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[뉴스레터] CLC bio, Release of Molegro Virtual Docker 6.0 - Launch of cancer research website 조회 2,551 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 6월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. [News]New release of Molegro Virtual Docker 6.0새로운 버전의 Molegro Virtual Docker가 릴리즈 되면서 다양한 기능이 추가되었습니다. 그 중에서도 Molegro Data Modeling package에서만 제공하던 데이터모델링(Data modeling)기능이 추가되어 이제부터는 Molegro Virtual Docker를 통해서 바로 사용이 가능합니다. • New and powerful regression features :　Support Vector Machine regression과 Partial Least Squares • K-Nearest Neighbors 또는 Support Vector Machine을 이용한 분류 • Regression의 튜닝과 model parameters 분류의 자동화 • 고해상도 데이터의 visualization을 위한 Spring-Mass Maps • Data sets의 클러스터링 • Principal Component Analysis • Outlier Detection > Get a free 30-day trial > More about Molegro Virtual Docker> For more info and the video Binding focus to the field of cancer research매년 전 세계적으로 수 백만명이 암으로 목숨을 잃어가고 있는 상황이며, WHO에서는 2008년에 7.6백만 명이 암으로 목숨을 잃었으며 향후 2030년에는 이 수치가 13.1백만 명 이상이 될 것이라고 예상하였습니다. 이에 따라, 암 연구에 대한 중요성이 대두되고 있으며 CLC bio사는 전 세계의 연구자와 임상의들이 암 연구에 도움을 제공하기 위해 clccancer.com 이라는 웹사이트를 오픈하였습니다. 이 웹사이트를 통하여 application notes, scientific papers, information about research project를 제공하고 있습니다.> More info about clccancer.com Building the Scarlet Macaw draft genomeCLC bio사를 포함한 연구자팀은 Avian(새) genom연구를 통하여 높은 퀄리티의 de novo genome assembly가 low conts 값에서도 만들어 질 수 있음을 증명하였습니다. Whole genome 분석을 통하여 앵무새의 지능, 말하기 능력, 장수 등과 같은 습성에 대한 후보 유전자를 발굴해 내었습니다. > Read more about the project [Science] A Multi-Platform Draft de novo Genome Assembly and Comparative Analysis for the Scarlet Macaw(Ara macao)Seabury CM, Dowd SE, Seabury PM, Raudsepp T, Brightsmith DJ, et al.PLoS ONE 8(5): e62415. doi:10.1371 (2013) A whole genome shot-gun project는 새롭고 큰 Scarlet Macaw(금강앵무)의 draft de novo genome assembly가 가능하도록 하였습니다. 연구는 Scarlet Macaw의 말하기, 지능, 장수와 같은 생물학적 습성에 대한 관심으로 시작하였습니다. CLC Genomics Workbench는 위의 연구를 수행함에 있어 quality trimming과 de novo hybrid assembly를 진행하는데 사용되었습니다. > Read the interesting paper [Tutorial] Features of Molegro Virtual Docker 6.0새롭고 강력한 데이터모델링 기능이 탑재된 Virtual Docker를 사용하는 방법을 비디오를 통해 만나보세요. > Watch the introductory video Did you know?CLC Genomics Workbench에는 무료로 제공하는 plugin도 다양하게 준비되어 있습니다. > Download free plugins

[업그레이드] CLC Workbench의 버전이 업그레이드 되었습니다. 조회 1,793 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 지난 5월 15일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. • CLC Main Workbench 6.8.4 • CLC Genomics Workbench 6.0.4 • CLC Genomics Server 5.0.4 주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.4Workflow에서 발생하던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우, workflow에 포함된 요소 확인이 되지 않았던 점을 수정 CLC Genomics Workbench 6.0.4Workflow에서 발생하던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우, workflow에 포함된 요소 확인이 되지 않았던 점을 수정Non-human organism의 track data를 chromosome 이름을 기준으로 분류하여 import할 때 발생하였던 에러 수정CLC Genomics Server에서 ChIP-Seq 분석을 시작하려고 할 때 발생한 에러 수정Find primer binding sites 기능에서 발생했던 에러 수정Quality-based Variant Detection 기능에서 발생했던 에러 수정Targer region statistics에서 0 coverage가 올바르게 report 되지 않았던 에러 수정 CLC Genomics Server 5.0.4CLC Genomics Server 5.0.3의 workflow에서 발생하였던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우에만 workflow가 실행되었던 에러 수정Non-human organism의 track data를 chromosome 이름을 기준으로 분류하여 import할 때 발생하였던 에러 수정

