CLC bio asia-pacific resellers meeting


CLC bio 에서는 매년 여름 아시아 지역의 distributor들이 모여 정보를 공유하고 협력 방안을 모색 할 수 있는 meeting을 주최해 왔습니다. 이번 Asia-pasific resellers meeting에는 한국과 대만, 일본, 중국, 말레이시아, 오스트레일리아의 distributor들과 덴마크의 CLC bio 본사의 책임자들이 함께하였습니다. 아시아 각국의 생물정보 시장을 선도하는 업체 담당자들과 만나 이야기를 나눠보니 모두 생물정보 분야의 발전에 일부분 기여하고 있다는 자부심을 공유할 수 있어서 유익한 시간이었습니다.


특히 이번 meeting에는 CLC bio 의 부사장과 개발 책임자가 참가했는데요, 저희 (주)인실리코젠은 한국의 CLC bio 유저들을 대신하여 고객들의 요구사항이나 고충을 대변하여 CLC bio의 담당자들을 거세게 몰아 붙이는 진풍경이 벌어지기도 했습니다. 그 결과 다양한 지원 정책과 유용한 분석 기능들의 추가 개발을 약속 받았습니다.



CLC bio는 Next-Generation Sequencing (NGS) 열풍으로 생물정보학 분야에 집중된 관심과 함께 나날이 성장해 나가며, Agriculture, Diagnosis, Medical research 분야의 집중된 분석 도구와 pipeline을 개발해 나갈 것이라고 밝혔습니다. 뿐만 아니라 이러한 분야에 적용할 수 있는 다양한 case study와 application note와 같은 자료를 제공하겠다는 계획도 밝혀 CLC bio의 solution들이 더 쉽게 널리 이용될 수 있도록 노력하는 의지를 볼 수 있었습니다.



3일 이라는 짧은 시간 동안의 만남이지만 모두 다 생물정보학 분야의 발전이라는 목표와, 'CLC man'이라는 동질감을 공유해서 일을 떠나 개인적으로 많이 친해진 모습들을 볼 수 있었습니다.

NGS analysis, anyone can do!


이 번 CLC bio Asia re-seller meeting 행사 내에는 "NGS analysis, anyone can do!" 라는 주제로 NGS 데이터의 de novo/reference assembly를 비롯하여 variation detection, RNA-seq, ChIP-seq 등의 분석을 누구나 쉽고 간편하게 수행할 수 있는 CLC Genomics Workbench의 5.5 버전 런칭 세미나도 개최되었습니다.

지 난 8월 23일, 이비스 앰베서더 수원 호텔에서 진행된 이 세미나는 최근 업그레이드로 다양한 분석 도구들이 추가된 CLC Genomics Workbench의 기능과 실 사례 데이터 분석 결과를 바탕으로 우리 회사의 VVIP 고객들을 초청하여 CLC Genomics Workbench 사용자들에게 유용한 시간이 되었습니다.



먼저 이번 세미나의 개요와 각 섹션에 대한 간단한 소개 후 본격적으로 세미나가 시작되었습니다. ‘NGS 기본 개념 및 응용분야’라는 주제로 진행된 첫 번째 섹션은 NGS를 이용한 다양한 application 및 분석 사례를 소개하는 시간이었고, 연이어 두 번째 섹션은 NGS 데이터를 활용할 수 있는 다양한 분석 툴을 탑재하고 있는 CLC Genomics Workbench의 기능들에 대하여 알 수 있는 시간이었습니다. 또한 이번 re-seller meeting 행사로 인하여 내한한 CLC bio사의 Henry Wang 컨설턴트가 가장 중요한 세 번째 섹션을 맡아 CLC Genomics Workbench 5.5 버전의 업그레이드된 기능에 대한 리뷰를 진행하였습니다.





잠깐의 휴식시간 후 바로 진행된 네 번째 섹션은 이러한 CLC Genomics Workbench를 이용하여 얻은 실사례 데이터로 case study를 보여주는 시간이었습니다. 최근 NGS 데이터로 가장 많이 수행하고 있는 variation 분석과 RNA-seq 분석에 대한 예제로 CLC Genomics Workbench에서 실제 분석되는 과정을 확인할 수 있었고, 업그레이드 된 기능들을 잘 활용하여 쉽고 간단한 워크플로우로 제작할 수 있음이 사용자들에게 가장 흥미있는 이슈였습니다.





이렇게 이번 세미나를 통하여 CLC Genomics Workbench의 한층 업그레이드된 강력해진 분석 기능들을 파악할 수 있는 시간이었고, 짧은 시간에 많은 정보를 보여주려고 하다보니 그 동안 고민이었던 NGS 데이터의 분석 관련 질의/응답 및 컨설팅의 시간이 부족했던 점이 가장 아쉬웠습니다. 하지만 충분히 CLC Genomics Workbench의 매력을 직접 느낄 수 있었던 시간이었을 것이라 생각되고, 우리 고객분들이 조금 더 CLC Genomics Workbench를 활용하는 능력을 키울 수 있는 좋은 기회가 되었을 것입니다. "NGS analysis, anyone can do!"라는 이번 세미나의 주제처럼, 저희 (주)인실리코젠은 NGS 데이터 분석에 어려움을 느끼시는 연구자 분들께 NGS를 조금 더 쉽고 편리하게 분석할 수 있는 방법을 알릴 수 있도록 노력하겠습니다.

Tour

8월 22일 수요일

8월 22일 오전 distributor Meeting이 끝난 후 이비스 호텔에서 점심식사를 하였습니다. 모두들 맛있는 식사를 한 후에 든든한 마음으로, 한편으론 비가 올까 걱정스러운 마음을 가지고 경복궁을 향해 출발했습니다.

