반복수를 넣지 않고 샘플을 하나만 비교해도 p-value와 FDR값이 나오는데, 이건 유전자 내 리드 수로 값을 정한건가요?
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2021. 04. 16 - 맞습니다. 유전자 A를 예로 들면, A의 read 수를 한 샘플에 있는 각각의 유전자 당 read 수의 모음과 비교하게 됩니다.
CLC Genomics Workbench는 p-value 계산 시 왈드 검정을 사용합니다.
왈드 검정은 최대 가능도 추정값을 대입하여 구한 표준오차를 사용하여 분산을 계산하고, 이를 바탕으로 z-score를 구하여 p-value를 산출하는 방식입니다.