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[뉴스레터] NEBION, Genevestigator, Human RNA-seq 데이터 릴리즈 소식 조회 1174 2016. 12. 29 - Release of Human RNA-seq !GENEVESTIGATOR에 Human RNA-seq 데이터가 업로드 되었습니다. 업로드된 Human RNA-seq 데이터로 어떤 툴과도 함께 분석하실 수 있습니다. Human RNA-seq 데이터업로드된 데이터세트는 36개 실험(2,443개의 샘플)을 담고 있으며, 다음과 같은 연구 분야의 실험 결과들을 포함합니다. • Oncology• Neurology and Psycology/Psychiatry• Pneumology• Cardiology• Dermatology• Endorcinology and Metabolism• Immunology and Rheumatology• Gastroenterology새롭게 큐레이션된 RNA-seq 데이터는 정기적으로 업데이트 되고 있습니다.2016년 8월, 한 달간 Anatomy 툴이 무료이번 달, Anatomy 툴 (Gene Search toolset)을 한번 이용해보세요. 이 툴은 다양한 조직 또는 cell type에서 특이적인 발현을 보이는 유전자들을 쉽게 찾을 수 있도록 도와줍니다. 새롭게 업데이트된 Video Tutorial을 시청해보세요.

[뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 2016년 Summer Release 소식 조회 1240 2016. 12. 29 - IPA summer 2016 release 2016년 IPA 여름맞이 업데이트 소식 IPA의 IsoProfiler가 새롭게 디자인 되었습니다. 자세한 사항은 아래와 같습니다. - 특이적인 발현 패턴을 갖는 Isoforms 규명- 가장 특이적인 Isoforms을 우선순위로 정렬 - 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 Isoforms에 초점을 맞춤- 한개 또는 두개 이상의 멀티 데이터셋과 비교하여 발현수준을 가시화할 수 있음릴리즈 내용을 더 자세히 알고 싶으시다면 아래 링크를 클릭해주세요. 또한 IPA 웹세미나가 진행됩니다. 이번 웹세미나를 통해 IsoProfiler에 대해 더 알아보고 RNA-seq 분석 방법에 대해 더 자세히 알아볼 것입니다. Jean Noel Billaud 박사와 Stuart Tugendreich 박사가 환자 그룹에서 tumors 샘플의 유전자 발현을 검사하였습니다. 그리고 유전자 발현과 생물학적 메카니즘에 대한 유전적 변이의 영향에 대해서도 살펴볼 것입니다. 이 연구는 QIAGEN의 RNA 시퀀싱 솔루션을 활용하였습니다.주제_ Comparative Genetic and Transcriptome Analyses of Hepatocellular Carcinoma (HCC) and Endometrioid Endometrial Carcinoma(EEC) using our RNA-seq solution일시_ 2016.07.27 (수) AM 12:00 (1시간 동안 진행)등록방법_ 하단 등록하기 버튼 클릭 시 등록페이지로 이동

[뉴스레터] BIOBASE 2016.2 Release Newsletter 조회 1288 2016. 12. 29 - BIOBASE의 2016년 두 번째 업데이트 내용입니다. HGMD®최신버전에서 4,400개의 새로운 mutation 정보가 업데이트 되었습니다. HGMD statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요. Genome Trax™몇 가지 주요 트랙들의 컨텐츠에 대한 업데이트가 있습니다. 업데이트 된 파일들은 7월 5일, 화요일부터 다운로드 받으실 수 있습니다. Genome Trax statistics를 보시려면 여기를 클릭해주세요. ANNOVARANNOVAR의 가장 최신 버젼은 2월에 출시가 되었습니다. 아직 업데이트 설치를 하지 않으셨다면 지금 최신버전을 다운로드 해주십시오.아래는 데이터베이스 업데이트 내역입니다. * 2016년 3월 30일Coding, noncoding variants의 functional genomic annotations를 통합시키는 분광접근법을 이용하는 Whole-genome Eigen score값 이용가능 합니다. 자세한 설명은 여기를 클릭하여 보실 수 있습니다. 또한, 인도인들의 SNP 데이터베이스도 여기를 클릭하시면 이용 가능합니다. * 2016년 4월 23일ExAC03 non-TCGA 그리고 non-psych 데이터셋이 업데이트 됐고, 수정된 헤더로 이용 가능합니다. * 2016년 6월 6일Left-normalization 그리고 allelic splitting으로 dbSNP의 수정된 버젼인 avsnp147이 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. hg19와 hg38도 지원됩니다. * 2016년 6월 22일icgc21 (International Cancer Genome Consortium version 21), cadd13, cadd13gt10, 그리고 cadd13gt20 (CADD 버젼 1.3)는 ANNOVAR에서 다운로드 가능합니다. POSSUMweb데이터 업데이트OSSUMweb은 다양한 기형, 염색체이상, 골격 이형성증 및 대사질환을 포함한 다양한 증후군에 관련된 기형학 데이터베이스이며 새로운 케이스가 보고될 경우 지속적으로 업데이트되고 있습니다. POSSUMweb에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요. PROTEOME™+ TRANSFAC®PROTEOME과 TRANSFAC 데이터는 분기마다 진행되는 정기 업그레이드 시기에 업데이트와 데이터 추가가 이루어 집니다.특별히 알아야 할 것 중 하나로 새로운 모델들은, 유전자에 붙어 함께 발현을 조절하는 한 쌍의transcription factor를 찾기 위한 composite model 검색 알고리즘에서 새로운 모델이 추가되었습니다. 한번도 composite model을 사용해본 적이 없으시다면 동영상 튜토리얼을 시청해보세요.TRANSFAC 다운로드를 위한 새로운 커맨드라인 알고리즘BIOBASE는 TRANSFAC의 온라인 인터페이스에서 제공되는 composite model 검색의 기본이 되는커맨드 라인 알고리즘을 소개합니다.이 새로운 JAVA application은 transcription factor쌍들이 준비되어 있으며 이 한 쌍의transcription factor 위치해 있는 binding site의 시퀀스 검색을 가능하게 합니다. 이 모델들은 쌍으로 특정 유전자 근처의 DNA시퀀스에 붙어 상호조절을 한다는 것이 실험적으로 증명된 transcription factor를 나타냅니다. TFP_2016.2_data.tar.gz archive의 Match 디렉토리에서 새로운 알고리즘을 보십시오.Match 알고리즘은 이제 Java application으로 제공됩니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench에서 TRANSFAC plugin을 사용하는데 있어 이 바이너리가 필요하므로 기존존의 C++ 바이너리로 접근은 가능합니다. TRANSFAC statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요.PROTEOME statistics에 대해 더 보시려면 여기를 클릭해주세요. BRENDA새로운 BRENDA files를 다운로드 할 수 있습니다.

