• 윈도우에서 HGMD Download 파일을 CLC Workbench로 import하여 분석에 이용하는 방법 조회 1775 2019. 01. 25 - 1. HGMD 홈페이지에서 로그인 후 파일 다운로드 (파일명.tar.gz 형식) 및 압축풀기 이 파일 형식은 리눅스 계열의 압축 파일로,  리눅스에서 압축을 풀거나, 윈도우에서 압축을 풀 때는 전용 프로그램을 사용하여야 하는데 일반적으로 반디집을 이용하시는 것이 가장 편리할 것입니다.   2. CLC Genomics Workbench 열어서 Import 왼쪽 상단 Import > Tracks >  - 2.1. Type of files to import : VCF 또는 GFF3 선택  - 2.2. Import 할 파일 선택  - 2.3. Reference track : hg19 또는 hg38 sequence 선택 (CLC_References > homo_sapiens > sequence > hg19 또는 hg38 > Homo_sapiens_sequence_hg19 또는 Homo_sapiens_sequence_hg38  )  - 2.4. 파일 저장 위치 선택 > Finish  * 이 때, 파일 저장위치는 CLC_References 폴더를 제외한 폴더(Ex: External_DB)에 저장하시면 됩니다. (CLC_References 폴더는 Read only) 3. Annotation - VCF 파일로 annotation : Toolbox | Resequencing Analysis | Variant Annotation | Annotate from Known Variants 툴을 이용 - GFF3 파일로 annotation : Toolbox | Track Tools | Annotate and Filter | Annotate with Overlap Information 툴을 이용해주세요.
  • 알파벳 축약어/축약형에 대한 의미는 무엇인가요? 조회 1453 2017. 04. 10 - Mutation_typeD = deletionE = ampletG = grosdelI = insertionM = mutationN = grosinsP = complexR = prom,S = spliceX = indelCitation_typePrimary = primary literature reportAPR = additional phenotype reportFCR = functional characterization reportMCR = molecular characterization reportFAPR = report detailing both an additional phenotype and functional characterizationSAR = simple additional reportACR = additional case reportLSDB/LSDB report = refers to an entry linked out to the corresponding locus-specific database.Variant_typeDP = disease-associated polymorphisms. These are reported to be in significant association with disease (p<0.05) and are assumed to be functional (e.g. as a consequence of location, evolutionary conservation, replication studies etc), although there may be as yet no direct evidence (e.g. from an expression study) of function.DFP = disease-associated polymorphisms with additional supporting functional evidence. These are reported to be in significant association with disease (p<0.05) and to have evidence for being of direct functional importance (e.g. as a consequence of altered expression, mRNA studies etc).FP = in vitro/laboratory or in vivo functional polymorphisms. These are reported to affect the structure, function or expression of the gene (or gene product), but with no disease association reported as yet.DM = disease-causing mutations, pathological mutations reported to be disease causing in the original literature reportR = retired record. A record will be retired if it is deemed to no longer be disease causing
  • MutPred score는 무엇인가요? 조회 1683 2016. 12. 28 - 아미노산치환이 질병에 연관이 있는지 없는지 예측하는 알고리즘 입니다.
  • SIFT score를 어떻게 해석하나요? 조회 1558 2016. 12. 28 - SIFT socre값이 0.05 미만이면 해로운 변이로 예측하고, 그 이상일 경우에는 단백질의 기능에 영향이 없다고 예측할 수 있습니다.
  • SIFT가 무엇인가요? 조회 1474 2016. 12. 28 - Sorting Intolenrant From Tolerant의 줄임말인 SIFT는 아미노산의 치환이 단밸질의 기능에 영향을 미칠지 예측하는 알고리즘입니다.
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