trial 신청 파트너 페이지를 방문하셔서 더 많은 정보를 알아보세요 >> 파트너 페이지 Hot Topic 3Hive에 대해서 들어보셨나요?Hive는 초기단계의 약물을 개발하는 엄선된 생물공학 그룹과 약학 기업들과의 Elsevier R&D Solutions의 Collaboration입니다.Elsevier는 1년 동안 Pathway Studio를 포함한 R&D Solutions을 사용하는 Hive 참여자들을 관찰할 것 입니다. Hive는 주목받는 혁신 사업을 돕고 그들의 혁신을 촉진하기 위해 플랫폼을 제공하는 것 뿐만 아니라, 다른 것으로부터 더 배우고 산업에서 협동 관계의 파워를 보여주기 위해 넓은 커뮤니티를 위한 촉매제 역할을 할 것 입니다. Elsevier는 이런 일을 함으로써 그들의 스토리를 만들고 알릴 것입니다, 참여 회사에 대해 잘 나와있는 사이트를 통해 Elsevier R&D Solutions로써의 역할을 할 것입니다. 아래 링크를 클릭하셔서 Hive 스토리를 들어보세요. >> 스토리 보기

[뉴스레터] Special Offer for PGx Variant Content 조회 1595 2016. 12. 29 - 약물 반응에 영향을 미치는 유전자 변이를 밝히다PGMD는 환자의 약물 반응에 영향을 미치는 것으로 보여지는 모든 공개된 유전자 변이들을 찾을 수 있는 데이터베이스입니다. QIAGEN은 환자의 in vivo 실험에서 유전형과 약물 반응간에 유의한 연관관계를 보여주는 논문을 찾고 의미를 찾아 큐레이션 합니다. 이렇게 큐레이션된 변이-질병-약물 관계에 대한 관찰과 그에 대한 표현형적 영향에 대한 정보는 다운로드 패키지를 통해 내부 분석 파이프라인과의 통합이 가능합니다. PGMD 정보 페이지 다운로드다운로드 가능한 약물 반응 변이에 관한 데이터베이스이며 포괄적인 약물유전체 패널을 디자인할 수 있게 해주며 환자의 유전체에서 실용 가능한 변이들을 맵핑해줍니다. 여기를 클릭하여 PGMD 컨텐츠에 대해 더 알아보세요. PGMD는 다음의 내용을 포함하고 있습니다. 139,000개 이상의 약물 반응 phenotype에 관련된 genotype, haplotype 연구17,000개 이상의 집단 대립인자 빈도, linkage disequilibrium, star allele nomenclature 등의 추가정보 제공.주요 ADME 유전자를 포함한 7,000개 이상의 유전자 정보를 포함암, 정신질환, 당뇨, 신경질환 등 525개 이상의 질병을 다룸

[뉴스레터] NEBION, Genevestigator, Human RNA-seq 데이터 릴리즈 소식 조회 1229 2016. 12. 29 - Release of Human RNA-seq !GENEVESTIGATOR에 Human RNA-seq 데이터가 업로드 되었습니다. 업로드된 Human RNA-seq 데이터로 어떤 툴과도 함께 분석하실 수 있습니다. Human RNA-seq 데이터업로드된 데이터세트는 36개 실험(2,443개의 샘플)을 담고 있으며, 다음과 같은 연구 분야의 실험 결과들을 포함합니다. • Oncology• Neurology and Psycology/Psychiatry• Pneumology• Cardiology• Dermatology• Endorcinology and Metabolism• Immunology and Rheumatology• Gastroenterology새롭게 큐레이션된 RNA-seq 데이터는 정기적으로 업데이트 되고 있습니다.2016년 8월, 한 달간 Anatomy 툴이 무료이번 달, Anatomy 툴 (Gene Search toolset)을 한번 이용해보세요. 이 툴은 다양한 조직 또는 cell type에서 특이적인 발현을 보이는 유전자들을 쉽게 찾을 수 있도록 도와줍니다. 새롭게 업데이트된 Video Tutorial을 시청해보세요.

[뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 2016년 Summer Release 소식 조회 1299 2016. 12. 29 - IPA summer 2016 release 2016년 IPA 여름맞이 업데이트 소식 IPA의 IsoProfiler가 새롭게 디자인 되었습니다. 자세한 사항은 아래와 같습니다. - 특이적인 발현 패턴을 갖는 Isoforms 규명- 가장 특이적인 Isoforms을 우선순위로 정렬 - 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 Isoforms에 초점을 맞춤- 한개 또는 두개 이상의 멀티 데이터셋과 비교하여 발현수준을 가시화할 수 있음릴리즈 내용을 더 자세히 알고 싶으시다면 아래 링크를 클릭해주세요. 또한 IPA 웹세미나가 진행됩니다. 이번 웹세미나를 통해 IsoProfiler에 대해 더 알아보고 RNA-seq 분석 방법에 대해 더 자세히 알아볼 것입니다. Jean Noel Billaud 박사와 Stuart Tugendreich 박사가 환자 그룹에서 tumors 샘플의 유전자 발현을 검사하였습니다. 그리고 유전자 발현과 생물학적 메카니즘에 대한 유전적 변이의 영향에 대해서도 살펴볼 것입니다. 이 연구는 QIAGEN의 RNA 시퀀싱 솔루션을 활용하였습니다.주제_ Comparative Genetic and Transcriptome Analyses of Hepatocellular Carcinoma (HCC) and Endometrioid Endometrial Carcinoma(EEC) using our RNA-seq solution일시_ 2016.07.27 (수) AM 12:00 (1시간 동안 진행)등록방법_ 하단 등록하기 버튼 클릭 시 등록페이지로 이동

[뉴스레터] BIOBASE 2016.2 Release Newsletter 조회 1347 2016. 12. 29 - BIOBASE의 2016년 두 번째 업데이트 내용입니다. HGMD®최신버전에서 4,400개의 새로운 mutation 정보가 업데이트 되었습니다. HGMD statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요. Genome Trax™몇 가지 주요 트랙들의 컨텐츠에 대한 업데이트가 있습니다. 업데이트 된 파일들은 7월 5일, 화요일부터 다운로드 받으실 수 있습니다. Genome Trax statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요. ANNOVARANNOVAR의 가장 최신 버젼은 2월에 출시가 되었습니다. 아직 업데이트 설치를 하지 않으셨다면 지금 최신버전을 다운로드 해주십시오.아래는 데이터베이스 업데이트 내역입니다. * 2016년 3월 30일Coding, noncoding variants의 functional genomic annotations를 통합시키는 분광접근법을 이용하는 Whole-genome Eigen score값 이용가능 합니다. 자세한 설명은 여기를 클릭하여 보실 수 있습니다. 또한, 인도인들의 SNP 데이터베이스도 여기를 클릭하시면 이용 가능합니다. * 2016년 4월 23일ExAC03 non-TCGA 그리고 non-psych 데이터셋이 업데이트 됐고, 수정된 헤더로 이용 가능합니다. * 2016년 6월 6일Left-normalization 그리고 allelic splitting으로 dbSNP의 수정된 버젼인 avsnp147이 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. hg19와 hg38도 지원됩니다. * 2016년 6월 22일icgc21 (International Cancer Genome Consortium version 21), cadd13, cadd13gt10, 그리고 cadd13gt20 (CADD 버젼 1.3)는 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. POSSUMweb데이터 업데이트OSSUMweb은 다양한 기형, 염색체이상, 골격 이형성증 및 대사질환을 포함한 다양한 증후군에 관련된 기형학 데이터베이스이며 새로운 케이스가 보고될 경우 지속적으로 업데이트되고 있습니다. POSSUMweb에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요. PROTEOME™+ TRANSFAC®PROTEOME과 TRANSFAC 데이터는 분기마다 진행되는 정기 업그레이드 시기에 업데이트와 데이터 추가가 이루어 집니다.특별히 알아야 할 것 중 하나로 새로운 모델들은, 유전자에 붙어 함께 발현을 조절하는 한 쌍의transcription factor를 찾기 위한 composite model 검색 알고리즘에서 새로운 모델이 추가되었습니다. 한번도 composite model을 사용해본 적이 없으시다면 동영상 튜토리얼을 시청해보세요.TRANSFAC 다운로드를 위한 새로운 커맨드라인 알고리즘BIOBASE는 TRANSFAC의 온라인 인터페이스에서 제공되는 composite model 검색의 기본이 되는커맨드 라인 알고리즘을 소개합니다.이 새로운 JAVA application은 transcription factor쌍들이 준비되어 있으며 이 한 쌍의transcription factor 위치해 있는 binding site의 시퀀스 검색을 가능하게 합니다. 이 모델들은 쌍으로 특정 유전자 근처의 DNA시퀀스에 붙어 상호조절을 한다는 것이 실험적으로 증명된 transcription factor를 나타냅니다. TFP_2016.2_data.tar.gz archive의 Match 디렉토리에서 새로운 알고리즘을 보십시오.Match 알고리즘은 이제 Java application으로 제공됩니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench에서 TRANSFAC plugin을 사용하는데 있어 이 바이너리가 필요하므로 기존존의 C++ 바이너리로 접근은 가능합니다. TRANSFAC statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요.PROTEOME statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요. BRENDA새로운 BRENDA files를 다운로드 할 수 있습니다.