Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

IPA AM 모듈(Analysis Match)에서 Land Explorer로 접속하고 싶습니다. 조회 1887 2021. 06. 04 - 현재 주소창을 통해 직접적으로 접속할 수 있는 방법은 없습니다. 대신 IPA 내에서 우회하여 접속을 진행하실 수 있습니다. 1. 먼저 관심 유전자를 검색해주세요. (예시는 유전자가 아닌 beta action으로 검색하였습니다.) 이후 Search 부분에 있는 파란색 글씨의 ACTB를 클릭해주세요. 관심있는 유전자의 경우 직접적으로 symbol을 기재하셔도 됩니다. 2. OmicSoft DB에 정보가 있으면 화면 가운데 노란색으로 OmicSoft 관련 콘텐츠가 표시되며, 관심있는 분야를 클릭해주세요. 예를 들어 OmicSOft Differential Exporession 부분의 TCGA가 관심이 있다면 해당 DB를 클릭해주세요. 3. 새로운 인터넷 창이 뜨게 됩니다. 해당 창이 Land Explorer에 진입한 것입니다. 이 브라우저에서 관심있는 정보들을 검색해보세요.
IPA의 network에서 neighbor만 쉽게 볼 수 있나요? 조회 1652 2021. 05. 28 - 각 network를 열었을 때 혹은 Graphical Summary에서 복잡한 network를 형성할 수 있습니다. 화면 상단 가운데 부근에 위치한 View의 체크와 같은 이미지를 클릭해주세요. 아래 그램과 같은 팝업 창이 뜨게 되면 "Fade distant nodes"를 체크해주세요. 이후 관심있는 유전자를 클릭하시면 first neighbor를 제외한 나머지는 블러처리 됩니다.
IPA의 network 그림에서 유전자 상단에 뜨는 숫자를 없애고 싶습니다. 조회 1676 2021. 05. 21 - 네트워크에 숫자가 보이는 것은 transcript 기준으로 DEG 분석 결과를 IPA에 업로드 시 나타나는 현상입니다. 이를 보이지 않게 하는 방법을 알려드립니다. 1. 네트워크 확인 시, Overlay 클릭 2. Analyses, Datasets and Lists 선택 3. 하단의 Display isoform badges on nodes를 체크 해제 4. 해당 이미지를 export할 경우 Export에서 그림을 클릭 (선택 사항)
IPA의 Canonical Pathway에서 z-score의 기준이 무엇인가요? 조회 2161 2021. 05. 21 - Canonical Pathway에서 색깔을 나타나는 것에 대한 전반적인 내용입니다. - Canonical Pathway에서 막대에 색깔이 나타나는 것 (comparison에서 각 heatmap마다의 색깔)은 Pathway Activity Analysis라는 분석이 같이 수행된 결과 - significantly-perturbed genes / proteins / chemical 들의 발현 혹은 인산화를 기반으로 예측을 진행 z-score는 pathway activity를 기준으로 결정됩니다. - 주황색은 pathway activity의 전반적인 증가 - 파란색은 pathway activity의 전반적인 감소 - 회색은 pathway와 관련된 유전자가 4개 미만인 경우 - 흰색은 z-score가 0 또는 0에 매우 가깝거나 pathway와 관련하여 분석된 dataset에 4개 이하의 유전자가 있을 때 하기 링크를 참조하시면 더 자세한 정보를 확인하실 수 있습니다. Knowledge: Canonical Pathways for a Dataset (force.com)
IPA에서 특정 조직계의 전달 물질에 관련된 분석이 가능한가요? 조회 1812 2021. 04. 23 - IPA에서 특정 전달물질에 대한 분석을 지원하지는 않습니다. 하지만 Tissue & Cell Lines 에서 신경 관련으로 한정시키고 분석을 진행한다면 한정된 결과만 얻으실 수 있어 연구에 도움이 될 수 있습니다. 신경계를 예로 들어 아래 그림을 보신다면 이해가 빠를 것 같습니다.

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