(주)인실리코젠은 지난 8월 29일 ~ 30일에 내부 확장 및 바닥공사를 시행하였습니다. 이번 공사의 목적은 기업부설연구소 자리를 확보, 늘어난 인원의 자리를 마련하고, 회사 내부 분위기를 좀 더 산뜻하게 바꿔보기 위해서 추진되었습니다.

우 선 회사 전체 바닥은 기존에 일반적인 파란색 타일 대신 나무냄새가 물씬 풍기는 데코타일을 사용하였습니다. 그리고, 기존에 기획관리실 자리를 부설연구소 자리로 바꾸면서 자리를 하나 늘렸습니다. 현재 중앙 업무 공간에는 사장님 방과 기획관리실, 생물정보실, 공공사업팀이 위치해 있고, 중앙업무공간과 부설연구소 사이에 4개의 자리를 더 확보하였습니다.

바쁘신 와중에도 바닥공사를 기획하고 주말도 반납하시고 수고하여 주신 임천안 실장님과 박병준 대리님께 감사드립니다.

아래는 기존 공사 전 사진과 공사 후 사진을 올렸습니다.

공사 전

공사 후

소회의실	왼편: 추가로 늘어난 4자리, 오른편: 기업부설연구소 입구
대표이사 공간	비지니스 업무공간

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홈페이지에서 지식관리까지...

2009 년 9월 2일 08시는 (주)인실리코젠의 기념비적 날입니다. 저희 회사에서 5개월 가량 글터(Glter)라는 코드네임으로 개발이 진행되었던 위키엔진이 v1.0 beta로 9월 2일 내부세미나를 통해 공개되었습니다. 이로써 당사에서는 베일을 벗은 차세대 위키엔진을 기반으로 데이터 웹과 지식관리 전문기업으로 발돋움 하기 위한 첫 걸음을 내디뎠습니다.

글터는 리소스지향적인 설계, 관계형 데이터베이스(RDBMS)와의 확장성과 사용자 활용성을 높힌 웹 어플리케이션목표로 설계되었습니다. 주요기능으로 위키 본래의 협업용 문서작성기능과 함께, 다자간 협업강화을 위한 web2.0 기반의 다양한 부가기능을 접목하고, 독립 홈페이지로도 활용이 가능한 특징을 갖고 있습니다.

본격적인 공개전에 Glter의 특징을 간략하게 소개하면, 편리한 WISWIG 에디터, 원격 자동화가 가능한 RESTful wiki, 동적 테마와 메뉴로 홈페이지로 활용가능, 타 관계형 데이터베이스와의 유기적 연결이 가능 등 차별화된 웹 플랫폼입니다.

새로운 웹 문화, 지식관리의 문화를 선도할 글터는 내부 베타테스트를 거쳐서 다듬어진 후 공개될 예정입니다. 모쪼록 베타 테스트기간 동안 성원들의 따끔한 충고와 따뜻한 격려를 받으며 좀 더 안정되고 세련된 모습을 갖추고 여러분앞에 모습이 나타나기를 기대해봅니다.

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ARIADNE GENOMICS사의 Pathway 분석 제품인 PathwayStudio의 사용자 교육이 8월 31일(월) 오전 11시부터 당사 회의실에서 있었습니다. 이번 사용자 교육은 한국생명공학연구원과 중앙대학교에서 몇몇 연구원분들이 참석한 가운데 저희 회사 생물정보실의 박준형 팀장님께서 진행을 해주셨습니다. 저희 회사의 소개로 발표가 시작되었고, 약 3시간에 걸쳐서 진행된 교육은 직접 시연을 통해 PathwayStudio 사용법을 자세하게 살펴보는 시간이었습니다.