경복궁 입구에서 가이드를 만나기로 약속을 한 후, 버스를 타고 달리고 달려 드디어 경복궁 앞에 도착. 보라색 모자를 쓴, 오늘 하루 우리에게 친절하고 재미있게 설명을 해주실 가이드를 만났습니다. 하늘은 곧 비가 쏟아져 내릴 것처럼 흐렸지만 다행히도 비는 내리지 않았습니다. 경복궁에 들어가기 전 가이드의 설명이 시작되고, 저와 Henry는 입장권을 끊으러 갔습니다. 경복궁에 처음 온다는 저의 말에 Henry는 굉장히 놀란 눈치였습니다. Henry는 경복궁이 두 번째 방문이라고 합니다. 그렇게 먼 거리도 아닌데 왜 여지껏 한 번도 가보지 않았는지.. 너무 역사에 무관심했다는 생각이 드는 순간이었습니다.

경복궁에 들어서서 단체 사진을 한컷! 찍고 가이드의 설명을 들으며 이곳 저곳 둘러보기 시작했습니다. 모두들 호기심 가득한 눈빛으로 경복궁을 둘러보고 매우 아름답다는 탄성이 나오기도 하고 가이드의 재미난 설명 덕에 다들 신나보였습니다. 그리고 많은 분들이 사진을 찍느라 분주한 모습이었습니다.






많다면 많고 적다면 적은 인원을 박 부장님과 제가 어떻게 인솔을 해야 할지 걱정이 앞서기도 했지만 Henry의 도움 덕분에 한결 편하게 경복궁 관광을 할 수 있었습니다. 경 복궁 투어가 끝난 후 우리는 바로 인사동으로 향했습니다. 인사동에서는 각자 쇼핑타임을 가졌고, 인사동의 한정식 집에서 저녁 식사를 하였습니다. 좌식이라 외국인들에게는 다소 불편하여 미안한 마음이었지만 다들 내색하지 않고, 음식을 맛있게 먹어주었습니다.

빡빡했던 일정을 마무리하고 우리는 내일 또 다른 투어를 위해 호텔로 아쉬운 발걸음을 옮겼습니다.

8월 23일 목요일


23일 목요일에는 용인에 위치한 한국민속촌을 투어하기로 했습니다. 투 어를 시작하기 전 우리는 수원에서 맛있기로 소문난 ‘ㄱ’ 한정식 집으로 향했습니다. Vegetarian을 위해 식당에서 별도로 샐러드도 준비해주었습니다. 보기 좋은 음식(떡)이 먹기도 좋다는 말이 있듯이 음식들이 모두 굉장히 예쁘고 먹음직스럽게 한 접시 한 접시 담겨져 나왔습니다. 작품을 카메라에 담듯이 다들 배고픔도 잊은 채 음식을 카메라에 담기 바빴습니다. 역시나 맛도 굉장히 좋았습니다. 처음 보는 음식들도 신기해하며 모두들 맛있게 먹었습니다. 맛있는 점심 식사를 마친 후 우리는 본격적인 한국민속촌 투어를 시작하기 위해 식당을 나섰습니다. 한국민속촌은 우리 조상의 슬기와 지혜가 스며있는 전통생활 모습을 재현, 전시한 야외민속박물관으로 만들어진 곳입니다. 민속촌에서는 나이가 지긋하고 인상이 좋아 보이는 어르신이 가이드를 해주셨습니다. 교장선생님으로 계셨다가 퇴직 후에 봉사활동으로 가이드를 하고 계시다고 합니다. 전통생활 모습을 젊은 세대의 가이드가 아닌 나이 지긋한 어르신이 직접 해주니 우리나라 전통생활 모습이 더 잘 묘사되고 전달되지 않았나 싶었습니다.



가이드 선생님의 디테일한 설명과 함께 민속촌을 둘러본 후 각자 지인들에게 선물할 기념품도 구매를 하였습니다.

호텔로 돌아가는 차안에서 노을이 빨갛게 지는 모습을 보니 제가 타국에서 관광을 하고 있는 것만 같았습니다. 그만큼 노을이 너무 아름다웠습니다.

이틀동안 걸어서 투어를 하느라 저도 외국인 분들도 힘들었지만 그만큼 서로에게 좋은 추억이 됐을 거라 생각합니다. 대한민국이라는 나라에서 (주)인실리코젠과 함께 관광했던 모든 모습들이 외국인 분(친구)들에게 좋은 기억만 심어줬으면 좋겠다라는 생각을 하며, 저는 지금도 그 때의 모습을 다시 추억해 보고 있습니다.

(상기 사진중 초상권에 대한 우려가 있으신 분은 당사로 연락주시면, 즉시 조치를 취하겠습니다.)

Codes사업부 김경윤, 심재영, 송하나

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2012/09/28 14:16 2012/09/28 14:16
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2012년 6월 1일 ㈜인실리코젠 Codes사업부는 신입 부서원들과의 단합과 더욱 효율적인 업무 수행을 위해 워크숍을 떠났습니다. 저 에겐 첫 출근과 동시에 떠나는 워크숍이라 기대에 많이 부풀어 있었습니다. 출근 첫날 강연경 선임님께서 인실리코젠의 식구들을 한 분 한 분 소개해 주셨습니다. 모든 人Co분들께서 웃으시면서 "안녕하세요?"라며 명함을 건내 주셨습니다. 아직까지 한분한분의 미소와 상냥함이 잊혀지지가 않습니다. 그리고 송하나 선배님의 도움으로 업무를 볼 수 있게 노트북 세팅 및 기초 위키 사용법에 대해서 알려 주셨습니다. 저희 Codes사업부는 오후 4시까지 업무를 보고 부랴부랴 짐 가방을 메고 충남 당진으로 출발하였습니다.
저와 강연경 선임님은 신윤희 선임님의 차를 타고 출발하였습니다. 출발한지 30분 즈음 웅장한 서해대교를 지나 간단히 허기를 채우기 위해 행담소 휴게소를 들렸습니다. 먼저 도착한 유원기 주임님과 정명희 선배님, 박혜선 선배님께서 저희를 기다리고 있었습니다. 간단한 먹거리를 사서 포토존에 앉아 아름다운 행담소 휴게소를 감상했습니다. 특히나 바다 옆에 위치해 시원한 바람과 유럽풍의 풍차, 새빨간 전화 부스, 천사의 날개 등 너무나 잘 꾸며져 있어서 지나가는 길목이면 꼭 다시 한번쯤 들리고 싶은 휴게소였습니다.