[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 6월 Webinar 소식 조회 1180 2016. 12. 29 - A curated census of autophagy - modulating proteins and small molecules candidate targets for cancer therapy웹세미나 일정안내Philip Lorenzi 박사(MD 앤더슨 암센터 소속)는 Autophagy와 관련된 entities와 relationships의 가장 완벽한 조합을 찾기 위해서 Pathway Studio를 어떻게 사용할 수 있는지 이야기 합니다. Lorenzi 박사는 제약, 약물 동력학 박사이며, 이미 연구되어 있는 약물을 계속적으로 연구하는 일을 하고 있습니다. Pathway Studio를 이용하여 약물에 관련성이 높은 단백질과 저분자들을 2~3번 이상 확인합니다. 그는 Autophagy pathway를 de novo를 구축하기 위해 여러 가지 'omic‘을 다룰 것입니다. 여러가지 'omic'을 다루기 위해 siRNA 스크리닝, 단백질체 기반 질량분석기, 3개의 패스웨이 분석 소프트웨어 패키지를 이용합니다. 주제_ A curated census of autophagy, modulating proteins and small molecules candidate targets for cancer therapy 일시_ 2016.06.21 (화) PM 11:00 (1시간 동안 진행) 등록방법_ 하단 등록하기 버튼 클릭 시 등록페이지로 이동

[뉴스레터] NEBION, Genevestigator, 6월 이벤트 소식 조회 1282 2016. 12. 29 - Perturbations tool is now Free Tool of the Month인기툴인 'Perturbations'이 6월 한달간 무료6월 한달간, 가장 인기있는 Perturbations tool을 무료로 체험해 보실 수 있는 기회가 제공됩니다. Condition search toolset의 Perturbations tool은 특정 질병, 약물, 변이 같은 Perturbations이 관심유전자의 발현에 어떤 영향을 주는지 볼 수 있습니다. 수천개의 큐레이션된 실험셋과 그에 관련된 특정 조건들을 fold-change, p-value을 기반으로 선택할 수 있습니다. 연구하고 있는 유전자들을 더 깊이 알고싶다면, 오늘 Perturbations tool을 활용해 보세요. 지금 바로 Video Tutorial 을 확인해보세요. 조직, 세포 타입별의 새로운 분류 Genevestigator에서 선택할 수 있는 기관, 조직, 세포 타입 등이 최근 릴리즈된 CALOHA ontology에 의해 구조화 되었습니다. CALOHA ontology는 스위스 제네바에 위치한 생물정보회사 CALIPHO 그룹에 의해 개발되었으며 CALOHA는 기존의 anatomical ontologies를 개선하여 많은 조직과 세포타입들이 엄격하게 큐레이션되고 구조화하였습니다. 반면에 휴먼에 맞춰 개발된 분류방식을 mouse와 rat에도 적용시켰습니다. 이 새로운 분류는 anatomical 부분에서 특이적으로 구조화할 수 있으며 시각적인 효과를 높였습니다. 기존의 CALOHA ontology를 NexProt FTP sever 에서 볼 수 있습니다.