• 박테리아 de novo WGS 데이터를 이용해서 gene prediction을 하고 싶습니다. CLC Genomics Workbench에서 가능한가요? 조회 2,454 2021. 07. 15 - CLC Genomics Workbench Premium에서 이용 가능하며, CLC Microbial Genomics Module | Functional Analysis | Find Prokaryotic Genes tool을 이용하여 gene prediction 진행해주시면 됩니다.
  • BLAST at NCBI tool을 이용해서 BLAST 하는데, 100%라고는 뜨는데 결과가 안나옵니다. 조회 2,398 2021. 07. 15 - CLC Genomics Workbench에서 1,000,000bp 보다 sequence가 길면 BLAST at NCBI tool을 이용하실 수 없습니다.
  • BLAST database를 다운받으려는데 기존 경로는 용량이 작아서 경로를 바꾸고 싶은데, 어떻게 바꾸나요? 조회 2,371 2021. 07. 08 - 1. BLAST | Manage BLAST Databases -> Add Location 클릭한 다음, 저장할 경로 지정   2. BLAST | Download BLAST Databases -> 추가한 경로로 선택하고 databases 다운로드 진행
  • Trim 과정에서 reverse reads trim이 되질 않습니다. 조회 2,132 2021. 07. 02 - Trim list를 만드실 때, forward, reverse 각각 1개씩 따로 만들어야 합니다. 여기서 주의할 점은 workbench는 forward, reverse 서열 모두 5` -> 3` 방향으로 로드가 되기 때문에 trim list를 만드실 때 forward, reverse 둘 다 앞쪽에서 잘라주는 방식으로 만들어야 합니다. 이렇게 각각 1개씩 trim list를 만드셨다면, 두 list를 하나의 파일로 저장해서 사용하시면 됩니다.
  • CLC Workbench의 Additional Alignment 플러그인에서 MUSCLE을 사용할 때, error code 2가 뜨며 진행되지 않습니다. 조회 2,032 2021. 05. 28 - MUSCLE의 경우 서드파티에서 개발하고 있는 소프트웨어로, 현재 32bit만 지원하고 있는 상태입니다. 32bit의 경우 Windows 자체의 한계로 인해 프로그램 당 최대 4GB RAM 만 사용할 수 있고, MUSCLE은 그 중에서 2GB를 한계로 가지고 있습니다. 따라서 error code 2가 뜨는 경우에는 sequence의 길이를 줄이거나, 개수를 줄이는 방향으로 진행하셔야 합니다.
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