지난 3월 23~24일, 차세대바이오그린 21 동물유전체육종사업단 내의 연구자들을 대상으로 두번째 "오믹스 정보 분석시스템 활용" 워크샵을 개최하였습니다. 작년 10월에 진행되었던 NGS 데이터의 분석 응용에 대한 첫번째 워크샵에 이어서 두번째 워크샵은 타겟 유전자의 네트워크 분석에 대한 내용으로 준비하였습니다. 한경대학교 산학협력관에서 진행된 이번 워크샵은 Pathway Studio 프로그램을 활용하여 참석자 모두가 준비한 노트북으로 실습도 교육도 함께 진행되었습니다.

사용자 삽입 이미지

첫째날 진행된 교육은 Pathway Studio 프로그램의 기본적인 구성에 대하여 이해하고 관심 유전자 등을 검색하여 유전자 리스트의 Pathway 분석방법을 배웠습니다. 돼지 등지방 두께를 조절하는 13개 유전자 중에서 fam73a, negr1, ttll7 등 3개의 유전자가 흥미롭게도 사람의 복부 및 견갑골 피하지방의 원인 유전자임이 밝혀진 연구결과를 바탕으로 해당 유전자를 예제 데이터로 활용하여 분석하니 더 유용한 결과를 확인할 수 있었습니다.

사용자 삽입 이미지

둘째날 교육은 MedScan을 이용한 텍스트마이닝과 expression 데이터 분석에 대한 주제로 진행되었습니다. PubMed에 서 원하는 논문들을 텍스트마이닝을 통하여 그 관계를 pathway로 분석할 수 있었으며, 1000편이 넘는 논문의 abstract를 짧은 시간 안에 읽어내는 기능에 모두가 감탄하였고 microarray 데이터의 발현량과 네트워크 정보와의 맵핑을 통하여 타임코스별 네트워크 양상도 확인하는 분석도 함께 수행하였습니다.

사용자 삽입 이미지

이 번 워크샵을 통하여 1차원적인 염기서열 분석 이후에 최종적으로 관심유전자의 네트워크 분석은 앞으로 더욱 그 중요성이 높게 평가되기에 더 뜻 깊은 시간이었고 바쁜 시간 내어주신 참석자분들께도 하시는 연구에 조금이라도 도움이 되셨길 바랍니다.

Posted by 人Co

2012/03/30 11:18 2012/03/30 11:18
Response
No Trackback , 1 Comment
RSS :
https://www.insilicogen.com/blog/rss/response/104

Trackback URL : 이 글에는 트랙백을 보낼 수 없습니다



« Previous : 1 : ... 201 : 202 : 203 : 204 : 205 : 206 : 207 : 208 : 209 : ... 304 : Next »