개요
- 대량의 EST를 다양한 전략으로 분석하여 데이터베이스로 구축
- 웹을 이용한 자동화된 EST 분석 시스템
- 상용화 DNA Chip 분석 프로그램을 이용한 DNA Chip 데이터 분석
- MIAME 기반으로 구축된 다양한 형태의 수많은 DNA Chip 데이터관리 시스템 개발
Contents
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EST general Annotation Solutions Pedant-Pro, CLC work bench, Sequencher, vectorNTI, Hand-made Description 대량의 ESTs를 clustering을 통해 unigene화 하고, 이를 다양한 데이터 베이스를 이용하여 functional annotation을 수행한다. 이때 다양한 정보를 끌어 낼 수있도록 데이터 베이스를 구축하며, 또한 자동화된 분석 시스템을 구축하여 사용자 편의의 정보를 제공한다. |
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Tissue-specific gene Analysis Solutions Hand-made Description 한 유전자가 세포내에서 평균적으로 발현되는 양보다 월등히 높게 특정조직에서 발현 된다면 이를 조직특이적인 유전자로 분석한다. 이때 ESTs의 출현 빈도는 유전자의 발현양을 대표하게 되고 Audic's test를 통해 예측된 조직 특이 유전자는 통계학적 유의 수준에서 검증이 될때 비로소 조직 특이 유전자로 분류한다. |
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Expression pattern Analysis Solutions Hand-made Description ESTs clustering을 통해 얻어진 unigene의 EST redundency를 발현값으로 환산하여 이를 Chip data처럼 분석한다. 다양한 ESTs library로 부터 얻어진 다양한 조건에서의 발현 패턴을 비교 분석하여 DEG 분석이 가능하도록 한다. |
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Ortholog & Paralog Analysis Solutions Hand-made Description 서열상의 homology만으로 분석되던 ortholog 분석의 한계를 뛰어넘어 각 조직에서의 발현 패턴을 조사하여 서열상의 일정 homology와 함께 발현 패턴까지 동일한 ortholog 유전자를 Pearson correlation coefficient를 조사하여 보다 정교하게 분석한다. |
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DNA Chip Analysis Solutions Hand-made Description DNA Chip 데이터를 GeneSpring과 같은 상용화 툴을 사용하여 분석합니다. 또한 발굴된 DEG의 상호 연관관계를 파악하기 위하여 PathwayStudio를 이용하여 관계를 도출하고 정보를 그래프 형태로 보여주며, 상세 정보를 웹을 통하여 제공합니다. |
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DNA Chip Standard Database Construction Solutions Hand-made Description DNA Chip의 제작부터 분석결과까지 관련된 모든 과정의 내용들을 효율적으로 관리하기 위하여 MIAME 국제 표준에 맞게 구축한 데이터베이스 시스템입니다. |
