Whole meta data의 taxonomic profiling 방법을 알려주세요.
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2021. 01. 28 - 1. Microbial Genomics Module | Databases | Taxonomic Analysis | Download Microbial Reference Database tool을 실행시켜 주십시오.
실행 화면을 살펴보시면, 연구자가 직접 항목을 선택하여 DB를 구축할 수 있고, 모든 컨텐츠가 포함되어 있는 DB도 다운로드 받으실 수 있습니다.
2. 이렇게 DB를 다운로드 받으셨으면, Microbial Genomics Module | Databases | Taxonomic Analysis | Create Taxonomic Profiling Index tool을 실행시켜 주십시오.
위에서 받은 서열을 input으로 넣으신 후, indexing 진행해주시면 됩니다.
3. 이렇게 DB indexing도 끝났으면, Microbial Genomics Module | Metagenomics | Taxonomic Analysis | Taxonomic Profiling tool을 실행시켜 주십시오.
input에는 OTU clustering을 진행한 abundance table을 넣으시고, reference index에는 위에서 만든 index 파일을 넣으셔서 분석을 진행하시면 됩니다.