아쉬움을 뒤로한 채 목적지에 6시까지 도착해야 하기에 다시 저희는 목적지를 향해 출발하였습니다. 목적지에 도착하기 10분 즈음 남은 상황에서 이정표에 보이는 건 석문면!! 잘못 본 거라 생각하고 조금 지나가니 또다시 나타난 이정표에 "석문면 교로리 방향!!" 목적지가 당진군 석문면 교로리라는 것을 그제야 알았습니다. 우연한 일치인지 첫 출근에 첫 워크숍의 목적지가 저의 이름인 석문 면인 게 너무나 신기해 하는 찰라 목적지인 왜목마을에 도착하였습니다. 왜목마을을 간단히 설명하자면 서해에서 유일하게 일출, 일몰을 한 곳에서 감상할 수 있으며 한적하여 휴가지로도 인기 만점이랍니다.

그리고 도착한 곳! Codes사업부가 묵을 "꿈꾸는 펜션"을 소개합니다!!!

가장 먼저 눈에 들어온 것은 넓은 잔디밭!!! 저 잔디 위에서 아기들이 뛰어놀고 있는 모습이 흡사 외국 휴양지를 온 듯한 느낌을 받았습니다. 펜션에서 김경윤 주임님을 처음 뵈었습니다. 상냥한 미소로 "안녕하세요?"라고 먼저 인사를 건네시던 모습이 생생합니다. 출장을 갔다가 바로 워크숍 장소로 와서 혼자서 장을 보셨는데 너무 고생하셨습니다. 간단하게 저희는 짐을 풀고 펜션구경 및 휴식을 취했습니다.



그리고 세미나를 위해 준비해 온 빔프로젝터를 심재영 주임님께서 세팅하시고 예정시간보다 약간 늦은 6시 30분경에 박준형 부장님 진행 아래 펜션 안 소박한 세미나가 시작되었습니다. 짝짝짝
Codes사업부는 Marketing팀, Research팀, SI 팀으로 구성되어 있습니다. 발표는 먼저 Marketing팀의 김경윤 주임님께서 Codes사업부의 상반기 매출 결과와 하반기 매출 계획에 대해 발표해 주셨습니다. 대부분 매출 즉 "금액"에 대한 내용이기 때문에 체감적으로 회사의 규모와 성장성에 대한 느낌을 잡을 수 있었습니다. 그리고 이번년도 매출계획을 달성하기 위해 저 또한 열심히 협업할 수 있게 최선을 다해야겠다라는 마음가짐을 가질 수 있었습니다. 그 다음으로 Research팀의 신윤희 선임님께서 현재 진행중인 사업과 진행될 사업에 대해 발표해 주셨습니다. 느낌점을 한마디로 표현하자면 역시 전문가가 많은 기업은 다르구나!라는 생각을 가장 먼저 하게 될 만큼 어마어마한 사업리스트들 보게 되었습니다. 마지막으로 제가 속한 SI 팀의 이규열 선임님께서 현재 이슈인 오믹스 사업, 바코드 사업, 농과원 사업에서 시스템 구축현황 및 진행예정에 대해 말씀해 주셨습니다. 아직은 신입사원이라 구체적인 것은 잘 모르지만 열심히 익혀서 SI팀을 이끌고 더 나아가 인실리코젠에서 핵심 개발자가 되리라 다짐했습니다. 마지막으로 박준형 사업부장님께서 각 팀의 내용에서 추가적으로 살을 덧붙여 주셨습니다. 그리고 저와 대전지사에서 7월부터 근무하게 될 양성진씨의 소개가 있었습니다. 양성진씨의 해맑게 웃으시는 모습이 너무나 인상깊어서 기억에 오래도록 남을 것 같습니다.



세미나를 모두 마치고 저녁을 먹으러 출발하기 전 펜션 앞 잔디에서 단체사진을 찍으려고 모두 포즈를 취하는데...
펜션 주인 아주머니께서 기르시는 집고양이가 "하나","두울","셋"하는 순간마다 매번 카메라를 가려서 겨우 단체사진을 찍을 수 있었습니다. 여러 번의 사진 촬영은 있었지만 처음보는 광경에 모두 웃음을 참지 못하고 여기저기서 웃음보가 터졌고 덕분에 모두 "스마일"하는 사진을 얻을 수 있었습니다.
일행 대부분 배에서는 밥 달라는 신호가 계속 울리고 저녁을 먹기 위해 바다 근처로 이동을 하였습니다. 주위에는 횟집들이 즐비하고 있었는데 배고픔을 참지 못하고 제일 처음으로 보이는 횟집으로 들어갔습니다. 자리배치를 하다 보니 조개구이 먹는 팀, 횟먹는 팀으로 나뉘게 되었고 제가 앉은 자리는 이규열 선임님과 박혜선 선배님, 양성진씨와 자리를 같이 했습니다. 주 요리가 나오기 전 무수히 많은 요리가 나왔고 서로의 술잔에 잔을 채우고 박준형 부장님의 건배 제의를 시작으로 화기애애한 분위기 속에 Codes사업부의 저녁 만찬은 계속되었습니다.



