Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

[업그레이드] CLC Genomics Workbench 6.0.2 조회 3,068 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 지난 3월 19일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. · CLC Main Workbench 6.8.2· CLC Genomics Workbench 6.0.2· CLC Genomics Server 5.0.2· CLC Assembly Cell 4.1주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.2 • Improvements 1. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 2. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의‘Open Copy of Sequence’와 ‘Open This Sequence’가 ‘Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 2. Workspaces 조정 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 3. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations이 추가 되었던 에러 수정 4. Create Alignment tool에서 out-of-memory 에러 수정 * CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Workbench 6.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 4. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의 'Open Copy of Sequence'와 ‘Open This Sequence'가 ’Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. UCSC variant tracks의 import와 다운로드의 경우 사용자에게 알림 없이 부분적으로 수행되어 Chr1에서만 variant의 annotation이 되었던 부분을 수정. CLC Genomics Workbench 6.0를 사용하여 UCSC에서 variant data를 다운로드하거나 import할 것 추천 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list를 single reads로 만들었던 부분을 수정 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 에러가 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 7. Workspaces를 조정하는 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 8. Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 * CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Server 5.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. 서버에서 GVF export 가능 4. 서버에서 adapter trim list의 import 가능 • Bug fixes 1. Server computer의 local hostname이 IP-address로 해결이 되지 않을 경우, Workbench에서 Server로 연결이 불가능했던 에러 수정 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list에서 RNA-Seq Analysis의 경우 single reads만을 만들어 냈던 부분을 수정. RNA-Seq analysis를 다시 수행하기 위해 paired reads를 input으로 사용하고 unmapped reads의 downstream analysis를 수행 할 것을 추천 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 부분 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow를 확인하고 실행하는 것과 관련된 몇몇 에러 수정 7. Workspaces를 조절하는 것과 연관된 에러 수정 8. 이전 버전의 Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 12. 그 외 다양한 에러 수정 * CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기 CLC Assembly Cell 4.1 • New features 1. reads의 subset을 무작위로 뽑아내는 clc_sample_reads tool 생성 2. Datasets에서 복제된 reads를 제거하고 확인을 위한 clc_remove_duplicates tool이 beta 버전에서 정식적으로 바뀜 • Improvements 1. De novo assembler에 의해 생성된 Ns의 개수는 줄어들고, 주로 scaffolder 결과 생성됨 2. 조금 더 큰 datasets을 만들기 위해 Duplicate Removal tool의 수행능력이 향상됨 3. Mismatches의 types과 개수에 대한 clc_cas_to_sam의 outputs information이 향상됨 • Bug fixes 1.Paired reads를 input으로 사용하여 de novo assembler에서 contigs가 생성되었을 때, 충돌하던 에러를 수정 2. De novo assembler에서 circular contigs가 너무 많이 연장되는 에러 수정 3. clc_cas_to_sam에서 나타나던 에러 수정 4. 다양한 작은 오류 수정 * CLC Assembly Cell release 자세한 내용 보기 이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오.