[뉴스레터] Danish HQ moves to landmark building in Aarhus - Cancer seminar in Paris 조회 2,531 2016. 12. 28 - Danish HQ moves to landmark building in AarhusCLCbio사의 엄청난 성장으로 인하여 CLCbio 본사가 Aarhus에서 랜드마크인 고층 사무빌딩 Prismet으로 이전하였습니다. 장기간 세일즈에서 좋은 수익을 거둔 덕분에 거대한 성장을 할 수 있었으며, CLCbio사의 직원수가 2년전과 비교하여 전세계적으로 50%이상 증가하였습니다. Read the official press release Watch CLCbio's video for a first peek at the new location Cancer seminar in ParisNGS data의 분석과 visualization에 관한 내용으로 6월10일 ESHG 컨퍼런스에서 워크샵을 진행합니다. Human genetic variants의 비교 및 확인을 위해 human genetic data를 어떻게 분석하는지에 대한 내용을 다룹니다. More about CLCbio's seminar Workshop on genome finishing tools before SFAFCLCbio사의 워크샵에서 CLC Genomics Workbench의 플러그인인 CLC Microbial Genomics Finishing Module을 소개할 예정입니다. CLC Microbial Genomics Finishing Module을 실제로 체험해보고 싶으시다면 망설임 없이 등록하시길 바랍니다. CLC Microbial Genomics Finishing Module은 identify, visualize를 하는 다양한 tool이 결합되어 있으며 de novo assembly에서의 문제점을 해결할 수 있도록 하여 genome finishing을 하는데 소모되는 시간을 단축시켜 드립니다. Find the workshop details here Science Doubly heterozygous LMNA and TTN mutations revealed by exome sequencing in a severe form of dilated cardiomyopathyEuropean Journal of Human Genetics (2013), 1-7Roberta Roncarati et al. Familial dilated cardiomyopathy (DCM, 가족의 확장형 심근병증)의 유전학은 매우 복잡하며, heterogeneous disease로 질병을 유발하는 유전자가 30개 이상 발견되었습니다. 그러나 가족 내 변동성의 원인은 여전히 알려지지 않았습니다. 최근의 연구에서 whole-exome sequencing을 이용하여 임상적 변동성의 원인을 14명의 피실험자 가족을 통하여 조사하였습니다. CLC Genomics Workbench의 quality trimming, read mapping, variant calling을 이용하여 paired-end reads를 분석하였습니다. Read the interesting paper Tutorial Genome finishing with no referenceTechnical writer인 Bodil Øster가 reference가 없을 때 finish a microbial genome을 수행하는 방법에 대한 팁과 비법을 소개합니다. Watch the tutorial New Plugins Metadata import pluginMetadata를 imort할 수 있도록 도와주는 plugin을 릴리즈하게 되었습니다.지금까지는 손으로 직접 metadata description을 각각의 sequence에 추가해야하는 불편함이 있었지만 이 plugin을 사용하면 excel 또는 다른 소프트웨어에 기록되어 있는 tabular file을 바로 CLC Workbench로 import할 수 있습니다.이 plugin은 CLC Main Workbench, CLC Genomics Workbench에 설치가 가능하며 현재 베타버전으로 릴리즈 되었습니다. Get more details on import of metadata Local realignment pluginRead mapping data sets의 alignment quality를 높일 수 있도록 구성된 plugin입니다.Raw sequencing data를 respective reference genome에 read mapping하면 insertion 또는 deletion이 포함된 artifacts를 생성합니다. Local Realignment는 이러한 alignment artifact를 찾아 제거하여 보다 더 정확한 데이터를 생성할 수 있도록 도와줍니다. Get more details on Local realignment plugin

[업그레이드] CLC Workbench의 버전이 업그레이드 되었습니다. 조회 1,962 2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 지난 5월8일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. • CLC Main Workbench 6.8.3 • CLC Genomics Workbench 6.0.3 • CLC Genomics Server 5.0.3 주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.3 Progress area에서의 description text를 progress area의 전체 너비만큼 사용 가능Annotation notes에서 행을 바꾸는 기능 향상Linux : 사용자 인터페이스 텍스트의 글씨체 중 굵은 글씨체를 더 이상 사용하지 않도록 변경CLC Genomics Workbench에서 만들어진 annotation tracks과 variant tracks가 table 형식으로 볼 수 있도록 기능 향상 CLC Genomics Workbench 6.0.3Detailed mapping report : Plots의 labeling 기능 향상The Create Statistics for Target Regions tool(Resequencing Analysis)에서 카운팅을 할 때, reference positions이 1이 아니라 0에서 시작하던 오류 수정(카운팅을 0에서 시작할 경우, 다른 tool에서 report된 reference position과의 차이를 가져옴)Progress area에서의 description text를 progress area의 전체 너비만큼 사용 가능Read mappings의 그래픽을 export하는 것과 관련된 에러 수정Annotation notes에서 행을 바꾸는 기능 향상Linux : 사용자 인터페이스 텍스트의 글씨체 중 굵은 글씨체를 더 이상 사용하지 않도록 변경CLC Genomics Server에서 ChIP-Seq을 실행할 때, ChIP-Seq annotations가 추가되지 않던 오류 수정. Workflow에 ChIP-Seq이 포함되어 있는 경우, ChIP-Seq을 삭제하고 다시 추가해야함Mapping graph tracks를 생성하는 것이 workflow룰 통해 실행될 때 발생하던 오류를 수정Variant detection이 충돌하여 발생하던 오류 수정 CLC Genomics Server 5.0.3The Create Statistics for Target Regions tool(Resequencing Analysis)에서 카운팅을 할 때, reference positions이 1이 아니라 0에서 시작하던 오류 수정(카운팅을 0에서 시작할 경우, 다른 tool에서 report된 reference position과의 차이를 가져옴)Annotation notes에서 줄바꿈을 실행할 때 발생하던 오류 수정CLC Genomics Server에서 ChIP-Seq을 실행할 때, ChIP-Seq annotations가 추가되지 않던 오류 수정. Workflow에 ChIP-Seq이 포함되어 있는 경우, ChIP-Seq을 삭제하고 다시 추가해야함Mapping graph tracks를 생성하는 것이 workflow룰 통해 실행될 때 발생하던 오류를 수정