다음과 같이 설명 드릴 수 있을 것 같습니다.

Q-1: Pathway나 Network에서 우리 dataset 유전자만 targeting 할 수 있는 upstream regulator만 뽑을 수 있는지?

A-1: 특정 경우에만 가능합니다. Pathway나 Network의 molecules 전체가 (예측된 molecules가 없는) 내 dataset 유전자일 경우에만 Grow > Upstream Expression Regulators 기능으로 한 번에 추가가 가능합니다.

Q-2: 그러면 우리 dataset 유전자만 targeting 하는 것은 어떻게 하는가?

A-2: 다음과 같은 과정으로 수행하실 수 있습니다.

1) Pathway 또는 Network에서 expression 값이 있는 molecule(= dataset 유전자)만 선택하여서 Add To My Pathway > New My Pathway 로 옮깁니다.

2) molecule nodes에 우리 dataset의 발현값을 얹어주기 위해서 Overlay > Analyses, Datasets & Lists > Add more.. 에서 우리 dataset을 선택합니다.

3) 여기서 우리 dataset 유전자만 targeting할 수 있는 upstream regulator를 찾기 위해서는 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용해서 z-score가 +인 것을 후보군으로 선택합니다.

(IPA 기준:≥ 2)

4) Pathway(or Network)로 돌아가서 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용한 뒤, 해당 리스트에서 후보군으로 선정한 Activator(Regulator)를 찾아서 선택하고 Apply 합니다.

5) 연결이 되었으면 Activator에 연결된 주황색, 파란색, 흰색, 회색 molecules(dataset 내 발현값이 없는 molecules)의 선을 모두 제거합니다.

6) Pathway(or Network)에서 우리 dataset 유전자만 targeting된 Activator를 보여줄 수 있게 됩니다.