펜션으로 복귀 후 간단히 맥주를 마시며 이슈거리에 대해 이야기 하면서 즐거웠던 워크숍 첫날은 마무리되었습니다.

다음 날 아침 모두 분주하게 씻고 아침을 먹으려고 펜션을 나서는데 주인 아주머니가 기르시는 또다른 집 고양이 발견하고 사진을 찍었습니다. 애니메이션 속에 나오는 고양이 마냥 너무 귀엽게 포즈를 취하였습니다.

모두 허기진 배를 잡고 근처 해장국집을 들어갔습니다. 콩나물국밥과 갈비탕으로 맛있게 식사를 하면서 마친 후 여기까지 워크숍을 왔는데 바다를 안 보고 갈 수는 없었죠! 바로 옆 바다로 걸음을 향하였습니다. 눈부신 햇살과 여기저기에서 바람 쐬러 온 가족과 연인들! 정말 평화로움 그 자체였습니다. 저희 Codes사업부도 질 수 없죠! 따스한 햇빛을 먹은 모래사장을 한 발 한 발 걸으며 시원한 바닷바람을 온몸으로 맞으며 마지막 워크숍 순간을 만끽하였습니다.



해변에서 마지막으로 단체사진을 찍고 모두 모여 "수고하셨습니다"라는 함성과 함께 각자 목적지로 향하는 차를 타고 1박 2일의 아쉬운 워크숍은 마무리가 되었습니다. 저는 박 부장님의 차를 타고 회사 앞까지 오면서 부장님과의 오고 가는 대화 속에 인실리코젠에 대해 더욱더 잘 알 수 있었던 소중한 시간이었던것 같습니다.

저는 지금 입사한 지 6주차에 접어들었습니다. 처음 목표는 무엇보다 다른 직원분들과 친해지는 것이었습니다. 약간의 내성적인 성격으로 인해 완전히 친해지려면 조금 더 시간이 필요하겠지만 요즘은 웃으며 농담도 건내는 수준까지 왔습니다. 한분한분이 다들 적응을 빨리 할 수 있도록 세심한 관심을 기울여 주신 덕이라고 생각합니다. 또한 8월에 투입될 사업에 대비해서 서버세팅과 일주일 간의 웹개발에 필요한 교육도 강연경 선임님의 도움으로 무사히 마칠 수 있었습니다. 특히나 매일 오전 7시 강연경 선임님께서 스프링 프레임워크 교육을 해주셔서 기본적인 스프링의 동작방법 및 웹개발 시 프로그래밍하는 법을 많이 배울 수 있었습니다. 특히나 JSP에서는 깔끔하지 못했던 코드들이 스프링프레임 워크을 이용하면 깔끔하게 MVC (Model View Controller)로 분리가 되니 참 신기할 따름이었습니다. 지금은 생물자원관 웹 개발하시는 석호동 대리님을 도와 다국어 메시지 처리부분을 담당하고 있습니다.

아직까지 회사에 대해 완벽히 파악하진 못했지만 어느 정도의 일을 하고 있고, 어느 분야에 포커스가 맞추어져 있는지는 알 수 있었습니다. 그리고 6주간 많이 사고도 쳤지만 배우면서 성장하는거야! 다음부턴 사고치면 안돼!라 는 선임님께서 따뜻한 말을 많이 해주셨습니다. 실수를 할 때마다 가슴도 조이지만 다시금 같은 실수를 하지 않겠노라 다짐하며 하루하루의 일정을 확인하고 놓치지 않지 위해서 메모하는 습관을 키우고 있습니다. 6주간의 시간동안 느낀 인실리코젠은 탄탄한 기업임은 부정할 수 없는 사실이고 그 외에 인간을 중시하는 따뜻하고 포근한 회사였습니다. 또한 여러 분야의 많은 전문가들이 소속되어 있으며 모두들 본인의 일을 즐겁게 즐기면서 꿈을 키워 나가는 모습은 어느 회사를 가도 보지 못하는 광경일 것 같습니다.

아직 인턴 기간이지만 1년 3년 5년 10년을 내다보며 인실리코젠에서 좋아하는 일을 하며 소중한 사람들과 함께하고 싶습니다.

이 글을 읽어주신 모든 분께 감사드립니다. 앞으로 열심히 잘하는 사원이 되겠습니다.

Codes사업부 최석문

Posted by 人Co

2012/08/08 15:18 2012/08/08 15:18
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Insilicogenist가 되다!

(주)인실리코젠 이라는 회사를 알게 된 것은, 질병관리본부에서 연구원으로 근무하던 때였습니다. 용역사업을 담당했던 회사로 처음 접하게 되었는데, 당시에 박준형 부장님과 이규열 선임님을 만나면서 떠올랐던 느낌은 두 가지였습니다. 회사에 대해 전체적으로 깨끗한 느낌을 받았고, 좋은 사람들이 많이 있다고 생각했습니다. 또한 함께 사업을 수행하고 도우면서 내실이 있는 회사라는 느낌을 받았습니다. 회의차 만날 때마다 항상 밝은 얼굴로 맞아주시고, 즐거운 회사생활에 대해서 자랑하시니까 제가 그렇게 생각하는 것은 어쩌면 당연한 결과였습니다.

