• Transcriptome - Create Count Table 분석 시, gene id와 trnascript id가 일치하지 않는다는 에러가 뜹니다. 조회 1373 2021. 07. 02 - Create Count Table (Transcript-level Quantification) 분석 경우, sequencing raw data와 reference (fasta) 파일이 input으로 들어가게 됩니다. De novo 경우 앞 단에서 De novo 분석을 진행하게 되면 텍스트 파일이 하나 생성되는데, 그 파일을 같이 넣어주면 되고, reference 경우 NCBI나 앙상블에서 GFF 파일을 받아 수정해서 넣어주면 됩니다. name과 id가 통일 되었는지 한번 더 확인한 뒤, 진행 하시는 걸 추천 드립니다.
  • PetaSuite는 어떤 운영체제를 지원하나요? 조회 1373 2021. 06. 24 - PetaSuite는 리눅스를 지원합니다. PetaSuite 수행 후 압축 결과물은 IGV를 통해 Windows와 Mac에서도 확인하실 수 있습니다.
  • Microbial Genomics Module tool에서 Beta diversity 분석 종류가 여러개 있던데, 각각 어떤건지 알려주세요. 조회 1738 2021. 06. 24 - Jaccard : 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative) Bray-Curtis : 공유하는 taxa 유무 (Qualitative)와 풍부도 (Quantitative)까지 고려 UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative & Phylogenetic) Weighted UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무 (Qualitative & Phylogenetic)와 풍부도 (Quantitative & Phylogenetic)까지 고려
  • IPA AM 모듈(Analysis Match)에서 Land Explorer로 접속하고 싶습니다. 조회 1589 2021. 06. 04 - 현재 주소창을 통해 직접적으로 접속할 수 있는 방법은 없습니다. 대신 IPA 내에서 우회하여 접속을 진행하실 수 있습니다. 1. 먼저 관심 유전자를 검색해주세요. (예시는 유전자가 아닌 beta action으로 검색하였습니다.) 이후 Search 부분에 있는 파란색 글씨의 ACTB를 클릭해주세요. 관심있는 유전자의 경우 직접적으로 symbol을 기재하셔도 됩니다. 2. OmicSoft DB에 정보가 있으면 화면 가운데 노란색으로 OmicSoft 관련 콘텐츠가 표시되며, 관심있는 분야를 클릭해주세요. 예를 들어 OmicSOft Differential Exporession 부분의 TCGA가 관심이 있다면 해당 DB를 클릭해주세요. 3. 새로운 인터넷 창이 뜨게 됩니다. 해당 창이 Land Explorer에 진입한 것입니다. 이 브라우저에서 관심있는 정보들을 검색해보세요.
  • QCI Interpret에 사용하는 데이터베이스(database)는 무엇인가요? 조회 1637 2021. 06. 04 - QCI Interpret은 QIAGEN knowledge base 데이터베이스 중심으로 아래 표와 같은 정보를 포함합니다. (자료: 퀴아젠 QCI Interpret user guide)  
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