시연의 내용으로는 PathwayStudio의 인터페이스 소개에서부터 기본 사용법과 유용한 기능들에 대해 알아보고 기능들을 활용해서 단백질, Small molecules, Cell processes 등 다양한 Entity 사이에 어떠한 관계를 가지고 있는지 Pathway를 직접 그리면서 시연해 주셨고, 최근에 이슈가 되고 있는 텍스트마이닝 기법을 이용한 MedScan을 활용하여 NCBI PubMed의 문헌정보 뿐만 아니라 자신이 가지고 있는 PDF, TXT 파일에서 자동으로 생물학적 상호작용에 대한 정보를 추출하는 방법에 대해서도 배워보았습니다. 특히 연구자의 마이크로어레이데이터와 실험데이터를 이용하여 pathway를 재구성 하는 내용은 참가자들로부터 많은 관심을 받았습니다.

사용자 교육을 하고 계신 박준형 팀장님과 교육에 참여하고 있는 참석자분들


사용자 교육 중간에는 다함께 점심을 먹으며 저희 회사 이야기와 참여하신 분들의 연구실 이야기 등 화기애애한 이야기를 주고받는 시간을 갖기도 했습니다. 점심시간 이후에도 교육이 계속 진행되었고, 교육에 참여하신 분들이 그 동안 PathwayStudio를 사용하면서 궁금하셨던 점에 대해 질문하시고 박준형 팀장님께서 질문에 대해 직접 시연으로 답변을 해주셨습니다. 이번 사용자 교육은 일방적인 Presentation 발표와는 달리 직접 PathwayStudio 사용 방법에 대해 시연을 함으로써 양방향 커뮤니케이션이 가능하여 사용자 입장에서 좀 더 유익한 시간이 되었을 것이라고 생각합니다. 앞으로도 사용자와 소통할 수 있는 교육의 자리가 많이 만들어졌으면 합니다. 마지막으로 사용자 교육을 마치고 저희 회사 이미지월 앞에서 그날 참석하신 분들과 함께 찍은 기념사진을 담아보았습니다.

사용자 교육에 참여한 모든 분들과 기념사진

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이번 달 초에 둘 째 아이를 임신중인 아내의 혈액검사에서 다운증후군 위험율이 높다는 진단이 나왔다. 확진을 위해서 양수를 샘플링해서 태아의 핵형검사 결과를 했고 지난 19일에 그 결과를 확인하러 갔다. 검사 결과를 기다리는 10여일간 아내는 꽤 걱정스러워했고, 난 아래의 역설을 들며 걱정말라고 위로했다. 하지만, 솔직히 불안한 마음 어쩔 수 없었다. 지식과 마음에는 분명한 간극이 존재한다...

진단 시험법의 역설은 정확도가 높은 진단 검사법도 실제의 정확도를 다시 볼 필요가 있다는 점을 보여준다. 아래의 예를 보자.

만약 '암'을 검사하는 매우 좋은 진단법이 있다고 가정하자. 암환자가 검사를 받으면 99%의 확률로 양성 반응을 보이며 암이 없는 환자가 검사를 받으면 99%로 음성 반응보인다. 즉, 1%의 오류율을 보이는 매우 정확한 방법이다. 여기서, 다시 인구 1만명당 1명이 암을 가진다고 가정할 때, 어떤 사람이 검사를 받았고, 결과가 양성으로 나왔다. 이런 경우에 그 사람이 진짜 암환자일 확률은?

정말 좋은 검사법으로 보여진다! 하지만 실제 임의의 사람이 위 검사법으로 검사하고 양성으로 나올 때 실제 암이 걸렸을 확률은 단지 1% 조금 못된다. (참고: [베이즈 정리])


여기서,

• P(C | +)는 우리가 얻고자하는, 검사결과가 양성일 때 암일 확률이고,

• P(+ | C)는 암환자의 양성율로 이 예제에서는 99%, 즉, 0.99이며,

• P(C)는 사전확률이라는 용어로 표현되며 집단중에서 실제 암환자의 비율로 본 예제에서는 1 / 10000 이다.

• P(N) = 1 - P(C), 집단중에서 정상인의 비율

• P( + | N)은 위양성율(false positive)로 본 예제에서는 1%이다.

실제 계산을 해 보면 P(C | +)는 0.0098로 위의 검사법을 임의의 사람에게 검사하고 양성이 나왔을 경우, 실제 암일 확률은 1%도 안되는 것이다.