그러나 우리 회사에 결정적으로 오고 싶다는 생각을 하게 된 것은 최남우 사장님을 세미나 때 몇 차례 만난 후였습니다. 최 사장님은 비지니스와 인재상에 대해 설명하시면서, "세상에 완벽한 사람은 없으며, 어떤 사람이든지 동료와 조화를 이루고 시너지 효과를 내야만 성공할 수 있다"고 말씀하셨습니다. 그 말씀은 수 개월이 지난 후에 협력하며 살아가야 한다면, 좋은 사람들과 즐겁게 일을 할 수 있는 회사를 가고 싶다는 제 생각의 뿌리가 되었습니다.



본격적으로 Codes사업부의 Research팀의 일원으로서 입사해보니까, 중소기업다운 패기가 있으면서도 회사체계는 견고했으며, 생각이상으로 좋은 분석 솔루션들이 많았습니다. Codes사업부에서는 누구나 쉽게 게놈(genome) 분석이 가능한 다양한 CLC bio사의 제품들과 효과적으로 상호작용 또는 네트워크 분석을 돕는 Pathway Studio가 대표적이었는데, 제가 앞으로 많이 익혀야 할 분석 소프트웨어였습니다. 또한 KM사업부에서는 wiki 기반으로 업무 소통이 용이한 LabKM과 강력한 친자검색 기능을 가진 KinMATCH가 인상적이었고, Trac사업부에서는 최근에 개발된 이력추적시스템을 포함하여 그 동안 축적된 다양한 사례들이 놀라웠습니다. 무엇보다 이 분야에서는 흔치 않은 Descign팀(design과 science의 조합)이 회사내 모든 콘텐츠를 그 의미와 용도에 맞게 창조적으로 표현해주기 때문에 눈도 즐거웠습니다.


현재 회사가 지향하고 있는 분석 컨설팅 방향은 바로 人Co Business 입니다. 다양한 해석이 가능한 멋진 말인데, 그 중에서 가장 마음에 드는 뜻은.. 바로 "사람()과 사람() 사이에 통하는(Communication) 분석"입니다. 즉, 고객(client)과 분석가(analyzer)간의 소통을 통해 함께 최적의 결과물을 생산해 내는 것입니다. 이런 내용을 담은 회사의 가치체계는 연구분야에서 필요한 상생(相生) 정신이 그대로 녹아있었기에 저에게는 큰 감동이었습니다. 실제로 人Co Analysis를 담당하는 Research팀은 기존 분석 프로그램 활용을 넘어서 고객과 함께 고민하면서 최적의 생물학적인 의미(biological meaning)를 도출할 수 있도록 파트너 역할을 톡톡히 해왔다는 인상을 받았습니다.

지금까지 연구실에서의 경험만 있었기 때문에, raw data를 가지고 2,3차 가공을 통해 새로운 관점에서 논문을 작성해왔습니다. 다행스럽게도 저의 첫 담당업무가 분석된 데이터를 가지고 고객과 함께 협력하여 논문화 작업을 하는 것이었습니다. 새롭게 연구되는 종(species) 이기에 결과 분석 및 논문 작성이 쉽지는 않았지만, 남들이 하지 않는 것을 하는 것이기에 더욱 즐겁게 매진할 수 있었고, 고객과 함께 문제를 고민하고 해결했기에 보람된 결과를 기다릴 수 있었습니다. 입사 후 2개월 동안 매일 야근을 하다시피 했던 바쁜 일정이었지만, 저 혼자만이 아닌 여러 부원들과 함께 할 수 있었기에 오히려 즐거운 시간이었습니다. 가장 좋은 회사 적응은, 실무를 직접 경험하면서 사람, 업무, 사내 분위기에 동시에 적응하는 것이라고 생각했기 때문입니다.



최근에는 부원들과 함께 New Balance Race 10 km 마라톤 대회에 참가해서 친목도 다지고 완주도 했습니다. 이제 2개월이 지났을 뿐이지만, 회사생활을 하면서 2년, 20년 동안 수많은 난관들도 함께 잘 헤쳐나갈 수 있다는 믿음을 준 작지만 소중한 추억이었습니다. 미래를 위해 생물정보학 분야를 선택했는데, 이제 그 미래를 실현하기 위해 (주)인실리코젠 회사를 선택했습니다. 열심히 노력해서 저와 회사 모두가 앞으로 더 많이 성장할 수 있도록 진력(盡力)할 것입니다.

Codes 사업부 주임컨설턴트 유원기

Posted by 人Co

2012/07/19 14:06 2012/07/19 14:06
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나의 첫 직장, 그리고 세 달

입사한지 세달. 인턴기간.
학교에서 생물정보학을 열심히 공부하며 꿈꿔왔던 나의 미래상과 지금의 현실은 너무 만족스럽습니다.
교수님과 여러 지인들과의 상담을 통해 해외포닥, 축산과학원 공무원, 및 생물정보 회사 등 여러 갈래길 중에서 (주)인실리코젠에 입사하게 되었습니다. (주)인실리코젠에서 업무의 성과만이 아닌 김효영의 모습을 보여주고 싶습니다.

3개월 인턴기간 동안 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio, LabKM, KinMatch 등 총 5개의 솔루션을 공부하였습니다. 그 중 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio는 매뉴얼을 처음부터 끝까지 혼자 공부하면서 저만의 매뉴얼을 만들었습니다.

KM 사업부에 들어와서 처음으로 맡게된 일은 BioXM 솔루션을 마스터하는 것이었습니다.
BioXM은 Biomax사의 다양하고 복잡한 여러 종류의 생물 데이터 지식관리와 의미론적 데이터 통합 시스템으로, 여러 연구방법들에 의해 대량으로 생성되는 정보들과 상호 연결되어 있는 생물학적 시스템을 쉽게 이해할 수 있습니다.

