VectorNTI AdvanceTM Ver. 11은 Life technologies사에서 제공하는 생물정보 소프트웨어입니다. 분자생물학 데이터를 관리하고 분석할 수 있는 데스크탑 통합 소프트웨어로서 DNA, Protein 서열의 데이터베이스 구축 및 관리, 클로닝 벡터 설계, 생화학적 특징 분석, 다중서열정열(multiple alignment), 어셈블리(contig assembly), BLAST 검색 등 분자생물학 실험에 필요한 다양한 기능을 제공합니다.
Features
- 분자생물학 연구에 필요한 5개의 모듈이 함께 제공합니다.
VectorNTI Module : Sequence creation, Mapping, Analysis, Dedign, Annotation, Illustrarion, and Data management
ContigExpress Module : DNA sequence assembly and sequencing project management
AlignX Module : Multiple sequence alignment of proteins and DNAs
Bioannotator Module : Functional analysis and annotation of protein and DNA sequences
GenomeBench Module : Module Analysis and annotation of reference genomic DNA sequences
전용의 데이터베이스 관리자를 통해서 크로마토그램(abi, scf 등), FASTA, GenBank, EMBL 등 다양한 형식의 파일과 데이터를 통합 관리할 수 있습니다.
- 직관적이고 뛰어난 사용자 인터페이스를 제공합니다.
GenBank, PubMed, Swiss-Prot 등 웹 데이터베이스나 분석도구와 연결성이 우수합니다.
- 함께 제공되는 3D molecular viewer를 이용해서 단백질의 3차원 구조와 서열 분석 결과를 비교할 수 있습니다.
- 부가 기능
- Web tool을 이용한 디자인, 분석기능 : RNAi Designer, D-LUX Designer, iProtocol, iPath
GatewayClonning, TopoClonning Wizard를 이용하면 Invitrogen 사가 제공하는 키트를 보다 편리하게 활용할 수 있습니다.
연구그룹내에서 다수의 사용자가 함께 사용할 수 있는 DLS 라이센스와 Network 라이센스를 제공합니다 (자세한 내용은 <codes AT insilicogen DOT com>으로 문의 부탁드립니다).
Applications
다음과 같은 대표적인 응용뿐만 아니라 다양한 유전자 분석에 활용됩니다.
- 유전자 클로닝을 위한 벡터 디자인
- 제한효소 사이트를 포함한 PCR 프라이머 디자인
- Full-length cDNA assembly 및 contig 편집후 motif 분석
- 분석된 cDNA 서열을 genome 서열에 mapping
- 계통분류분석을 위한 다중서열 분석 및 편집
- 유전자 서열 다이어그램 작성
벡터 디자인
클로닝하고자 하는 유전자 서열에 제한효소를 처리할 경우, 그 종류에 따라 절단 부위가 어디인지, 단편 서열의 길이를 사용자 인터페이스로 확인할 수 있습니다. 그리고, 실험에 사용할 벡터를 VectorNTI AdvanceTM에서 제공되는 데이터베이스에서 선택하고, 제한효소로 절단된 서열이 벡터에 어떻게 삽입될 지 예상되는 map을 그림과 같이 확인합니다. 전기영동 simulation으로 실험할 gel 종류와 chemical을 선택하면 예상 band 위치를 확인할 수 있으며 벡터 map에서 PCR 프라이머 디자인, 생화학적 특성 분석등 다양한 분석을 수행할 수 있습니다. 그 결과를 클립보드를 이용하여 파워포인트나 워드로 쉽게 옮길 수 있으므로 프리젠테이션에 매우 유용합니다. {isg}
Full-length cDNA 어셈블리와 유전체 맵핑
발현된 유전자의 cDNA 서열을 분석하고 이를 ContigExpress에 준비된 시퀀싱 벡터 오염, E. coli 오염, low quality 영역 제거 등 다양한 필터를 이용해서 cleaning한 후 어셈블리를 합니다. 어셈블리된 contig와 각 read들의 결합 부위와 방향을 함께 살펴보면서 어셈블리를 편집하여 full-length cDNA를 contig 서열을 완성합니다. 완성된 cDNA 서열은 GenomeBench의 Sim4나 Spider 알고리즘을 이용해 mapping하여 splicing pattern을 확인할 수 있습니다. {isg}
System Requirement
- Microsoft Windows®
- Windows® XP (Professional) SP3
- Windows Vista® (Business) SP2
- Windows® 7
- Macintosh®
- Mac OS® X running Windows® under Parallels® Desktop 5 or Boot Camp
- 50 GB HD space
- 512 Mb RAM
- Single processor
- Microsoft Installer Version 3
- Screen Resolution : 1024 × 768 or Higher
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