In [1]: PosCancer = 0.99
         # P(C|+)
In [2]: AllCancer = 1.0 / 10000
         # P(C)
In [3]: AllNormal = 1 - AllCancer
         # P(N)
In [4]: PosNormal = 0.01
         # P(+|N)
In [5]: CancerPos = ( PosCancer * AllCancer ) / ( PosCancer * AllCancer + PosNormal * AllNormal)
In [6]: print CancerPos     # P(C|+)
0.00980392156863

사실 병원에서는 다운증후군 혈핵검사를 할 때 80%의 정확도가 있다고 설명한다(60% 정확도 검사는 의료보험이 되지만, 80%는 되지 않는다). 그리고, 여기서 양성이 나오면 거의 대부분의 산모는 70 ~ 80 만원의 비용을 내고 핵형검사를 할 수 밖에 없다.

불안과 공포를 과학으로 포장해서 팔면 장사가 잘된다.

-- 강병철 (생물정보실)

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지난 6월에는 대표적인 생물정보학관련 학회인 ISMB 2009 가 스웨덴 스톡홀름에서 열렸습니다. 우리회사에서는 생물정보팀 박준형 팀장이 직접 참가하여 생물정보분야의 전세계 최신 연구현황을 느끼고 배워올 수 있었습니다. 특히도, 사랑하는 분과 함께 다녀올 수 있어서 더욱 좋았던 자리였다고 하네요. :)

그럼 박준형 팀장님의 참석기를 들어볼까요.

ISMB 2009에 다녀와서. -- 생물정보팀 박준형

지난 6월 26일 부터 7월 5일까지 약 열흘간에 걸쳐서 스웨덴 스톡홀름에서 열렸던 ISMB 2009 를 다녀왔습니다.  ISMB 학회는 생물정보학 관련 학회 가운데 가장 큰 학회로 자리매김하고 있으며, 생물정보학을 연구하는 사람은 누구나 한 번은 가보고 싶은 학회입니다. 저역시 학회 포스터를 서너 번 제출하였지만 한 번도 참석하지 못해 못내 아쉬운 마음뿐이었는데 이번에 좋은 기회를 가지게 되었습니다.

매번 ISMB 학회를 다녀온 사람들이 펼쳐놓는 멋진 이야기 보따리들을 나역시 만들어갈 수 있을까라는 걱정과 설레임, 그리고 긴장으로 20시간이 넘는 여행일정으로 시작하였습니다. 공부도 공부겠지만 이국땅에 대한 동경심 또한 맘을 더 설레이게 하였던 것 같습니다. 다행스레 하루 일찍 오전에 스톡홀름 숙소에 도착하여 반나절 이상의 시간이 주어졌기에 근방에 있는 이름있는 유적들을 손 수 둘러볼 수 있었습니다.

숙소가 시내 중심가에 위치해 있어 유명한 박물관, 스톡홀름 시청, 왕궁등을 걸어서 둘러보았습니다. 동양의 목재문화와는 다른 대리석 문화가 자리잡고 있어, 오래된 대리석 건물들의 근엄함은 보는 내내 감탄을 불러일으켰습니다. 획일적으로 동일한 형태인 것 같은 대리석 건물들은 그 나름대로 멋을 더하여 20시간 이상 비행기를 타고 온 피곤한 이방인의 발걸음을 한결 가볍게 해 주었습니다.



27일 오전. 지도에서 위치를 확인하고 호텔 안내원에게 다시 한 번 가는 길을 물어보아도 혹시나 잘못 가지 않을까 하는 걱정은 지하철에 들어서면서 한순간 사그러들었습니다. 노트북을 넣은 베낭을 메고 있거나, 포스터를 넣은 통을 메고 지하철 부스에 들뜬 모습으로 서있는 많은 사람들을 보니 나역시 ISMB에 참석한 동료라는 기분에 걱정에서 들뜬 마음으로 순간 변해버린 것입니다.