사용자 삽입 이미지
현재는 숙지한 BioXM을 이용하여 맞춤형 약물 및 임상진행 정보 제공을 위한 온톨로지 구축 사업에 참여하였습니다. Gene, GO, Pathway, Disease, Chemical, Drug, CNV, SNP, ClinicalTrials, Cosmic mutation 등을 데이터베이스화하였고, 이 Entity 간에 상호관련 정보를 추출하여 관계를 맺었습니다. 이 데이터베이스에서 내가 원하는 정보 추출을 위한 쿼리를 생성하고 결과로 웹포탈을 연동하였습니다. 처음으로 맡은 비중 있는 일을 사업부의 동료들과 협력하며 잘 마무리하여 좋은 결과를 얻어 기뻤습니다.

인 턴기간 동안 CEO 칭기스칸, 사원의 마음가짐, 경영의 마음가짐, 사업의 마음가짐 총 4권의 필독서를 읽어서 직장생활을 하는데 많은 지침과 교훈을 얻을 수 있었고, '똑똑한 여우들의 직장생활 다이어리'라는 책은 직장생활의 첫걸음을 하는 저에게 직장생활에서의 예절, 말투, 생각 등 많은 도움을 준 책이었습니다.

또한 여러 제안서 작성 및 논문 작성, 다양한 연구결과와 생물정보 통합 기획을 통하여 내 자신이 가꾸어 지면서 미래의 나를 생각해보게 되었습니다. 너무나 멋지고 훌륭한 인재가 될 것 같습니다.

세 달이라는 인턴기간 동안 많은 배움과 가르침을 배울 수 있는 시간이었습니다. 앞으로 더 많은 사람들이 KM사업부의 고급 생물정보 컨설팅을 컨택할 수 있도록 BioXM 마스터 뿐 아니라 논문을 많이 읽어서 다양한 분야의 기획이나 제안서 작성에 도움이 되도록 많은 노력을 해야할 것 같습니다. 그리고 앞으로 함께 좋은 분위기를 만들어서 더 고가치의 (주)인실리코젠을 만들어 갔으면 좋겠습니다. 좋은 사람들과 함께 멋지고 고급스러운 생물정보 컨설팅을 할 수 있다는게 너무 행복합니다. 제가 선택한 사회의 첫걸음인 (주)인실리코젠이기에 멈추지도, 포기하지도 않고 전국민이 (주)인실리코젠을 알 때까지 지금부터 열심히 하겠습니다. 이제 직장다니는 제 모습이 일상이된 요즘 기쁩니다. 우리 모두 화이팅합시다!

KM 사업부 김효영

Posted by 人Co

2012/07/09 14:31 2012/07/09 14:31
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약물의 알려진 부작용과 잠재적인 부작용에는 무엇이 있는가?
후천성면역결핍증이라 불리는 에이즈는 에이즈바이러스가 몸속에 침입하여 우리몸의
면역세포를 파괴시켜 면역기능이 저하되면서 각종 감염병이나 암 등이 생겨 사망에 이르게 되는 질병이다. 에이즈를 치료하는 치료제는 역전사효소 억제제와 단백질분해효소
억제제 두 가지로 나누어지는데 오늘은 단백질 분해효소 억제제인 Ritonavir에 대해 알아보고자 한다. Ritonavir(리토나비어)는 단백질분해 효소 억제제로 세포사의 후기 단계에서 바이러스의 부분인 단백분해를 차단하여 복제를 방해하는 약물로 혈액내의 순환하고 있는 바이러스의 숫자를 줄이고 T-cell의 숫자를 증가시키는 약물이다. Ritonavir의 부작용으로는 오심, 구토, 설사, 구강주위부 및 말초의 감각이상, 중성지방 및 콜레스테롤의 증가 및 간효소의 증가등이 있다. Ritonavir는 간의 cytochrome P450 효소를 강력히 억제하므로 간에서 대사되는 다른 약물과 같이 사용하여서는 안된다고 알려져 있다.
오늘은 Ritonavir에 대한 알려져 있는 부작용과 잠재적인 부작용에 대해 알아보고자 한다.

Step to follow


  • 알려진 부작용: Ritonavir와 관련있는 질병 찾기

Step 1. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

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Step 2. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Disease” > Relation Type : “Regulation” (filter on effect positive)

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Step 3. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Reference Count 선택

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  • 잠재적 부작용: Ritonavir와 관련있는 Cell Process 찾기

Step 4. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

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Step 5. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Cell Process” > Relation Type : “Regulation”

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Step 6. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Effect 선택

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아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.


Posted by 人Co

2011/01/11 11:09 2011/01/11 11:09
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인실리코젠에 입사한 지 3일 째 되는 날인, 2010년 12월 29일은 인실리코젠의 송년회가 있는 날이었습니다. 입사하자마자 바로 이러한 자리가 생겨 저에게는 운이 좋았습니다. 뮤지컬을 보고 맛있는 저녁도 먹는다는 생각에 아침부터 들뜬 기분으로 하루를 시작했습니다. 오전에는 각자 맡은 일을 하고 한 시간 청소를 한 뒤, 점심을 먹었습니다. 다 먹은 후에 5대의 차로 잠실로 쓩쓩~~ 저는 사장님, 경윤주임님, 경의주임님과 함께 정호진 수석님의 차를 타고 잠실로 향했습니다.

뮤지컬, 지킬 앤 하이드 일 정보다 한 시간정도 빨리 도착해서 샤롯데씨어터에서 회사 식구들과 사진을 찍으며 시간을 보냈습니다. 지킬 앤 하이드는 책으로도 많이 알려져 있었지만 책을 읽지 않아 스토리는 알지 못한 채 뮤지컬을 봐야했고, 그래서 궁금증이 더 컸습니다.

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드디어 3시! 떨리는 마음으로 극장 안으로 입장했습니다. 생각보다 좌석이 무대와 가까웠습니다. 왜냐하면 우리는 VIP석이기 때문에~~!! 좋은 자리로 예매해주신 사장님께 감사했고, 회사 모든 분들께도 감사했습니다.

