Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

OmicsBox 가입 및 활성화 방법 조회 38 2025. 07. 14 - OmicsBox 계정을 만드는 간단하고 빠른 방법을 알려드립니다.1. OmicsBox를 시작하고, 이메일을 통해 제공받은 subscription key 를 입력합니다.2. OmicsBox를 활성화하고, 프로그램을 재시작합니다.3. OmicsBox가 재시작되고, 로그인 브라우저가 나타날 때까지 기다립니다.4. 로그인 창이 나타나면 로그인 합니다.Biobam 계정이 없으신 경우, Sign up을 클릭하여 가입합니다.성함, 이메일 주소, 비밀번호를 기입하고 가입을 완료합니다.5. 입력하신 이메일을 통해 전송된 인증 코드를 브라우저에 입력하고, "Confirm account" 를 클릭합니다.6. 계정이 성공적으로 인증되셨다면 OmicsBox를 시작할 수 있습니다.또한, OmicsBox 의 라이선스는 Biobam 계정과 연결되며, 관리하실 수 있습니다.OmicsBox 를 통한 가치 있는 연구를 응원합니다.
Pairwise Differential Expression Analysis (Without Replicates)의 옵션 값 중 Probability는 무엇을 의미하나요? 조회 1458 2022. 11. 18 - Probability는 확률을 의미하며, probability가 threshold를 초과하는 유전자는 차별적으로 발현된 것으로 간주됩니다. Probability를 낮출수록 DEG 수는 많아지게 되지만, p-value가 높을 수록 귀무가설을 기각하지 못하게 되는 것처럼 해당 DEG가 통계적으로 유의하지 않게 됩니다. 따라서 OmicsBox에서는 threshold default 값이 0.9로 설정되어 있습니다.
KEGG pathway permission 인증 받는 방법 조회 1852 2022. 11. 09 - OmicsBox 라이선스를 구매해서 사용 중이더라도 KEGG pathway permission에 대해서는 제공하는 양식을 제출해야 합니다.(www.kegg.jp/feedback/copyright.html)해당 양식을 제출하면 KEGG pathway에 대한 permission을 인증할 수 있습니다.진행하시면서 문의 사항이 생기시면 아래 이메일로 문의 부탁 드립니다.consulting@insilicogen.com
Transcriptome - Create Count Table 분석 시, gene id와 trnascript id가 일치하지 않는다는 에러가 뜹니다. 조회 1419 2021. 07. 02 - Create Count Table (Transcript-level Quantification) 분석 경우, sequencing raw data와 reference (fasta) 파일이 input으로 들어가게 됩니다. De novo 경우 앞 단에서 De novo 분석을 진행하게 되면 텍스트 파일이 하나 생성되는데, 그 파일을 같이 넣어주면 되고, reference 경우 NCBI나 앙상블에서 GFF 파일을 받아 수정해서 넣어주면 됩니다. name과 id가 통일 되었는지 한번 더 확인한 뒤, 진행 하시는 걸 추천 드립니다.
OmicsBox에서 count table (transcript-level)만들때 gene level estimation을 추가하면 "transcript to gene map file"이 있어야하는데 이건 무슨파일로 어떻게 만드나요? 조회 1746 2021. 05. 06 - "Transcript to Gene Mapping File"을 OmicsBox에서 얻으시려면 RNA-Seq De Novo Assembly tool을 이용하시면 됩니다. 하지만 De Novo 분석이 아니신 경우에는 NCBI나 Ensembl에서 reference DB 중 GFF 파일을 이용하여 파일을 만드셔서 이용하시면 됩니다.

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