스톡홀름 중앙역에서  세 정거장 지나서 국제박람회장 역에 도착해서 걷기를 3분여. 커다란 호텔과 함께 박람회장이 눈에 쏙 들어옵니다. 많은 사람들이 새학년이 되어 처음 학교에 들어가는 학생들인양 걸음걸이가 분주하면서도 가볍게 느껴졌습니다. 순간보아도 엄청나게 많은 참석자들 사이로 줄을 서서 등록을 마치고 받아온 학회 일정 책자를 펼쳐들고 마지막 날까지 들어볼 세미나 주제와 시간, 장소들을 체크해 보면서 강의장을 하나씩 훓어 보았습니다.





이번 ISMB 학회는 8편의 Keynotes와 4가지 형식(Proceedings, Highlights, Special Session, Technology)으로 구성된 165편의 Oral presentations, 약 800여편의 Posters, 9가지 섹션의 Tutorials, 그리고 마지막으로 35개의 Sponsor&Exhibitors 으로 이루어져 있었습니다. 너무나 많은 발표들과 섹션들은 어느 하나 할 것없이 듣고 싶은 내용들로 9시부터 6시까지의 일정은 너무나도 빠르게 지나가 아쉬운 생각이었습니다.

25분 가량의 Oral presentation은 주제에 딱 안성맞춤인 것도 있었지만, 짧은 시간으로 인해 제대로 내용이 전달되지 못한 것들도 다수 있어서 아쉬운 부분이 없잖았던 것 같았습니다. 하지만 Tutorial은 오전 섹션, 오후 섹션으로 나누어 3시간 정도 강의가 있었기에 새로운 동향 및 방법을 배우는 것에 매우 유익하였던 것 같습니다.

또한 800여편의 포스터는 A부터 Z까지 24가지의 섹션으로 구분하여 전시가 되었는데, 규모 뿐만 아니라 내용면에서도 좋은 포스터를 많이 찾아볼 수 있었습니다. 이번에 투고된 포스터를 검토해 본 결과 생물정보 관련 학회에 많이 투고되는 'Database'와 'Sequence Analysis'를 포함하여 새롭게 'Bioinformatics of Health and Disease', 'Structure and Function Prediction', 'System Biology and Network'의 주제를 담은 포스터가 많이 전시되었으며, 이 분야가 최근의 이슈화된 연구동향이라고 판단이 되었습니다. 다 가져가서 자세히 보고 싶은 욕심에 800여편의 포스터를 일일이 사진으로 담았던 것이 무척이나 힘들었지만, 큰 보물이라도 얻은양 느껴지는 뿌듯함은 학회를 마치고 난 뒤에도 가장 큰 자산인 것 같습니다.




35개의 기관 및 회사가 참석한 Sponsor&Exhibitors은 10여곳의 생물정보 관련 회사와 저널 및 출판사 그리고 각국의 생물정보센터가 부스를 전시하여 학회 기간내내 참석자들의 방문으로 분주하였습니다. 그 가운데 NGS(Next Generation Sequencing) 시대에 요구되는 NGS Assembler 및 다양한 분석툴을 개발한 CLC Bio사와 수많은 유전체 분석을 수행한 BioMax사, 그리고 PPI(Protein Protein Interaction)에 대한 분석툴을 개발한 Ariadne사가 많은 이의 관심을 모았으며, 이 3곳의 회사는 최근의 연구동향을 대표하는 전세계에게 가장 많이 알려진 회사라고 할 수 있습니다.




8편의 Keynotes는 아침과 오후에 한 차례씩 나흘에 걸쳐서 발표가 되었으며, 맨 마지막 Keynote 연좌인 "Webb Miller" 박사는 발표이전에 생물정보학자로서 성공할 수 있는 10가지 단계에 대해서 말씀하셔서 생물정보학을 먼저 공부하신 노학자님의 경륜을 느낄 수 있는 좋은 시간이었던 것 같습니다.

앞으로는 한국 뿐 아니라 전세계적으로 생명공학을 주도하는 나라가 되기 위해 많은 투자가 이루어진다고 합니다. 이와 맞물려 생물정보학 또한 생명공학의 전망을 밝게 이끌어주는 도구이며, 견인차가 될 것이라는 확신한 느낌을 이번 ISMB 학회를 참석한 후 가지게 되었습니다.

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