[뉴스레터] CLC bio, Module for microbial genome finishing released 조회 2,911 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 3월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsModule for microbial genome finishing releasedCLC bio사는 새로운 모듈을 개발하였습니다. High-throughput sequencing technologies가 나타나면서 full-genome sequencing이 가능하도록 만들어 주었지만 길이가 짧은 reads와 반복적인 sequences로 인해 full genome assembly를 수행하는데 많은 어려움이 있었습니다. CLC bio사에서 개발한 ‘Genome Finishing Module'은 박테리아 또는 균류 종과 같이 작은 genomes의 경우에도 높은 quality를 지닌 assembly 결과 값을 만들어 낼 수 있도록 도와 드립니다. CLC Microbial Genome Finishing Module은 여러 가지 기능을 가진 tools을 모아 놓았습니다. Align ContigsAnalyze ContigsCollect Paired StatisticsCreate AmpliconsCreate PrimersAdd Reads to ContigsSample ReadsFind SequencesReassemble RegionsExtend Contigs Click here to get more information Click here to download CLC Microbial Genome Finishing Moduel Genome Sequencing of human pathogens Dr.Chiu가 Bacterial pathogen genomes를 sequencing 하여 medical community에 새로운 정보를 제공하고자 합니다. 아래의 비디오를 통해 Chang Gung Children's Hospital에서 수행하고 있는 프로젝트에 대해 알아보세요. Watch the Video Science Deep RNA Sequencing of the Skeletal Muscle Transcriptome in Swimming Fish PLoS ONE 8(1): e53171. Palstra AP, Beltran S, Burgerhout E, Brittijn SA, Magnoni LJ, et al. 무지개 송어(Rainbow trout)는 상업적으로 매우 중요한 종(Species) 임에도 불구하고 아직 genome sequencing이 되지 않았습니다. 처음 무지개 송어의 skeletal muscle의 transcriptome를 확인하기 위해 RNA-Seq이 수행되었습니다. Low quality reads를 제거하고 de novo assembly와 __EXPRESSION__ analysis와 같은 data analysis를 수행하기 위해 CLC Genomics Workbench가 사용되었습니다. Read the interesting paper Tutorial Contig Analysis in CLC Microbial Genome Finishing Module 이번 튜토리얼에서는 Analyze Contig tool을 이용하여 de novo assemblies에서 problematic regions를 annotation하고 detection하는 방법을 배우실 수 있습니다. Watch the tutorial

[뉴스레터] CLC bio, A year of substantial growth 조회 3,147 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 2월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. News A year of substantial growthCLC bio사는 지속적으로 성공적인 개발을 이어가고 있으며, software sales가 30% 증가하였고 500곳 이상의 기관들이 CLCbio사의 새로운 고객이 되었습니다. Read more in the press releaseWhole genome sequencing popular in NGS surveyCLC bio사는 NGS market에 관해 708명으로부터 설문조사를 했으며 그 결과 가장 관심 있는 application이 whole genome sequencing, RNA-Seq, de novo assembly의 순서 임을 알 수 있었습니다. See if you're winnerPathogenesis causing GlaucomaKyoto Medical University의 Dr.Tashiro가 Glaucoma의 분자적 메카니즘을 밝혀냈습니다. 눈 질병의 pathogenesis를 어떻게 확인했는지 좀 더 자세하게 알아보았습니다. Watch the videoScience Human Skin Microbiota : High Diversity of DNA Viruses Idendified on the Human Skin by High Throughput SequencingPLoS ONE7(6): e38499. doi:10.1371/journal.pone.0038499 Foulongne v, et al.최근에 건강해 보이는 사람의 피부 표면에 존재하는 complex viral flora의 존재를 발견하였습니다. CLC Genomics Workbench는 assembly programs의 하나로 human genome sequences의 분석을 위한 contigs를 생성하는데 사용되었습니다.Read the interesting paperTutorial Introduction to CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench의 업데이트 버전에 대한 전반적인 내용을 이해할 수 있습니다. Watch the introduction Software sales, NGS, Survey, Whole genome sequencing, Glaucoma, DNA Viruses, Human skin, Complex viral flora, Assembly, CLC Genomics Workbench

