BIOBASE_GmbH, http://www.gene-regulation.com/
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Overview
TRANSFAC 데이터베이스는 유전자 발현 조절에 가장 중요한 단계인 전사(transcription)단계에서의 유전자 조절과 관련된 정보를 제공하는 데이터베이스로서 TRNASFAC 데이터베이스를 Transcripion factor와 transcripion factor binding site 등의 정보를 제공한다.
TRANSFAC 데이터베이스는 단순한 정보를 제공하는 것이 아니라 TRNASFAC 데이터베이스를 이용하여 유전체 서열에서 transcription factor binding sites를 예측할 수 있다(Match, Patch)
주요기능
Database composition
Factor : Factor 테이블은 TranscriptionFactor의 발현 패턴과 관련된 정보 뿐만 아니라 기능적, 구조적, 물리화학적 성질에 관련된 정보를 제공하며, transcription factor의 DNA-binding domain의 성질에 따라 분류되어진 정보를 제공한다.
Gene : Gene 테이블은 TranscriptionFactor에 의해 조절되어지는 유전자와 관련된 정보를 제공한다.
Site : Site 테이블은 TranscriptionFactorBindingSite와 관련된 정보를 제공하며 genomics 서열과 consensus binding 서열 정보를 제공한다.
- ChIP-chip : ChIP-chip 테이블은 in vivo상에 결합하는 DNA fragments에 대한 정보를 제공한다.
Matrix : Matrix 테이블은 TranscriptionFactorBindingSite를 예측하기 위해 이용되어지는 nucleotide distribution matrics를 제공하며 Match 프로그램에 이용되어진다.
- Class : Class 테이블은 transcription factor를 DNA-domain의 성질에 따라 분류하는 기능을 제공한다.
- Cell : Cell 테이블은 Site 테이블에 있는 목록에 영향을 미치는 단백질의 cellular sources에 관한 간단한 정보를 제공한다.
- Reference : Reference 테이블은 TRANSFAC®, TRANSCompel®, PathoDB® , S/MARt DBTM 의 데이터로부터 reference 정보를 제공한다.
Tools
Match : TRANSFAC 데이터베이스를 이용하여 만든 PositionSpecificWeightMatrix 를 이용하여 genomic 서열에서 TranscriptionFactorBindingSite 를 예측한다.
Patch : TRANSFAC 데이터베이스에서 만들어진 TranscriptionFactorBindingSite의 pattern을 이용하여 genomic 서열에서 TranscriptionFactorBinding Sites를 예측한다.
검색 방법
- Quick Search
- 첫 페이지에서 quick search를 할 수 있다.
- Figure 1-1. Quick Search Form
- 검색 결과에서 보여지는 fields는 다음과 같다.
- Figure 1-2. Search Fields Table
* : 이 fields는 일반적으로 검색되어진다.
- Figure 1-2. Search Fields Table
- 첫 페이지에서 quick search를 할 수 있다.
- Customizable Search
- 왼쪽 메뉴에서 사용하고자 하는 테이블을 선택한다.
- Figure 1-3. Factor Search Form
- Search mode
- Search Terms : 찾고자 하는 Query를 입력한다.
- Search Fields : 원하는 field를 선택한다.
- Output Fields : 결과에 보여지는 fields를 선택한다.
- Exact word search : 해당하는 단어에 대해서만 검색한다.
- Fuzzy search : 비슷한 단어도 검색한다.
- BROWSE : Submit Query와 같은 기능을 한다.
- Save and refine a search
- Store your search as : 사용자가 입력한 검색 양식을 이 이름으로 저장한다.
- NEW : 새로운 검색을 시작한다.
- AND : 검색어를 모두 포함하는 결과를 보여준다.
- OR : 검색어 각각의 결과를 모두 보여준다.
- NOT : 이전 결과에서 다음 결과를 포함하지 않는 검색결과를 보여준다. (ex. fungi but NOT yeast)
- Wildcard and other metacharactors : 검색 결과를 제한하고자 할 때 사용한다.
- Figure 1-4. Metacharacters Table
- 왼쪽 메뉴에서 사용하고자 하는 테이블을 선택한다.
Tag : tanscription solution database