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뮤지컬 시작 전 무대는 무엇을 표현한 것인지 이해는 가지 않았지만 조명 때문에 분위기가 음산했습니다. 무대가 바뀌면서 지킬 앤 하이드는 지킬 박사의 변호사인 어터슨의 등장으로 시작합니다. 인간의 두 가지 본성인 선과 악에 대해서 다루고 있었습니다.

스토리도 재미있었지만, 무엇보다 연기자들의 노래실력에 감탄하지 않을 수가 없었습니다. 특히 지킬박사의 노래실력이 너무 뛰어났습니다. ‘지금 이 순간~♬’ 은 어디선가 들어본 기억이 있어 따라서 흥얼거리기도 했지만 그 노래를 제외한 모든 음악은 처음 들어보는 곡 이었습니다. 대학로 소극장에서 연극을 본 적이 있었는데 뮤지컬을 보니 연극과는 또 다른 느낌이 들었습니다. 2층에서 봤다면 감동을 많이 느끼지 못했을 듯합니다. 뮤지컬은 VIP석에서 봐야 뮤지컬 좀 봤다고 말을 할 수 있을 것 같단 생각이 들었습니다^^;

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뮤지컬을 다 보고 나온 후에 저희는 단체 사진을 찍었습니다. 저희 식구들 모두 잘 나온 것 같네요^^

굶주린 배를 붙잡고 뷔페로~!! 저 녁은 롯데호텔 라세느뷔페에서 먹기로 했습니다. 예약시간이 8시이기 때문에 뮤지컬이 끝난 후 2시간 가량 시간이 남았습니다. 다함께 볼링을 치려고 했지만 저희 식구들이 모두 칠 수 있는 자리가 부족해 볼링을 칠 수 없었습니다. 그래서 카페에 들어가 쉬면서 이야기를 나누었습니다.

8시가 다 돼서 굶주린 배를 붙잡고 뷔페로 갔습니다. 오픈 전이라 사람들이 바글바글... 문이 열리고 우리는 룸으로 들어갔습니다. 룸으로 가는 동안 음식을 보니 나도 모르게
침이 꿀~꺽 넘어갔습니다. 다같이 와인도 한 잔씩하며 즐겁게 식사를 했습니다.
진짜 이렇게 가족같은 분위기로 식사를 하는 회사가 있을까요? 아마 거의 없을 듯합니다.
배가 빵~ 터질 정도로 많이, 그리고 맛있게 먹고 뷔페를 나왔습니다.

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조금 더 가까워져요 더 더욱 가까워지기 위해 우리는 신천으로 향했습니다. 최성의 차장님의 주도로 분위기는 한껏 달아올랐고, 게임도 하고 노래도 하며 재미있게 놀았습니다. 집에 들어가야 해서 마지막으로 노래를 부르고 아쉬움을 안고 나왔습니다. 이 자리로 인해 전보다 더 가까워진 것 같아 기분이 좋았습니다. 눈이 많이 오는데도 박준형 팀장님께서 집까지 안전하게 데려다 주셔서 너무 감사했습니다.

어느 회사를 가도 사장님을 비롯해 이렇게 좋은 분들과 일을 할 수 없을 것 같습니다. 사회 생활 첫 걸음을 인실리코젠에서 할 수 있어 기분이 좋고, 2010년을 인실리코젠 식구들과 함께 마무리할 수 있어서 참 좋았습니다. 모두들 수고하셨습니다.
2011년에는 성실한 송하나가 되겠습니다.^^



Posted by 人Co

2011/01/06 08:50 2011/01/06 08:50
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 지난 1월 3일, (주)인실리코젠과 숭실대학교 의생명시스템학부는 맞춤형 생명정보 인재 양성을 위한 MOU를 체결하였습니다.

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(왼쪽부터 (주)인실리코젠의 최남우 대표이사님, 숭실대학교 의생명시스템학부 김상수 교수님)

이번 MOU 체결식에는 (주)인실리코젠의 최남우 대표이사님, 숭실대학교 의생명시스템학부의 학부장님이신 김상수 교수님이 참석하셨으며, 양해각서 체결로 인해 (주)인실리코젠은 5억원 규모의 실습용 생물정보 솔루션과 최신의 생명정보 기술교육 및 현장실습을 지원하기로 하였으며, 숭실대는 최첨단의 하드웨어 시스템과 다양한 인적네트워크를 제공하기로 동의하였습니다.

이번 협정은 국내 기업과 연구기관에서 요구하는 생명정보 실무 교육을 통해 바이오 연구개발에 필요한 현장중심의 인재를 양성하는 것이 목적이며 이러한 산학협동 과정은 국내 최초로 시도되는 사업이라고 생각됩니다. 또한 생명정보 교육을 한 단계 성숙할 수 있는 계기를 마련하였으며, 빠르게 변화하고 있는 생명정보의 지식과 졸업 후 산업현장에서
활용할 수 있는 전문 능력을 갖출 수 있게 되었습니다.


Posted by 人Co

2011/01/04 19:50 2011/01/04 19:50
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How can I find literature supporting a list of candidate genes related to a specific plant trait?


식물 리그닌화(목질화)에 대한 후보 유전자 리스트를 확인할 수 있는 있는가?
리그닌은 목질소라고도 하며 셀룰로오스, 헤미셀룰로오스와 더불어 식물골격 구성성분의 하나로 목재 20~30%에 달한다. 식물의 리그닌화(목질화)는 식물이 자라는 과정에서 세포막이나 중간층에 리그닌이 생겨 흡착되거나 화학적으로 결합하여 강하고 단단해지는 현상을 말한다. 일반적으로 세포의 성장에 따라 서서히 일어나지만 병태 또는 상해 조직에서는 유조직세포벽에 급속히 일어나는 경우도 있다. 목질화된 세포벽은 병원균에 의해 잘 침범되지 않기 때문에 병태조직 또는 상해조직에서의 목질화는 일종의 방어반응이라고 할 수 있다.

