Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

[릴리즈] OmicsBox v3.3 새로운 업데이트 조회 1517 2024. 08. 29 - OmicsBox 3.3 RELEASE OmicsBox 3.3의 새로운 기능 및 개선 사항 Metagenomics Silva, Greengene 및 GTDB를 통한 새로운 Taxonomic Classification Single Cell Transcriptomics 대규모 데이터 세트에 대한 향상된 UMAP 성능 Long Read Transcriptomics TAMA Merge와 전사체를 결합하는 새로운 기능PacBio IsoSeq 파이프라인의 재설계 Transcriptomics Masigpro를 통한 시간 경과 데이터 분석 개선향상된 차등 발현 분석 유전자 필터링새로운 기능 Count Table 및 차등 발현 분석 결과에 대한 Feature ID의 일괄 이름 바꾸기 가능 Count Table의 샘플 이름의 변경 및 삭제 가능 Genome Analysis 새로운 기능 Busco를 통한 Genome Assembly 완성도 평가 General 모든 탭에 분석 세부 정보를 보기 위한 새로운 정보 아이콘 추가 COMBINING TRANSCRIPTOMES WITH TAMA MERGE Long-read RNA 시퀀싱 진행 시, 다양하고 새로운 isoform을 식별하기 어려움.다양한 조건별 isoform을 식별하기 위해서는 단일 전사체를 구성해야 하며, 이를 도와주는 것이 OmicsBox의 TAMA Merge 도구임.Input : 샘플 특이적 전사체, 참조 전사체Output : BED, GTF, 다양한 보고서
[릴리즈] OmicsBox의 Cloud Units 관련 변동사항 안내 조회 853 2024. 05. 24 - OmicsBox에서 사용할 수 있는 많은 툴들은 클라우드를 통해 실행되며, CPU, 데이터 저장, 전송과 같은 클라우드 리소스를 사용하면 일정한 비용이 발생합니다.이러한 비용은 Cloud unit으로 변환되어 구매 시 제공받은 Cloud unit에서 차감될 수 있습니다.최신 버전의 OmicsBox에서 클라우드 사용은 Alignment와 Assembly와 관련된 기능에 요금이 부과됩니다.아래 각 모듈에서의 기능을 참고해 주세요.Functional Annotation ModuleAlignments : Blast, Custom Database Blast(KEGG를 통해서도 사용됨), Diamond, InterProScanGenome Analysis ModuleAssembly : Abyss, Spades, FlyeAlignments : BWA, BowtieTranscriptomics ModuleAssembly : TrinityAlignments : Star, BWAMetagenomics ModuleAssembly : MegaHit, Meta-SpadesOmicsBox를 사용한 분석이 완료되었을 때, 모든 실행이 끝날 때마다 사용자의 클라우드 리소소와 해당 분석이 무료인지 유료인지를 알려주는 대화창이 나타나며, 해당 정보를 확인할 수 있습니다.
[릴리즈] OmicsBox v3.2 새로운 업데이트 조회 903 2024. 05. 13 - OmicsBox 3.2 RELEASE OmicsBox 3.2의 새로운 기능 및 개선 사항 Single Cell Transcriptomics 새로운 기능 SingleR을 사용한 세포 유형 식별 Monocle3를 통한 Autocorrelation 분석 업데이트 Interactive Single-Cell Visualization 과 Annotation Tool Seurat v.5 Monocle을 통한 향상된 Trajectory 분석 Long Read Transcriptomics 새로운 기능 IsoQuant를 사용한 Isoform 정의 및 정량화 IsoN pipeline을 사용한 Reference-Free Long-Read 전사체 업데이트 정량화를 포함한 FLAIR v.2 SQANTI3 v.5를 사용한 Long-Read Transcriptomes Transcriptomics 업데이트 Busco DB 업데이트(EdgeR v.4) HTseq 카운트로 향상된 유전자 수준에서의 정량화(현재는 cloud 기반) Genetic Variation 새로운 기능 VCF 파일 합치기 및 추출 ADMIXTURE를 사용한 Population Structure 분석 Beagle을 사용한 Imputation과 Phasing dDocent pipeline을 통한 GBS data 필터링 Genome Analysis 업데이트 Augustus를 이용한 증거 기반 진핵생물 유전자 예측 Functional Analysis 새로운 기능 Annotation을 통해 Pathway 찾기 General 향상된 Trimmomatic Wizard(현재 클라우드 기반) 향상된 Application 메시지 이제 macOS ARM 아키텍처에서 OmicsBox를 사용할 수 있습니다.
[릴리즈] OmicsBox v3.1 새로운 업데이트 조회 978 2023. 10. 24 - OmicsBox 3.1 Release Notes OmicsBox 3,1이 새롭게 출시 되었습니다. 연구자를 위한 새로운 기능 및 개선 사항을 소개해 드립니다. New Single Cell Improvements StarSolo를 사용한 "Single Cell Quantification" "Cell Type Clustering"을 위한 대화형 UMAP 유전자의 동향 및 발현 UMAP를 포함한 "Trajectory analysis" New Genetic Variation Features GWAS에 대한 "Functional Enrichment Analysis" "Variant Annotation Manhattan Plot"의 특징 추출(Extraction Feature) Freebay를 활용한 변이 탐색 시 "Mixed-Ploidy" 샘플 분석 지원 Additional Highlights Minimap2를 활용한 "Long-Read Alignments" Cutadapt를 통한 향상된 "Barcode Demultiplexing" Diamond Blast 및 Kraken에 대한 "Custom Database Options"
[릴리즈] OmicsBox v3.0 새로운 업데이트 조회 1808 2023. 02. 16 - OmicsBox 3.0 Release Notes New Module Genetic Variation: all you need to know about our new module Genetic Variation Module은 variant calling 및 filtering을 위한 두 가지 분석 전략을 제공합니다. 예를 들어 GBS vs WGS와 같은 특정 방법론이나 ploidy level, genome coverage 및 repetitive regions의 존재 등, 다양한 목적에 맞게 분석을 수행 할 수 있는 많은 옵션이 존재합니다. 이 Module 은 또한 GWAS(Guided Genome-Wide Association Studies)를 실행하여 특정적인 특성과 관련된 genetic variation을 식별할 수 있도록 합니다. New features Genetic Variation Module Fast Variant Calling with BCFtools and FreeBayes Variant Filtering Variant Annotation with Variant Effect Predictor (VEP) Guided Genome-Wide Association Study Genome Analysis Genome Assemblies Comparison & Quality Assesment with QUAST Transcriptomics Long Read based Isoform Definition & Correction with FLAIR Functional Analysis Faster Functional Annotation with Diamond Blast KEGG Pathways Analysis available for commercial customers General Tools Barcode Demultiplexing with Cutadapt

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