• PetaSuite에서 라이선스 차감 방식은 어떻게 되나요? 조회 1470 2021. 04. 28 - 압축된 양 만큼 라이선스가 차감됩니다. 예를 들어 100GB 짜리 bam파일을 30GB로 압축하였다면, 라이선스는 압축된 분량인 70GB가 차감됩니다.
  • DEG 분석 시 p-value와 FDR에서 0, 1, NaN 값의 정확한 의미가 무엇인가요? 조회 2215 2021. 04. 28 - NaN 값은 모든 발현값이 0이거나, p-value와 FDR을 구하기 전에 filtering 되어 계산할 수 없을 때 나타납니다. 0의 경우 컴퓨터가 계산을 처리하기 어려울 정도로 작은 값일 때 0으로 대체하여 표기됩니다. 1.1102230246251565E-16보다 작을 때 0으로 표기된다고 하며, 각 케이스마다 다를 수 있습니다. (9.95E-320 ~ 1.00E-321 사이에서 치환되는 경우 존재) 1의 경우 소수점 3째 자리에서 반올림을 하기 때문에 일어나는 현상입니다. 0.995보다 클 때 1로 표기되며, 마우스를 해당 숫자 위에 올려놓으면 정확한 값이 뜨게 됩니다. 한번에 확인하시려면 마우스 우클릭 > File > Export Table을 누르시면 텍스트 파일 혹은 엑셀 파일로 저장하실 수 있습니다.
  • IPA에서 특정 조직계의 전달 물질에 관련된 분석이 가능한가요? 조회 1467 2021. 04. 23 - IPA에서 특정 전달물질에 대한 분석을 지원하지는 않습니다. 하지만 Tissue & Cell Lines 에서 신경 관련으로 한정시키고 분석을 진행한다면 한정된 결과만 얻으실 수 있어 연구에 도움이 될 수 있습니다. 신경계를 예로 들어 아래 그림을 보신다면 이해가 빠를 것 같습니다.
  • IPA에서 metabolomic analysis도 제공하는 것 같은데, 혹시 이 경우에는 대사체의 어떤 것을 넣어서 진행하면 될까요? 조회 1542 2021. 04. 23 - >> Input으로 CAS Registry Number, PubChem CID, HMDB와 KEGG identifiers 를 지원합니다. >> Core Analysis 진행 시, Metabolomics Analysis를 선택하시고 분석을 진행하시면 됩니다.  
  • PDR score 란 무엇인가요? 조회 1343 2021. 04. 23 - Phenotype Driven Ranking(PDR)으로 hereditary workflow 에서만 적용 가능하며  PDR score로 변이 리스트를 내림차순으로 정리할 수 있습니다 (Krämer, Andreas, et al. "Leveraging network analytics to infer patient syndrome and identify causal genes in rare disease cases." BMC genomics 18.5 (2017): 15-23). PDR algorithm은 QIAGEN knowledge base(KB) DB를 활용하여 사용자가 제공한 phenotype 정보와 질병 관련 유전자와의 유사성 정도를 점수화 합니다. PDR algorithm은 사용자가 환자의 phenotype 및 symptom 정보를 입력 시에만 사용 가능합니다. 
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