Step to follow


Step 1. Gene list 검색

검색하고자 하는 유전자의 TAIR ID를 검색한다. Import > Gene List > 복사해 놓은 TAIR ID 리스트 Paste from Clipboard > Lookup in the Database 클릭

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Step 2. Lignification과 관련있는 Cell Process 검색


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Step 3. Pathway 옵션 설정

Protein과 Cell Process의 Relation 사이의 관계를 나타내기 위해 Protein을 선택한 상태에서 Add 메뉴를 선택하고 "Relations between Selected and Unselected" 클릭

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Step 4. Pathway 확인

"Relations between Selected and Unselected"를 하면 서로 연관이 있는 Relation만 표시가 되고 연관이 없는 Entity는 Relation이 되지 않고 남아있다.

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Step 5. 엔티티 추가하기

"lignin" small molecule을 검색하여 4번 pathway에 추가하고 Protein과 "lignin" 사이의 Relation을 확인하기 위해 "lingin"을 선택한 다음 Step 3을 반복한다.

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아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.


Posted by 人Co

2010/12/27 09:01 2010/12/27 09:01

What small molecules are known to regulate my pathway?


PTPRC(CD45)는 세포의 활성화 신호를 억제 조절할 수 있는 역할을 하는 단백질 중 하나이다. PTPRC(CD45)는 세포막에 위치한 protein tyrosine phosphatase의 일종으로 T세포 또는 B세포의 신호전달에 관여한다. PTPRC(CD45) 단백질을 제거한 실험에서 JAK와 신호 전달체 및 전사 활성인자 (STAT)가 활성화된다고 알려져 있다. 이러한 PTPRC(CD45) -> STAT6 signaling pathway를 조절하는 small molecule들은 무엇이 있는지 확인해보고자 한다.

Step to follow


Step 1. PTPRC -> STAT6 signaling pathway 검색

Information pane에서 PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 검색한다. 검색된 Pathway를 더블클릭하면 새 Pathway 문서에서 확인 할 수 있다.
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Step 2. Pathway 옵션 설정

PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 제어하는 small molecule에는 무엇이 있는지 알아보기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard에서 Add Neighbors > Directionality: "Upstream" > Entity type : "Small molecule"를 순서대로 선택하고 Relation type은 창 하단의 Cheak All을 클릭하여 모든 Relation을 한 번에 선택해 준다.
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Step 3. Pathway 확인


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Tip. 복잡한 Pathway를 간략하게 정리하고 싶다면?


Tip 1. View > Relation Table View 기능 사용

Reference가 적은 relation들을 확인하고 삭제하는 manual 방법

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Tip 2. Common Regulators 알고리즘 활용

Advanced Build Wizard 에서 Algorithm Type : “Add Common Regulators" > Algorithm Type : “Add Common Regulators” > Entity Type : “Small Molecule” > Relation Type : “All Regulation Type” 순으로 선택한다.

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아래 동영상보기를 하시면 3개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.




Posted by 人Co

2010/12/20 08:38 2010/12/20 08:38
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Can I identify potential drug-drug interactions mediated by alterations of drug metabolism?


 drug 대사의 변경에 의해 조절되는 잠재적인 drug-drug interactions를 확인 할 수 있는가? 항응고제로 혈액응고를 방지하기 위한 약물로 알려진 쿠마딘의 대사에 대해 알아보고자 한다. 쿠마딘(와파린)은 항응고를 하는 약제로 혈관안에서 혈전이 형성되는것을 막아주기 때문에 주로 혈전 및 색전증 치료에 쓰이고 있다. 쿠마딘은 주로 간에서 대사되는데, 간 대사효소인 CYP3A4에 의해 미량 대사된다고 알려져 있다. PathwayStudio를 통해 쿠마딘과 CYP3A4의 관계를 알아보고 CYP3A4에 영향을 주는 약물에 대해 조사해봄으로써 durg-drug 상호작용을 확인해보고자 한다.

Step to follow


Step 1. Coumadin 검색

Information pane에서 coumadin을 검색한다. 검색된 coumadin을 복사하고 새 pathway 문서에 붙여넣기를 한다.

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Step 2. Pathway 옵션 설정 및 Pathway 확인

coumadin이 어떤 효소에 의해 대사되는지 알아보 pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “upstream” > Entity type: “protein” > Filter Parameters: “ChemicalReaction” 순으로 선택한다.

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Step 3. Pathway 옵션 설정

coumadin의 대사에 관여하는 효소 15개를 확인하였고, 그 중에서 CYP3A4라는 효소는 다시 어떤 small molecule에 의해 영향을 받는지 알아보기 위해 pathway 찾기를 재수행한다. CYP3A4를 선택하고 Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “upstream” > Entity type: “small molecule” > Filter Parameters: “DirectRegulation” 순으로 선택한다.

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Step 4. Active Style 변경

Effect와 Reference 개수에 따라 그래프 보기에서도 효과를 나타내 줄 수 있다. Style 메뉴의 Active Style Sheet에서 By Effect를 선택하면 Effect의 Positive, Negative 효과에 따라 Relation 선색을 다르게 할 수 있으며, By Reference Count를 선택하면 Reference의 개수에 따라서 Relation 선색이 달라지는 것을 확인 할 수 있다.

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아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.


Posted by 人Co

2010/10/25 08:43 2010/10/25 08:43



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