[업그레이드] CLC Genomics Workbench 6.0 조회 3,489 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 아래 솔루션들의 업그레이드를 발표하였습니다. • CLC Genomics Workbench 6.0 • CLC Genomics Server 5.0 • CLC Main Workbench 6.8주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Genomics Workbench 6.0 & CLC Genomics Server 5.0 • Workflow: there are several important new features for workflows · Parameter 설정 시 lock, unlock 할 수 있는 기능 · Workflow editor의 기능 개선 · Workflow로 이용 가능한 생물정보 분석 툴 추가 - De novo assembly - RNA-Seq - Find Open Reading Frames - Translate to Protein - Convert to RNA - Convert to DNA• Variant detection and resequencing · 하나의 allele당 하나의 entry와 함께 variants가 report - heterozygous variants는 reference allele에 대한 하나의 line이 추가되어 두 개의 line으로 나타남 · 새로운 data format으로 인한 Filter against Variant Database tool이 업데이트 되고 Filter against Known Variants로 이름 변경 · filtering에는 3개의 mode로 구성(더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요) • De novo assembly · 자동적으로 paired insert 사이즈를 측정하는 기능 포함 : Automatic paired distance estimation Guidance only option은 paired reads 뿐 아니라 single reads도 사용 가능 · Mapping을 기반으로 하여 contig sequences를 업데이트 할 때, scaffold annotation이 제거되는 문제점 개선 · Overlapping contigs에 대한 scaffolding accuracy가 향상 • Mapping reads to circular chromosomes is now fully supported · Sequence의 starting point를 가로질러 reads를 mapping하는 것에 대한 visualization이 다른 한쪽의 끝에서 alignment가 계속되는 것을 나타내는 표시(>>)와 함께 reference sequence의 처음과 끝에서 모두 보여줌 · 모든 알고리즘과 exporters는 circular mapping을 지원함 · Download Genome tool을 이용하여 genome 서열들을 다운 받을 때, circular chromosomes는 circular로 표시 • New tool for extracting consensus sequence from a read mapping or BLAST result · 서열에 자체적으로 N을 넣거나 consensus sequence를 나누는 것을 포함하여 low-coverage regions를 다루는 수많은 옵션들이 추가됨 · Conflicts를 다룰 때, ambiguity 여부를 결정하는 능력 또는 quality scores를 계산하는 스키마와 ambiguity option에 noise threshold를 추가 가능 · Consensus 서열에 중요한 정보를 annotation 가능 • Tracks · Scroll wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Alt버튼을 누르면 mapping tracks 안에서 scrolling이 가능 · Wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical zooming이 가능 · Pan tool을 사용할 때, graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical panning이 가능 · VCF export of variant tracks: Export를 하기 전에 variant track과 reference genome sequence track을 모두 선택 필요 • Trim · 멀티 코어를 가진 computer에서 trimming 분석 속도 향상 · Adapter trim을 위한 adapters의 definition이 preferences 에서 Navigation Area안으로 변경 • Target region statistics · 최소한의 coverage value는 low coverage thresholds를 결정하기 위하여 coverage report와 tracks을 통해 사용 가능 · Low coverage threshold 보다 높은 값을 가지는 region에서 얼마나 많은 target region이 특정 퍼센트를 지니고 있는지를 보여주는 additional table과 plot 제공 • Detailed mapping report includes more information · Read alignments에서 insertions과 deletions의 길이에 대한 plot을 확인 · Reads와 reference 사이에서 하나의 서열끼리 비교를 통하여 차이를 보여주는 plot 제공 · Match와 mismatch에 대한 quality score distribution에 대한 정보 · Read position에 대한 mismatches의 distribution • Small RNA annotation · miRBase의 데이터 파일 import 가능(이전에는 다운로드만 가능함) · Annotation summary report에서 ambiguities에 관한 통계를 보여줌 • RNA-Seq: · Fusion gene table 데이터는 gene combinations에서 list broken pairs로 변경 · 추가 분석을 하기 위하여 pairs를 sequence list로 분리 가능 • Plug-in releases: · Structural variation plug-in이 Unaligned ends 기반의 알고리즘으로 업데이트됨 (더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요) CLC Main Workbench 6.8 • Cloning editor 제한 변경 : 4,000,000 base에서 6,000,000 base로 증가 • Translation to Protein의 단축키 변경 :　Ctrl + Shift + T에서 Ctrl + Shift + P 변경 • Gateway Cloning의 __EXPRESSION__ Clone(LR)을 통한 sequence생성 이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오. * CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기 * CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기 * CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기