TRANSCompel - Insilicogen, Inc.

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Overview

TransCompel 데이터베이스는 composite regulatory elements에 특화된 데이터베이스로서 composite regulatory elements는 주로 eukarytoic 유전자의 promoters와 enhancers에서 주로 많이 발견되어지며 binding sites가 인접한 두 개의 다른 transcription factor와 두 개의 다른 transcription factor binding sites로 구성되어진다. 두 개(transcription factor)의 combination은 새로운 조절작용을 나타내고 composite elements는 때때로 두 개의 신호회로의 integration site로서의 역할을 하기도 한다.

Compel : Compel table은 composite elements (CE)에 관한 서열, 위치, CE가 실험적으로 연구되어졌던 유전자, 그리고 CE에 의해 제공되어진 특별한 전사 조절의 해석을 포함하는 일반적인 정보들을 제공한다.
Evidence : Evidence table은 transcription factor의 협동적인 기능을 보장하는 실험을 바탕으로 한 상세한 정보를 제공한다.

Catch : Catch tool은 TRANSCompel과 Catch라는 툴을 함께 제공하여 genomics 서열에서 두 개의 transcription factor binding sites로 구성되어진 Ces(Composite Elements)를 예측한다. Catch는 TRANSCompel 데이터베이스를 이용하여 패턴을 만들고 genomic 서열을 검색하여 CEs를 찾는다.

Quick Search
- 첫 페이지에서 quick search를 할 수 있다.
  - Figure 1-1. Quick Search Form
- 검색 결과에서 보여지는 fields는 다음과 같다.
  - Figure 1-2. Search Fields Table
Customizable Search
- 왼쪽 메뉴에서 사용하고자 하는 테이블을 선택한다.
  - Figure 1-3. Compel Search Form
- Search mode
  - Search Terms : 찾고자 하는 Query를 입력한다.
  - Search Fields : 원하는 field를 선택한다.
  - Output Fields : 결과에 보여지는 fields를 선택한다.
  - Exact word search : 해당하는 단어에 대해서만 검색한다.
  - Fuzzy search : 비슷한 단어도 검색한다.
  - BROWSE : Submit Query와 같은 기능을 한다.
- Save and refine a search
  - Store your search as : 사용자가 입력한 검색 양식을 이 이름으로 저장한다.
  - NEW : 새로운 검색을 시작한다.
  - AND : 검색어를 모두 포함하는 결과를 보여준다.
  - OR : 검색어 각각의 결과를 모두 보여준다.
  - NOT : 이전 결과에서 다음 결과를 포함하지 않는 검색결과를 보여준다. (ex.HNF but NOT 2)
- Wildcard and other metacharactors : 검색 결과를 제한하고자 할 때 사용한다.
  - Figure 1-4. Metacharacters Table